德国被分成四个占领区，而日本仍是一个完整的国家。作为盟军最高司令官，麦克阿瑟是一个拥有7500万人民的国家的绝对统治者，他是独裁者，是殖民地总督，是日本幕府时期的将军，是沙皇——他拥有至高无上的权力。“把我们的国旗展开，让他在东京的阳光下飘扬吧！”
投降仪式结束后，麦克阿瑟并没有立刻动身前往东京，他和他的总司令部在横滨的新大饭店又住了一个星期。像过去每次成功地实施一次大的战役行动后一样，他需要一段时间休整，以便平静一下自己激昂的情绪，并从思想上为下一战役做好准备。
对于盟军总司令而言，尽管这一切还仅仅是一个起步，但是这一步是非常成功的。良好的开端是成功的一半。有了这一成功的开端，他对今后的一切更加充满了信心。作为一个久经沙场的老兵，他在内心上与士兵是相通的。在这辉煌胜利的顶峰，他不能不想起那些跟随他冲锋陷阵，尤其是那些长眠于地下的将士们。每当他闭上眼睛躺到床上时，脑海中就浮现出过去的一幕幕：巴丹的散兵坑、科里吉多尔的炮洞；那些在陆地上、海上、空中，在沼泽地里、丛林中、炎热的沙滩上、冰冷的海水里，在弹痕累累的道路上、没膝的泥泞中、湿淋淋的壕沟里倒下的将士们一个个又浮现在他的脑海，使他不能不黯然神伤，有时不禁老泪纵横。
当然，这几天里麦克阿瑟考虑得最多的还是盟军司令官今后的职责。新大饭店六层那铺着猩红色地毯的走廊不断传来他沉闷的脚步声。他嘴上仍叼着那根玉米芯烟斗，不停地吸着。点上，点了又熄。火柴划了一根又一根。有时直到凌晨一二点钟，那沉重的脚步声还在楼道中回响着。
对于军事占领，麦克阿瑟并不陌生。第一次世界大战结束时，他曾作为“彩虹”师指挥官在莱茵河西岸驻防。他亲眼看到以前那种军事占领形式所造成的根本性的弱点：文官权力为军事权力取代，人民失掉自尊和自信，不断占上风的是集中的专制独裁权力而不是一种地方化的和代议制的体制，在外国刺刀统治下的国民精神状态和道德风尚的不断下降，占领军本身由于权力弊病渗入他们队伍之中，并产生了一种种族优越感而不可避免地堕落下去。
他清醒地意识到，任何占领状态持续过久，或因为开始时的不小心，一方就会变成奴隶，另一方则会变成主人，结果将是不幸的。
还是在西点军校时，麦克阿瑟就认真研究过亚历山大、凯撒和拿破仑等人的传记。尽管这些名将无疑都是伟大的，但作为占领军的领袖，他们又都无疑犯过重大的错误。从这些伟人身上，麦克阿瑟得出结论：几乎所有的军事占领都孕育着未来的一场新的战争。
他还回忆起早年他父亲曾给他说起过的教训，这些教训是老麦克阿瑟在任菲律宾军事长官时积累的。现在对于他来说，这些教训是最珍贵的了。
这期间，麦克阿瑟仔细阅读了有关材料，对未来怎样行使占领军司令的职责在心理上也更有底了。
日本民族在战争中的表现是残忍的，但它也有其诚实的一面，麦克阿瑟认识到这诚实的一面正是自己行使职责的基础。他在心里对自己说道：世界形势的潮流可能有涨有落，古老的帝国可能死亡，新的国家可能诞生；同盟可能发生、发展、衰落和消亡。但经济的增长和繁荣，社会的公正与和平，是人类的共同目标。在把古老的日本帝国导向这正义之途中，自己要发挥出史无前例的作用。
经过一段时间的平静和思索之后，麦克阿瑟决定动身前往东京，去行使自己的职责。9月8日，他的车队出发了。从横滨到东京22英里的路使他再次目睹了战争所造成的悲惨景象。城镇变成了一座巨大的废墟，几乎没有一幢完整的建筑。街道上到处是碎砖、烧得黑糊糊无法分辨的东西以及巨大的弹坑。硝烟虽然已经散去，但空气中仍然弥漫着一种焦糊的气味。田野里一片荒芜，在这收获的季节里并无多少庄稼可收获。一块块整齐的田地里长满了蓬乱的篱草，一路上不仅很少见到行人，就是连牲畜也很少见。偶尔见到几个匆匆赶路的人，一律穿着破旧的军服，满脸憔悴的样子，一看便知道是刚刚遣返的老兵。
坐落在东京繁华地段的美国大使馆，是建于胡佛总统时代的一处巨大而豪华的建筑。它占地有两个足球场那么大，前后三幢建筑，中间还有一个不小的花园。现在，除了使馆的办公大楼一角被炸塌外，其他建筑都完好地保存了下来，这不能说不是一个奇迹。
