调查的结果让戴克也有点哭笑不得，几乎所有的神官（神道的神职人员，地位有点像佛教的住持和尚）都没有考虑过“神道的历史和本质”这个哲学问题，和其他国家的宗教不同，日本神道的神官职位是世袭的（而且在日本连庙里的住持和尚都是一种世袭职业），神宫就是他们家的买卖，他们唯一担心的是这个神宫能不能继续办下去。
经过调查之后，戴克还知道了虽然当时的日本，可以说是一个神道教的国家，但在日本随处可见的神宫，也不全与天皇家有关系，比如四国的金昆罗神社，实际上是海上的守护神，和天皇家就毫无关系，日光的东照宫则是最后被天皇夺去了权力的德川将军家的，而稻荷神社则是农民的守护神。
结果到最后成为问题的，就只是伊势的伊势神宫、东京的靖国神社、名古屋的热田神宫和各地共有51处的护国神社，那些才是代表日本国家神道的神社。
实际上一直到明治之前，日本的神道也就只是一种模糊的信仰习惯，无论是谁，只要有钱，想个名目就能盖个神社起来，当然是不是有人来参拜，神社能不能维持得下去是另外一回事。到了明治之后，神社改由国家管理，政府设了一个名为“神祇官”的衙门，把所有的天神地祇全部管了起来，还不只是日本有的天神地祇，就连外来的佛祖基督都没跑掉，也算在内。而且这个衙门当时还排在了所有衙门的最前面，后来这个衙门又演变成了“神祇省”，再后来又成为了“教部省”，到了明治十年（1878年）之后，教部省降格成为了内务省的“社寺局”，再到了1900年，这个“社”和“寺”也分了开来，专门有个“神社局”管神道的神社，其他的和尚庙、天主教堂、清真寺什么的全归了“宗教局”管，到了1940年，这个神社局的名字不知怎么的，又改回到了“神祇局”，一直到1946年被撤销。
神社“国营化”运动之后的明治四年，由国家出面把主要的神社给排了一下座次，叫做“社格”。神社被分为“官社”和“诸社”，这种分类是根据谁给钱而定的。比如，“诸社”里面又可分为“府社”、“县社”、“乡社”和“村社”，一看名称就知道平时的运营经费钱是谁出的了。官社里面又分为了“官币社”和“国币社”两种，每种还分为大中小三类，官币社的钱由皇家的出，而国币社的钱由中央政府出，本来没什么区别，但在一般观念上官币社要比国币社大，天皇家的当然要大点，这就形成了一个序列：
官币大社>国币大社>官币中社>国币中社>官币小社>国币小社。
顺便说一句，即使在神道国营化的年代，也不是所有的神社都归国家管，也就是说，不是所有的神社都有“社格”，国家不管的神社叫“无格社”。这是因为日本的神社实在太多，即便国家想管也管不过来，心有余而力不足。1938年有一个统计，日本全国神社中大约一半（60498所神社）是无格社，你说多不多？
伊势神宫的地位在所有神社之上，所以不在这个“社格”之内，热田神宫当然是官币大社，但是现在成天惹是生非的那个靖国神社呢？很出人意料，靖国神社的社格居然比国币小社还低，是“别格官币社”，就是说虽然官家出钱，但是没有“格”，如果愣要，那就是“别格”，其实不入流。
这是因为像靖国神社这种虽然是官社，但祭祀的对象既不是皇家的祖神，也不是神话传说中的诸神，而是曾经实实在在的人物，所以无法给个什么“格”。这种别格神社除了靖国神社之外，有名的还有日光的东照宫，里面祭祀的是江户幕府的初代征夷大将军德川家康。日本海军的“大和号”战列舰在冲绳战役的时候，在执行自杀攻击任务途中被美军飞机炸沉是很有名的故事，大和号的这次作战就叫做“菊水作战”，这个名字来源于镰仓幕府时代的武将楠木正成，而祭祀楠木正成的神户凑川神社就是第一个被封为“别格官币社”的。
别格官币社在待遇上和“官币小社”同等，在级别上其实比国币小社还低，但是靖国神社不一样，虽然它的待遇和级别并不高，但是影响力巨大，无论在日本国内国外，提起神社，人们在前三名中一准会想起它来。在总共28个“别格官币社”中它是唯一的“敕祭社”，就是说它的祭祀活动直接与天皇有关联，实际上天皇本人就经常亲自参加靖国神社的祭祀活动，因为靖国神社祭祀的对象，也就是“祭神”和其他的别格神社不同。
靖国神社的前身是1869年由兵部大辅（国防部副部长）大村益次郎出主意弄的“东京招魂社”，10年后的1879年才改称为“靖国神社”。即使在神道国营化的年代，从一开始的神祇官到后来的内务省也都管不到这个神社，从一开始它就直接归军务官管，后来随着政府机构的变迁，军务官变成了兵部省又变成了陆军省和海军省，靖国神社也就一直归这些衙门管。在政府管神社的年月，神社的神官任免归内务部管，而靖国神社的神官任免则是由陆军省和海军省的“神职任免权”管辖的。经费也是这样，别看从待遇上说靖国神社的费用和“官币小社”一样，可是靖国神社的费用大部分是陆军省和海军省给的，和其他神社截然不同。
而且靖国神社还不是孤立的存在，靖国神社其实是一个金字塔的顶尖，日本除了这个后来改名为“靖国神社”的东京招魂社之外，还有大量官祭私祭的招魂社。据1934年的统计，官祭招魂社有104个，私祭招魂社有34个，这些招魂社在1936年统一改编为了51所“护国神社”，这些护国神社的顶点就是靖国神社。
靖国神社里面的祭神是从1868年戊辰战争中“官军”的死者开始，历次内外战争中“为了天皇而名誉战死”的人，靖国神社发表过一个2453199名的数字，最近又有246万多名的数字。
但这些数字中并不包括皇族，皇族不进靖国神社，在战死的地方另外建专门的神社，但是现在的靖国神社里面还是有皇族。
实际上，死在战地的日本皇族一共就只出现过两位，一位是甲午战争后在侵略台湾时病死的近卫师团长北白川宫能久亲王，还有一位是这位的孙子，北白川宫永久王，1940年在张家口附近坠机身亡。他为了爷爷还特地建了一座官币中社的台南神社，孙子就来不及了，结果战败之后，连爷爷也成了无家可归的了，最后只好全部进靖国神社。
日本神社里的祭神都有一个“灵玺”的分身，靖国神社有两个灵玺，这祖孙俩一个，另外的246万合用一个。