被天皇大元帅的一个军礼弄得张皇失措，呆站在那儿竟忘了回礼的戴克准将，从这时开始对天皇的好感大增，于是对神道的看法也开始有了点变化。
1945年12月15日，大帅爷发布了《国家和神道的分离指令》，一般简称为《神道指令》。这个指令有三点：首先就是规定了政教分离；其次是禁止通过神道信仰宣传军国主义和超国家主义；最后是容忍和国家分离之后的神道神社在教义以及仪式上非军国主义化之后继续存在。
其实，美国国务院在10月15日对GHQ的指示中就有“一定要去除神社神道中由国家经营的部分，但并不妨碍神社神道作为日本国民的一种信仰而继续存在”，大帅爷一直压着这道指示没有发表意见，直到听到戴克的报告之后才打定了主意：与其推平靖国神社换来旧军人的仇恨，封闭伊势神宫引起皇室粉丝们的怨恨，还不如让他们继续存在，反正聪明的日本人知道他们应该如何存在。
其实戴克的报告中就已经反映出“日本人知道该怎么办了”，戴克当然不会报告他受了天皇一个军礼这件事，而是详细地报告了那场“招魂祭”的内容。
那场招魂祭是临时举行的，目的就在于要使得占领军让靖国神社继续存在。其实一个月前的10月24日，靖国神社的权宫司（副宫司，靖国神社的第二号人物）高原就拜访了GHQ的顾问岸本英夫，询问有关靖国神社的存续之道，岸本的建议是以下四条：
1立即脱离陆军省和海军省。
2祭神不再限于战死者，为国而亡的一般人也加进去。
3从军人之外选宫司。
4把名称由“靖国神社”改为“靖国庙宫”。
当时的靖国神社对这四条没有什么意见，陆军省和海军省要撤销的传言早就出来了，靖国神社不会对这两个衙门有什么依恋，至于第二条还就是这次临时招魂祭的主要目的。
策划这次临时招魂祭的陆军省给出的解释是“帝国陆海军解散前最后的奉仕（服务）”，这次的合祀对象在签订降伏条约只过了半个多月的9月21日就已经提出了：
1全体至大东亚战争为止，战死、战伤死、战病死以及铁道、船舶、义勇战斗队员等在工作时死亡的。
2军需工厂中工作时死亡的。
3大东亚战争终结前后因为忧国而自杀的。
4因为敌人的战斗行为而死亡的（遭受战灾者，乘坐铁道、船舶等遭难者）。
这四类人中除了第一类是从来的基准之外，余下的三类人都是新列出来的。特别是第四类人，这个方案是有末精三提出来的，他在当时就已经在考虑靖国神社的存续问题了。
海军省对前两类没有意见，但对于后两类表示还要考虑，建议这次不要合祀，而宫内省则表示反对，坚持按既定方针办。
这次的临时招魂祭还有一点古怪的地方，就是到底合祀了多少人也弄不清楚，原来的合祀手续是陆海军首先对战死者进行调查，判断是否符合合祀的条件，然后再造成叫做“灵玺簿”名册上报天皇，然后在遗族到场的情况下用一种叫“御羽车”的轿子，将经天皇审批完毕的灵玺簿搬到本殿，这才算招来了亡魂，这样第二天才能对着这亡魂进行祭祀和参拜。可是这次陆军省要求先合祀了再说，以后再进行调查和确认，也就是这次招的亡魂是谁，有多少还不知道，先进了靖国神社再说。
靖国神社当然不干，说原来的规矩一直是起码要一年之后才能进靖国神社，这是因为日本神道有一种“刚死的人不干净”的说法，一年之后才能去掉秽气成神，所以这个规矩是不能破的。
但这次不但陆军不肯让步，就连海军也站在了陆军的一边。都什么时候了，靖国神社真的面临着生死存亡，可是神社自己还在扯什么规矩，不肯接受有末中将好不容易想出来的方案，那怎么行？
最后的结果是，靖国神社接受了有末的方案，这次的临时招魂祭就在灵玺簿不明的情况下操办了起来。实际上，到最后只有第二类和第三类人进了靖国神社，但第四类除了冲绳人之外没有参加合祀，要不然靖国神社起码还要增加上百万人。
但这次的临时招魂祭就为靖国神社刷上了一层“全民神社”的油漆，接到戴克报告的大帅爷就接受了国务院的指示。在那个“神道指令”中明文规定禁止政府给神社钱，禁止在伊势神宫大殿上举行宗教仪式，禁止使用“大东亚战争”、“八纮一宇”等词汇，不准出版有关宣传“臣民之道”、“国体的本义”之类的书籍，禁止公职人员以公职身份参拜神社等，其余就不管了。
这个“神道指令”下达之后，在日本引起了一片混乱，日本人喜欢拘泥于小事，大家都想知道这个“政经分离”到底要到什么程度，自己会不会在无意之中触犯了这个“政经分离”。那几天来GHQ请示的人络绎不绝，但是来询问的大多是一些莫名其妙的小事，比如日本人过年习惯在门口放几节竹筒和松枝讨吉利，叫做“门松”，结果来问的最多的问题就是：“门松还让放吗？”更有趣的是，来GHQ询问的还都不是日本人，是各地的美国军政长官，日本人自己不敢直接来东京的GHQ询问，都是问当地的美国军政长官，那些军政长官都是当兵的，哪儿知道啊，只好自己来总部问，气得戴克准将乱骂：“想干什么都行，不行的老板会下禁令，老板没下禁令的都可以干。”
应该说大帅爷给日本人画的这个禁圈到现在还有着效力，日本现在说起来是“政教分离”的国家，其实并没有正式的政教分离定义，大家在使用的就是大帅爷的这个“神道指令”里面的界定。比如现在在“靖国神社问题”上反映得最为明显，从法律的角度是，无法禁止靖国神社作为一个宗教法人接受甲级战犯的合祀，从信仰自由的角度也无法禁止日本首相去参拜靖国神社，邻国只能抗议一下。但日本人就能利用这个还在若隐若现的“神道指令”去纠缠坐的是不是公用车，给的香火钱是不是公费，签名时是不是公职身份等。到现在为止，即使在靖国神社问题上敢于公开违反神道指令的人也寥寥无几，更不要说其他问题了。