目的——将组织中可除去的水分尽量去除，用某种介质（如石蜡）取而代之，使组织具有合适的便于切片的硬度。
脱水一般使用酒精，从低浓度到高浓度，组织自动处理机借助热力、真空、压力和振动以加强效果，可于一夜之内完成处理过程。常规石蜡切片使用的透明剂为二甲苯。
以下简单介绍常规石蜡切片的组织处理方法。
一、短时程序（用于活检小组织）（共3～4小时计）
（1）固定时间不得少于3小时；
（2）短暂流水冲洗；
（3）80％酒精浸泡；
（4）95％酒精浸泡3次，每次15～20分钟；
（5）纯酒精浸泡3次，每次15分钟；
（6）纯酒精—二甲苯溶液（等量混合液），15分钟；
（7）二甲苯，2次，每次15分钟；
（8）石蜡，3次，每次15分钟；
（9）石蜡，真空中，15～20分钟；
（10）包埋。
二、常规程序（总时间14～16小时）（组织自动处理机）
（1）80％酒精，1小时；
（2）95％酒精，3次，每次1小时；
（3）纯酒精，3次，每次1小时；
（4）二甲苯，3次，每次1小时；
（5）石蜡，3次，每次1小时；
（6）石蜡，真空中，1小时；
（7）包埋。
三、手工程序（用于较大的标本，如不能置入组织盒中者）
（1）80％酒精，1小时；
（2）95％酒精，3次，每次2小时；
（3）纯酒精，过夜；
（4）纯酒精，2次，每次1小时；
（5）二甲苯，3次，每次1小时；
（6）石蜡，2次，每次2小时；
（7）让石蜡凝固（组织仍放在石蜡中）；
（8）石蜡，真空，2小时；
（9）包埋。
组织处理的时间不可轻易缩短，否则切片、染色均会出现问题，导致诊断困难。
自动处理机有时亦会发生故障，导致组织干涸、烤焦、透明剂处理过久等等，干涸组织可用下法重新处理。
试剂：甲醛—醋酸钠贮存液
甲醛（38％～40％） 10毫升
醋酸钠 2克
自来水90毫升
甲醛—甘油工作液：
甲醛醋酸钠贮存液90毫升
甘油10毫升
步骤：
（1）干涸标本或组织块置于熔化石蜡中l小时；
（2）二甲苯，3次，每次1小时；
（3）纯酒精，2次，每次1小时；
（4）95％酒精，2次，每次1小时；
（5）流水冲洗，30分钟；
（6）置于甲醛—甘油工作液中，直至组织变软（放置时间不超过8小时，对组织无不良影响）；
（7）再按常规组织处理法处理。
透明剂处理过久的组织，可从上述第3步开始重新处理。
烤焦的组织难以重新处理。