★被美军飞机轰炸后的神户。★麦克阿瑟与马歇尔（左）步出位于东京的总部大楼。麦克阿瑟的车队直接驶进使馆的大院。第11空降师的一支仪仗队已在院内排成了检阅队形。麦克阿瑟在军乐的伴奏下钻出他的汽车，健步登上遭到轰炸的办公大楼的台阶。
站在台阶上，麦克阿瑟转身对艾奇伯格说的第一句话是：“把我们的国旗展开，让它在东京的阳光下光荣地飘扬吧！”
这面国旗仍然是1941年12月7日在国会大厦上空飘扬的那面。那天，它飘扬在“密苏里”号战舰上。现在它又飘扬在东京的上空。
随着国旗的升起，《星条旗永不落》的歌声立即响彻在大使馆的院子里，传向了东京市区……
艾奇伯格回忆说：“在那一大群军人中，许多人的眼睛都湿润了。麦克阿瑟紧紧地盯着星条旗，眼眶里闪现出晶莹的光。”
大使馆最后面那幢建筑被选作麦克阿瑟的私人官邸。战争期间，日本人没有占领美国大使馆。自从美国外交官从日本撤出后，这里就一直空着。因此，使馆里到处都是乱糟糟的，灰尘积有寸把厚，家具早已破烂不堪，许多房间地板上的积水没及脚骨。
麦克阿瑟在这乱糟糟的使馆中涉水而行，到处察看了一下。士兵们正在加紧收拾房间。忽然，他在一个房间的墙壁上发现了一幅完好的乔治·华盛顿的画像，这使他十分激动。他后来写道：“它使我激动得难以言表，它竟能在那里静静地等候着美国武装力量的到来，这似乎是非常合适的。”
后来，他把这幅画重新装帧了一下，挂在办公室的墙上。
收拾使馆还需要几天的时间，麦克阿瑟在东京找了一处临时住宅住着。渐渐地，战前使馆的佣人和花匠们都陆续地回来了，他们小心翼翼地从后门进出，采办各种生活用具。花匠们则很快从外面移来各种花草，不久使馆里就出现了新的生机。到9月中旬，使馆已收拾得可以住人了。于是，麦克阿瑟派人去马尼拉接自己的家眷。
费尔克洛思带着小亚瑟和阿珠，还有一位家庭教师于9月19日乘飞机到达厚木机场。那天麦克阿瑟亲自去机场迎接，他没有带任何武器，同去的只有一个司机。
看见沿途有日本士兵在执勤，费尔克洛思不禁担心地问道：“安全吗？”
麦克阿瑟回答道：“绝对安全。”
就这样，麦克阿瑟又在东京安下了新家。由于使馆的办公大楼被炸毁了，麦克阿瑟只得在使馆附近东京商业区选了一幢大厦作为他的司令部，这本是一家日本保险公司的办公楼。后来，人们都把这幢大厦称为“一号大楼”。这座楼的对面就是天皇皇宫的护城河，皇宫已在轰炸中烧成一片废墟。
麦克阿瑟的办公室设在这座楼的六层。他的私人办公室很简朴，这是一间胡桃木镶壁、带空调的小房间，以前是间储藏室，只在一面没有门的墙上设有一扇窗户。屋中的摆设有一套皱皱巴巴、垫得又软又厚的皮面沙发，以及一张普通的桌子，上面盖着绿呢台布。有一个正面是玻璃门的书橱，内装军事条例等一类书籍，还有一张烟桌，上面放有50个烟斗和一个烟丝碗。屋中没有电话。墙上除了挂有那张华盛顿的画像外，旁边还有一张林肯的画像，画像下面是一张字幅：
“假如要我去解释——不要说去回答——所有对我的攻击，这个铺子还不如关了去干别的生意。我尽全力去干我知道怎样干和我能干的事情。我打算这样一直干到底。如果结局对我是美满的，别人攻击我的话就一文不值。如果结局对我是悲惨的，即使10个天使担保我是正确的，也无济于事。”
在这里，麦克阿瑟开始了他作为占领军司令官的工作，直到5年后被解职，离开东京。
给我面包，或者给我子弹！
美国乃至世界历史上，从来没有哪一位将军像麦克阿瑟在战后的日本那样被赋予如此重大的责任。德国被分成四个占领区，而日本仍是一个完整的国家。作为盟军最高司令官，麦克阿瑟是一个拥有7500万人民的国家的绝对统治者，他是独裁者，是殖民地总督，是日本幕府时期的将军，是沙皇——他拥有至高无上的权力。
然而，麦克阿瑟面临的是一场严峻的挑战。从历史上说，也从来没有一个国家及其人民遭受过比日本在战争结束时受到的更彻底的破坏。从1931年起，连续14年的战争，尤其是战争后期遭受的毁灭性轰炸，使得日本的工业和经济基础彻底崩溃。一半的城市变成废墟，二分之一的工业被毁灭，在海外600万士兵和百姓开始回国以前，国内的7000万居民已经处于饥饿的边缘了。
