但猛烈的炮击仍造成大量伤亡和严重破坏。持续的炮火将一座座建筑物炸毁，共有10万平民在双方的炮击和枪战中丧生。
2月21日，美军终于冲过巴石河，打到马尼拉饭店附近。麦克阿瑟迫不及待地想要看看他在这个饭店顶层的家，亲眼看看他的住所是否还完好无损，便跟随进攻部队前往那里。但他在那里看到的是冲天大火。在硝烟中，他迈着沉重的步伐，在冲锋枪手的掩护下走进饭店，顺着楼梯向顶楼爬去。此时，楼里仍有残存的日军，每上一层都要经过一场战斗。终于到了顶楼，但映入他眼帘的除了灰烬，什么都没有了。门口躺着一具刚刚被击毙的日军军官的尸体，被打碎的两个花瓶的碎片散落在他的身旁。那花瓶还是前天皇送给老麦克阿瑟的礼物哩！费尔克洛思临走时把它们特意放在门口，好让日军看见，或许可以使他们手下留情，但事实证明这毫无用处。家里的东西不是被日军拿走，就是被烧掉了。指挥这次战斗的一位年轻军官，手里提着还在冒烟的枪，高兴地对麦克阿瑟大声喊着：“一切都很顺利，长官。”
麦克阿瑟没有想到自己原来的家被破坏如此，他的心顿时凉了半截。但令他更没有想到的是，他的一些私人物品后来被陆续找到了。
马尼拉战斗终于结束了。现在，马尼拉沉浸在一片狂欢之中。经历过这么久磨难的人们脸上终于露出了笑容，男女老少在街上纵情起舞。麦克阿瑟准备乘车环城一周，查看情况。但他的车子刚刚走上街头，立即被蜂拥而来的人团团围住。人们大声地向他欢呼，向他问好。许多人争先恐后地把手伸过来，希望同他握手。
菲律宾的最后一战
当马尼拉争夺战还在进行时，麦克阿瑟既开始了他的收复巴丹半岛和科里吉多尔岛的行动，以雪巴丹之耻。据情报部门估计，在巴丹半岛设防的日军有6000人以上，而科里吉多尔岛上的日军不到1000人，于是，麦克阿瑟便把作战重点放在巴丹方向。他命令在西海岸登陆的第11军担任主攻巴丹的任务，以一个团的兵力从奥隆阿波出发，在半岛南端实施登陆后向北推进，以另一个团协同第14军的一个团沿半岛东岸向南推进，达成对日军的包围。驻民都洛岛的第503空降团在科里吉多尔实施空降，同时第11军一部从巴丹半岛向该岛实施两栖登陆。
★麦克阿瑟在前线视察。★麦克阿瑟在马尼拉菲律宾解放了。2月14日，威廉·蔡斯指挥两个团从奥拉尼出发，开始沿东岸向南推进，结果出乎意料的顺利。半岛上的日军大大少于预计的数字，因此进攻只遇到微弱的抵抗。第二天，从奥隆阿波上船出发的那个团在半岛南端登陆，未遇任何抵抗。该团迅即向北穿插，与北面的部队遥相呼应。
16日，第503空降团2000人在科里吉多尔岛西部高地空降，同时来自巴丹半岛的约有1000人的部队在马林塔隧道附近的东面登陆。进攻部队的行动隐蔽而突然，使岛上的日军措手不及，空降及登陆行动都很顺利。到中午，两支部队既建立了坚固的立足点，并开始向日军发动进攻，但遇到激烈抵抗。他们很快发现，岛上的日军足有5000人，而非1000人。
麦克阿瑟对巴丹半岛上的战事极为关注。2月16日，他扔下正在激烈争夺的马尼拉，率部分参谋人员前往巴丹。他兴高采烈地乘坐吉普车沿半岛东海岸疾驶南下，很快便超过先头部队，远远地跑到前面去了。两辆吉普车孤零零地在前面行驶，四周常有日军狙击手。他的助手提醒他注意别被击中，他却回答说：“我的心在过去三年中已经伤透了，再中一枪也算不了什么。”
