米开朗琪罗的天性中有着一种对于世俗的反抗情绪，所以他藐视权贵，而他似乎更愿意和一些贫苦的、卑贱的、渺小的人在一起。也许，这也是站在时代顶峰的艺术家的高傲的表现，只不过此时它是以怜悯的形式出现的，因而，也就容易得到人们的理解和赞赏。
最后的日子
就这样，米开朗琪罗与他的地位卑下的朋友们共同生活着，除此之外，还有一大群的鸡呀、猫呀什么的。年迈的米开朗琪罗越发孤独了，多年的“征战”已经让那颗高傲的心疲惫了，它想休息休息了，不愿再和任何人争辩什么了。就这样，米开朗琪罗渐渐地对人类的一切都淡漠了，渐渐地和社会决裂了。
晚年的米开朗琪罗对人类的最后一点的热情只存在于他的政治思想了。1544年的时候，法国国王已经统治了佛罗伦萨，而此时的米开朗琪罗正大病不起，他请一位朋友向法国国王转告他的心愿：如果法国国王愿意让佛罗伦萨恢复自由的话，他自己愿意出钱在佛罗伦萨的广场上为国王塑一座骑马的古铜像。1546年，他还把创作的两座奴隶雕像赠给了这位朋友，后来，这位朋友又将这两座雕像献给了法国国王。
这些事情也许还表明米开朗琪罗仍然保留着年轻时的共和思想，可是此时米开朗琪罗的思想早已改变了。人越老，就会变得越保守。米开朗琪罗已经斗争了一辈子，可是结果却令他失望。他已经不再相信斗争会给人类带来什么好处了，他只是按照神的旨意一心向善。1547年，他在给侄儿的信中写道：无论是什么样的理由，都不能使我相信杀人会产生什么善的结果。那些人口口声声说是一心向善，宣称他们所做的一切都是为了人类的美好未来。可是，他们却是从杀戮开始，这正是最大的恶。
从这些言语中，我们可以看出，当年作为革命家的米开朗琪罗不见了，猛烈抨击君主专制的米开朗琪罗不见了，为了美好的理想而投身于革命实践的米开朗琪罗不见了。现在的米开朗基罗只是一个怀疑一切的米开朗琪罗，一个不再行动的米开朗琪罗，一个只相信神的米开朗基罗。
这个为了追求自己的艺术理想而疲惫不堪的老人，对于人类太多的事情已经开始感到厌倦了。现在他所拥有的只是神赐予他的一颗善良、宽恕的心，也许还多少带有一点高傲。
米开朗琪罗住在马塞勒。他有一座房子，一个花园，一男一女两个仆人，还有许多家畜。他经常独自一个人在深夜里工作，他已经习惯了或者说喜欢上了在宁静的夜晚工作，黑夜成了孤独老人的朋友。米开朗琪罗自己做了一顶纸帽，可以把蜡烛插在帽子中间，这样他就不必再用手拿着蜡烛移来移去了，而且还可以获得足够的光亮进行他的工作。他的卧室黑暗得就像一座坟墓，爬满了蜘蛛，他就与这些小精灵们一起生活、一起工作。在这幽暗的房子里，孤独的老人画着一幅背着棺材的耶稣死难像。
有一天晚上，他的朋友法萨里来看望他。当法萨里敲门的时候，米开朗琪罗站起身来，端着蜡烛去迎接他。可是，当法萨里提出要看一看他的雕像的时候，他却故意把蜡烛掉在地上。蜡烛熄灭了，房间里一片黑暗和寂静。米开朗琪罗对他的朋友说：“我已经很老了，我总能感觉到死神在向我召唤。有一天，我生命的火焰也会熄灭，就像这蜡烛一样。”
米开朗琪罗已经感觉走到了生命的尽头。可是，他并不惧怕死亡，反而有一种向往。他说：“我时常回想起过去。每当这个时候，我才发现人类是多么的虚伪、世界是多么的虚幻。人们总是乞求着不可能得到的东西，越是这样，人的灵魂就会越痛苦，就会越悲哀。在尘世生活得越久，就越不幸；生命越短，就越容易得到天国的幸福。可惜的是，我活了这么久才明白这一点。所以，那些刚出生就死去的人才是真正的幸运者。”
正是带着这样的观念，所以当他的侄儿为刚刚出生的孩子举行庆祝仪式的时候，米开朗基罗在信中严厉地批评他：我很不高兴你的这种铺张浪费的行为。当人类在遭难、世界在哭泣的时候，我们不应嬉笑。
同样也正是带着这样的观念，当侄儿的第二个孩子出生不久就夭折的时候，米开朗琪罗却写信向他道贺。
1556年，当罗马受到西班牙军队威胁的时候，米开朗琪罗逃走了，他在思勃赖德住了五个星期。那是一个非常美丽的地方，丰茂的橡树，翠绿的橄榄，蔚蓝的天空，清新的空气，这一切都让疲惫的米开朗琪罗感受到大自然的美，他深深地沉醉其中，流连忘返。回到罗马之后，已经八十二岁高龄的米开朗琪罗作了一首田园诗，赞美大自然的美。暮暮垂年似乎又现出了青春的气息。
米开朗琪罗惊异着大自然的美。虽然他曾经在乡下住过很长时间，但是，他以前从来没有留意过美丽的大自然。这一点从他的作品中也可以看出来，他几乎没有画过风景，而且他还十分瞧不起那些画风景画的画家。而现在，他已经注意到了大自然的美。他相信这是神的创造。
