那个时候，宝林古寺自从经过隋朝末年的战火兵灾，已经成为废墟。于是就在古寺的原来基地上重建佛寺，礼请惠能前往住持。惠能在宝林寺住了九个多月，又被恶党寻至追杀，他就隐避在寺前山中。后来恶人又放火焚烧前山的草木，惠能勉强将身体挤进大石头的缝隙中隐藏，才得免于被害。那块石头现在还留着惠能结跏趺坐的膝盖痕迹，以及所穿衣服的布纹，因此后人称此石头为“避难石”。惠能想起了五祖曾说的“逢怀则止，遇会则藏”的话，于是就在四会避难，隐藏在猎人队中十五年。在这期间，惠能时常随机为猎人说法。猎人常令惠能守网，惠能看见禽兽落网被捕，便将它们统统放生。每到吃饭的时候，惠能就以蔬菜寄煮在肉锅中，有人问起，就说：“我只吃肉边的蔬菜。”
有一天，惠能暗自在想：“应当是出来弘法的时候了，不能永远隐遁下去。”于是惠能离开了猎人队，来到广州法性寺，遇上印宗法师正在讲《涅经》。当时有一阵风吹来，旗幡随风飘动，法师就问众人：“是风在动还是幡在动？”一个僧人说是“风动”，另外有一个僧人则说是“幡动”，两个人为此争论不休，就请法师判定，法师也无法判定就请还未剃度的惠能回答。惠能走上前回答：“不是风动，也不是幡动，是他们的心在动。”众人听到了，都十分惊异。
印宗法师问道：“行者一定不是平常人！很早就听说黄梅五祖的衣法已经传到南方，莫非就是行者吗？”惠能说：“不敢！”于是印宗法师向惠能作礼，请惠能出示五祖传授的衣钵给大家看。惠能依言出示衣钵后，又为印宗法师讲佛法。印宗法师听了惠能所说的法，心生欢喜，合掌恭敬地说：“我给别人讲经，犹如瓦片石砾；仁者论述义理，犹如那精纯的真金。”于是为惠能剃除须发，并且愿意事奉惠能为师。惠能就在智药三藏手植的菩提树下开演东山顿宗法门。
六祖大师在法性寺得到大众的拥护，次年再度回到宝林寺。由于跟随他学道的有数百人，而宝林寺的空间很有限，不够居住，六祖大师就向当时的一位大地主陈亚仙说：“我向你化缘一点地，盖房子给跟随我学道的人居住。我只要一块卧具大小的地就够了。”地主说：“这么一点地，那简单，好吧！你要哪一块？”六祖大师当下把他的坐具摊开，据《六祖大师缘记外记》记载，这坐具一展开，居然尽罩曹溪四境的土地。这位地主一看，六祖大师真是神通广大，法力无边，能够遇到这么一位神异的高僧，也不禁信心大增，于是自愿把这许多土地供养六祖来建寺安僧，弘法传道。这就是六祖大师建的道场—南华寺。
那个时候，六祖大师居住在曹溪的宝林寺，神秀大师居住在荆南的玉泉寺。当时两宗的弘化都很兴盛，人人都称“南能北秀”，所以就有了“南顿北渐”二宗的分别。
唐中宗神龙元年（705年）正月十五日，则天太后和中宗皇帝下诏书说：“朕曾迎请惠安和神秀两位大师到宫中来供养，在治理纷繁的政务余暇，经常参究一佛乘的教理。但是两位大师都很谦逊地推让说：‘南方有惠能禅师，曾受五祖弘忍大师密传衣法，是传佛心印的人，可以迎请他来参问。’现在派遣宫中内侍官薛简，带着诏书速往迎请。希望大师慈悲，迅速来京。”六祖大师接到诏书之后，上表称病谢辞，表示愿意在山林终其一生。
薛简得到指示教诲，忽然大悟，于是礼谢辞别大师，回到京师，将六祖大师的话表奏皇帝。同年的九月三日，又有诏书奖谕六祖说：“大师以年老多病辞召，愿意终身在山林中为朕而修道，真是国家的福田！大师犹如维摩诘居士，托疾居住毗离耶城，弘扬大乘佛法，传授诸佛心印，讲说不二法门。薛简回宫表奏大师所指授的如来知见，是朕积善而有余庆，宿世种下的善根，所以才能幸逢大师出世教化，得到顿悟上乘的妙理，承蒙大师法恩，当顶戴感激不尽！”同时并奉送磨衲袈裟及水晶钵，敕令韶州刺史重修寺院，赐名六祖大师的新州故居为国恩寺。