危险还不只来自地面，他还差点儿受到空中袭击。那是肯尼支援战斗的一小队飞机在发现他的吉普车后以为是日本人，准备进行扫射。幸亏在攻击前小队长多了个心眼，用无线电同地面指挥官进行核实。蔡斯知道麦克阿瑟跑到前面去了，为防止误伤而阻止了这次攻击，否则，后果将不堪设想。两天后，南北两路部队胜利会师，随即向西进击，于2月21日攻占了西海岸日军最后一个据点。
在宣布巴丹半岛被拿下的同时，科里吉多尔岛的战斗仍在激烈地进行。日军是铁了心要玉碎了，他们破釜沉舟，用炸药炸毁隧道，并向美军发起自杀性冲击。到2月26日，5000名日军除少数逃跑外，全部被击毙。
27日，马尼拉的战斗也基本结束。这一天，麦克阿瑟在高级军官们和参谋人员的陪同下，来到在战火中奇迹般地幸存下来的马拉卡南宫，举行恢复菲律宾立宪政府的仪式。此前，华盛顿方面曾向他征询对战后菲律宾管理问题的意见。麦克阿瑟的答复是，给菲律宾人民的自由与自主权应不低于战争前他们在自治政府统治下所享有的程度。他认为：“如果使人产生了美国是在剥夺自由而非扩大自由的印象，那就必然导致不幸的反响……应该注意，不要在军事行动和军事需要的幌子下把帝国主义政策引进菲律宾。”
在马拉卡南官，奥斯敏纳总统及全体内阁成员已在等候他。麦克阿瑟到了后，宣布菲律宾政府在马尼拉成立。此时，麦克阿瑟思绪万千，他写道：“对我来说，这是一个令人感慨万千的时刻。几乎每一个幸存的菲律宾大人物都到了，而我的脑海里却充满着故人的亡灵：先父、奎松、塔夫脱、伍德、史汀生、戴维斯、西奥多·罗斯福、墨菲。在这座城市里，我的母亲安息了，我向妻子求婚，我的儿子出世。”
在随后举行的仪式上，麦克阿瑟讲了话。他谈到自离开马尼拉后三年多来的苦难、战斗和牺牲，谈到盟军的胜利和菲律宾的光复。最后，他代表美国政府宣布，“将宪法规定的一切权利和责任交还给共和国政府，希望它能够建设得更好。”
讲到这里，他的声音突然哽咽了，停顿了好一会儿。他想起了那些为这一时刻的到来而阵亡了的将士们。
3月2日，麦克阿瑟到科里吉多尔岛去巡视。他有意把这一活动安排得像他三年前离开那里时一样。他在回忆录中写道：“人的一生有许多戏剧性和传奇性的时刻，我第一次访问光复后的科里吉多尔就是其中的一次。我向海军借了4艘鱼雷快艇，集合了当初所有与我一起离开科里吉多尔的人。我们沿着当初离开时的原路回到了罗克。我们是在一个阴暗的夜晚离开的，回来的时候却是阳光明媚的崭新的一天。”
在岛上破损的营房前，他受到第503空降团团长乔治·琼斯上校的欢迎。麦克阿瑟对他的战绩表示祝贺，并向他颁授了勋章。然后，他命令琼斯：“我看见过去的旗杆还竖立在那儿，让你的士兵把军旗升上去，再也不要让任何敌人把它拉下来！”
随后，麦克阿瑟向部队讲话，他高度赞扬了巴丹和科里吉多尔的保卫者。
第二天，克鲁格宣布马尼拉市已被完全占领。在一个月的激烈争夺战中，近1．7万名日军被击毙，约3000人逃跑。美军伤亡6575人，其中死亡1011人。整个城市有3／4以上的建筑物被毁，昔日的“东方明珠”已成废墟。至此，吕宋战役的主要任务已经完成，但仍有17万日军在北部山区坚持抵抗，要彻底消灭他们还需进行更加艰苦的战斗。
3月6日，麦克阿瑟把阔别5个月的妻子及儿子从布里斯班接到马尼拉。他把新家安在一座带有游泳池的住宅里。这所宅邸原是马尼拉非常富有的巴克拉克家族的财产。