24岁的梁漱溟报考北大未果。但蔡元培看见他发表的几篇关于印度哲学的论文很是精彩，说：“梁漱溟当北大学生没有资格，那就聘请他来北大当教授吧。”于是前去聘请梁漱溟来北大哲学系任职。年轻的梁漱溟诚惶诚恐，连忙拒绝。蔡元培微笑着说：“你说你教不了印度哲学，那么，你知道有谁能担当此任呢？”梁漱溟想了半天，摇了摇头。蔡元培于是说：“我们都一样，没有找到真正能够教授印度哲学的人，相互比较都差不多，还是你来吧！既然你爱好哲学，我就把许多哲学爱好者都聚到北大来，也别总想着自己是在当老师教课，你就只当与爱好者合作研究，相互切磋罢了。你看如何？”最终，梁漱溟答应来北大任教，很快成为国内著名的年轻学者。
北大新潮派学生十分反感一心想复辟、拥戴君主的辜鸿铭和刘师培，他们不断攻击这二人，想将这二人驱逐出北大。蔡元培制止了学生们的举动，语重心长地对学生们说：“我希望的是你们学习辜先生的英文以及刘先生的国学，并不是要你们跟着去拥护复辟或者君主立宪。”
陈独秀、胡适发起的新文化运动，遭到了北京不少上层守旧人士包括北洋政府的攻击，北大内部也有不少人对陈独秀的言行颇为不满。校内外的压力，最终使当年引荐陈独秀进北大的汤尔和和沈尹默也顶不住了，于是建议开除陈独秀。蔡元培听完，说：“你们不必说了，北京大学的一切事情，都包在我蔡元培一人身上，这些事情与陈独秀、胡适他们毫不相干。”
胡适与梁漱溟对孔子的看法不同，蔡元培就决定让他们二人同开一门课，让学生自由选择。
北大一名学生有些官僚习气，因此常常遭到同学们的厌恶和嘲笑。于是，不停地有取笑这名学生的小字报出现，其中就有傅斯年所写的。蔡元培知道这件事后，在一次大会上郑重地讲道：“校园中有不少同学在墙壁上贴小字报攻击某君，这是不符合做人的道理的。如果有谁对某君确实有不满的地方，你可以当面向他指出来，进行劝导。如果你们认为这种事无法劝，完全能向学校反映，这才是正确的做法。你们匿名写小字报，就算被批评的人真的有过错，对方不见得因此悔改，反而会引起报复心理，而批评的人却从此丧失了良好的品德。今天有小字报，明天就会有大字报，如此发展下去，你们的品德只会变得越来越堕落。”
湖南乡下学生马兆北（字元材）考取了北大，不想兴冲冲来到北大，却见布告栏写道：凡是新生报到，必须上交一份有北京官员签名的入学保证书。马兆北哪认识北京的官员，愤而写信给蔡元培说，本来慕名来北大，没想到北大竟然要这样签有官员名字的东西，实在是失望，并说，他宁愿退学，也不向官僚低头。于是他返回了湖南。不料，到家没几日，他收到一封信，打开一看，竟然是蔡元培的亲笔信，信开头即称“元材先生”。信内承认北大此规定确实需要改变，但改变需要教授会讨论通过才行。在此规定没有变更前，请马兆北到北大校长办公室找秘书长代为签字即可。马兆北异常感动，立刻重返北京。
一天，蔡元培和陈独秀等人在校园附近散步，听说有不少在北大旁听的学生就住在附近，就决定前往看看。他们走进一间破烂的房间，见一名青年正在看书，桌上放着两只冷硬的馒头。他们的来访吓坏了小青年，小青年说：“我是个穷学生，实在没有钱，连办理旁听证的钱都没有……”蔡元培连连摆手，说：“明天你到我办公室领旁听证吧。”语毕领着小青年到馆子里好好吃了一顿。
蔡元培潜心学问，对吃饭一事却十分随便。他的夫人说他“稀饭也吃，干饭也吃，焦饭也吃”。
蔡元培赴德国莱比锡游学，因听李石曾谈及食肉有害，正好他又读了列夫？托尔斯泰著作中关于打猎的惨状描写，于是宣布此后不再食肉，还劝告朋友寿孝天说：“蔬食有三义：一卫生；二戒杀；三节用。”并表明自己蔬食就是因为戒杀。