有一天，六祖大师把他的门下弟子法海、志诚、法达、神会、智常、智通、志彻、志道、法珍、法如等人叫来，对他们说：“你们和其他的徒众不同，我灭度以后，你们都是住持一方弘法教化的禅师。我现在教你们如何说法，才能不失本宗顿教法门的宗旨。”于是，六祖大师为众弟子说法，俱有记录。
六祖大师在唐睿宗太极元年（712年），也就是后来改元的延和七月时，命门下弟子到新州的国恩寺建塔，又派人催促早日完工。到了第二年夏末，终于落成。七月一日，六祖大师集合徒众，对他们说：“我到八月就要离开这个世间了，你们如果有什么疑问，须趁早发问，我当为你们解答，消除你们心中的疑惑。一旦我去世以后，就没有人教导你们了。”法海等人听了这话，都伤心地流泪悲泣，只有神会神情如常不动，也没有流泪哭泣。
六祖大师说：“神会小师却能懂得善与不善平等，不为毁谤或赞誉所动摇，不生悲哀或快乐的情绪。其他的人都做不到这一点，你们这几年在山中都修的什么道？你们现在悲伤涕泣，是为谁担忧呢？如果是忧虑不知道我的去处，我自己是知道要去哪里的；如果我不知道自己的去处，也就不会预先告诉你们了。你们悲伤涕泣，是因为不知道我的去处；如果知道我要去哪里，就不应该悲伤涕泣了。法性本来就没有生灭去来，你们都坐下来，我为你们说一首偈，叫做真假动静偈。你们诵得此偈，就能与我的心意相同；依照此偈去修行，就不会失却宗门的宗旨。”
所有的徒众都一起向六祖大师作礼，请大师说偈。偈语是这样说的：
一切万法皆非真，不要颠倒看作真。
若是当作真实看，此见完全不是真。
若能自心识得真，离了假相即心真。
自心不能离假相，既已无真何处真。
有情本来就解动，木石无情才不动。
若是偏修不动行，则同木石顽不动。
如寻自心真不动，不动自存于动中。
不动若是顽不动，无情却是无佛种。
能善分别诸法相，于第一义而不动。
只要能作这样看，此见就是真如用。
告诉诸位学道人，着力必须要用意。
勿在大乘宗门下，却仍执著生死见。
彼此谈论若相契，就应共论佛法义。
所言若实不相契，也应合掌使欢喜。
宗门原本是无诤，有诤就失真道义。
固执违逆诤论者，心性便转入生死。
当时徒众听完偈语，都一起向六祖大师顶礼，并且都体会大师心意，人人收摄散乱的心，依照正法修行，更不敢有所诤执。大家知道六祖不能久住世间，法海上座于是再礼拜六祖大师，请问道：“和尚灭度以后，衣法将要传给什么人呢？”
六祖大师说：“自从我在大梵寺说法，直到今天所说，记录流通，名为《法宝坛经》。你们守护此经，转相传授，度化一切众生。只要能依照此经说法，就叫做正法。我现在只为你们说法，不再传付祖衣。因为你们的信根都已纯熟了，决定不再存有疑虑，足以胜任弘法大事；但是根据达摩祖师传授的偈意，祖衣不应该再传。达摩祖师的偈语是这样说的：‘我来东土的本意，是为传法度迷情。一华开展为五叶，菩提道果自然成。’”
六祖大师在七月八日那天，忽然对门下弟子说：“我要回新州去，你们赶快去准备船只！”大家坚决哀请挽留，六祖大师说：“诸佛随缘应化出世，尚且还要示现涅槃，有来必定有去，这是正常的道理。我这肉身骸骨也应该有所归宿。”大众说：“师父！您现在去了新州，什么时候可以再回来？”六祖大师说：“叶落归根，生来本无法可说。”大家又问：“正法眼藏传给了什么人？”六祖大师说：“有道的人得我法，无心的人自宗通。”又问：“以后有没有事难？”六祖大师说：“我灭度后约五六年时，应当会有一个人来偷取我的头。