最后，麦克阿瑟看实在挽留不住他，只好放人。接替艾森豪威尔参谋长之职的是理查德·萨瑟兰上校，他毕业于耶鲁大学，1916年从军，参加过第一次世界大战，一年前才来菲律宾任职。他英俊潇洒，聪明过人，但为人冷漠，性情孤傲，有着坚忍不拔的工作精神、精明强干的办事能力和令人钦佩的组织才能。但这些品质也使他在工作中表现出过于独立、自以为是的风格。他常常给上司挡架，越俎代庖，做出一些超出职权范围而本不该由他做的决定。这种风格有些时候是必要的，但有些时候却成为他的一个致命弱点。由于他在中间作梗，下面的军官很难同麦克阿瑟见面，结果使麦克阿瑟几乎成了一个高高在上的可望而不可即的人。1940年，第二次世界大战战火越烧越旺，规模越打越大。4月到6月，德军在两个月的时间即占领了丹麦、挪威、荷兰、比利时、卢森堡和法国，并开始轰炸英国本土。从7月起，德、意先后在北非、巴尔干采取行动，到第二年4月，德意军队在北非向东推进至埃及边境，在巴尔于占领南斯拉夫和希腊。希特勒在西方的胜利对他的东方盟友日本来说，不能不说是一大鼓舞。1940年7月近卫内阁组成后，立即制定了《基本国策纲要》和《适应世界形势演变的时局处理纲要》，重申以“建设大东亚新秩序为根本”的基本国策，并提出要尽力利用形势的变化，抓住时机，准备南进。8月1日，日本外相松冈洋右首次抛出臭名昭著的“大东亚共荣圈”概念，把东亚、东南亚、南亚及西太平洋的广大地区都划入日本的势力范围。9月23日，日军开始进占法属印度支那北部，迈出了南进的第一步。9月27日，德意日签订《三国同盟条约》，德意和日本分别承认对方在欧洲和亚洲建立新秩序的领导权。
欧洲大陆战争的不断扩大特别是法国的沦陷，大大震动了一直奉行中立政策的美国政府。罗斯福认识到，如果英国被德国打败，那么美国将成为下一个侵略目标。与其等到那时孤军奋战，不如现在援助英国使之免于灭亡，以牵制德国。因此，自1940年6月起，美国的态度开始转变，向英国提供大量的武器装备，公开支持英国与德意法西斯对抗。12月29日，罗斯福发表著名的“炉边谈话”：“如果大不列颠一旦崩溃，我们所有的美洲人都将生活在枪口之下……我们必须竭尽全力就我们所能支配的人力和物力，生产武器和舰只。……我们必须成为民主国家的兵工厂。”
3个月后，美国国会通过租借法案，该法案授权总统向对美国安全至关重要的国家，以出售、转让、交换或租借方式，提供武器和军用物资，这实际上等于介入了第二次世界战争。
对日本，美国则奉行了完全不同的政策，采取了妥协政策。罗斯福认为，在德国这个头号敌人已经占领西欧大陆的情况下，美国应将主要力量用于对付德国的威胁，打败德国之后再打日本。在打击德国的同时，在亚洲和太平洋地区采取防御战略，稳住太平洋局势，推迟或避免与日本发生直接军事冲突。这种思想就是后来著名的“先欧后亚”战略。在这种战略思想指导下，美国对日本几乎采取了一种类似大战前英法所推行的绥靖政策，企图以牺牲中国利益为代价来换取日本放弃其南进计划。美国的这种政策后被文学家称为“远东慕尼黑阴谋”。
但麦克阿瑟却不这样看，1940年3月，他写信告诉一位老友：“远东的形势极不稳定。如果有人想预测它的未来，他不是傻子就是骗子。过去的4年里，我尽了一切努力加强这个薄弱的要塞。虽然取得很大进展，但距我希望的相去甚远。”
正如麦克阿瑟预料的那样，美国避免与日本发生冲突的想法只是一厢情愿的。1941年6月苏德战争爆发，日本认为推行其“大东亚共荣圈”侵略计划已经成熟。7月2日，日本天皇裕仁主持召开了日本内阁举行的御前会议。在这次会议上，日本内阁最终确定了“不管遇到什么障碍，都要奉行向南扩张”的方针。
