相比之下，许倬云和傅斯年关系就更亲近了。因为许倬云在台湾大学读书时，傅斯年是他们的校长。许倬云入学三个星期后，校长就找他谈话，勉励有加，因为他卷子答得好。后来在全校作文比赛中，许倬云荣获第一，校长又去找他，大加鼓励。许倬云天生残疾，傅斯年特别关照他，让这位优等生在大学期间“得到一些颇为不同的待遇”。在傅斯年亲自劝说下，许倬云才从外文系转入历史系。
不屈服权威
胡适、傅斯年的治学精神、政治理念，乃至他们的做人风骨，对许倬云都有很大影响。
不过许倬云并非死记硬背或生吞活剥两位老师的教诲，他是通过自己的阅历和感悟，一点一点理解并接受了老师的思想，并将这一思想贯彻在自己的行为中。
胡适的做人修养好，他的气量大归功于母亲对他的言传身教，在《四十自述》中，胡适说：“我母亲的气量大，性子好，又因为做了后母后婆，她更事事留心，事事格外容忍……我在我母亲的教训之下住了九年，受了她的极大深刻的影响。……如果我学得了一丝一毫的好脾气，如果我学得了一点点待人接物的和气，如果我能宽恕人，体谅人，——我都得感谢我的慈母。”
如果说胡适是从母亲那里“学得了一点点待人接物的和气”，那么，许倬云则是靠理性、靠慎思明辨让自己变成一个有涵养、能控制自己情绪的人。
他说：“我至少常常想到，一己的情感冲动难免会影响到别人。自己怒时，可能以言辞伤人；自己怨时，可能不接受别人的善意；自己有求而不得时，可能嫉恨别人。因为对自己有这样的了解，我只要还有一丝理性，这一丝理性就会把我从激越的关口拉回来，叫我约束一下自己的行为和言词。这种在紧急关头的自我节制，往往可以在俄顷之后立刻反省。”
事实上，许倬云留学五年的突破之一，就是懂得了“慎思明辨”的重要意义：“慎思明辨包括反省，这个过程常常变成我提炼自己的一个手段，且变成生活习惯了。有时候我也会很生气，但是生气以后，另外一个我立刻会在头上冒出来，提醒我不能够这么做。这就是我提炼自己的功夫。”
“容异”与“存疑”是胡适思想的两大基石。许倬云赴美留学后，通过阅读书本、观察社会，慢慢懂得并接受了这两块基石。由此他也懂得了胡适自由主义思想的价值。
许倬云在芝加哥大学的第一堂课，就结识了一位微胖、秃顶的中年美国人，名叫柴勃尔。交谈中，许倬云向他讨教，作为一位留学生该如何读书学习，柴勃尔对他说：“把读书的时间留下一些来看看你四周的人与物吧，因为你将来可以在台湾的图书馆找到这里该读的参考书，但是你回台湾可再找不着一个活的美国社会让你观察了。”
此后，许倬云在美国的生活几乎无时不受他这句话的影响。读书之外，随时张开眼睛看看人家生活方式背后的精神。
许倬云赴美求学上的第一堂课，是威尔逊先生讲授的。威尔逊是美国埃及学首席教授，他上课时经常说的一句话是“我们不知道”。一个学期下来，一位日本学生问威尔逊：“究竟我们知道的是什么？”威尔逊先生答：“我们知道的就是我们不知道！”（We know that we don’t know！）这位学生听后一脸茫然，以为老师在调侃他。而坐在一旁的许倬云听了威尔逊的话，却“忽有所悟”：“悟出了一个关闭型文化与一个开放型文化的区别：前者只追寻答案，后者则是追寻问题。‘知之为知之，不知为不知’固是诚实的态度，到底还须以‘知道自己未知’为前提的。”
留美期间，许倬云就按照柴勃尔和威尔逊的话为准则，来观察美国社会，终于发现了支撑美国文化的“巨大的结构”：存疑、尊重别人与不专断。
美国的学生都喜欢问问题。许倬云的一位印度朋友，一次被学生问得无言以对，情急之中，说：“我是印度人，印度事我当然比你们知道得多。”此言一出，举座哗然。有学生站起来说：“老师，我们佩服你的勇气。但请你注意，我们只接受理论和证据，不接受任何人的权威判断。”
许倬云由此悟出，不屈服权威，正是美国文化的精髓所在。这时候，许倬云发现，他在思想和精神上已与胡适越来越近。
捍卫学者尊严
在许倬云看来，胡适是开风气的大师，而傅斯年则是实干家，全才：“我的老师们都是聪明人，傅斯年先生也是聪明人，但是傅先生比所有的聪明人还要高一截。他人都是分门别类去做一件事情，提纲挈领是他老人家自己来。他总是想摆脱行政以后，自己做综合的工作，对西周历史、商周的国城研究有个交代，对中国文化有一个综合的研究。他能做研究，能讲演，能办行政，能跟人来往处理各种事件，真是全才。”
从身兼数职方面来看，许倬云很像傅斯年，因为他也做学问也办行政，而且都取得不俗的成绩。李济访美时就对杨联陞说：“史语所来了个人叫许倬云，是当年的傅斯年。”
傅斯年是个严守规矩的人，任史语所所长时，他立下不少规矩，比如：专职研究员不能在外校兼课；专职研究员必须在所里办公；新来的年轻人三年内不允许发表文章等等。
在严守学术规矩方面，许倬云颇有乃师遗风。
1963年，中央研究院决定编辑出版《中国上古史论文选辑》，许倬云承担编辑任务。当时请了三十多位专家写稿。但一些专家不按规矩办事，交了初稿后不愿修改。许倬云没办法，对不肯修改的，就把审查意见和审复意见两文并列，让读者自行判断。他知道这个做法有点伤人，但他说：“我要对得起文章啊！”一些老专家把状告到杨联陞那里。杨联陞批评他：“你一点尊师重道的观念都没有！”许倬云答：“杨先生，我们学术有学术的规矩，我照规矩办事。”
许倬云任台大历史系主任后，第一件事，就是把胡秋原等“国大代表”、“立法委员”在系里的课拿掉。这些人都有来头，许倬云此举无疑是捅了马蜂窝，但他宁可挨骂，也严守高等教育应有的规矩——不让官员给学生开一些与专业无关的课。
李济是许倬云的老师，他对学考古的弟子立下一条规矩：不许收买古董，因为那会鼓励挖坟盗墓。许倬云谨遵师命，不玩古董。张光直任中研院副院长时，一批竹简从湖北偷运至香港。张光直募集了300万港币，想以史语所的名义买下。担心是假货，就让许倬云把一下关。许倬云交了10万港币的定金，将竹简拿回去研究。他确定全是真品，但却建议张光直退货。张光直问，既是真的，为何不买？许倬云答：“买就坏了我们史语所的规矩，就是鼓励偷坟盗墓。”许倬云宁可不要那十万块定金，也不肯坏了史语所的规矩。到手的真货不得不退回，许倬云其实也难过，但他说：“这是无可奈何的事情，你要守原则，就只好守到底。”
傅斯年炮轰两届行政院长，气冲斗牛，名震一时；胡适当众说蒋介石错了，许倬云赞叹：“这为知识分子树立了榜样。”而许倬云在捍卫知识人的尊严、弘扬独立自由的学术精神方面，也写下了属于自己的动人篇章。