然而，作为战地指挥官的克鲁格却是个小心谨慎的将领。他是一位至善论者，注重细节，明了所进行的每一件事。他很少冒险，在行动之前希望把一切都处理妥当，没有十分把握不轻易出击。他的部队在中央平原，夹在占据山岭的尚武集团和建武集团的中间，这种不利态势使他更加谨小慎微。在战斗进行到第二周后，他开始遇到来自东面尚武集团的凶猛反扑，并部分突人他的战线。他最担心的是日军从侧翼和背后发动全面反攻，切断他与后方的联系。因此，他似乎在有意放慢推进速度，避免战线拉得太长，以等待后续部队到达，加强他的左翼和后方后再加速向前推进。麦克阿瑟对克鲁格这种按部就班的打法很不以为然。他一再命令克鲁格以第14军利用公路网和平原开阔地，向马尼拉方向快速突进，以第1军实施掩护，把日军牵制在东北部山区。他对克鲁格是如此的不满意，以至在萨特兰的建议下，曾考虑解除他的职务。在这种情况下，克鲁格于1月18日终于执行了麦克阿瑟的命令。这一下果然奏效，第14军三天内就前进了几十英里，打到距林加延50英里的打拉。与此同时，左翼第1军顽强地阻击尚武集团的进攻，在圣曼努埃尔附近与敌人的一个坦克旅展开激战。第1军的战线曾一度动摇，有被突破的危险。在这危急关头，麦克阿瑟把司令部转移到打拉，并亲自赶赴前线指挥作战，与战地指挥官一起稳定部队，终于挡住了敌军。由于在这次战斗中的勇敢表现，他被授予第3枚服务优异十字勋章。
这以后，麦克阿瑟在战场上经常跑前跑后，实际上等于一名战地指挥官了。一天深夜，肯尼到打拉向他汇报工作，两人共进晚餐，但麦克阿瑟几乎什么也没吃。于是肯尼问他怎么了，他回答说：“乔治，我累极了，吃不下去。”
肯尼在次日黎明前离开时，请值班军官代向麦克阿瑟道别，但值班军官说：“麦克阿瑟将军两个小时前已上前线了。”
第14军在经过短暂的休整后开始向克拉克机场发动进攻。经过异常激烈的战斗，终于在1月29日拿下机场，将守卫机场的日军赶进西面的三描礼示山。同时，第14军的其他部队迅速南插，于月底进至距马尼拉只有25英里的卡隆比特。
随着战役的进展，日军残害战俘的消息不断传来，这使麦克阿瑟异常气愤，想到他们在即将得救的时候要遭到不幸，他非常着急。
他指示克鲁格组织一支别动队，在菲律宾游击队的配合下于1月29日深入日军防线内35英里的卡巴纳端，把500名美军战俘解救出来。
由于克鲁格的部队在北面已经控制整个中央平原，并把日军建武集团压向巴丹半岛以北的西部山区，为加速夺取马尼拉，防止日军向巴丹半岛撤退，麦克阿瑟开始实施他的第二步计划。1月29日，第8集团军第11军3万人在苏比克湾西北海岸登陆，于次日夺取苏比克湾北岸的奥隆阿波和圣安东尼奥以东的圣马塞利诺机场，并迅速向东推进，以与第14军会合。两天后，艾奇伯格亲自指挥第11空降师在马尼拉湾以南的纳苏格布登陆，很快占领了附近机场，并向东推进，但在塔盖泰山脊遇到日军顽强抵抗。
与此同时，麦克阿瑟在林加延湾又登陆两个师的兵力，加强北面的攻势。2月1日，骑兵第1师赶到打拉，麦克阿瑟指示这个师的师长马奇：“向马尼拉前进，跳过被包围的日本鬼子到马尼拉去。”