日本本土缺乏铁、煤、金属、棉花、石油等几乎所有的工业和生活必需品。过去日本经济的发展和军力的支撑主要靠商业和贸易以及战争中的掠夺。澳大利亚的羊毛，美国的棉花，马来西亚和印度东部的橡胶、锡和石油，中国大陆的煤和廉价的苦力……现在，这一切都断绝了，经济的支柱毁坏了。
更为严重的是，日本遭到的不仅是军事的溃败，也是精神上的崩溃。许多世纪以来，日本人一直崇尚战争和武士，他们自喻为太平洋地区天生的武士。过去，日本武力的不断胜利，也使他们确信自己是不可战胜的。因而，日本文化的整个拱的拱门顶石变成了对武士道力量和智慧的几乎是神话般的信仰。这种思想不仅渗透和支配了政府的各个部门，而且也渗透和支配了物质、精神和宗教生活的各个方面。它不仅交错编织于政府办事的过程中，而且也交错编织于日常生活的各个方面。它不仅是日本生存的精髓，而且是它的经纬。现在，随着日本的战败，这一切都在一夜之间消失了，他们的整个精神世界崩溃了。
当麦克阿瑟在东京的美国大使馆里升起那面星条旗时，他面临的就是这么一种境地，他清楚地意识到了这一切。
自古以来，占领军与当地居民就存在着一种根深蒂固的矛盾，这种矛盾是基于利益上、心理上的。更何况战争中日本公众一直受到欺骗性宣传，他们被告知日本帝国正在进行的这场战争“是正义战胜邪恶、光明战胜野蛮的圣战”，一切战场上的对手都被宣传为残暴、凶恶的敌人。因而，1945年8月盟军在日本登陆时，普通日本公众对他们还怀着深深的敌意。至于麦克阿瑟总司令，在大多数日本人的心里，则是一个有虐待狂的指挥官和贪婪的军人的形象。
麦克阿瑟对此早有认识，从一开始他就想消除这种错误的看法。当他在“密苏里”号战舰上发表演说时，就安抚日本民众：盟军对日本占领不会强暴日本民族。
当他把司令部迁到“一号大楼”办公，安顿好一切后，麦克阿瑟立即公开发表声明：
“盟军总的职责并非如何抑制日本，而是使它重新站起来，我们有好几项任务。摧毁作为军国主义国家的日本，惩罚它在战争中犯下的罪行，这些都是盟军的任务之一。但是，这些不是根本任务，盟军的根本任务是要建立一个新的日本，以便使包括日本在内的整个世界在一个安全的环境内共同发展。这个新的日本会给予日本公民更多的自由、正义和安全。”
占领开始后，麦克阿瑟经常提醒美军部队：日本民众是根据你们的行动来评价占领军的，占领的成败在很大程度上取决于每一个军人的举止和自制。为了规范占领军的行为，他指示他的司令部制定了一系列严格的占领纪律。这些纪律包括的内容十分广泛，权力和责任清楚。甚至一些在国内不受约束的行为在这里也在禁止之列。例如，军人不得进入社会上的酒吧、舞厅；占领军与当地居民发生矛盾时，首先要向当地居民道歉，然后再调查处理，等等。
做出保留天皇及天皇制度的决定是麦克阿瑟争取日本民心的一项重大举措。军事占领之初，麦克阿瑟遇到的最棘手的问题之一，就是对日本天皇的处理以及对天皇制度的态度问题。当时，英国人，特别是苏联人，以及不少美国人都强烈要求处死裕仁天皇，废除天皇制度。在盟国最初开列的战犯名单上，天皇也是列在首位的。
对于这个问题，麦克阿瑟在进驻日本之前，就进行过考虑。他认为，作为一个精神统治者，天皇有他身不由己的一面。但是，整个战争又是以天皇的名义发动的，天皇对战争的进行有着重要的、任何人也无法替代的责任。从这个意义上审判他，乃至把他送上绞刑架，都不为过。
然而，麦克阿瑟考虑这一问题时，思考得更加深远。凭着多年来麦克阿瑟对亚洲及对日本政治和社会的研究，他深刻理解日本君主制度的性质，他知道日本天皇对日本人民意味着什么。他在回忆录中写道：“在大多数西方人的心目中，日本的文明是一种20世纪的文明。但是，实际上它却更近似于一个封建社会，是被西方国家在大约4个世纪以前就已废除的那种类型的封建社会。日本人生活的有些方式甚至比这个还要落后。神权政体在西方世界经过三千多年的进步已彻底声名狼藉，而它依然存在于日本。