以上的经验个案研究表明，上海市合作医疗的成功不仅有赖于政府支持，更有赖于一系列的具体制度安排或制度结构的效率特征。其中，关于政府的作用问题，财政资源的投入是重要的，但这并不是最关键的因素。政府的作用集中体现在其对农村医疗卫生服务的供给承诺，即政府愿意承担起责任，通过财政资助和镇村卫生一体化建设将农村社区的卫生防疫（如计划免疫、传染病控制等）、健康保健、疾病预防、健康档案等公共卫生服务功能落实到乡村卫生室，并以低成本或免费的形式提供给广大农民，从而有效地降低农民的发病率和提高农民的健康状况。而关于上海市合作医疗的制度经验则主要体现在以下几点。
（1） 有效地抑制了农民与村卫生室等医疗机构的寻租行为。一些解决寻租问题的成功经验模式（做法），如信息公开与检举监督，以降低各种相关方之间的信息不对称问题。许多区镇（如闵行的华漕镇）两级合作医疗机构，通过各种方式定期公示合作医疗基金的筹集、使用及补偿情况等，时刻接受社会各个阶层的监督。再如缩减或消除有关链条中的寻租空间，使之无利可图。南汇的祝桥镇大幅提高门诊的报销比例且常年上无封顶和闵行的浦江镇设置家庭或个人账户自付段的做法分别代表着两种不同的解决模式。最后，加大监督与惩罚力度，提高寻租成本。浦东新区在加强对村卫生室乡村医生的监督与考核方面制定了十分严格的办法，并且执行的力度很大。
（2） 建立了合作医疗管理机构与农民之间有效的“承诺—信念”机制。合作医疗基金管理机构和农民之间的交易机制能否有效稳定地运作下去，关键之处就在于农民对合管机构的信念（信心与信任状况）和合管机构为农民提供补偿服务的承诺。当合管机构对农民的补偿保障承诺有足够的吸引力，并且也是可信的，则农民就自动或主动地向合管机构或其经办人缴纳合作医疗保险费，以参加合作医疗保险，如浦东新区和松江一些镇已经不需要村干部和乡村医生上门收费，而是农民主动缴纳的。农民自发主动缴纳合作医疗保险费是合管机构与农民之间有效的“承诺—信念”机制确立的一个重要标志。
（3） 镇村卫生一体化或基层医疗（卫生）服务网络为合作医疗保险创造了最坚实的组织基础。镇村医疗一体化建设强化了以区县医疗卫生机构为技术指导中心，以乡镇卫生院为枢纽，以村卫生室为基础的初级卫生保健网，尤其是显著地改善了村级卫生室的设施与条件。一方面，这有助于农民获得就近的优质、低廉的医疗卫生服务。村级卫生室的医疗服务与技术水平越是提高和令农民满意，农民向镇卫生院以上转诊或就诊的人次数就会减少，就会对降低整体农民医疗费用支出有利。另一方面，村卫生室的健康保健咨询、卫生防疫、专病专防和慢性病防治方面作了大量的工作，这将显著地促进重要慢性病（高血压、肿瘤、糖尿病）的康复和普通人群的发病率的下降，从而根本上有助于减少合作医疗基金的补偿费用支出。
（4） 组织制度的多样性和灵活性成功地将合作医疗基金（补偿）风险分解并化解在各区县或乡镇，乃至村一级层面上，阻止了基金风险从镇村一级向区县甚至市一级的扩散。上海市农村合作医疗大体上遵循了“分级核算、因地制宜”的原则，建立了由政府主导，以区镇为单位，实行镇办镇管或镇村联办、农工统筹、统一管理、分级核算的组织制度模式。在分级统筹与核算方面，即有嘉定区南翔镇的三级统筹、三级核算模式，也有闵行区浦江镇的（个人）家庭账户和大病统筹相结合模式，还有类似于城镇职工医疗保险的模式。在补偿标准与范围方面，各区县乡镇更是千差万别，各不相同，但是，不论哪一种组织制度设计模式，其共同之处都是强调了合作医疗资金的严格管理，如单列项目、设置专项资金，严格报销制度与审计监督机制，从而确保各乡镇合作医疗基金不仅恪守了“以收定支”，而且还提高了合作医疗基金的运行效率，将基金完全而切实地用到对农民医疗费用的补偿上。
总之，由于制度结构的效率改进，政府与合管机构的政治承诺强化了农民对承诺和合作医疗的信心，于是，农民选择参与行为的激励大大提高，而这又进一步刺激了政府与管理机构对合作医疗的公正性和效率作进一步的监管承诺。因此，关于合作医疗的合作博弈均衡结果就出现了，即一个有效率的制度结构通过制衡机制在抑制了寻租行为的同时，也增强了参与者（农民）对组织的合作信念。