在实行农村税费改革以后，尽管有中央财政的巨大转移支付，但不足以弥补乡村财政因改革引起的收支缺口。目前，乡镇财政是最困难的一级财政，而税改后乡镇财政困难状况更加突出。由于取消了乡统筹费、农村教育集资等专门面向农民征收的行政事业性收费和政府性基金、集资以及屠宰税等名目繁多的收费以后，县、乡、村财力大幅度减少。虽然通过配套的机构改革减人、减事、减支可精简一批财政供养人员，但是，县乡机构改革、人员分流要有个过程，这就造成税费改革后的一段时间内，收入相对减少而支出不减少的局面，加大县乡财政收支平衡矛盾。而且大部分转岗分流人员还要靠财政供养，村组干部工资、五保供养、农村中小学房屋维修等原来由“三提五统”解决的支出项目全部纳入财政供给范围，再加上法定的硬性支出以及政策性增支措施不断出台，以及离退休人员、优抚对象还要靠财政保障，财政实际支出不但不会减少反而呈逐步增加趋势。地区基层地方政府财政收支压力增大，财政收支缺口扩大。因此，个别地区为了填补财政漏洞，维持基层政权的正常运转，仍以各种隐性方式变相向农民收费，重新加重农民负担。这说明农民减负的基础并不牢固，防止农民负担反弹的政策机制亟待完善。
3.农村债务化解难度加大。
当前我国乡村两级的债务主要是由过去农村九年制义务教育达标、农村道路建设、农田水利基础设施建设、举办乡镇企业、小康村达标等积累起来的。改革前，这些集体债务只能通过“三提五统”和向农民摊派来偿还。取消农业税后，农村税费征收纳入法制化、规范化管理，斩断了其他部门乱收费的“黑手”，但同时也断了偿还债务的“财路”，历史沉淀下的集体债务就落到了乡村两级政权身上。村级失去收入来源，造成债务无法化解。庞大的乡村债务已成为影响农村稳定的重大隐患。根据农业部的调查，2001年我国乡级债务已经达到1776亿元，平均每个乡镇债务达400万元，典型乡镇超过1000万元，村级债务规模平均每个行政村从1990年到2002年累计超过100万元。在中西部不发达地区，几乎所有的县、乡、村都有负债，而且债务逾期不能偿还现象比较突出。如此庞大的历史债务沉淀，既是农村税费进一步改革的障碍，也是乡村管理机构改革的难题。如何防止乡村债务危机转化为行政管理危机，是各级不得不面对的一个难解课题。
4.农村公共物品的供给面临挑战。
公共品的有效供给需要有相应的收入作保证。农村税费改革以前，农村基础设施建设、农村公共物品的供给主要依靠“三提五统”、经费和对农民的集资摊派来解决，尽管这加重了农民的负担，但农村公共物品供给还有来源。税费改革后，取消“三提五统”，进一步免征或降低农业税，基层政府由于收入减少了很多，根本无暇顾及这部分产品的提供，使得农村教育、卫生、文化、乡村道路、饮水、通讯等基础设施建设缺乏资金的保障。例如，一些跨区域的基础设施工程，它的外部性较强，其受益区域已不仅仅是一个乡、一个村，而是涉及几个乡，甚至几个县。可是，这些公共品在改革后供给严重不足。现有税改强调了减少税负的绝对水平，却没有充分考虑建立健全地方公共财政体系，并为农村公共产品供给建立充足、高效的融资渠道。由谁负责农村公共物品的供给，是当前农村急需解决的重大问题。
5.“一事一议”面临现实困境。
“一事一议”是农村税费改革的一项重要配套政策。税费改革旨在减轻农民负担，规范国家、集体和农民三者之间的关系。为解决“后农业税时代”农村公共服务难题，我国政府明确规定村内集体和公益事业，要通过村民大会或村民代表大会集体讨论决定，采取“一事一议”的办法筹集资金。实行“一事一议”制度，坚持农村公益事业“一事一议、民主决定、上限控制、监督使用”的原则，不仅有利于确保农民负担不反弹，而且有利于培养村民民主参与的精神和能力，保障村民民主决策、民主管理和民主监督的权利。然而，从实践来看，“一事一议”效果却不甚理想。国家统计局农村社会经济调查总队对全国31个省、自治区、市68万个农村住户的抽样调查显示，2004年，“一事一议”筹资费人均仅16元，按人均筹资15元的上限和议办一事匡算，真正开展了“一事一议”的行政村的比例，也就是10%多一点。调查同时显示，筹资并没有随着农村税费改革的深入和“一事一议”的广泛推行而增加，与2003年的18元相比，2004年人均筹资费反而下降了129%。
