罗斯福、马歇尔一致认为有必要任命一位新的盟军统帅，而且明显的候选人只有麦克阿瑟。恰巧此时，澳大利亚总理柯廷向华盛顿提出，要求麦克阿瑟前去担任新成立的西南太平洋战区司令。这样一来，双方意见不谋而合。新的历史使命，又在向这位老兵招手了。罗斯福：“美国不需要一个战死在菲律宾的上将”
在奎松离开科里吉多尔后，美国驻菲律宾的高级专员塞尔一行也撤离了该岛，麦克阿瑟成了岛上惟一的决策人物，他开始制定一项新的作战计划。根据麦克阿瑟的设想，现在巴丹的主要目的，已不是打败本问雅晴，而是和他尽力周旋，设法拖延3～5周的时间，然后冲破日军包围圈，逃到北面的三描礼士山脉的密林中去打游击。
2月21日，是麦克阿瑟的儿子小亚瑟4周岁的生日。这一天，对他来说是最近一段时期里少有的高兴的日子。也就在同一天，麦克阿瑟收到了由总统、马歇尔和陆军部长联合签署的电报，命令麦克阿瑟立即去棉兰老岛，从那里转赴墨尔本，统率所有在那里的美国部队。
巴丹战局相持不下，守军岌岌可危，随时会全军覆没。罗斯福认为，一旦麦克阿瑟这位在美国有着影响的人物落入日军手中，在政治上是非常不利于美国和盟军的，因此，必须想办法让他撤出来。
由于原来的美、英、荷、澳盟军司令部行将垮台，位于菲律宾南面的新几内亚、澳大利亚面临着新的危险。由于英国集中精力去对付印度的日军，所以，作为原来英国的势力范围的澳大利亚，就变得越来越依靠美国。罗斯福、马歇尔一致认为有必要任命一位新的盟军统帅，而且明显的候选人只有麦克阿瑟。恰巧此时，澳大利亚总理柯廷向华盛顿提出，要求麦克阿瑟前去担任新成立的西南太平洋战区司令。这样一来，双方意见不谋而合。新的历史使命，又在向这位老兵招手了。
自太平洋战争爆发以来，麦克阿瑟一直忙于应付菲律宾的危局，无暇他顾。因此，当他接到新的任命后，起初还有抵触情绪。他甚至打算辞去职务，作为一个志愿兵加入到巴丹的守军。但是，参谋长萨瑟兰等参谋人员都不赞成。他们相信，撤退到澳大利亚是最好的办法，在那里积蓄力量，再打回菲律宾也是非常可能的。
麦克阿瑟听完助手们的议论后，也感觉有道理，因此第二天就给罗斯福发去电报，表明自己愿意就任新的职务，但是由于目前战事吃紧，他突然离去，可能会导致菲律宾防线的崩溃。为此，他需要一定的时间来安排撤离。
两天后，马歇尔来电同意了他的要求，并明确电示，完全由麦克阿瑟自己决定什么时候启程。
在接下来的几天里，麦克阿瑟一直呆在马林塔坑道里。白天，他忙于在司令部那里挑选那些将来可以做为核心的随行人员。夜里，却承受着由于没有履行和士兵死在一起的诺言而产生的痛苦和有损颜面的内心折磨。
3月10日，温赖特将军被召到科里吉多尔。萨瑟兰通知他说，麦克阿瑟近日内就要离开这里，前往菲律宾最南端的棉兰老岛，从那里再乘飞机去澳大利亚。萨瑟兰告诉温赖特，将委任他为新建立的吕宋岛部队的指挥官，指挥吕宋岛的所有部队。过了一会儿，麦克阿瑟从马林隧道东端的一座灰色小楼里出来对温赖特说：“我要你告诉你的所有部下，我是因为担任新的职务才不得不离开这里的。现在，我要走了。但我会尽早回来。”
温赖特将军是麦克阿瑟西点军校的校友，比麦克阿瑟低三年级。他在校时，曾经担任过1906年级学员一队的队长，是西点军校的优秀学员。在这次菲律宾保卫战中，他战果卓著，屡建功勋，成为麦克阿瑟的左膀右臂。
临别前，麦克阿瑟紧紧握着温赖特的手，说：“守住这里，直到我回来为止。”然后送给他一盒香烟和两个刮脸盒，作为告别礼物。
3月11日，华盛顿来电告诉麦克阿瑟，他即将动身的消息已经被日本人所掌握，再次催促他立即动身。麦克阿瑟这才下定决心，于当晚启程。但他同时又决定用巡逻的鱼雷快艇冲破日军的封锁线，而不使用潜艇。这支鱼雷快艇分队，原有6艘快艇，每艘快艇长24米，艇身是用三层板和桃花心木制成，装有三部“派克”牌发动机。虽然连续的使用得不到及时的有效保养，已不能达到其设计的最高时速，但同日本海军庞大的巡洋舰或驱逐舰相比较，在速度上还是占有明显的优势。再加上鱼雷艇的前部和后部共装有16枚鱼雷，对于当时的巡洋舰来说，没有比这个更可怕的武器了。
