通过编制部门预算的改革，使一个部门的所有收支项目（包括预算外资金）都在一本预算中反映出来，初步实现了“一个部门一本预算”的目标，而且部门预算经过人大批准后，对该部门的收支活动就具有法律效力。这意味着，我国的预算制度向着“归一性”和“法治性”方向前进了一大步，在我国的预算制度改革进程中具有里程碑的意义。
（2）实行国库集中收付制度。一个现代化的国库管理制度是强化财政管理和监督，提高资金使用效率的重要保证，被认为是建立公共财政制度框架的基石。2001年2月，国务院通过了《财政国库管理制度改革方案》，标志着我国的国库集中收付制度改革正式启动。《方案》要求，我国以建立国库单一账户体系为基础，资金缴拨国库集中收付为主要形式的财政国库管理制度为目标，逐步全面推行国库集中收付制度改革。改革的核心内容有两项：第一，建立国库单一账户体系。第二，财政收支全面实行国库集中收付。收入方面，取消原来层层代缴、收入过渡的模式，改为采用直接缴款模式。支出方面，主要采用财政直接支付制，即由财政部门直接将资金付给收款人。2001年9月，财政部率先在水利部、科技部、财政部等6个中央部门及所属136个基层预算单位进行了首批试点改革，2002年又分两批将实行集中支付改革的试点部门扩大到42个。在地方，从2001年11月起，部分省市也陆续开始进行试点。国库集中收付制度改革在全国的推进速度很快。截至2007年底，所有中央部门及所属9300多个基层预算单位实施了国库集中支付改革，地方36个省、自治区、直辖市和计划单列市本级，300多个地市，1300多个县（区），超过23万个基层预算单位实施了国库集中支付改革。从收入收缴管理改革看，截至2007年底，有非税收入的中央部门均纳入改革范围，近50个中央部门已正式实施改革。地方绝大多数省份的省本级、近200个地市、1000多个县（区）、超过18万个执收单位实施了非税收入收缴改革。（3）实行政府采购制度。从1996年开始，我国上海、河北、深圳等地开展了政府采购改革的试点工作，取得了良好的效果，并开始在全国迅速推广开来。到1998年，中央和地方财政部门大都设置了专门的政府采购机构。在此基础上，财政部于1999年4月发布了《政府采购管理暂行办法》，2002年底，我国又正式颁布了《政府采购法》，形成了一套相对成熟的政府采购法律制度。此外，中央和地方各个部门也开始陆续编制部门采购预算。实行政府采购制度，主要采取集中公开采购的形式，在一定程度上克服了分散采购的种种弊端，提高了财政资金使用效率，是预算制度改革的一项重要配套改革。
1998年以来，我国政府采购的规模不断扩大，1998年为31亿，1999年达到128亿，2002年达到1010亿，2007年进一步提高到4000亿。据财政部统计，2002年至2007年政府采购资金年节约率达到11%，累计节约财政资金1800多亿元，财政资金使用效率明显提高。（4）扩大纳入预算管理的收入范围。财政部继1997年将部分政府性基金纳入预算管理以来，于1999、2000、2002，2003年陆续出台了一系列文件，逐步将部分行政事业性收费和政府性基金纳入预算管理，其中行政事业性收费纳入一般预算收入，政府性基金纳入基金预算，进一步扩大了纳入预算管理的政府收入范围。到2006年，国务院批准的收费项目90%以上已纳入预算管理，政府性基金则全部纳入预算管理，主要包括铁路建设基金、三峡工程建设基金、港口建设费等20多项基金，从2007年起土地出让收支纳入地方政府性基金管理。
（5）建立社会保险基金预算。早在1993年，十四届三中全会的《决定》就已经提出建立社会保障预算，1995年通过的《预算法实施条例》也做出了编制社会保障预算的规定。1999年，财政部和社会保障部联合发布了《社会保险基金财务制度》，提出了编制社会保险基金预算的具体规定，我国开始正式编制社会保险基金预算。根据《制度》规定，社会保险基金预算由经办机构编制，由劳动保障部门审核汇总并报财政部门审核，并由同级政府批准。这意味着，与政府性基金预算类似，社会保险基金预算同样不需要经过人大审批，因而没有达到“法治性”的要求。
（6）建立国有资本经营预算。我们在前面已经进行了讨论。
（7）实行政府收支分类改革。政府收支分类科目是编制政府预算、组织预算执行的重要依据。随着市场经济体制改革与公共财政制度改革的不断深入，我国的原政府预算科目体系变得越来越不适应，暴露出种种弊端，这是因为原收支科目体系是按照计划经济体制下政府替代市场的思路设计的，如企业挖潜改造支出、科技三项费用、流动资金等科目，既不能清晰反映政府的职能活动和政府职能转变，也无法与国际接轨。在此背景下，我国自1999年底开始研究政府收支分类改革，制定了改革方案，并于2004年底2005年初选择科技部、水利部、交通部、中纪委、国家中医药管理局和环保总局等六个中央部门，以及河北、天津、湖北、湖南、海南5省市开始了模拟试点。在试点基础上，财政部于2006年2月正式发布了《政府收支分类改革方案》和《2007年政府收支分类科目》，要求从2007年开始，全面实施政府收支分类改革。
改革围绕着以下三个方面展开：
对政府收入进行统一分类，将政府收入划分为税收收入、社会保险基金收入、非税收入、贷款转贷回收本金收入、债务收入以及转移性收入六类，与原收入分类相比，能够更加全面、细致地反映政府各项收入，不仅包括一般预算收入，还包括基金预算收入和预算外收入、社会保险基金收入，基本能够全面反映政府各项收入。从分类结构上看，改革后分设类、款、项、目四级，相比原收入分类，增加了“目”这一层次，结构更加细化了。
建立支出功能分类体系。支出功能分类不再按基本建设费、行政费、事业费等经费性质设置科目，而是统一按支出功能设置类、款、项三级科目，包括一般公共服务、外交、国防、公共安全、教育、科学技术、文化体育与传媒、社会保障和就业、社会保险基金支出、医疗卫生、环境保护、城乡社区事务、农林水事务、交通运输、工业商业金融等事务、其他支出和转移性支出共17类、170多款、800多项。新的支出功能科目能够全面反映政府支出的内容和方向，体现了政府各项职能活动，同时也利于国际比较。
建立支出经济分类体系。支出经济分类科目设类、款两级，包括工资福利支出、商品和服务支出、对个人和家庭的补助、对企业单位的补贴、转移性支出、赠与、债务利息支出、债务还本支出、基本建设支出、其他资本性支出、贷款转贷及产权参股、其他支出共12类，90多款，基本能够全面、规范地反映政府各项支出的具体用途。