第一节 蔡元培创造“新北大”
1917年1月4日的早上，北京大学的教职工们不畏严寒，如过去迎接新任校长那样，在校门口毕恭毕敬地排列着，夹道欢迎新校长赴任。当蔡元培乘坐的马车抵达校门口时，所有人都鞠躬低头，不敢正视。这是北大的老校规，之前的五任校长，都是从这群人的鞠躬礼前趾高气扬地走过去的。蔡元培一下车，负责接待的人员就笑眯眯地走上去，对他鞠躬，谁也没想到，蔡元培竟摘下礼帽，恭恭敬敬地还礼。随后他一边朝前走，一边向列队的人员点头问候，和颜悦色地说：“谢谢诸位，大家辛苦了！”
此举让在场的所有人都震惊了，他们从来没遇见过这样的校长。
蔡元培对北大的改革即从跨进校门的第一步开始，全方面进行教育改革，缔造出一个活力蓬勃的“新北大”，写下了中国教育史上夺目的一页。
第二节 大学者，研究高深学问者也
1916年冬，蔡元培从法国乘船回到上海，准备要应教育总长范源濂的聘请，去北京大学赴任。朋友听闻此事，都纷纷表示反对，然后就不断地向他介绍那所学校是如何的腐败，学制混乱，臭名远扬，而且混乱的根源太复杂。
北京大学就是他当年担任教育总长时，由京师大学堂更名而来的大学。这个1898年戊戌变法的产物至今腐败堕落得令人难以置信，完全不像一所大学，依旧还是政府培育官员的“预备班”。过去，在京师大学堂念书的不是京官就是贵族子弟，为更接地气，基本都由朝中高官兼任教授，所教功课很多是关于朝廷的潜规则。
尽管京师大学堂变成了北京大学，但仍是一副仅换了名头的“旧汤药”。袁世凯复辟后，北京大学依旧是京官的学园，也是攀附官吏的重要场所，校规和习惯还沿袭京师大学堂的，教授还被称作“大人”，学生依旧还是“老爷”，日积月累，学校的官僚气息是怎么改也改不掉。
蔡元培进北大是冒险的，冰冻三尺非一日之寒，北京大学长期形成的歪风邪气不可小觑。当初只有孙中山鼓励蔡元培来北大，认为蔡元培就该到北京去开展革命，主持全国性的教育机构的同时，借此契机传播革命思想，这是非常有利的。蔡元培心里很清楚，在听者无心、说多无益的情况之下，只好以身作则，以此告诉别人，他来的目的就是要改变这里，他所带来的，是新的文化、新的制度、新的礼仪，并用循循善诱的耐心，将北大的师生引导到正道上去。
在北京大学的开学典礼上，蔡元培发表讲话，给学生确定宗旨，要求学生：“诸君来此求学，必有一定宗旨，欲求宗旨之正大与否，必先知大学之性质。今人肄业专门学校，学成任事，此固势所必然。而在大学则不然，大学者，研究高深学问者也。”蔡元培开宗明义，劝说那些有“学成任事”想法的人，不必进大学，可以进入相关的专门学校就读。上大学只能是为“求学而来”。
蔡元培言辞锋利，痛指当下学校腐败的根源就是——来这里求学的人，都是抱着升官发财的思想；而教员们，不过是将学校当成了发文凭的机构，把自己的职位当成了一种官职，甚至是牟利的手段。他直言问题，不怕刚一上任就得罪人。他还砥砺教员注意学生的品行问题，要引导他们建立良好的兴趣爱好，不与混浊的风气同流合污。最后还指定了教学方式：“诸君既研究高深学问，自与中学、高等不同，不惟恃教员讲授，尤赖一己潜修。以后所印讲义，只列纲要，细微末节，以及精旨奥义，或讲师口授，或自行参考，以期学有心得，能裨实用。”
此番演讲，使坐满了人的大礼堂一片静默，听众深受教诲。从那天起，北大在不断地改变。
第三节 民主管理，建立新型校务制度
当时，北大最常见的一个陋习就是攀附。不但是学生攀附具有权贵身份的教师，教师之间也相互攀附。而对于独揽大权的校长，他们就像对待皇帝一样，阿谀奉承，察言观色，为取悦上司，而将很多问题都刻意掩盖起来。
蔡元培大胆废除一人独大的管理制度，借鉴西方管理模式，提出民主治校原则，组建由教授代表组成的学校评议会作为北大最高立法与管理机构。
评议会的成员全部由全体教授公开选举，不论资历，每五名教授中选出一人进入评议会。校长担任评议长，负责评议会各种会议的组织。凡是北大确定重大事务，如拟定章程制度、决定废立学科等，都必须经过评议会投票同意才能确定。