这支快艇由巴尔克利上尉负责指挥。他由于没有同哈特将军亚洲舰队的其他舰艇撤离菲律宾，一直在马尼拉湾坚持战斗，伴着麦克阿瑟度过了坚守巴丹的艰苦日子，所以深得麦克阿瑟的尊重和信任。这一次，巴尔克利上尉更是精心做了准备，他计划采取一种菱形的编队，并利用黑暗做掩护，一旦被日本海军巡洋舰发现，则加以攻击，保护麦克阿瑟安全脱离。
3月11日晚7点15分，科里吉多尔岛。此时正是日落之时。夜幕正在降临，海水被微弱的夜风吹起阵阵细纹。一辆悬挂着四星上将徽章的吉普车，朝着碎石凌乱的科里吉多尔码头急驶而来，未等车身停稳，麦克阿瑟就跳下小车，向等候在码头上的人群走去。他面容瘦削，一言不发，径直走上了停泊在码头上编号为PT-41的鱼雷快艇。
当随行人员，包括他的夫人和儿子小亚瑟都到齐后，麦克阿瑟手握软边战斗帽朝码头挥手告别。然后，转过身来，向站立在他身边的巴尔克利上尉果断地发出命令：“上尉，可以解缆绳了。”
巴尔克利立即熟练地启动了发动机，鱼雷快艇开动起来，小心翼翼地穿过海湾出口处的布雷区，与其他三艘快艇会合后，开始在黑暗中高速南下马尼拉湾，然后，将要越过370公里波涛滚滚的大海，直下棉兰老岛。
这是一次大胆的冒险行为。在浩瀚的大洋之中，这四艘快艇显得那样的微不足道，但它们却载着一个由总司令和他的主要参谋助手组成的战区司令部。他们这是在以自己的勇敢行动，向日军封锁线挑战，去开辟另一个战场，指挥一场新的攻势。用麦克阿瑟自己的话讲：“我们必须成功，不能失败。一旦失败，任何部队都来不及支援我们。”
对于麦克阿瑟的铤而走险，日本人并不是没有预料到。自2月份以来，他们就通过“东京玫瑰”大肆宣传，要活捉麦克阿瑟，把他弄到东京的帝国广场处于绞刑。但历史却对日本人开了一个玩笑，5年后，是麦克阿瑟站在这片大洋中一艘巨大的战舰上，以盟军最高司令的身份，主持日本人的投降仪式。
而眼下，麦克阿瑟只能蜷缩身体，和他的夫人、儿子一起坐在快艇下层后舱的硬木垫子上，忍受着海浪颠簸的折磨。快艇正行驶在塔布拉岛附近。突然，岛上日军亮起了许多的白色灯光。这是敌人的信号，说明他们已经发现了有突破封锁线的征候。敌人大概已经听到了他们的发动机声音，所幸的是快艇引擎的声音同轰炸机的声音非常相似，所以快艇没有引起日军的更大注意。
凌晨3点30分，天气渐渐地变坏。飞溅的浪花猛烈地拍打在小艇的甲板上，巨大的海浪像座座山峰压向小艇，艇身剧烈地颠簸着，一会儿被抛向半空，一会儿又跌入谷底。这支小艇编队在躲过附近岛屿的日军后，已不能再保持整齐的队形了。四艘快艇只好在各自艇长的指挥下，摸索前进，渐渐地接近了日军的封锁线。艇上的紧张气氛也越来越浓。对所有的人说来，这都是一个生死未测的关头。此时，编号为PT-32号艇的旗语兵突然发现，前面出现了一个模模糊糊的黑影，他马上向艇长舒马克中尉做了报告。本来在心里就十分紧张的舒马克，判断这可能是一艘日本的驱逐舰。舒马克马上下令，将堆积在前甲板上盛满了备用油料的汽油桶抛下大海，鱼雷手打开鱼雷发射盖，做好发射准备。
顿时，32号艇上警钟声声，各战斗阵位一片忙碌。就在舒马克下达“发射”口令的一瞬间，正在接近的黑影，亮出几个灯光，旗语兵大声地喊到：“鱼雷艇，自己的艇！”
原来那正是麦克阿瑟乘坐的41号艇，真是干钧一发，危在旦夕，所有人都捏了一把汗。
第二天早上9点30分，达塔高阿延岛。这是一个由岩石组成的小岛屿，陡峭的悬崖上散布着星星点点的绿色植物，这是巴尔克利在出发前精心计划的一个中途抛锚点，4艘快艇将在这里集合隐蔽，以在白天躲过日本海军的搜索。首先抵达这里的是由凯利中尉指挥的第34号舰，麦克阿瑟的主要助手海军少将罗克威尔也在艇上。也许是海军职业所使，他指挥的小艇比其他的快艇快了许多。快艇的到达，搅乱了小岛平静的生活。当罗克威尔、凯利一行登上小岛时，岛上仅有的9户人家都用好奇的眼光，惊讶地打量着这些美国人。罗克威尔的心情仍不轻松，因为，他此行所保护的主要目标，载有麦克阿瑟的41号艇，仍然不见踪影。