农村公益事业“一事一议”的现实困境，除了制度设计本身存在问题外，也与税费改革后村组合并配套改革的推行脱不了干系，由于议事的集中性与农民分散性的矛盾，导致事难议、议难决、决难行。从2005年1月至3月对全国七省（自治区）近千户农户的调查来看，针对“您村2001年以来举行过‘一事一议’的村民会议或村民代表会议吗”的回答，农户选择“从未举行”选项比例依次为四川（601%）、山东（31%）、湖北（404%）、安徽（667%）、河南（419%）、湖南（125%）、内蒙古自治区（667%），即使在选项中比例较低的湖南，也有高达825%的农户认为“一事一议”也仅举行过一次。
6.农村教育和公益事业的发展受到影响。
在农村，教育投入占县乡财政的60%以上甚至更多，我们要发展农村基础教育，改变农村教育落后现状就需要增加教育投入；同时，在我国大多数农村农业基础设施建设、农业科技推广等也需要更多的资金投入。但是，农村税费改革取消了乡村提留、义务教育统筹和农村劳动积累工及义务工，这使得乡镇财政和村集体大量减收，在目前县乡财政保工资都困难的情况下，他们虽然将义务教育经费列入财政预算，可是对基础教育和对农业的投入根本难以保证，这样势必影响农村基础教育的发展和农田水利等基础设施建设。
另外，在取消农业税后，还出现了其他一些问题，如农村出现了“要地热”，由此引发土地纠纷增多；村组合并的实行，造成农村产权的变更以及村级债务纠纷等诸多问题；以往农业税费征收遗留问题难解决；乡镇干部职能转换尚未到位，乡镇干部和30多万的农业税征收“大军”的工作没有了对象等等。
三、深化中国农村税费改革
取消农业税所带来的问题非改革本身之错，而是过去不合理政策弊端的显性化，是改革的历史成本，不容我们回避。农村税费改革在减轻农民负担、规范农村分配体制等方面取得了一些成就，应在全国继续深入。但农村税费改革是一个系统工程，不能仅囿于农村税费改革本身，其他方面的改革也相当必要。
1.改革和完善财政管理体制。
“三农问题”是制约我国现代化建设的一个突出问题，解决这个问题，要摆脱就“三农”论“三农”的思维模式，着眼于逐步改变城乡二元经济结构，着眼于城乡关系的全面调整，把农村的繁荣放到整个社会的进步中统筹规划。我们要跳出农村这个圈子，着眼于全国，着眼于国家财政支出的不合理的管理体制，改变过去城市偏向的分配政策，创新我国的财政支出管理体制，实行城乡统筹的财政支出管理体制。加快建立覆盖农村的公共财政制度，明确界定县乡政府支出责任，加大对县乡政府的一般性转移支付力度，增强基层政府的财政实力，落实和完善财政对村级的补助政策，确保税费改革后乡村组织正常运转，提高基层公共服务保障水平。
（1）加大中央财政对农村农业的投入。加强农村道路、水利、供电等基础设施建设，对保障和促进农业农村的发展十分重要。国家要采取直接补贴与间接补贴相结合的办法，对农村农业加大投资补贴力度。国家要从财政、国债、信贷等资金方面加大对农业农村基础设施建设的支持，大型农业农村基础设施建设项目要坚持以国家投资为主。（2）加大中央、省两级政府转移支付力度，支持税费改革。在税费改革的同时要规范中央、省、市、县转移支付制度，加大对乡镇财政转移支付力度，因乡镇财政是整个财政的基础，在体制调整过程中，财力分配应适度向乡镇财政倾斜。另外，还要加强对转移支付款项的监管，应建立转移支付专项资金管理体制，以确保转移资金不被截用、挪用，使它们能够真正转移到位。（3）加强农村义务教育综合改革。义务教育是农村最重要的一种公共产品，税费改革后，教育集资被取消，教育经费列入地方财政支出，农村义务教育投资严重不足。而不断增长的教育支出需求形成较大的财政预算缺口，大大增加了地方财政的支出压力。而此次农村税费改革的“三个确保”之一就是要确保农村义务教育。国家应通过加大财政转移支付来弥补因农村税费改革而形成的义务教育经费缺口，保证农村义务教育发展的正常需要。建立农村义务教育以政府投入为主的多渠道经费筹措与管理机制，确定各级政府对义务教育经费投入的分担比例，使义务教育的经费筹措有法可依。坚决制止挪用学杂费发放教师工资的现象，确保农村中小学正常运转所需经费。另外，还可考虑鼓励和扶持社会力量多种形式办学或对农村教育进行投资。
2.建立起切实可行的监督检查体制。