听我预记：‘取头顶戴如养亲，为了口腹代人行，遇到满字的事难，州县当官是杨柳。’”又说：“我灭后七十年，将有二位菩萨从东方来，一位是出家人，一位是在家人，同时兴盛佛法教化，建立我的宗派，修建佛寺，昌隆法嗣。”门人又问：“自从佛祖应现以来，不知一共传授了几代？愿请垂恩开示！”六祖大师说：“应化世间的古佛，已经无数无量，无法计算了。现在只以七佛为始来说：过去庄严劫时，有毗婆尸佛、尸弃佛、毗舍浮佛；现在贤劫时，有拘留孙佛、拘那含牟尼佛、迦叶佛、释迦牟尼佛。这就是所说的七佛。释迦牟尼佛首传正法眼藏给摩诃迦叶尊者，二传是阿难尊者，三传是商那和修尊者，四传是优婆毱多尊者，五传是提多迦尊者，六传是弥遮迦尊者，七传是婆须蜜多尊者，八传是佛驮难提尊者，九传是伏驮蜜多尊者，十传是胁尊者，十一传是富那夜奢尊者，十二传是马鸣大士，十三传是迦毗摩罗尊者，十四传是龙树大士，十五传是迦那提婆尊者，十六传是罗睺罗多尊者，十七传是僧伽难提尊者，十八传是伽耶舍多尊者，十九传是鸠摩罗多尊者，二十传是阇耶多尊者，二十一传是婆修盘头尊者，二十二传是摩挐罗尊者，二十三传是鹤勒那尊者，二十四传是师子尊者，二十五传是婆舍斯多尊者，二十六传是不如蜜多尊者，二十七传是般若多罗尊者，二十八传是菩提达摩尊者，二十九传是慧可大师，三十传僧璨大师，三十一传是道信大师，三十二传是弘忍大师，一直到我惠能是第三十三代祖。从上面所说的诸位祖师，都各有所禀承。你们以后也要代代相传，不可有误。”
六祖大师在唐玄宗先天二年（713年），即开元元年癸丑岁八月初三当天，在新州国恩寺用过斋饭，告诉所有徒众说：“你们各依位次坐下，我要和你们道别。”法海说：“和尚留下什么教法，可使后世迷人借以得见佛性呢？”六祖大师开始为徒众讲法、作偈。六祖大师说完了偈语，端坐到三更时分，忽然告诉弟子说：“我去了。”刹那间示寂了。当时异香充满室内，天空白虹连属地面，树木也变成了白色，飞禽走兽都发出了哀鸣。
十一月，广州、新州、韶州三郡的官僚以及门下的出家、在家弟子，争相要迎请六祖大师的真身去供养，无法决定该往何处，于是就焚香祷告说：“香烟所指向的地方，就是大师的归宿。”当时香烟一直飘向曹溪。十一月十三日，众人把六祖大师坐化的神龛以及五祖传下的衣钵都由新州国恩寺迁回曹溪宝林寺供奉。
次年七月二十五日，六祖大师的肉身出龛，弟子方辩用香泥涂上六祖大师的真身。这时弟子们忆起六祖大师曾经说过“取头”的预记，于是先用铁片和漆布围护六祖的颈部，然后送入塔内供奉。六祖大师真身入塔时，塔内忽然出现一道白光，直冲天上，经过了三天以后才消散。韶州刺史把六祖大师的事迹报告给朝廷，皇上就敕令立碑纪念六祖大师的道行。
后果然在开元十年（722年）八月三日夜半，新罗（今朝鲜半岛）有一个出家人，名金大悲，以二千两银子买通了汝州人氏张净满，想要盗取六祖的首级，带回朝鲜供养。张净满在石角村被村民抓住，押送到韶州审问，刺史柳无忝却不知道如何判罪，因为杀人罪是指杀死活人，何况他们盗取六祖的首级，也是出于恭敬的心，想要带回朝鲜供养。不过虽然是出于好意，总是违法。后来，六祖大师的弟子令韬与金大悲私下和解，此事才算作罢了事。
六祖大师世寿七十六岁，二十四岁受五祖传衣，三十九岁落发受戒，说法利生共有三十七年，得法嗣法的弟子共有四十三人，其他开悟觉道者，无法详知其数。达摩祖师所传以为凭信的祖衣、唐中宗御赐的磨衲宝钵以及方辩所塑的六祖法相，连同大师所用的道具等，永远作为宝林寺的镇寺之宝。流传《法宝坛经》，用以显扬顿教禅门的宗旨，兴隆三宝，普遍利益一切众生。