原来41号艇见天已大亮，为保证麦克阿瑟的安全，巴尔克利将艇驶往附近的一个小岛，躲藏了起来。直到下午4点半，巴尔克利才小心翼翼地追赶上来，在达塔高阿延岛与罗克威尔等人会合。下午，海面上腾起一片热雾，滚滚的热浪、狭窄的空间，艇上到处充斥着令人窒息的味道。不久，舒马克上尉的32号艇也摇摇晃晃地驶了过来，在慌乱中，它将大约2728升的燃料丢进了海里，现携带的燃料已经所存无几。情况发生了突然的变化，麦克阿瑟决定除舒马克上尉留下，等待预期到达的潜艇，其余的人分成两部分，都转移到41号和34号两艘艇上。两艘快艇拥挤不堪，热得像一个蒸笼，一动不动地伏在海面上，以防备日本海军航空兵的侦察。好不容易挨到了夜幕的降临，另外一艘编号为35号的快艇还是没有露面。差点被热得晕过去的麦克阿瑟，马上下令启程，驶向下一站——棉兰老岛北部的卡加延岛。这回由罗克威尔打头阵，麦克阿瑟的41号艇跟随其后。离开科里吉多尔岛时的4艘快艇，仅经过一天的航行，就只剩下2艘继续前进了。所有的人都不知道前面是凶是吉。果然，刚从达塔高阿延岛驶出不久，一艘巨大的日本战舰就在晴朗的夜空下隐隐地向他们冲来。这回不是昨夜的虚惊，这是一艘正在这一带巡逻的日本巡洋舰，要跑，此时已经来不及了；要躲，也因离得太近而根本不可能了。两艘快艇只好关闭发动机，打开鱼雷发射器，准备以死相拼。
时间一秒一秒、一分一分地过去了，万幸的是这艘日本巡洋舰没有向他们发出任何信号，大摇大摆地从麦克阿瑟他们的航道上缓缓驶过。很明显，日本人误将他们当作是本地的捕鱼船了。麦克阿瑟再次逃过一劫。他的助手赫夫后来回忆道：那天他经历了一生当中最不可思议的事情。
连续折腾，所有人都筋疲力尽，歪倒睡着了。但麦克阿瑟毫无睡意，大约在半夜时分，他将赫夫从睡梦中唤醒，与他一起闲谈。麦克阿瑟回忆起了在菲律宾6年中所做出的种种努力，他说话缓慢审慎而又滔滔不绝。在发动机巨大的轰鸣声中，麦克阿瑟不断地向赫夫说：他一定会率领部队打回来。
3月13日清晨7点，麦克阿瑟一行历经海上的种种磨难，终于到达本次海上航程的最后一站。按事先安排的计划，麦克阿瑟在这里将转乘飞机赴澳大利亚。码头上，驻棉兰老岛的美军司令威廉·夏普准将，快步走向麦克阿瑟，行了个庄严的军礼后，紧紧地握住了这位浑身湿透的将军伸出来的大手。夏普准将对麦克阿瑟能死里逃生感到由衷的庆幸，并报告说他的部队一切都好，虽然棉兰岛南部重镇达沃被日军夺取，但棉兰岛北部防线仍是十分坚固。
当晚，夏普将军把麦克阿瑟安排在加雅甘德尔蒙的菠萝种植园下榻，并为麦克阿瑟备下了丰盛的晚餐。赫夫写道，这是他随麦克阿瑟离开马尼拉以来的最丰盛的饭菜，席间洋溢着一种庆贺劫后余生的气氛。麦克阿瑟专门走到罗克威尔海军少将和巴尔克利上尉的座位前，端着酒杯向他们说：“这一次是以真正海军作风干的，我将非常高兴而荣幸地授予全体船员银质奖章，以表彰他们在极不利的条件下所表现出的坚毅和勇敢。”
两天后，美国空军三架从澳大利亚达尔文港起飞的B-17轰炸机，在加雅甘德尔蒙一块在菠萝地里开出来的简易机场降落。飞行员在经过5593公里的飞行后，都十分疲劳。但他们一听说是要接送巴丹来的麦克阿瑟，都受到了鼓舞。他们在进行了稍稍休息，喝了几杯热咖啡后，迅速对飞机进行了检修，做好了起飞前的准备。
3月17日上午，澳大利亚巴切勒军用机场。这里位于港口城市达尔文以南31公里，是美空军达尔文基地的备用机场。一旦达尔文机场遭到空袭，那里的飞机就被紧急转移到这里。
当晚午夜时分，B-17飞机载着麦克阿瑟和他的随行人员从加雅甘德蒙起飞时，巴切勒机场就奉命做好接收飞机的准备，一架C-47运输机灌满了油料，停在机坪上，只等麦克阿瑟到达以后，立即将他送往南方。最近一段时间，达尔文港机场几乎天天遭到日军飞机的轰炸，每天都有很多本应该在达尔文起飞的飞机在这里被迫降落。