随着欧战的结束和对日战争的节节胜利，美国的决策者们加紧了对日本本土进攻的准备。但在由谁来指挥这次战役的问题上，他们又遇到了那个令人头疼的老问题：是建立统一指挥还是维持现状？指挥太平洋战区的所有地面部队和战术航空兵部队
在麦克阿瑟进军吕宋之时，美国的决策者们已在考虑最后击败日本的方案和时间表，并一致认为进攻日本本土是迫使其投降的惟一手段。但有一点使他们感到不安，即对日本本土的进攻必将带来巨大的伤亡，据估计至少要损失50万人，而且要用一年半甚至更多的时间。这样，为减少伤亡、缩短战争，只有求得拥有巨大军事潜力的苏联的帮助。因此，在1945年2月4日至11日举行的雅尔塔会议上，罗斯福总统不惜以牺牲中国的利益为代价来换取苏联参加对日战争的承诺。在那次会议上，斯大林答应在德国投降后的2至3个月内参加对日作战，条件是必须维持外蒙古的现状，苏联必须取得库页岛南部及千岛群岛，大连港必须国际化，苏联可租用旅顺港为海军基地，并将与中国共同经营中东铁路和南满铁路。条件虽然苛刻了些，但罗斯福认为是值得的。苏联若能从北面发动进攻，就会对日本形成南北夹击态势，从而减轻美军的压力，加快战争进程。
雅尔塔会议结束后不久，即2月19日，尼米兹发起硫黄岛战役。他原以为他的部队会很轻松地拿下这个面积只有20平方公里的小岛，但事实证明，这场战役是海军陆战队有史以来进行的最艰苦的战役，登陆当天即阵亡2400人。在向岛上推进过程中，美军不得不在岩缝和山洞中与日军展开肉搏战。直到3月26日，岛上2万余日军才基本被消灭，比原计划的5天时间整整多了一个月，而且付出了伤亡2．6万人的惨重代价。
4月11日，尼米兹按原计划发动冲绳岛战役，开始进入掩护日本本土的最后一道屏障。这是一场更艰巨的苦战。日军在该岛驻有10万余部队，集中主力于地势险要的岛的南半部，形成以首里为中心的坚固筑垒阵地。起初，美军18万余登陆部队未遇多大抵抗即顺利登陆，但在向纵深推进过程中，日军的抵抗日益增强，战斗愈发激烈。4月6日，日军开始实施“天号”作战计划，出动大量飞机对冲绳附近海域的美军舰船进行了猛烈攻击，击沉击伤数十艘舰船。同一天，日本海军出动包括“大和”号超级战列舰在内的10艘军舰装载只够单程航行的燃油驶出獭户内海，准备实施一次自杀性攻击：在美军登陆海滩冲岸搁浅，然后进行集中炮击，直至弹药耗尽或被击毁为止。然而，当这支舰队于次日驶到九州西南海域时，即遭到斯普鲁恩斯所率第5舰队舰载机的猛烈攻击，“大和”号及另外3艘军舰当即被击沉，2艘遭重创，其余4艘逃回基地。4月18日，美军占领冲绳北部，但对南部的进攻却几次受挫，双方陷入僵持局面。
与此同时，麦克阿瑟自作主张，把菲律宾的战事从吕宋岛扩大到其他岛屿。此前，参谋长联席会议曾指示，把解放其他岛屿的行动交给菲律宾游击队。然而，日军迫使马尼拉遭受毁灭的举动使麦克阿瑟不顾一切地决心尽快并亲自收复菲律宾各岛。另外，当时驻莱特和民都洛的第8集团军并无其他作战任务，因此，参谋长联席会议也就默许了这一作战行动。按照麦克阿瑟的想法，克鲁格的第6集团军应该把吕宋岛上的日军“赶进山里，牵制它，削弱它，而我方主要力量放在可以使用更多兵力的地区”。于是，他硬是从已很吃紧的克鲁格那里抽出两个师加强给艾奇伯格，令后者向南发动一系列登陆作战。
2月28日，艾奇伯格首先在巴拉望岛登陆，随后又相继在棉兰老岛、班乃岛、内格罗斯岛、宿务岛、保和岛、巴西兰岛、霍洛岛和塔威塔威群岛登陆。到4月中旬，除棉兰老岛上还有若干日军据点未拔除外，菲律宾中、南部岛屿基本被解放。在总计38次登陆作战中，无论其规模还是其激烈程度都不很引人注目，进展也较顺利。虽然有几个岛屿（如宿务、棉兰老）防守较严、战斗较艰苦，但由于此时的日军大本营已认定菲律宾势在必失，因此它的注意力已由外围转向本土防御，几乎未再给菲律宾战场以空中和海上支援。而且，根据新的战术原则，日军守备部队已不在水陆滩头进行拼死抵抗，而是尽可能死守城市和据点，迫不得已时就将其炸毁。结果，大批日军撤守山区，不少人死于饥饿和疾病，少数人一直坚持到战争结束甚至更晚。