为确保评议会的民主、公开，蔡元培对所有人一视同仁，从不把自己当作学校的皇帝。整理教师队伍那会儿，有一位老教员悄悄来到蔡元培家，将一套四合院的地契摊在他面前，接着后退三步，拱手作揖：“还望蔡先生网开一面，在评议会上给我说些好话。”
老教员的意思很明确，只要能保住他在北大的教席，他就将这套四合院相赠，蔡元培一家人也不必在外面租房子了。
对于初到北京、两袖清风的蔡元培来说，条件确实够诱人。可蔡元培却将地契拿起来，走到老教员面前，严肃地说：“我身为校长，不能带头败坏校规，一切都得按流程办。如今我住这儿倒也习惯了，没有换房子的打算。”
老教员只好黯然而去。此后，教员为了私利而独断行事、巴结上司、贿赂的现象少了。
蔡元培最憎恨特权主义。在他上任之前，北京大学的校务会议大都用英语开会，尤其是预科班的校务会议，全部用英语发言，这样做不过是为方便那几个外国教授罢了。这样一来，其他不懂英语的教授可就难受了，他们在会议上听不懂，又不能走，以致一些老教授每逢开会干脆称病告假，设法逃避这种尴尬的会议。
第一次参加会议，蔡元培就提出校务会议一律用国语发言。外国教授当即拍案反对，理由是：听不懂国语。此时，一些懂得说英语的教授态度立刻软了，觉得过去一直是英语开会，都习惯了，换成什么语言都无妨，得罪了这些外国教授那就难办了，还和气地劝蔡元培：“用英语开会挺好，能提高教授们的口语水平。”
蔡元培并不改口，反问道：“如果我在英国大学教课，是不是因为我是中国人，他们开会时就说中国话呢？”
这话让那些洋教授哑口无言，中国教授一片叫好。从此以后，北京大学的所有会议一律用国语发言，到会人数剧增，除了那两名外国教授，人人到齐。
蔡元培提倡“教授治校”，组织了教授会，由各科的教授公开选举教授会主任，负责分管教务、规划教学工作，任期为两年。到了1919年，北大决定取消文理科科长，改为设立教务长统管文、理、法三科。
在这场选评教务长的过程中，“民主自由”的校务管理制度发挥了积极作用。当时北大的情况是文理两科的教授实力较强，文理双方的教授都对教务长这一职位跃跃欲试，还有像胡适这样的激进教授毛遂自荐，但都遭到对手的强烈反对。最后经过评议会商量，决定由各科分别推荐出一名候选人，然后三选一，由评议会进行投票选举。
“实行民主，以教授会治校，实现自由和平等。”蔡元培秉承着这一理念，将北大教员们的积极性调动起来，提高了工作效率，不仅从根本上遏制了往日的吹捧、走关系的官僚风气，还促进了学校的兴旺发展。
第四节 教育内容整合，学制全面革新
评估一所学校的好坏，主要是看这里最终出多少人才，因此，学生的学习成果至关重要。从事教育多年的蔡元培明白，当时的北京大学共设文、理、工、法、商五科，显得杂乱而难抓住重点，在资源有限的情况下，难以培养出学识全面的人才来。
结合民众科学知识薄弱的现状，蔡元培认为，倘若基础学科得不到发展，应用学科就难以得到发展，而且当时普遍存在“重术轻学”的现象。为符合国情，蔡元培将工科停办，商科改为商业学并入法科，同时扩充文理两科的专业，让北大偏重于纯粹进行研究的文理两科。
既然要将文理两科做大做强，就要将这两科推向世界学术的舞台。过去的教学内容显然是落伍的，已难以适应近代科学的发展趋势。蔡元培在教育内容上做了大调整，在吸收国学精髓的基础上，借鉴德、法知名大学的学科体系，增设了哲学、心理学、世界史等学科，综合提高学生的专业素养。
在国际上，顶尖的大学都各自有丰富的学术研究成果，因此，作为一所优秀的大学，不能照搬别人的东西。蔡元培提倡学与术分校，强化过去北大非常薄弱的研究能力，兴办各个科目的研究所，建立激发教授研究兴趣的制度，让北大变成一所不但教授学识，还不断钻研学术的文化殿堂。
