维也纳大学设三级学系，最低级的是学士（Baccalaureus），相当于现代的助教；第二级是硕士（Lizentiat），具备初步教学能力，相当于现代的讲师；最高级是博士（Magistn），具备独立教学能力，相当于现代的教授。当时的博士学位是在圣斯特凡大教堂举行的专门仪式上由教长亲自授予博士帽和长袍，十分隆重。大学生们根据籍贯组成4个同乡会：奥地利区、莱因区、萨克森区和匈牙利区，均有自己独特的标志，同乡会的会代表每半年参加一次校长选举。
这时期维也纳大学的学科分设神、法、医、学艺四系，神学系宣讲圣经及监察全国的宗教信仰，在大学有举足轻重的作用；法学系主要讲授罗马法，附属神学系；医学系除教学外还有相当大的监视权，公开行医须得到医学系的批准；被称为“各高贵系的奶娘”的学艺系是全体大学生前两年的预备教育，相当于现在的通识教育，教学内容是古希腊的“七艺”，教材采用亚里士多德的经典著作。同时，它还是校内师生所用书籍的检察机关。
15世纪后期，人文主义传到奥地利，维也纳大学获得新的生机。格孟登、泼厄尔巴赫和科尼希堡等教授使维也纳大学成为阿尔卑斯山北麓的数学与天文学研究中心。然而正当希望之芽初萌，战争和政局动荡使维也纳大学遭受了重创。直到1554年，新当政的费尔迪南特一世国王坚决地实行大学国家化的改革计划。国王派遣的学监成为国王在学校的代表，在大学长老会上占有一席之地；取消了博士自由讲授制，由内阁根据大学长老会的提名而任命的教授取而代之。同时对大学的投资也大大增加，聘请了一批国际知名的教授来校任教，为学艺系注入了新鲜血液，1558年还举行了“桂冠诗人”称号的授予仪式，从而开创了一个“晚期人文主义”的繁荣时期。
18世纪的教学改革使维也纳大学完全成为国立的机构，全部教学工作都置于学监的控制下，各系的教学主管由国家任命，大学的长老会分成了常务长老会和司法长老会，国家对学校重大事务有绝对控制权。中间进行了多次不同程度的改革，其中以1754年特列西娅女皇的御医斯威特对医学系的改革意义最为重大，开创了“维也纳医学派”。1784年修建了当时世界上最大最先进的综合大医院和解剖示范厅，1754年开设临床课，1789年首创妇科系，1774年兴办外科医院。一时俊彦辈出，群星荟萃，如叩诊法的发明人奥恩布鲁格、解剖学家加塞、现代助产科学的奠基人克兰茨、参与编纂医用植物药典全集的雅克金，维也纳大学医学系成为当时各国有志学医的学生心驰神往的圣地。1848年的大革命风暴不仅对世界历史和奥地利历史而且对维也纳大学都是划时代的一年，革命的浪潮冲垮了奥地利宰相梅特涅的反动统治，教育大臣图恩郑重宣布教学自由的原则和恢复学术委员会领导下的大学自治；校长和系主任从教师中选举产生，任期一年；国家派的教学总督被取消，学校同乡会也解散了。重新规定了大学学习年限，神学与法学为四年，医学为五年，学艺系提升为哲学系，成为一个独立的教学科研单位，期限为四年。1884年，具有文艺复兴时期艺术风格的大学主楼落成剪彩，成为大学管理、教学和科研的中心，维也纳大学迎来了大革命后的第一个繁荣时期。
历时四年的第一次世界大战使维也纳大学面临绝境，面对残垣断壁、腹空衣薄的困难局势，维也纳大学坚持正常的教学工作。为了让学生更多地了解世界形势，各系都举办各种报告会。从1883年开始，大学还定期举办通俗报告会，向社会开放，被认为是德国和奥地利的大学办成人教育的萌芽。战争刚一结束，维也纳大学的师生就以极大的热情投入到建设校园的工作中去，成为奥地利高校中首先复课的大学，这无疑是大学校史上光辉的一页。面对战后师资严重匮乏而学生激增的局面，维也纳大学校长和全体师生以乐观主义精神战胜了重重困难，开始重建和新建各种学术机构，1945年建立了大学国际研究所，1949年创办《维也纳大学报》。在这段恢复和发展时期，在扩充原来学科的基础上，又新建了民俗学、理论天文学、拜占庭文化和印度学等研究所。一时学术风气大盛，1965年建校600周年大庆时，来自世界各地204所大学的代表参加了庆祝活动。
20世纪60年代后，战后“婴儿潮”对维也纳大学提出了新的问题。1975年根据国会批准的“大学组织法”，维也纳大学进行了大刀阔斧的机构与行政改革以满足现代大学的要求。政府的投资也逐年增加，20世纪80年代新建了现代化的生物大楼和法学大楼，科研和教学用大型设备价值5亿先令，每年财政拨款17亿先令。全校校舍净使用面积达19万平方米。到1984年，全校共设8个系，约80个研究方向，169个研究所，共3800名教师和1600名职工，约6万名学生，成为一所名副其实的多元化巨型大学。
名扬内外
