天皇被认为是神，普通日本国民甚至不敢抬头仰望他的统治者。这位天皇是专制的，他的话是不可更改的。支持天皇政权的是一批武装部队、政府机关和经济命脉的家族。没有公民权这种东西，甚至没有人权。普通日本人的财产和产品只要被统治集团看中，就可以全部或部分地取走。1937—1940年，有6万人因危险思想而被秘密警察投入监狱。一个正在了解日本社会的美国人确实会把它归人与古代斯巴达而不是与任何现代国家相同的那一类国家。”
正是基于这些基本的认识，麦克阿瑟认为必须保护天皇政体以及天皇本人，使他不受任何伤害，尤其是精神上的伤害，只有这样才能争取到日本民众的心，才能保证对日本的改造以和平的方式实施。
为此，进占日本后他首先下令对天皇的待遇不能有任何降低之处，凡是一位君主所应得的礼遇都要给他。他在向华盛顿和盟国起草的报告中力陈保留天皇制度和保护天皇本人的种种好处，坚决抵制把天皇作为战犯审判。他甚至威胁说，对天皇的任何伤害，其后果都可能是灾难性的。如果要把天皇作为战犯审判或绞死，那么整个日本就必须建立军事管制政府，而且很可能要爆发游击战争。到那时，至少要再增加100万占领军。
刚到东京不久，麦克阿瑟的一些参谋人员认为，为了显示一下盟军最高司令的权威，应该把天皇召到司令部来。但是，麦克阿瑟坚决拒绝了这个建议。他对部下们说：“这样做会伤害日本人的感情，而使天皇在他们心中成为一个殉道者了。不能这样做，我将等待，到时天皇会自愿来拜访我的。”
果然，不久皇宫里打来电话：天皇求见盟军总司令。
9月27日，正式投降后第四个星期，天皇乘坐他的戴姆勒·奔驰牌轿车，来到了大使馆。天皇身穿燕尾服和带条纹的裤子，头戴大礼帽，显得十分虔诚。陪同天皇一同前来的是御前大臣，他面对天皇，坐在了轿车前排的一张折叠式椅子上。
麦克阿瑟在门口热情地迎接了这位君主，并陪同他穿过长长的客厅，走到客厅另一端的火炉旁就座。看到这位天皇，麦克阿瑟不禁回忆起日俄战争结束时他曾受到他父亲接见时的情景。那时，老天皇一副君临一切的神态，目不斜视，安详得近乎有些麻木。而眼前的这位天皇，心神不宁，一副不知所措的样子，就座后半天说不出话来。战争给他造成的压力是显而易见的。
为了缓解他的紧张，麦克阿瑟除留下天皇的翻译外，把所有的人都打发出去了。他递给他一支美国香烟，天皇感激地起身接受了，当他给他点烟时，他注意到他的手颤抖得很厉害。
接到天皇求见的消息，麦克阿瑟一直在思考，他会谈些什么呢？他想为自己被指控为战犯而提出辩护吗？他会向总司令哀求，要求总司令向同盟国说情，保住自己的性命吗？
当时，盟国正就天皇的处置进行磋商，尽管麦克阿瑟已强烈地施加了压力，但事情还没有最终确定下来，这使他很难向天皇解释。更主要的是，麦克阿瑟不愿看到日本天皇——日本国民精神的象征，在战后表现得这么懦弱。
事实证明，麦克阿瑟的担心是没有根据的。情绪稍微平静以后，天皇终于开口说话了，“我之所以来见你，麦克阿瑟将军，是要把我自己交由你所代表的各个大国来裁决。我对我的人民在战争中所做出的一切政治、军事决定和采取的一切行动承担全部责任。”
麦克阿瑟知道，天皇这样说，其实是勇敢地承担一种近乎死刑的责任。麦克阿瑟深受感动。那一时刻，他认识到，保留天皇，对于日本人民，对于盟国的利益都是非常有意义的。
第一次礼节性拜访时间很短。当天皇终于把他积郁在心头的意思表达出来后，他如释重负地长吁一口气，接着便起身告辞了。
凭着第一面的良好印象，麦克阿瑟与日本天皇建立了良好的私人关系。此后，天皇经常到美国大使馆来造访。他和麦克阿瑟之间的谈话也越来越深入了，有时持续好几个小时。麦克阿瑟总是利用这个机会，仔细地向天皇解释他的占领政策，向他描述西方的民主制度。每当这个时候，天皇总是认真地听，好像一个小学生似的，只是偶尔打断麦克阿瑟那滔滔不绝的话头，提几个问题，有时也发表一下自己的见解。