马奇积极实施了这一命令。他抽调人员组成两支摩托化特遣部队，由威廉·蔡斯指挥，冲在大部队的前面。这两支部队以每小时30英里的速度向南疾进，在日军还未来得及炸桥之前就冲过了桥梁。2月3日傍晚，蔡斯的部队冲进马尼拉市，在惊惶失措的日军面前直奔关押战俘的圣托马斯大学，解救了3700名俘虏，并与日军进行巷战。第二天，第37师先头部队也从北面攻人市郊，救出关在比利比德监狱中的1500名战俘。
在南面，第11空降师进攻受阻后，艾奇伯格要求肯尼向他空降增援部队。2月3日，肯尼把一个旅的兵力空投给他，两军会合后于次日突破日军防线向马尼拉疾进，从南面攻到市郊的伊穆斯，但再次遭到日本海军陆战队的疯狂阻击。此前，有消息说，日军在马尼拉不设防，部队撤离市区。但日本海军坚持死守马尼拉，它的2万部队在一位海军将领指挥下拼死阻止麦克阿瑟的部队全面控制这座城市。看来，彻底夺取马尼拉必将要经过一番苦战。
2月7日，麦克阿瑟随第37师主力进入马尼拉。他做的第一件事就是前往圣托马斯大学看望被解救的战俘。当麦克阿瑟到达那里时，可怜的饿得半死的俘虏们激动得大声喊叫。当麦克阿瑟一走进营房，马上被那些情绪激动的人拥到墙边。他们衣衫褴褛，污秽不堪，泪如泉涌，仿佛用尽毕生最后的力气挤过来靠近他，握住他的手。有一个人张开双臂搂住他，一头扎在他的怀里，无所顾忌地号啕大哭起来。……他们歇斯底里地边哭边笑，所有的人都争着对麦克阿瑟说：“谢谢您！”
这些受尽磨难的战俘拉着麦克阿瑟的上衣，吻他，拥抱他。这是一个令人感动和永远难忘的时刻。……
随后，麦克阿瑟又来到比利比德监狱。那里有800名巴丹老兵，个个瘦骨嶙峋，以立正的姿势迎接麦克阿瑟。他们默不作声，似乎在接受检阅，惟一的声音是偶尔有人禁不住要掉泪的哽咽声。当麦克阿瑟缓缓地走过这些受尽折磨的老部下时，他们有气无力地几乎是耳语地对他说：“您回来了。”
麦克阿瑟回答说：“我回来晚了，但我们毕竟回来了。我尽可能快地赶到这里来，我将给你们所需要的一切医疗照顾，治愈后就送你们回国。”
同一天，麦克阿瑟发表公报，宣称：“我们的军队正在迅速夺取马尼拉，敌人很快就会被消灭。”
罗斯福、丘吉尔等盟国首脑纷纷发来贺电。罗斯福在电报中说：
“在解放马尼拉的时候，谨向您个人和您的指战员们表示庆贺。这是在远东重建自由和庄严的历史性时刻。这次战斗行动和兵力调配之迅速，使我们无限地增加了对您成功的赞赏。”
然而，麦克阿瑟公报和贺电似乎早了一个月。马尼拉还远未收复，美军在彻底占领这座城市前还不得不与日军进行4个星期的艰苦巷战。麦克阿瑟原打算乘车环城一周进行祝捷游行，但他很快就发现他所控制的地盘很有限。他很快就取消了这项活动，而是一心一意地消灭马尼拉的残敌。
争夺马尼拉的战斗是极其残酷的。日军在巴石河南岸筑有城墙的老城区建立了坚固的防线，据守主要建筑物进行拼死抵抗。肯尼曾请求麦克阿瑟允许他对守敌进行空袭，但麦克阿瑟为了减少平民伤亡没有同意。他对肯尼说：“把大炮抬上去，猛烈轰击，在城墙上打开突破口。不要着急，慢慢来，这样我们的伤亡就可降到最低限度。”
肯尼则认为，这样做会杀死城里的许多平民。麦克阿瑟回答道：“是的，我也没有其他更好的办法，日军将战斗到最后一个人，而且他们可能宁愿自杀而不投降。我也估计到他们将杀死许多百姓，但不会把所有百姓都杀死，我们将营救出大部分人。”