（4）县乡财政奖补转移支付。2005年，针对部分地区存在的县乡财政困难，中央决定采取综合性措施，争取用三年左右的时间，使县乡财政困难状况得到缓解。为调动地方政府共同缓解县乡财政困难的积极性，中央财政出台了根据地方工作实绩给予奖励和补助的县乡财政奖补转移支付，即所谓的“三奖一补”，其主要内容是：对调节县级财力差异给予奖励，对县乡精简机构、人员以及增加重点支出给予奖励，对产粮大县给予奖励，对以前缓解县乡财政困难工作做得好的地区给予补助。2007年，中央用于县乡财政奖补转移支付的资金为340亿元。
此外，为了体现财政“公共性”的要求，中央扩大了对地方的专项转移支付，主要用于支农、教科文卫、社会保障等事关民生领域的支出。2007年，专项转移支付达到6898亿元，为1994年361亿专项转移支付的19倍。
目前，我国基本形成了一个包括税收返还、财力性转移和专项转移支付的中央对地方转移支付体系。
1994年转移支付中最重要的是税收返还，占比75.3%，而财力性转移支付所占的比重最低，仅9.6%。2007年，转移支付总额相比1994年扩大了7倍，结构也发生了重大变化。一方面，用于维护地方既得利益的税收返还的重要性下降，占比降低为22.8%；另一方面，以均等化地区财力为目标的财力性转移支付比重增加到39.2%，成为最大的一块转移支付，这表明我国的转移支付结构有了很大的改善。
此外，专项转移支付膨胀得非常快，占比从15.1%上升到38.1%。这里固然有积极的一面，体现了中央旨在改善地方财政支出结构，扩大教育、支农等项目的投入力度，但金额过于庞大，项目过多过细，且多头管理，这不可避免地导致资金使用效率低下，以及浪费、腐败、寻租等现象泛滥。
我国下一步的转移支付制度改革应该把重点放在以下几个方面：（1）加快转移支付制度立法进程，形成统一规范透明的财政转移支付制度；（2）在进一步完善和扩大一般性转移支付的基础上，规范财力性转移支付的管理；（3）对专项转移支付要重点管理，压缩专项转移支付规模，大幅减少转移项目，并实行专项转移支付预算管理、动态监控；（4）结合主体功能区建设，增加对限制开发区域、禁止开发区域用于公共服务和生态环境补偿的财政转移支付，逐步使当地居民享有均等化的基本公共服务。
为了改变县乡基层财政的困难局面，增强基层政府提供公共服务能力，一方面，中央财政加大了对县乡财政的奖补转移支付，另一方面，国务院于2002年批转了财政部《关于完善省以下财政管理体制有关问题的意见》，要求各地方政府结合所得税收入分享改革，调整和完善省以下财政管理体制，增加基层财政收入。
从国际经验来看，要解决省以下的财政体制问题，实行财政级次扁平化是一个重要趋势。为此，我国一些地方实行了“省管县”和“乡财县管”的积极探索。在浙江省长期实行“省管县”的经验基础上，从2002年开始，安徽、湖北、河南、山东、江苏、福建、湖南、河北等省份，先后将部分归属于地级市的经济社会管理权直接赋予经济强县，在财政体制等方面试行“省管县”制度。
据财政部的资料显示，到2007年全国实行财政“省管县”的有河北、山西、海南、辽宁、吉林、黑龙江、江苏、浙江、安徽、福建、江西、山东、河南等18个省份，加上北京、上海、天津、重庆四个直辖市，共22个地区实行了“省管县”。
在“乡财县管”方面，从2003年起，安徽省就开始设立9个县进行试点，湖南、四川、江苏等省也都陆续实行了“乡财县管”的试点。在各地试点的基础上，财政部于2006年7月发布了《关于进一步推进乡财县管工作的通知》，开始在全国范围推广“乡财县管”制度。
“省管县”和“乡财县管”在一定程度上使得我国财政级次减少，缓解了我国财政级次过多导致基层财政困难的问题。但是，要从根本上解决这一问题，仍需要一次彻底的改革，只有改变我国现行的行政体制，才能从真正意义上改变我国的财政体制。
（三）预算制度改革