（1）要用法制规范我国农村的税费改革。这次税费改革要想取得预期效果，就必须用法制规范税费改革以及用法制规范改革后的农村税费关系。高度重视农民负担监督管理，建立完善的包括监测、信访举报、检查督促、案件查处等法规、制度的农民负担监督体系，靠有效地监管机制和法律法规来防止农民负担反弹，巩固税费改革的成果。（2）加强监督检查的力度。农村税费改革是一场深刻的社会变革，涉及农民、基层组织、地方财政及有关部门的实际利益，是农村利益关系的一次重大调整，要确保成功，离不开各级党委政府的高度重视、大力支持和务实作风。在改革实施过程中，从市到县乡镇都要成立以党政主要负责人为领导的、有关职能部门参加的领导小组专门抓这项工作，层层落实领导责任制。还要特别重视建立一个切实落实到位、保持政策的连续性和稳定性、防止农民负担反弹的监督管理机制，如建立税收工作督导制度，由市向县区、县区向乡镇派出督导巡视工作组，加强对各地税改日常工作的检查、指导；还要不定期采取交叉检查、抽查、农民问卷调查等方法，进行税改工作检查，推动税收工作顺利推进。同时还要建立健全农民负担监测、信访举报、案件查处等专项制度，充分发挥人大、政协、舆论宣传等部门的监督作用，拓宽农民反映问题的渠道，形成农民负担全方位监督体系。
3.进一步完善政策方案。
农村税费改革，牵涉到方方面面，必须对此有充分的认识和重视。政策方案的设计要考虑到导致政策问题的方方面面的原因，并在政策方案中有所体现。首先，政策方案的设计要从全国范围着眼，实行城乡统筹，跳出单纯在农村范围内寻求解决农村问题的狭隘思路。其次，要增强政策方案的操作性。针对前一阶段税费改革中出现的执行难的问题，应及时调整思路，进一步完善政策方案，增强政策方案的可行性。例如要采取相应措施解决政策执行者又是政策对象本身的问题，要对“一事一议”的具体操作做出相应规定，等等。
4.改革相应的配套措施。
（1）加大乡镇债务清理力度，防范和化解乡镇财政风险。乡镇政府要制定偿债计划，采取有效措施，在已清理核实债务的基础上，按乡镇债务的来源、用途和现状，区别不同债务情况，采取多种办法进行处理和消化。对于确应由乡镇财政承担的到期债务，要按照有关规定，建立乡镇偿债准备金，分年逐步清偿；对于不应由乡镇财政承担的其他债务，要按照“谁借谁还”的原则，分别进行清偿。同时，各乡镇要严格控制新增债务，乡镇政府和财政要严格按照国家的规定，一律不准对外提供任何经济担保。乡镇经济和社会事业的发展要坚持量力而行的原则，根据财力制定发展计划，不打赤字预算，不超越自身能力盲目借债搞建设。
（2）建立新型的农村社会保障制度。农村社会保障制度是农村剩余劳动力摆脱土地束缚，成功实现转移的制度依托。没有社会保障制度对土地保障的替代，农村剩余劳动力永远无法真正离开土地成为城市居民。另外，现代经济的飞速发展和技术的迅猛进步已成为劳动力结构性失业的源头，在城市就业时时面临失业的威胁，这就更增加了失业保险等社会保障制度在农村剩余劳动力转移中的重要性。新型社会保障制度是社会化的社会保障制度，制度本身要具有经济上的可持续性，并兼顾保障范围、水平和程度的公平性。随着农村税费改革的深入，机构改革中下岗人员的养老保险、医疗保险和最低生活保障问题，一般农民群众的养老保险和医疗保险等，都提出了建立和健全农村社会保障体系的迫切要求。我国在农村的社会保障方面并不存在正式的制度安排，农民主要是靠土地、靠子女或者靠自我积累为自己提供保障。这种保障方式实际上存在着很大的风险以及不确定性，其最终结果往往是没有保障。我国政府应当针对各地区经济发展不平衡和地区间财政经济状况差异大的实际，鼓励有条件的地区探索建立农村最低生活保障制度。其他地区则坚持“政府救助、社会互助、子女赡养、稳定土地政策”的原则，建立特困户基本生活救助制度。同时，对患病的农村困难群体实行医疗救助。
（3）加快农村城镇化发展。发展农村小城镇不仅可以减小大中城市的就业压力，降低农民进城的成本和风险，提高农民进入非农行业就业的机会，更是农民与政府进入增收良性循环的根本出路。它是一条符合中国国情的农村城镇化道路，也是加快农村产业调整，促进乡镇企业发展，培育和发展农村市场，扩大内需，培育新的经济增长点，推进农村城市化、现代化、社会化进程，实现农民奔小康的一项重要的战略措施。如果小城镇的建设达到一定的规模，能够吸引农民在城镇中安居乐业，国家在农村进行基本建设的投入将会大大降低，更会促进第三产业的发展。