相比之下，克鲁格在吕宋岛上的战斗则要艰苦得多。马尼拉被拿下后，山下奉文仍有约17万部队在岛上的3个山区抵抗。其中山下亲率的尚武集团12万人在北吕宋山区，振武集团4万人在马尼拉以东山区，建武集团1万人在克拉克以西沿海山区。克鲁格面对的是太平洋战争中美军所遇到的最大一股日军集团，他在兵力受到削弱、部队疲惫不堪的情况下，最大限度地发挥火炮的优势，以推土机和坦克开道，一步一步地向前推进，先把日军赶出碧瑶地区，然后于5月下旬突破通向卡加延山谷的巴莱特隘口，把敌人压向狭窄的马德里山区。
当艾奇伯格基本结束在南菲律宾的战斗时，麦克阿瑟又向参谋长联席会议提出使用第8集团军南征婆罗洲的计划。这一建议引起了澳大利亚军方的强烈不满。布莱米将军抱怨说，他的部队被留在后方的新几内亚、新不列颠和布干维尔收拾残局，而美军却在前方独享胜利果实。为了平息澳大利亚人的怒气，麦克阿瑟不得不做出让步，改用澳新军团去实施婆罗洲战役。5月1日，以澳军为主力的1．8万登陆部队在婆罗洲东部的打拉根登陆，开始了麦克阿瑟称之为“双簧管”的战役。
正当太平洋战场激战正酣之时，其他战场的战事已相继宣告结束。4月上旬，东线苏军和西线盟军对德国实施了连续的大规模进攻，并在易北河胜利会师。4月16日，苏军以250万人发起强大的最后击败德国的柏林战役，于4月30日攻占国会大厦。就在这一天，那位骄横狂妄、凶残暴戾、恶贯满盈、不可一世的法西斯元凶希特勒，在他的总理府地下室与其新婚妻子绝望自杀。5月2日，柏林城防司令魏德林率残部投降。5月8日，凯特尔元帅代表德军最高统帅部签署了无条件投降书。在意大利，墨索里尼的下场比希特勒的还要惨，他在逃往德国途中被游击队俘获，于4月28日被处死，尸体被倒挂在电线杆上。在亚洲战场的缅甸，盟军在取得缅北反攻战役胜利后迅速南下，于5月2日收复仰光，从而结束了在缅甸境内的作战行动。
随着欧战的结束和对日战争的节节胜利，美国的决策者们加紧了对日本本土进攻的准备。但在由谁来指挥这次战役的问题上，他们又遇到了那个令人头疼的老问题：是建立统一指挥还是维持现状？维持现状显然不可取，因为作战目标只有一个。但若建立统一指挥，这个指挥者是麦克阿瑟还是尼米兹？按原来的作战区域划分，日本在尼米兹的管辖区内，但进攻日本又主要是陆上作战，陆军部和麦克阿瑟都不愿在其中充当配角。最后，罗斯福做了这样的折中安排：在进攻日本的作战中，麦克阿瑟将指挥太平洋战区的所有地面部队和战术航空兵部队，尼米兹将指挥包括第7舰队在内的所有海军部队。两个人谁也没当上总指挥，他们原来的各自独立的指挥权实际上让参谋长联席会议收了回去。这种安排于4月3日由参谋长联席会议以指令形式下达给麦克阿瑟和尼米兹。附带的一项指示是，目前两个人仍按旧的指挥关系完成各自的战斗任务，如何过渡到新的体制，应逐步进行，共同协商。
4月13日，萨特兰代表麦克阿瑟前往关岛会晤尼米兹，商讨过渡事宜。萨特兰告诉尼米兹，麦克阿瑟建议尽可能快地全部接管尼米兹指挥的地面部队。但尼米兹希望在地面部队完成作战任务后再交给麦克阿瑟指挥，以免引起混乱，影响任务的完成。他还谢绝了麦克阿瑟请他负责西南太平洋战区海上作战指挥的建议，只同意像原来那样承担支援任务或把直接参战的部队调归麦克阿瑟指挥，以免给人以事实上成为麦克阿瑟部属的印象。结果，萨特兰空手而归。这以后，双方参谋人员又进行了多次接触，仍无结果。最后，尼米兹于5月15日亲赴马尼拉与麦克阿瑟直接商谈。在两天的会晤中，尼米兹发现麦克阿瑟还是通情达理的。他们解决了绝大部分遗留问题，一致否定了任何地面部队不得归海军将领指挥的提法，共同签署了进攻日本的作战计划，规定进攻部队只由一名指挥官指挥，着陆时由海军将领指挥，着陆后由陆军将领指挥。5月25日，参谋长联席会议发布进攻九州的“奥林匹克”计划和进攻本州的“王冠”计划。前者将于11月1日由克鲁格的第6集团军实施，后者将于12月1日由艾奇伯格的第8集团军和欧洲调来的第1集团军实施。