在麦克阿瑟努力争取日本民众的支持的各种措施中，效果最明显、作用最大的是他成功地解决了1945年冬天日本列岛大饥荒问题。日本只有16％的国土面积可用作耕地，而它的人口又是高度稠密的。依靠这些有限的土地来养活大量的人口，这本来就是不可能的事，再加上战争的破坏，食品供应问题非常严重。战前，日本的粮食主要依赖进口。战争中，粮食供应则主要依赖于向占领地区的掠夺。战争结束后，掠夺已不可能，进口又无资金。因此，当盟军在日本登陆时，日本的食物供应已相当紧张，居民每人每天只能得到200克粮食供应，即使这些有时也难以完全保证，饥饿的人们只能依靠野菜和其他杂粮充饥。年初开始的粮荒逼得人们走投无路，纷纷走上街头抗议示威。从5月1日劳动节起，在全国范围内要求供应粮食的示威运动不断高涨。5月12日，东京要米大会的游行队伍涌进皇宫，向天皇上书，在这种情况下，为了尽快结束“政治空白期”及社会动荡局面，吉田茂被推举为自由党领袖，准备与进步党联合组建“粮食内阁”。
吉田茂是个老牌外交家，战前曾任外务省次官和驻英大使，不赞成日本军国主义的侵略政策。战争期间，作为主和派因主张与盟国早日媾和而于1945年6月被捕，坐了一个多月的班房。同年9月17日，他接替重光葵就任外务大臣，与盟军总部多有来往。他不靠一团和气、有求必应来笼络人心，也不靠唯唯诺诺、有令必行来取悦占领当局。他甚至有时也和麦克阿瑟顶嘴。据说在任外相不久后的一天，吉田茂与麦克阿瑟因意见分歧发生了激烈的争论，气得麦克阿瑟在房间里迈着大步走来走去。吉田茂见到这一情景，不禁联想到动物园中关在笼子里的狮子，于是忍俊不禁笑出声来。这一笑更激怒了麦克阿瑟，他厉声质问：“笑什么？”
吉田茂大胆地如实招来：“我感到像是在狮子笼里听教诲，忍不住就笑了。”
自进占日本后，麦克阿瑟还是第一次见到如此不逊的日本人。他目瞪口呆地紧盯着吉田茂，终于也忍不住笑了起来。吉田茂那天非常开心，回到家里就笑着问女儿：“你见过狮子笑吗？”从那天起，他们两个人建立了良好的私人友谊和工作关系。麦克阿瑟信任吉田茂，欣赏他的才能，喜欢他那种不加粉饰的诙谐和机智。因此，他对吉田茂能出任首相感到满意，并希望他尽快组阁。
但一波未平，一波又起。5月19日，东京25万群众在皇宫前广场举行“粮食五一节”集会，做出成立民主人民政府的决议，并进入皇宫交涉。皇宫前的事态震动了占领当局。第二天，麦克阿瑟发表声明：
“我认为有必要提醒日本国民，这种有组织、有领导的群众性暴力活动和人身威胁行为日益增加的倾向，将严重威胁日本未来的发展。……今后不再允许不法分子的暴力行动。这种行为不仅是对有秩序的政府的威胁，也是对盟军占领日本的目的及其安全的威胁。如果日本社会中少数分子不能保持现阶段和当前形势下所要求的自制和自重，为了管制和纠正这种值得忧虑的状态，我将不得不采取必要的手段。”
麦克阿瑟的声明对吉田茂组阁无疑是一个巨大鼓舞，但他并不急于求成。他明白，在组阁之前必须首先解决粮食问题，否则他的内阁是站不稳的。他也清楚，游行示威虽不是好事，但也可以利用它向占领当局施加压力，让美国向日本出口粮食。他对手下人说：“如果全国的老百姓打着红旗示威游行一个月，美国人就会很快把粮食运来的。”
果然，麦克阿瑟面对日本内阁迟迟不能组建再也坐不住了。5月21日夜，他派车去接吉田茂，当面向他保证：“只要我当最高统帅，就不会让一个日本人饿死。”
20分钟后，吉田茂回到首相官邸，脸上带着微笑对左右说：“这样组阁的条件就具备了。”次日早晨，吉田内阁宣告成立。