在历史上，维也纳大学曾两次成为整个欧洲的科学“麦加”。16世纪宗教改革以前，维也纳大学是罗马帝国各地区学生向往的中心，从17世纪到第一次世界大战后的200多年内，维也纳大学是东欧和东南欧的核心大学。尤其是19-20世纪更迭之际，奥匈帝国各地区及邻国约有1500名大学生在这里受到良好的教育，这些邻国的半数以上的知识分子出自维也纳大学。1848-1918年间，在维也纳大学学习的非德语地区学生占学生总数的55%。1850年招收了一批来自东方的学生。维也纳大学在奥地利全国的援外计划中占有重要的地位，为近东地区的发展中国家培养了大批人才。联邦德国境内的夫赖堡大学（1455年）、乌尔堡大学（1527年）和慕尼黑大学（1472年）在当时都是以维也纳大学为师而成立，其他邻国的大学如荷兰的莱顿大学，也都得到维也纳大学的帮助，维也纳地区的新兴高等学校更是获益匪浅。维也纳大学的胸怀是宽广的，它张开双臂欢迎来自异国他乡的留学生，外国留学生在维也纳大学学习，每学期只需1500先令的学费，而且在宽容的条件下可以申请免交。维也纳大学还为留学生成立了外国留学生服务中心、国际大学生俱乐部，这些地方都是留学生聚会场所。维也纳大学的学术气氛和文化底蕴培育出了一大批远道而来的学子；南斯拉夫现代诗歌的创始人普列雪伦（F.Prseren）曾在维也纳大学学习哲学和法律，南斯拉夫作家安得里奇（J.Andric），1961获得诺贝尔文学奖，成为南斯拉夫第一位得此殊荣的人物。德国科学家出自维也纳大学的就更是不胜枚举了，譬如德国考古学家本多夫（O.Benndorf，1838-1907年）、德国法律史学家布龙纳（H.Brunner，1840-1915年）都曾在维也纳大学攻读。维也纳大学的科学家具有与各国科学家合作的优良传统，迈特内尔（L.Meitner）教授与1994年诺贝尔化学奖获得者德国物理化学家奥托·哈恩共事近30年，于1919年共同发现了元素镤，为纪念他们的友谊和功勋，柏林成立了哈恩——迈特内尔核科学研究所。波尔茨曼教授与1903年诺贝尔化学奖获得者瑞典物理化学家阿列纽斯（S.A.Arrhenius）的合作为各自今后的成就奠定了基石。
今天，科学家的国际合作向着纵深发展，为了促进与多瑙河流域及西方一流大学的友好关系，维也纳大学每年给那些作出杰出贡献的人物颁发赫尔德奖金，这项奖金形成了一条连接中欧和东欧的纽带。
历尽六百余年沧桑的维也纳大学“犹如一棵光荣树，不论在风调雨顺的日子里，还是在灾害严重的岁月里，它依然郁郁葱葱，虽然历经狂风暴雨，她总是繁花似锦，硕果累累”。滋养她的生命之泉就是追求自由和崇尚学术的优良传统。
维大众学院中最富声誉的是医学院，在20世纪初该院曾位于世界医学之巅峰，成为当时世界医学中心——1914年诺贝尔奖得主罗伯特·巴拉尼、1927年得主尤利乌斯·瓦格内一约莱克、1930年得主卡尔·兰特斯纳、1936年得主奥托·罗维和1973年的康拉德·洛伦茨均来自该学院。目前医学院有教授77名，副教授40位，助教1077位，工作人员1023位，学生数达12782名。该院有69个系和医院，其中内科、实验病理学、生理学、药物学和皮肤病学居世界领先地位。各系研究的课题有骨髓移植、细胞生长规律、恶性肿瘤扩散、移植超速离心机对心脏的作用、人造心脏、有效的康复、慢性病和疾病新路、癫痫病研究。器官移植是该院最大的研究项目，早在90多年前，维大学者卡尔·兰特斯坦纳就着手研究这一课题。1972年在维也纳成功地移植了人体肝脏，1984年移植心脏和胰腺，1989年移植肺。现在该院移植中心是欧洲最大的肾移植中心，该项目由教授克劳斯·莱希纳尔博士负责。
在人才济济的维大里，罗伯特·巴拉尼是第一个获诺贝尔奖的人。巴拉尼1900年在该校被授予医学博士，后在法兰克福和弗莱堡从事医学研究。在第一次世界大战中，他采用新方法治疗脑中弹并获成功，因而声誉极高，1914年被授予诺贝尔医学生理学奖。
荣获诺贝尔物理学奖的艾尔文·薛定谔，1906年于维大读物理学，师从著名物理学家弗郎兹·艾克斯纳，5年后留校任职。1914年获理论物理博士资格，从事物理法则的统计作用的工作。1921-1922年受聘于苏黎世联邦技术学校，他的前任即为爱因斯坦，后辗转于柏林和牛津，直到1956年回维大。他突破经典物理学的概念，用数学物理方法演算出量子现象的公式，由于他在物理学上的突出成就，1933年他被授予诺贝尔物理学奖。
康杜德·诺伦茨是20世纪最有影响的生物学家。他不仅是行为比较学的创始人，而且也是进化论的奠基者（仅次于达尔文）。诺伦茨1928年在维也纳大学获医学博士学位，1933年完成动物学和哲学课程。1937年获动物学博士，1940年在昆尼希堡（现加里宁格勒）教授比较心理学。战后在维大任讲师，1949年主持奥地利科学院行为比较研究院。1951年赴德国巴伐利亚，1961年担任那里的行为心理学院院长。1982年再度回奥地利格律瑙继续从事行为心理研究。1973年他和另外两个同仁因在精神病学和心理学上所取得的成果荣获诺贝尔医学和生理学奖。诺伦茨一生获得大大小小奖励和荣誉无数，其中一个就是他一直是维大的聘用教授。
维大悠久的历史、严谨的学风曾造就过无数诗人、学者和科学家，成为中欧和多瑙河地区繁荣的学术研究中心。