与市场经济相适应的政府预算制度应该具有4个特征：（1）计划性，即在下一财政年度开始之前，政府就必须编制好该年度的预算收支计划，并报议会审议，只有在议会批准通过后，政府才能够而且必须根据该预算来执行下一年度的收支。（2）归一性，即全部政府收支，原则上都应该纳入政府预算，并受到预算的约束和规范。（3）公开性，即全部政府收支都要向社会公众公开，受到公众的监督。（4）法治性，即政府预算一经议会通过，就具有法律效力，任何一级政府和部门都不得违背。当政府预算制度具备了上述特征，社会公众就能够通过法律手段来决定和规范政府预算，并监督和强制性要求政府按照该预算来执行其全部的收支活动。这样，政府的全部收支活动就从统治者自己的收支，转化为社会公众的“公共”收支，财政制度才能得以真正地“公共化”。（张馨，2005）因而，政府预算制度被视作是公共财政制度的核心，相应地，政府预算制度改革也就成为整个财政公共化改革的核心。
相比国有企业改革和财政体制改革早在改革开放之初就开始推行，预算制度改革的全面展开要在改革开放20年后的1999年才得以进行，当然，从90年代早期开始，一些零星的预算制度改革就已经在实行了。据此，我们将预算制度改革分为两个阶段，即1998年以前的前奏阶段，和1999年以来的展开阶段。
1．预算制度改革前奏阶段（1992-1998）
从1951-1991年，规范我国预算制度编制和执行的行政法规一直是1951年颁布的《预算决算暂行条例》。这部颁布于建国初期的行政法一直沿用了四十年，随着我国的经济发展，已经变得越来越不适应，在预算审批、执行与监督方面出现的问题也越来越多，特别是改革开放以来，社会各界对于政府预算制度提出了全新的要求。
在这种背景下，国务院于1991年10月发布了《国家预算管理条例》，并于1992年1月开始实行。《条例》对预算管理、编制、审批、执行、监督以及预算调整等各个方面做出了新的规定，特别是明确提出了编制复式预算的要求。《条例》第26条规定：国家预算按照复式预算编制，分为经常性预算和建设性预算两部分。经常性预算和建设性预算应当保持合理的比例和结构。经常性预算不列赤字。中央建设性预算的部分资金，可以通过举借国内和国外债务的方式筹措，但是借债应当有合理的规模和结构；地方建设性预算按照收支平衡的原则编制。
这是我国第一次提出编制复式预算的要求。通过复式预算的编制，不同来源的资金需要在时间上与不同的资金用途相匹配，而且规定债务收入不能用于经常性支出，这对于规范资金来源与用途有重要意义，在我国预算史上具有里程碑意义。
根据《条例》的要求，我国从编制1992年度预算开始实行复式预算，同时编制经常性预算与建设性预算，但是遗憾的是，这样只坚持了8年，2000年以后，我国就不再编制经常性预算与建设性预算。
1993年，十四届三中全会的《决定》又进一步提出，改进和规范复式预算制度。建立政府公共预算和国有资产经营预算，并可以根据需要建立社会保障预算和其他预算。这就对复式预算提出了更高的要求。
在两部《条例》的经验之上，我国于1994年3月通过了第一部规范预算行为的法律——《中华人民共和国预算法》，并于1995年1月1日开始正式实行。
《预算法》建立了国家预算的基本体制，是我国预算制度改革进程中的一个重大事件。它规定了全国设立五级预算体系，以分税制为基础规定了预算管理制度，划分了预算收支的范围，确定了收支平衡的预算原则。《预算法》
还对各级人大及其常委会、政府、财政部门、审计部门、预算执行部门、预算执行单位的职责、权限和义务分别作了规定；并对预算的编制、审查、批准和批复，预算的调整，预算的执行，决算的编制、审查、批准和批复等行为，规定了程序和要求。
在复式方面，《预算法》规定“中央预算和地方各级政府预算按照复式预算编制”（第26条），但没有对复式预算的具体构成做出明确规定。
为此，1995年11月通过的《预算法实施条例》做了补充说明，规定“各级政府预算按照复式预算编制，分为政府公共预算、国有资产经营预算、社会保障预算和其他预算”（第20条），从而将十四届三中全会的《决定》关于编制复式预算的要求上升到法律高度。
