沉默权的法理基础主要包括人权至上；法律面前平等；程序公正三个方面。
1.人权至上
沉默权是资产阶级在反封建斗争中倡导人权的一部分，是为消灭纠问式诉讼方式所采取的极端措施。主张沉默权的论者的一个重要依据是，沉默权是一项自然权利，而自然权利是指人作为人而享有的权利，它在本质上是一种道德权利。沉默权的确立，在历史上被认为是“人类通向文明的斗争中最重要的里程碑之一。”它蕴涵着人权至上的价值观念。沉默权诞生时，当时的刑事诉讼充满着暴力和不人道，被指控者几乎没有任何权利，处于纠问客体的地位，在贝卡利亚所著的《论犯罪与刑罚》一书中这样描述道：“为了对付陷入矛盾的罪犯，为了使罪犯揭发同伙，为了洗涤耻辱——我也不知道这有多么玄虚和费解，或者为了探问不在控告之列的另外一些可疑的罪行，而在诉讼中对犯人进行刑讯，由于为多数国家所采用，已经成为一种合法的暴行。”这种做法在道德上缺乏对人的主体性原则的认同，只把被追诉者作为一种发现真实的工具存在于诉讼中，自然无法从根本上消除侵犯人权的弊端。即使到了物质文明和精神文明高度发达的现代，面对强大的国家权力，任何一个被追诉者无论他出身多么高贵，家藏多少财富，在此时都会感到渺小无助，无力抗拒，没有沉默权的刑事诉讼不可能是民主、法制化的。康德认为：“在行动中，要把不管是你自身的还是任何其他人的人性都永远当做目的，永远不能只当做手段。”黑格尔主张理性的基本要求之一是必须尊重他人的权利和人格，法律是设计来加强和保证这种尊重的主要手段之一。主体性原则作为一项思想原则体现到刑事诉讼中，就是要求将被刑事指控人作为有其自身目的的主体来对待，而非将其视为惩罚的对象或获得证据的工具。我们不能保证被刑事指控人具有与指控他的国家平等的诉讼力量和逻辑基础，也不能保证被刑事指控人必然是有罪之人（除非有上帝的眼睛启示），而且也不能保证我们的刑事诉讼制度在文明程度上已达到某方面上的完善。那么，赋予被刑事指控人自救的权利和指控人依靠自己的力量证实的责任就是恰当的，这也是对人的尊严和自身予以应有的重视。
2.程序公正
沉默权体现了法律程序的公平与公正。公平与公正历来被奉为法律的主旨，但长期以来人们关注的焦点往往是实体正义，而非程序正义。实际上程序正义具有与程序的结果无关的独立价值，只有这些价值得到保障，那些受程序结果影响的人才能受到基本的公正对待，只有赋予被追诉者以沉默权，他们才可以运用沉默的权利对抗追诉方的讯问，以显示他们是在平等地参与诉讼，在受到这样公平对待以后，诉讼的公正才以看得见的方式为社会所接受。正如一句著名的法律格言所说，“不仅要实现正义，而且要让人们看见正义如何实现。”
司法公正意味着一种新的价值观念控制社会机体。法律程序的产生，使冲突的解决分化为两个方面：程序和实体，在用法律取代武力解决冲突的某些场合下，程序作用的优势和实体意义的削弱就更为明显。以公正的逻辑代替武力的逻辑是法律本质的全部所在。其维护社会安定的实体功效是根据在诉讼中排除武力的程序确定的，也就是说，只有武力被排除在程序之外，程序才是合法的。现代的刑事诉讼使人们对“基本正当程序”、“公正审判”、“法律面前平等”的说法深信不疑。事实上，诉讼程序的社会作用远远大于其强制性，它影响着社会价值体系的内在心理。随着世界政治经济形势的发展，程序公正已成为一种深入人心的法律观念。美国联邦最高法院大法官杰克逊认为：程序的公正和合理是自身的内在本质。学者季卫东认为，程序的制度化标准就是要实现程序的公正。“公正的程序在相当程度上强化了法律的内在化、社会化的效果。”
3.法律面前平等
沉默权有助于建立控辩双方平等对抗的刑事诉讼构造。现代民主文明的刑事诉讼大多采用三角形诉讼构造，审判方居于顶点，控辩双方分居两边，其基本要求就是控辩双方地位平等、力量均衡。然而，在刑事诉讼现实中，双方地位却是不平等的，力量也是不平衡的，控诉方以拥有国家强制力为后盾，处于优于辩护方的地位。沉默权尽管不能从根本上扭转辩护方地位的劣势，但却显然能够加强被告方的防御力量，从而增强其与控方相抗衡的能力。何况让一个人在自我保护的同时又自己反对自己不仅在逻辑上是矛盾的，在道德上也是与人性相悖的。
如果在刑事诉讼中，一方当事人置证据事实于不顾，以武力“强迫”另一方当事人“自证其罪”，显然，这种刑事诉讼在法律逻辑上遭到了破坏。法律对私力自助的禁止产生了对衡量优势大小的法律标准的需要，一旦解决冲突的决定性标准产生，其他诸如实力、社会背景、财富等标准都变得无足轻重。为了使法律解决冲突的职能得以实现，有必要人为地创造出法律面前的平等。在刑事诉讼中，把国家视为一个拥有全部社会武力的实体，它作为控诉方，要和被称之为被告的毫无武力可言的个人平起平坐——在法律面前，强大的国家和弱小的罪犯被相提并论。法律为创造这种“平等”而制定了许多程序和规则，特别在涉及人的生命和尊严的领域，法律面前的“大致平等”就被严格的包围起来。只有在此时，沉默权在维护刑事诉讼的自主功能方面才起着决定性的作用。似乎在与国家对抗的同时，被指控人享有沉默权，成了维护法律面前平等原理的理性抽象。