他越发信仰神了。但是，他从来不相信那些所谓的教士或者僧侣们。1548年，他的侄儿曾经想去朝圣，米开朗琪罗则劝他把这笔钱施舍给穷人，不要送给那些教士，因为他们收到钱之后，就是连上帝也不知道他们会怎么使用这些钱。但是，教士的行为并不能动摇米开朗基罗对神的坚定信仰，米开朗琪罗不停地向神祈祷。
米开朗琪罗把他生命的最后二十年全都献给了对神的颂扬，创作了从圣彼埃尔大教堂到《殉难像》《耶稣死难像》等作品；他也曾经多次想过要去朝圣，不是为了那些教士，而是为了对神的虔诚的信仰。晚年的他过着和基督徒一样的十分清贫的生活。
米开朗琪罗对自己是残酷的、吝啬的，可是对于穷苦的人们却又是仁慈的、慷慨的。他对于钱财是非常随便的，从来不记账；他时常比王公贵族们还要慷慨地把钱财赠给他的朋友、仆人或者任何一个相识或不相识的穷人。他的兄弟死后，他曾经收留了一个老仆人，他甚至为她的死而感到万分的悲伤；他还曾经帮助一个建造西斯廷大教堂的木匠，在木匠女儿出嫁的时候帮他出钱。他还让他的家人加入施舍的行列，要他们把钱财给那些真正需要的而又羞于启齿的穷人，但是，不要告诉人家是谁在施舍。他还极为可怜那些处于贫苦之中的女人，悄悄地送给她们一些钱财，使她们能够成家或者进入修道院。可是，米开朗琪罗不会滥用他的怜悯，他告诫他的侄儿在施舍的时候不要上当受骗。
死神的来临
1544年与1546年的两场重病之后，米开朗琪罗再也没有恢复元气，病痛蚕食着他的身躯。他悲苦而又无奈地诉说着自己的境况：“我的声音沙哑了，只剩下呜呜的音调了；我的牙齿也要脱落了，就像用旧了的琴键一样；我的脸丑陋得会把鸟儿吓跑；我的耳朵在嗡嗡作响，一只耳朵中，好像蜘蛛在吐丝结网，另一只耳朵里，又像蟋蟀在叫个不停；严重的感冒折腾得我整宿不能睡；我的生命就要崩溃了，唯一的归宿就是死亡。”
米开朗琪罗白天几乎不出门，晚上又睡不着觉，他已经被折磨得极度虚弱。1560年的春天，法萨里去看望他的时候，他竟然快活得哭泣了起来，就像一个小孩子一样。他和法萨里畅谈着艺术的问题，并不时地指点法萨里，后来，米开朗琪罗竟然在法萨里的陪同之下骑马去了圣彼埃尔。
1561年8月的一天，米开朗琪罗在身患重感冒的情况下，赤脚工作了三个小时，最后支撑不住，痉挛着倒在了地上。几天之后，他竟然骑马外出，又开始了他的工作。年老的米开朗基罗仍然是那样地固执、古怪，不要任何人照顾他。
他的侄儿得知了他的情况之后想要来罗马看望他，但是，由于以前为了那3000金币的事受过伯父的训斥，这次他也生怕伯父再怀疑他是为了早早继承财产才去罗马的。所以，他先托人问米开朗琪罗是否愿意他去罗马看望他，并且为了消除伯父的猜疑，他还特地要人告诉米开朗琪罗说自己的事业不错，现在也不缺钱了。米开朗琪罗一下子就看透了他的伎俩，但是，他仍然装作不知道。米开朗琪罗说听到他的事业蒸蒸日上心里很高兴，既然他不再需要什么东西，自己也就决定要把存款施舍给一些穷人。
米开朗琪罗的侄子听到这个回答非常地不满，心想，即使我不再需要什么东西，你也应该让我来继承财产才是。于是，他的侄儿重新又托人告诉他，说是非常担心他的健康，生怕那些大意的仆人们不能很好地照顾他，担心他躺在病床上的时候有人会盗窃家中的财物，所以一定要来照顾他。米开朗琪罗当然明白他的用意，他是生怕米开朗琪罗死的时候，如果他不在场的话，米开朗琪罗可能不会把财产留给他。米开朗琪罗勃然大怒，针锋相对地回答道：“我告诉你，我的仆人对我都很忠诚，他们把我侍奉得很好，我完全信任他们的品格，绝对不会有什么盗窃的事情发生。你还是先管好自己的事再说吧，我会自己保重的！”
大家都知道米开朗琪罗已经到了临死的时候了。由于崇高的威望和地位，米开朗琪罗已经不再仅仅属于他的家族了，关心他的财产的人也不只他的侄儿一个人，他的朋友们、还有教皇，都在关心他死后的财产问题。1563年6月，他的朋友法萨里说服佛罗伦萨的高思牟大公请求教皇秘密监视和保护米开朗琪罗的财产，以免有人乘乱偷窃他的财产。对于米开朗基罗所有的财产，包括素描、图稿、作品、信件、钱财等等，都要登记。
1564年2月12日，米开朗琪罗又在为他的最后的作品《耶稣死难像》而工作，他整整站了一天。过了两天，他开始发烧，外面下着雨，可是，米开朗琪罗竟然到郊外散步去了。他的友人责备他不应该在这个时候出去。他回答说：“那你要我怎么样呢？反正我无论在哪里都得不到休息。”福厄旦终日守在米开朗琪罗的身边，他为米开朗琪罗请来了医生，他还把米开朗琪罗的病况告诉了他的侄儿。米开朗琪罗直到临死的前两天，才答应躺在床上。在病床上，他留下了遗嘱：我把我的灵魂献给上帝，把我的肉体送还尘土。
米开朗琪罗要求在他死后，把他葬于佛罗伦萨。
1564年2月18日的下午五点，正是日落时分，米开朗琪罗终于闭上了双眼。他终于如愿以偿地飞向了幸福的天国。