经过考察与研究，蔡元培发现，中国几千年的社会发展形成了文科方面的知识很丰厚，而理科知识却非常贫乏的局面，老百姓对物理、化学等学科甚至是闻所未闻。科学发展到今天，西方的社会在理学的快速推动下，已创造了无数高科技产物，学科之间也已开始互相联系、渗透，不可分割。就好比教育学原本属于文科范畴，但是现在已开始运用于理科研究方法，如实验进行研究。地理学中也有人文、地质分支，很难简单地将其划分到文、理学科中去。由此，蔡元培认为，学生不能单科独大，只有文、理通科，才更能符合当下社会对人才的要求。
为了避免学生独偏一科，蔡元培大胆废除文、理科系别，并废除学长，设立系主任。他还发现，即使在同一年级、同一专业的学生，其才能与兴趣都不可能完全一样，假如采取模式化教学，像小学、中学那样实行学年制，肯定会抹杀学生的个性。毕竟大学不是教授基础学科的地方，来这里求学的人，都是有一定学识基础的。如果大学的学习模式变得格式化，那些学有所长的学生就难有发展机会，而那些留级的学生又必须把学过的课程再读一遍，对此自然是毫无兴趣，上课打瞌睡或者无故旷课是必然的，还会滋生一些来学校混日子、骗文凭的人，长此以往，北大的懒散风气必定不能从根本上根除。
仿效美国大学通行的做法，蔡元培废除“学年制”，采用“选科制”。“选科制”一经推出，深受师生的欢迎，因为这意味着学生可以按自己的兴趣选择学什么科目，听哪位教授的课，只要完成“学分制”的要求就能够毕业。“选科制”规定每周上一个课时，学完一年即为一个单位，本科应修满80个单位。这些课程中一半为必修，一半为选修，选修科目可以跨系选择。学生修完课程即可毕业，不必强制规定修满年限。而预科则应该修满40个单位，其中必修课占四分之三，选修课占四分之一。选科制遵循崇尚自然发展学生个性，提高学生学习兴趣的原则，为文、理科学生选修课程提供方便之门。
如此，北京大学成了一个学术自由的国度。教师自己定授课内容，根据自身的研究课题设立课程。教授一边从事研究，一边同步讲课，怎么讲，讲义如何写，都由教授自己定。学校提倡教学与研究相辅相成，教授在传授和讲解知识的过程中容易发现问题，促进课题的研究与深入思考。学校考核教授的标准就按学术研究成果和学生的选科人数来进行评估。
对于学生来说，则完全掌握了学习的自主权。学生可以根据自己的兴趣，想上哪个系的课，想听谁的课都可以，只要考试的时候去参加就行。如果学生不想拿毕业证而不参加考试，也不会有人对此进行干涉。这样就能给勤奋好学的人提供更广阔的学习空间，使那些只想来混文凭的人无机可乘。
除了基础学科，蔡元培还特别注重加强学生的美学教育，亲自讲授美学，深受学生欢迎。据说他上课时随身携带了从国外带回来的世界各国的美术作品，一边讲美学理论，一边拿出名画给学生欣赏，不忘引导提高学生的鉴赏能力，让学生感受画作中的美。刚开始上课的时候，蔡元培在第一院的第二教室讲课，教室可以容纳一百多人，随着前来听讲的学生越来越多，教室很快就挤满了，最后连授课的讲台上也站满了人。蔡元培只好搬到第二院的大讲堂去授课，没多久，大讲堂又变得水泄不通起来。
蔡元培认为，一个人只有身体健康才能产生健全的精神和健康的意志。因此，他规划在北大兴建运动场，设立体操部，规定所有学生必须参加体育课，以保证每个学生都有运动的机会。当时局势混乱，蔡元培还在北大组织成立学生军，进行军事训练，聘请军校出身的白雄远担任军事训练主任，每天早上进行军事操练，并邀请著名军事学家蒋百里为学生授课，提高学生的自我保护意识，保护自身安全。
第五节 培养学习风气，成立大学研究所
在德国留学时期，蔡元培就发觉，在一个国家里，大学往往都走在学术的前沿，充当学术的桥头堡。在德国的大学模式以及办学思想的影响下，蔡元培积极创办研究所，包括文科、理科、法科各种研究所，并于1922年成立了国学研究所。他认为有了研究项目，教师就会变得活跃，有积极性，可以避免上课只是重复讲义内容，也不会闲得无事就去其他学校兼职授课。创办研究所不但能发挥教师的才学和潜能，还可以让大学变成一个钻研学术的基地，教研相结合，还能培养学生的思考能力和研究新学术的良好习惯。而且，学校的毕业生中有志深造的可以直接升读研究所，也是对学习优异者的一种嘉奖。