从5月底起，粮食源源不断地运到日本。至9月份，这些粮食几乎占了日本居民全部配给量的80％以上，使日本度过了艰难的粮食危机期。从这时起，日本国民，特别是城市居民开始感到有了希望，并渐渐把麦克阿瑟当作他们心目中的神来崇拜。据说有一天，有个老樵夫来到东京，在盟军总部前停下来。他先朝麦克阿瑟的将旗深深鞠了一躬，再转过身来朝皇宫方向深鞠一躬。这位老人代表了大多数日本人的心态。在他们眼里，天皇是他们永恒的精神支柱，而麦克阿瑟则是他们敬畏的“幕府将军”。
然而，麦克阿瑟的行为在国内引起了同样的震动。当得知麦克阿瑟要把美军储存的补给品调配给日本居民时，众议院拨款委员会立即派人前来日本调查，责问总司令为什么要用纳税人的钱来养活前不久的敌人。
为此，麦克阿瑟只得向众议院拨款委员会写了一份书面报告，进行详细的解释：
“有一种相当普遍的误解，认为在现代战争中获得胜利全靠战场上的胜利，事实上这种认识是站不住脚的。要彻底地消灭战争，必须进行彻底改革，如果我们不这样做，胜利只能算是部分地完成，它提供的和平就不会超出两个战役之间的一次休战。过去取得胜利的领袖经常满足于使敌国遭受军事上的失败，而没有把这种胜利扩大到解决引起战争这一不可避免的后果的根本性原因上。
现在，日本人成为我们的俘虏，这就和巴丹饥饿的士兵在半岛失陷时成为他们的俘虏一样。由于日本人虐待美军俘虏，包括饿死他们，我们要审判并处决那些证明应负任的日本军官。现在情况正好颠倒过来，他们正处在饥饿或半饥饿的状态下，如果不向他们提供一定数量的食物救济，他们也会有成千上万的人因饥饿而死亡，到那时，我们能有理由为这种惩罚性行动辩护吗？……况且，饥饿会引发大规模的不安、骚动和暴力行为，在这种情况下，占领变得十分困难。
情况就是这样，给我面包，或者给我子弹！”
麦克阿瑟成功地说服了国内的反对者。就这样，麦克阿瑟在占领之初的短短几个月里，就成功地争取了民心，缓解了日本民众对美军的敌对情绪，从而为他实现改造日本的目标打下了坚实基础。
重建一个日本
彻底销毁日本的战争机器，使日本国非军事化，是麦克阿瑟占领日本的一项根本性任务。首先要解决的问题是，尽快遣散和裁减战争留下的残余军队。
到9月2日，日本军队的兵力总共还有693万多人，其中有半数在日本本土，另一半散布在从中国的东北到所罗门群岛这一巨大的半圆形地带以及太平洋中部和西南部的岛屿上。此外，还有300万日本平民随着这些军队散居在国外，随着军队的撤回，他们也得撤回。这些平民大多已在国外生活了多年，他们积累起来的财产难以带回国内。因此，回国后他们也将像遣散的军旅人员一样成为政府的经济负担。
要把如此众多的驻外军队及侨民运回国内，需要大量的运输工具。而战争结束时，由于盟军的轰炸和有效攻击，日本的运输力量已所剩不多了。遣返的军人和平民需要吃饭、就业，这在当时的日本就更难了。
很多在国外艰苦环境下浴血奋战多年的老兵返回国内时，发现家园被毁坏，亲人离散，他们自己除了战争留下的创伤一无所有。这种遭遇是令人心碎的，他们是日本军国主义的可怜牺牲品。然而，如果处理不当，又极容易引发政治骚乱。他们会把一腔悲愤发泄到占领军身上。这些有着丰富战斗经验的老兵一旦被激怒，后果将不堪设想。
麦克阿瑟对此有着清醒的认识，他说：“遣散这些老兵，比在战场上消灭他们困难得多。”但是，他早就想好了对策。
他把日本原陆军部和海军部易名为遣散军事人员局，由他们负责这项棘手的工作。而盟军司令部和第8集团军及美国海军只是负责监督和协调这一复杂的工作。这样完成这一任务就变成日本人自己的事了，从而巧妙地避免了盟军与被遣散老兵的直接对抗。遣散军事人员局忠实地完成了这一艰巨的任务。他们在极其缺乏船只的情况下，通过严密的组织，在一年多一点的时间内把300多万军事人员和数量相当的平民中的绝大多数撤回到了国内。一些零散人员的搜寻工作相当困难，直到60年代，这一工作还在继续中。遣散返回人员的安置工作进行得也比较成功，大多数人员返回后能够吃上饭，并在短时间内找到了工作。