此时，冲绳战役终于打破僵局。巴克纳中将指挥他的第10集团军从东、西两翼迂回，对日军主要防御阵地形成包围态势。其间，哈尔西再次换下斯普鲁恩斯，指挥第3舰队摆脱了对冲绳岛的被动防御，于6月初对九州进行了空袭。不幸的是，台风再次袭击了第3舰队，“匹茨堡”号巡洋舰被打掉了舰首，其他32艘舰只也受到程度不同的破坏，142架飞机被摧毁。这次台风袭击使哈尔西再遭非难，差点被解除职务。6月22日，冲绳岛战役终于宣告结束。在这场长达83天的战斗中，日军约有9万人被击毙，1万人被俘，另有10万平民被打死。美军伤亡约6．5万人（其中亡1．3万人）；26艘军舰被炸沉，368艘被炸伤。美军在这次战役中的损失超过了太平洋战争中的历次战役。虽然付出了这样高的代价，但夺取冲绳的战略意义却是巨大的，它使美军获得了进攻日本本土的立足点，并可加强对日本的战略轰炸和海上封锁。最重要的是，它迫使日本面对不可避免的失败而不得不采取早日投降的对策。
在西南太平洋战区，婆罗洲战役仍在激烈地进行。离预定的进攻日本本土还有5个月时间，麦克阿瑟在马尼拉几乎无事可做。他不甘寂寞，决定亲临婆罗洲前线进行巡视。6月3日，他在艾奇伯格陪同下登上“博伊西”号巡洋舰南下。他们大致沿着1942年逃出科里吉多尔时的路线，先到民都洛，然后到棉兰老，接着又去了宿务、内格罗斯和巴拉望。艾奇伯格中途返回棉兰老，继续指挥那里的战斗，由肯尼接替他陪麦克阿瑟前往婆罗洲。6月8日，麦克阿瑟一行离开巴拉望，前往文莱视察将在那里进行的登陆。
6月10日，澳军在未遇多大抵抗的情况下顺利登陆，并向腹地推进。登陆两小时后，麦克阿瑟和肯尼等也上了岸。附近仍有日军不断射击的枪声，这使肯尼感到非常紧张。但麦克阿瑟却无所顾忌地大步往前走，显得很开心，还不时地同士兵们交谈。这时，一位一直跟在麦克阿瑟身旁的摄影记者被敌人的一颗子弹击中了肩膀，肯尼借此强行把麦克阿瑟拉回到舰上。第二天，他们又上了岸，刚刚到一个丛林深处，便被一位澳大利亚军官挡住了去路。麦克阿瑟表示抗议，仍要往前走，但那位军官就是不放行，并大声说：“将军，我们是在敌人的火力范围内。”
麦克阿瑟毫不在乎，一边往前走一边说着：“如果你看不见他们……你就不能打击他们。”这位试图拦阻麦克阿瑟的军官也无可奈何，他转向惠特尼，咧开嘴笑了笑说：“这是我生平头一回听说一位总司令当尖兵。”
结果，他们在附近转了一圈，最后觉得再没什么可看的了，才返回“博伊西”号。
6月12日，“博伊西”号经和乐岛和棉兰老北返。麦克阿瑟回到马尼拉后，正赶上哈尔西从莱特前来见他。这是他们一年来的首次会面，自然异常高兴，一起共进了午餐，并谈起仍在进行的冲绳岛战役。麦克阿瑟批评这次战役代价太高，太浪费，认为与其用正面强攻去消灭敌人，不如以逸待劳，建立防御阵地，将敌人困死。哈尔西则批评斯普鲁恩斯对舰队的使用不当，认为他不是用其对日本本土进行战略袭击，而是束缚于冲绳附近进行消极防御。他们谈得非常投机，情绪都很激昂。
6月中旬，澳军在打拉根登陆成功后，开始准备在婆罗洲的巴厘巴板实施第二次也是最后一次登陆作战。巴厘巴板是著名的石油产地，日军在此建有最坚固的水际滩头防御工事，布设了大量水雷和障碍物，并在岸滩后面的高地上配置了火炮以封锁滩头阵地。为摧毁这些工事和障碍物，盟军在登陆前16天就开始了舰炮火力准备，共发射16万发炮弹，为西南太平洋部队实施预先火力准备时间最长、规模最大的一次。期间，扫雷艇和水下爆破队完成了登陆水域的清除任务。6月27日，麦克阿瑟为观看巴厘巴板的登陆情况而再次乘“博伊西”号南下。