许倬云任台大历史系主任时，教育部突然来函说，据有关方面反映，你们用的教科书篡改了历史，必须换政战人员编写的教材。许倬云当即回函要对方告知“有关方面”是哪方面，对方说是国民党中央党部。许倬云便正告对方：“如果我是贵党党员，你们可以用党部的名义发文给我，但我不是贵党党员，碍难从命。”
吾爱吾师，吾更爱真理
许倬云尊重、服膺乃至敬仰胡适、傅斯年两位恩师。但他本着“吾爱吾师吾更爱真理”的原则，也指出两位恩师的局限所在。
许倬云承认胡适的贡献很大，但他也实话实说“不赞成胡适的科学主义”，并且批评胡适的“德先生”也不太清楚。
王小波是许倬云的得意门生，他转述了许倬云对中国人科学观的精辟分析：“身为一个中国人，由于有独特的历史背景，很难理解科学是什么。我在匹兹堡大学的老师许倬云教授曾说，中国人先把科学当做洪水猛兽，后把它当做呼风唤雨的巫术，直到现在，多数学习科学的人还把它看成宗教来顶礼膜拜，而他自己终于体会到，科学是个不断学习的过程。”
胡适和傅斯年特别重视史料。傅斯年的两句名言强调的都是史料的重要性：“历史学就是史料学”“上穷碧落下黄泉，动手动脚找东西”；胡适提出“大胆的假设，小心的求证”，但他看重的是“小心的求证”中的“小心”。
许倬云当然也重视史料，但他同时也很重视理论。他的主要著作、重要观点都得益于马克斯·韦伯和雅斯贝尔斯的理论。
雅斯贝尔斯在《历史的起源与目标》中提出“枢轴时代的观念”。这一观念给了许倬云如下启示：“讨论文明，就必须先理解，这中间不是兴衰，而是受到很多外来刺激，所以它不是说突破就停止，突破像一条线的发展，中间受到刺激，所以雅斯贝尔斯的观念必须和汤恩比的挑战和刺激合在一起看才有道理。”
由此，许倬云确立了写作《西周史》的总思路：把西周分成三个圈圈，政治（实际权力）领域、封建（礼乐）秩序领域、文化领域等三个同心圆，三个圈圈有共同核心，接受挑战，各向四周扩展。
许倬云还把雅斯贝尔斯枢轴时代的“文化突破”观念，延伸到个人生命中，遂得出如下结论：“每个个人生命里面也有类似的一段枢轴世纪；人类历史上的枢轴时代是文明的出现，在个人的生命里所谓轴心世纪是自觉性的出现，主轴是生命的尊重，终极关怀是生命的完成。”
许倬云用“仁”来概括这个“生命的完成”，于是他对“仁至义尽”有了如下解释：
“今天我们常常用‘仁至义尽’这四个字，但文天祥讲的时候是倒过来的：‘唯其义尽，所以仁至’，也就是‘义尽仁至’。我对‘仁至义尽’的解读不同一般人，是照着文天祥的次序来讲，义是外面的，我做的工作做完了，应该尽的一切责任都完了，这时候我们的仁才算完成。因为我做仁的工作做完了，一切该做的都做尽了，所以我完成了自己，‘仁至’是仁就来到了，不是到达极点，是来到了。”
至于马克斯·韦伯，则为许倬云提供了学术研究的根本方法，他说：“韦伯的研究方法是设想一个理想形态，举例讲，天下没有一个人叫‘人’的，每个人都是理想的人的某一种样子，没有这个理想形态的话，无法理解个别真实的人。同样，没有一个杯子的理想形态的话，无法勾画出这个杯子是什么样子。脑子里建构一个理想的东西，拿这个作为模式，来找出真实世界的特色。为了认识这个理想形态，你必须要从众多个案中归纳，才能勾勒出形态来，所以他做了那么多比较研究，勾勒出冲撞，勾勒出信仰。这个方法学比一般的实证有用。”
显然，韦伯的“理想型态”说为许倬云提供研究学问的先进武器。
