（一）侵犯商业秘密行为与正当行为的界限
获取商业秘密的正当行为主要是指取得商业秘密的合法性。哪些行为属于合法取得，必须根据国家关于规范商业秘密的有关法律法规的规定去确认。一般认为有以下两种情况是属于合法取得，一是通过权利人的转让合法取得，另一种是取得人自己以其他合法手段取得。对于通过权利人的转让合法取得的情况，有两个问题值得注意：（1）合法转让人是否能成为商业秘密的权利主体，我们认为，商业秘密权可以由两个以上的合法主体所占有。只要商业秘密的合法转让人本身所取得商业秘密的方式、手段都是合法的，并且该商业秘密的合法转让人所持有的商业秘密也是合法的，那么，该商业秘密的合法转让人就可以作为商业秘密的权利主体。（2）取得商业秘密的行为人是否可以进行后续开发。我们认为，对于未经权利人同意所进行的开发和研究，应当视为对权利人商业秘密的侵犯；如果行为虽然没有取得权利人的同意，而行为人在合法获得商业秘密后只是进行研究开发，并且这些开发研究导致商业秘密被公开，不应当将其视为对他人商业秘密的侵犯。
通过下列方式取得的商业秘密可以同时拥有两个以上的持有人分别独自掌握同一商业秘密。（1）商业秘密可以同时拥有两个以上的持有人分别独自掌握同一商业秘密，因为商业秘密不要求具有独一无二的新颖性和创造性，其权利主体具有多元性，商业秘密具有可分享性，可以为多人所同时掌握。因此，行为人独立研究开发出来的与权利人相同的商业秘密，属于合法取得。（2）通过反向工程取得的商业秘密。反向工程又称为逆向工程、反向研究，是指行为人通过对产品的反复拆卸、分解、重组、核对、检查进行市场调研等方式的得出的技术和信息。由于商业秘密不像专利权那样具有独占和垄断性，采取有效措施对其所有的商业秘密进行保密是权利人的惟一手段。而反向开发并不是由知情人将其商业秘密向社会公布，没有侵犯权利人的商业秘密，应属于合法行为。（3）通过公开发行的报刊、杂志或公开使用的产品、信息或通过对其他公共场所进行观察、研究所获得的商业秘密，也属于合法取得的范畴。
（二）善意第三人的违法与否问题
所谓“善意”，是指行为人按照当时的交易情形，不可能有理由和根据知道他人无权转让商业秘密。目前，我国有关善意第三人商业秘密侵权纠纷的规定仅在《合同法》中有一条。我国《刑法》第二百一十九条列举的侵犯商业秘密罪的四类侵权或违约行为中，第一种行为所要求的主观要件是故意；第二种、第三种行为所要求的主观要件是故意或过失。这里第三人“视为侵权”的行为要求第三人在主观上出于恶意，而对于善意第三人的行为却没有规定。从司法实践看，对善意第三人的问题比较复杂，往往会遇到这类情况：一是善意第三人已一次支付了使用费，若再令其向真正的权利人支付使用费，显然有失公平，这时，侵权的第二人应将所得的使用费给付真正权利人。二是不法行为人也可以以善良的面孔出现，充分表明其善意从而达到其事实上的不法目的。三是除善良第三人有偿取得外，还存在善意第三人无偿取得商业秘密的情况。例如，侵权人违约泄漏权利人的商业秘密，是无偿泄漏给善意第三人，此时，并不存在许可合同。如何处理，我国法律没有规定。善意第三人取得他人商业秘密的行为既不构成违法也不构成犯罪。因为善意第三人主观上既不存在过错也不存在罪过责任。无过错不承担责任是刑事立法的基本原则。
（三）是否造成了重大损失
根据《刑法》第二百一十九条的规定，侵犯商业秘密罪是结果犯，即行为人实施的侵犯商业秘密的行为，只有给商业秘密的权利人造成了重大损失的结果才构成本罪，如果行为人的行为没有给商业秘密的权利人造成重大损失，即使行为人的行为具备了侵犯商业秘密罪的其他构成要件，也不能以侵犯商业秘密罪追究行为人的刑事责任。因此，侵犯商业秘密的行为是否给商业秘密的权利人造成重大损失是区分侵犯商业秘密罪与非罪的一个标准。