然而，这一包含公共预算、国有资产经营预算和社会保障预算的复式预算至今尚未完全编制起来。
《预算法》遗留的一个重要问题是，它规定的预算收入只包括税收收入、依照规定上缴的国有资产收益、专项收入和其他收入，从而将大量政府收入，包括政府性基金收入、行政事业性收费等，划入到预算之外，不符合预算的“归一性”。
1996年7月，国务院进行了一项重要改革，就是发布了《关于加强预算外资金管理的决定》，要求加强对预算外资金的管理，并从1996年起，将养路费、车辆购置附加费、铁路建设基金、电力建设基金、三峡工程建设基金、新菜地开发基金、公路建设基金、民航基础设施建设基金、农村教育费附加、邮电附加、港口建设费、市话初装基金、民航机场管理建设费等13项数额较大的政府性基金纳入财政预算管理。在此基础上，财政部制定了《预算外资金管理实施办法》和《政府性基金预算管理办法》。《预算外资金管理实施办法》规定对预算外资金由财政部门建立统一财政专户，实行收支两条线管理，即预算外资金收入上缴同级财政专户，支出由同级财政部门按预算外资金收支计划，从财政专户中拨付。《政府性基金预算管理办法》则决定从1997年开始设立政府性基金预算，根据复式预算的要求，基金预算单独编制，独立于一般预算。设立政府性基金预算是政府预算制度向着“归一性”方向的一次重要改革，然而，令人遗憾的是，根据财政部《管理办法》的规定，“各基金征收部门和使用部门汇总编报分项基金预算”，“分项基金预算经财政部门按规定程序批准后执行”。这意味着基金预算的审批权在财政部门而非人民代表大会，从而不能体现预算制度的“法治性”要求。
2．预算制度改革展开阶段（1999年至今）
1998年全国财政工作会议上，财政部长项怀诚讲话指出，要“转变财政职能，优化支出结构，初步建立公共财政的基本框架”，“建立公共财政的基本框架，必须符合市场经济的一般规则，财政预算的范围、结构和方法必须与政府职能的范围和方向相适应，要充分体现满足社会公共需要、服从政府职能转变以及与我国国情及财力水平相适应的原则。调整和优化支出结构要有紧迫感。财政资金要逐步退出生产性和竞争性领域，各级财政都要大幅度减少财政预算中的生产性基建投资和企业挖潜改造资金；调整下来的资金要用于保证国有企业下岗职工基本生活和再就业经费等目前急需安排的重点支出”。
在这种背景下，作为财政公共化改革的核心内容，预算制度改革开始全面展开了，主要表现在以下几个方面：
（1）编制部门预算。1999年6月，审计署代表国务院在九届人大十次会议上做了《关于1998年中央预算执行情况和其他财政收支的审计工作报告》，提出要改进和规范中央预算编制工作，并提出了细化预算内容，报送部门预算的意见。为此，全国人民代表大会预算工作委员会要求财政部2000年在向全国人民代表大会提交中央预算草案时要提供中央各部门预算收支等材料，报送部门预算。在此背景下，财政部于1999年9月发布了《关于改进2000年中央预算编制的意见》，提出从2000年开始，中央各部门改变预算编制方法，试编部门预算，即编制反映本部门所有收支情况的预算。要求各部门根据历年收入情况和下一年度增减变动因素测算本部门组织的收入（不含国家税收）。收入预算要按收入类别逐项核定，对本部门组织的行政性收费和其他预算外收入，以及部门其他收入要具体到单位和项目。从实施进程来看，2000年，财政部选择了教育部、农业部、科技部、劳动和社会保障部等四个部门试编部门预算，并向全国人大报送。2001年中央159个部门全部按照部门预算的要求编报了部门预算，各单位的预算外资金、政府性基金和单位自有收入一并纳入统一预算。2001年向人大报送部门预算的部门从2000年的4个增加到26个，2006年增至40个，2008年进一步增加到50个，2009年拟增加到107个。此外，从2000年开始，全国各地方政府也比照中央部门的改革模式，开始逐步推行编制部门预算的改革。