许倬云主张做学问要掌握“大线索”，他说：“我看见新的东西又证实我的想法，更是高兴。这就是掌握一个大线索，掌握对了，别的就容易掌握了。所以我奉劝大家，一辈子做学问，要掌握大线索，没有大线索，理路就搞不清。而且绝对要跳出自己专业范围，跳出自己的文化圈子，才能掌握大线索。”
所谓“掌握大线索”，其实就是胡适说的“大胆的假设”，而必须借助于某种理论，才能做出有价值的“假设”，亦即“掌握大线索”。
重视理论，在不同的文化圈不同的理论中获取灵感，或许正是许倬云对两位恩师的一种超越。
“第三只眼”
许倬云和胡适、傅斯年最大的分歧可能是，在五十岁那年，许倬云抛弃了褊狭的国族观念。
赴美留学后，许倬云在医院接受手术治疗。一次，主治医师爱克逊对许倬云说，如果台湾也有“残疾儿童之家”这样的机构，他愿意赴台做援助医生。许倬云感谢他为中国人服务的热忱。爱克逊却说：“人就是人，不会因为国籍而改变体质的。”他还说，他没想到是为中国人服务，他想到的是为世界上一个医生不足区域的病人服务。许倬云听了他的话，为之汗颜，他觉得自己还跨不过民族思想这一关，还不能像爱克逊这样对各民族一视同仁。尽管当时的许倬云还对爱克逊的想法敬而远之，但爱克逊民胞物与的胸襟对他无疑具备一种感召力，为他后来放弃褊狭的民族主义立场奠定了基础。
许倬云五十岁能抛弃褊狭的民族主义，原因是多方面的。
在学术研究中，他认识了一些日本学者，知道了当时日本也有反战人士，有自由知识分子，他们因为反战而被捕甚至被杀了。由此，许倬云认识到，有罪的是日本军阀不是日本这个民族，要恨这个穷兵黩武的日本军阀，不必仇恨这个民族。
促使许倬云思想转变，还因为，在一些朋友的启发下，他认清了国家主义的可怕面目，而“民族主义是国家主义的外套”：
“我到五十岁才把爱国主义放到一边，从四十岁到五十岁之间的思想转变，很大的原因就是交了一些朋友。比如说一个日本教授，经历二战期间政府对日本人的迫害；还有从德国跑出来的犹太人，在我们那里教书——这些人都反对国家主义。国家主义是灾害，民族主义是国家主义的外套。一个群体的归属，应是自己的选择。你自己参加一个群体，是你自己的事情。”
傅斯年是坚定的民族主义者，他常说的一句话铿锵有力：“汉贼不两立”；胡适早年在美国读书期间曾钟情世界主义，但后来在抗日战争的背景下，他又回到民族主义立场，并声称在道义上支持蒋介石政府。对于许倬云的放弃褊狭的民族主义立场，两位恩师会首肯吗？换句话说，许倬云“对人本身的尊敬与爱护”，是对两位恩师的背叛还是超越呢？
不管对错，许倬云的结论完全出自独立思考。由于身有残疾，同伴读小学时，许倬云只能在家“杂读群书”，广泛而随意的大量阅读为他后来的知识结构奠定了一个宽厚的基础。大学时，许倬云原本读的是外文系，后又转入历史系，同时兼修了考古系和中文系，横跨了四个系，这样“兼修并学”对他后来的成长至关重要。回顾这段求学生涯，他感慨道：“我从别系中学的科目，得益良多。我撒网撒得很宽，有些有回收，而且可以触类旁通，一些散在一旁以为没有用的知识，后来都有了密切的关系。”
赴美后，他浸泡在不同文化圈宗教圈中，参加形形色色的讨论，在各式各样的理论中吸取营养，终于炼出了“第三只眼”，摆脱了前辈们的局限，看到了胡适、傅斯年等人无福欣赏到的学术风景。
尽管胡适、傅斯年对他影响巨大，但拜通识教育所赐，许倬云还是走出了自己的路：“我一辈子感激的是不同风格、途径的老师，每个人都给我一些东西，每个人都给一个楷模让我去仰慕，我也没有走任何老师的路，我走我自己的路，但每个人对我都有相当大的影响。”