一次，蔡元培和学生开座谈会，问在场的学生们：“一加一等于几？”在座的学生们个个百思不得其解，以为蔡元培此问有什么高深的学问，于是都不敢贸然回答。过了很久才有一个学生鼓足勇气说：“先生，一加一等于二。”蔡元培当即大笑说：“对嘛。一加一就等于二。你们这样崇拜甚至迷信偶像，竟然连真理都不要了。”
1922年10月，北大教务会议通过一项议案，因讲义印刷需要费用，规定需要讲义的学生必须先购讲义券，然后才可得到讲义。每学期每门课收讲义费一元，平均每学期每位学生负担不过六七元。数百学生马上集合示威，反对此项规定，包围蒋梦麟总务长，要求收回成命。蔡元培闻讯，非常震惊，立即赶到现场，告谕学生必须服从学校规定。多数学生散去，但仍有一些示威学生不予理睬，鼓噪叫嚣，拥进教室和办公室，要找主张这条“可恶规定”的人算账。蔡元培告诉学生，有关讲义费的规定由他一人单独负责。他气愤极了，袖子高高卷到肘部以上，两只拳头不断地在空中摇晃：“有胆的就请站出来与我决斗。如果你们哪一个敢碰一碰教员，我就揍他！”学生在校长面前围成半圆形，蔡元培向他们逼近几步，他们就往后退几步，始终保持相当距离。往日温驯如绵羊的谦谦蔡氏，这会儿被激怒了，成了一头正义之狮。
1924年初，蔡元培在法国里昂北京饭店宴请法国中法大学董事长欧乐。欧乐见席上放有筷子和汤勺，说：“你们不用刀叉，未免不方便吧。”蔡答：“早在3000年前，我们祖先也用刀叉。不过，我们中国人是一个爱好和平的民族，觉得刀叉皆是可以杀人的凶器，吃饭时用它太不文雅，所以从商周时期就改用‘匕’(就是刀)和‘箸’(就是筷子)，以‘匕’割肉，用‘箸’夹菜。后来，由于烹饪技术改进了，就用筷子了。”欧乐说：“真是的，难怪你们中国人这样爱好和平。”
蔡元培通常就餐是喝酒不吃饭的。据程沧波回忆，在南京中央研究院时，他们一起就餐，蔡先生是不吃饭的。在饭桌上，蔡先生席位上是一暖壶绍兴酒，大概是六两。蔡先生一个人独酌，他们陪他吃饭。蔡先生酒吃完，接着吃几块烤面包。
蔡元培近古稀之年曾和同乡周作人作茶字韵的打油诗三首，其中一首特别有趣，题目是《新年，用知堂老人自寿韵》，诗云：新年儿女便当家，不让沙弥（绍兴小孩子留发一圈而剃其中边者，谓之沙弥）袈了裟。鬼脸遮颜徒吓狗，龙灯画足似添蛇。六幺轮掷思赢豆，数语蝉联号绩麻（绍兴小孩子选炒蚕豆六枚，于一面去壳少许，谓之黄，其完好一面谓之黑，二人以上轮掷之，黄多者赢，亦仍以豆为筹码。以成语首字与其他末字相同者联句，如甲说“大学之道”，乙接说“道不远人”，丙接说“人之初”等，谓之绩麻）。乐事追怀非苦话，容吾一样吃甜茶（绍兴有“吃甜茶，讲苦话”之语）。
蔡元培是位不苟言笑的学者，不过他在兴到之时，也十分风趣。有一年，他为小儿子做“汤饼会”，座中有位刚从海外归来的北大校友，笑着问他：“我出国的时候，曾经叨扰先生的喜酒，今天回来，又逢先生做汤饼会，可算口福不小。只是不明白，先生年事很高，却时有弄璋之喜，不知是何道理？”蔡元培满面春风，不慌不忙地答道：“这没有什么，无非是研究得法罢了。”此言一出，登时哄堂大笑。
每值五四，北大同学会必会盛宴同学，并奉蔡元培为上宾。年年如此，蔡颇疲惫，一次戏语邻座曰：“吾辈此日真成吃‘五四’饭矣！”
罗家伦给蔡元培校长写信，请求和蔡先生的女儿订婚。蔡先生复信一封，大意是：婚姻之事，男女自主，我无权包办。况小女未至婚龄，你之所求未免过分。这件事在北大传为笑谈。
蔡元培游历到美国时，即将到任的美国驻华公使慕名前来拜访。席间，公使请求蔡元培介绍一些北京的权贵给他认识，蔡元培一听，起身就走。过后，蔡元培气愤不已地说：“我最怕听这种臭不可闻的声音！所以一刻也不能再待下去。”
蔡元培去世后没有任何遗产，反而欠下医院1000多元医药费，甚至入殓的棺木费用都是朋友募集的。