至此，美国终于认识到战争的危险性。参谋长马歇尔6月20日给麦克阿瑟写信：“如果形势危急，你在菲律宾的资历和经验将使你自然成为远东陆军司令官的人选。”
与此同时，华盛顿意识到菲律宾的防务力量，如同麦克阿瑟多年来所坚持的那样，不足以完成“橙色”计划。从7月开始，华盛顿采取紧急措施，迅速加强菲律宾的军事力量，先期对菲律宾陆军开战动员。大批步兵武器和给养源源不断地运往菲律宾。
美国和日本都在厉兵秣马，一场大战已经不可避免了。7月25日，日本通知美国，日军将进占印度支那南部，美国对此发出严重警告。26日，罗斯福总统宣布冻结日本在美国的一切资产，并对日本实行包括石油在内的全面禁运，禁止日本船只通过巴拿马运河。但日本不为所动，一意孤行，28日，日军用武力占领了印度支那半岛。至此，罗斯福总统、国务卿赫尔利和陆军部长史汀生都相信，日本进犯菲律宾难以避免。
7月25日当天，史汀生向罗斯福建议：“鉴于远东的形势，应采取一切可能措施增强菲律宾群岛的防御……最紧迫的措施之一就是动员菲律宾共同体的军队进入战备状态……”
两天后，麦克阿瑟正在吃早饭，一名传令兵从维多利亚一号堡给他带来两份刚译出的电传。电报都标着“紧急”的字样。一份来自马歇尔，上写道：“即日起成立一支军队称为美国远东军。这支军队将包括美军军队，在目前时期调至美国武装部队中服役的菲律宾自治领土武装部队，以及可能派至该军的其他部队。美国远东军司令部将设在菲律宾群岛的马尼拉。”马歇尔通知麦克阿瑟：“你就此被任命为美国远东陆军司令，授予中将军衔，命令于1941年7月26日颁布。”
第二份电传是由罗斯福总统亲自签发的命令，电报以醒目的字样写道：“着令远东陆军司令麦克阿瑟立即整编菲律宾共同体军队，准备应战！”
麦克阿瑟终于重回陆军。复职后的麦克阿瑟很激动，他回家告诉妻子：“我觉得自己已像匹老马又装新鞍。”
复职不久，麦克阿瑟立即着手组建司令部。他选中了马尼拉老城区维多利亚街1号楼。这是一栋建立在老城墙上的建筑物，里面的房间互通，外表平淡无奇。给人最初的印象，与其说是一处高级司令部机关，倒不如说更像一个临时的工棚。但麦克阿瑟的办公室宽敞明亮，窗户宽大，天花板上悬挂着吊扇，通风良好。室内的摆设典雅别致，既有中国的字画、屏风，又有西方奇彭代尔式的大写字台和软沙发。推开窗户，可以俯瞰到马尼拉的老护城河。放眼望去，远处的马尼拉湾波光粼粼，笼罩在紫色的薄雾中的巴丹山脉隐约可见。收到美国远东陆军成立及复职命令的电传后，麦克阿瑟电复马歇尔：“我向你保证，我很有信心成功地完成你交给的任务。”话虽然这么说，但麦克阿瑟清醒地知道，要使菲律宾达到阻止日本侵犯的目标，还有相当的差距和事情要做。
此时，菲律宾防务一片混乱，部队各自为政，为数很少的美军正规部队属于美国菲律宾军区管辖，而菲律宾本土军队则受命于菲律宾共同体；武器装备严重不足和落后，多数菲律宾军队手中使的仍然是一战中的来复枪，以及寥寥无几的大炮和108辆轻型坦克；部队缺乏统一部署，零散地分布在各地。针对这些情况，麦克阿瑟上任后，大刀阔斧，紧张备战。
麦克阿瑟组建统一的指挥机关，把星罗棋布的菲律宾群岛划分为不同的防区，统一部署兵力：
北吕宋部队：这是麦克阿瑟委与最重要任务的部队。负责防守阿帕里和维甘的着陆海滩、马尼拉以北的仁牙因湾开阔的海滩，由乔治·温赖特将军指挥。
南吕宋部队：负责控制巴丹到莱加斯皮的海岸，由琼斯将军指挥。
卢塞纳部队：防守比科尔半岛，由帕克将军指挥。
中央岛部队：由切诺尔韦斯将军指挥。
棉兰老岛部队：在威廉·夏普将军的指挥下，负责对该岛的全部防务。
驻菲律宾远东航空兵大队：其基地设在克拉克机场，由布里尔顿将军负责。
科里吉多尔港口的防务，由穆尔将军负责指挥。