一、《梧桐叶》第三折（小梁州）幺篇《古杂剧》本“春色醉宫袍”，宫袍二字和下曲（石榴花）第二句“猩血锦宫袍”重复，臧氏改为“春色醉仙桃”；《元明杂剧》的《扬州梦》第二折（醉太平）“枕边一梦觉蒙眬”，和下一曲（脱布衫）“不觉的困腾腾醉眼蒙眬”末二字重复，《元曲选》把全句改为：“华胥一枕梦初浓”；《古名家杂剧》、《古杂剧》本《金钱记》第三折（普天乐）“闷倚遍这翠屏楼”，因为楼字和同曲末句末一字犯复，《元曲选》改为山字，虽然出韵，但和隔句的断字相押，以资补救。曲律虽然不避重韵，但臧氏和另外一些文人仍然对此有顾忌。
二、《陈抟高卧》第一折（混江龙）后半首，元刊本、《阳春奏》、《杂剧选》都作：“怕有辨荣枯，问吉凶，冠婚宅葬，求财干事，若有买卦的虔心，全凭圣典，不顺人情”；《元曲选》改为：“也不论冠婚宅葬，也不论出入经营，但有那辨荣枯，问吉凶，买卦的心尊敬，我也则全凭圣典，不顺人情”；脉望馆《杂剧选》本《救风尘》第四折（庆东原）：“走遍花街请妓女，道死了全家誓，说道无重数，论报应全无。若依着咒盟言，死的来灭门户。”《元曲选》改为：“遍花街请到娼家女，那一个不对着明香宝烛，那一个不指着皇天后土，那一个不赌着鬼戮神诛，若信这咒盟言，早死的绝门户。”《古杂剧》本《梧桐雨》楔子（幺篇）“国家真到危如累卵才防护，成大事，掌权谋”，《元明杂剧》略同。《元曲选》改为：“休得待国家危急才防护，常先事，设权谋。”
《酹江集》评语说：“吴兴（臧氏）本改数句，觉胜原本。从之。”内容不变，词句相近，《元曲选》只加上一些衬字，就使曲文呆滞松散变得流利生动，隐晦费解变为明白如话。这三个杂剧各本大体相同，只有个别段落出入较大，可以想见是经过《元曲选》的修改。
三、《元明杂剧》本《荐福碑》第四折（水仙子）：“当日个新郎归去马如飞，我又索拨尽寒炉一夜灰。”剧本提到宋公序之女许嫁张镐，这个情节在故事几经流传之后，只留下一点不容易辨认的痕迹，以致“当日个新郎归去马如飞”句全无着落，《元曲选》改为：“枉自有三封书札袖中携，我则索拨尽寒炉一夜灰。”把前三折的情节包括无遗，而不留破绽。《酹江集》可能参照《元曲选》作了同样的改动。
四、《杂剧选》、《古名家杂剧》、《古杂剧》各本《两世姻缘》开首都有楔子，梓潼帝君上场，说明男女主角是金童玉女下凡，结尾也有相应的帝君队子接引他们证果朝天。三个本子相同，只有《元曲选》删去这一个迷信的俗套。《柳枝集》本《张生煮海》第二折前有毛女及四仙女唱酒色财气（出队子）四曲及（十棒鼓）一支，当是旧本如此。《元曲选》不载，也是同样情况。臧懋循在前引书信中说：“删抹芜繁，其不合作者，即以己意改之。”
当包括这一类情况在内。
五、《元曲选》本《倩女离魂》第一折（混江龙）一段：“俺本是乘鸾艳质，他须有中雀丰标。苦被煞尊堂间阻，争把俺情义轻抛。空误了幽期密约，虚过了月夕花朝。无缘配合，有分煎熬。”《柳枝集》作：“这鸳帏幼女共蜗舍书生，本是夫妻义分，却做兄妹排行。煞尊堂间阻，俺情义难绝。他偷传锦字，我暗寄香囊。都只是家前院后，又不隔地北天南。空误了数番密约，过了几度黄昏。无缘配合，有分煎熬。”《柳枝集》编者孟称舜评语：“絮絮叨叨，说尽儿女情肠。吴兴本（《元曲选》）于此删去将半，殊觉寂寂矣。”
以细节描写而论，这些话算得上是知音，但是剧中老夫人说：“且住一两日，行程也未迟哩。”在这样短促的时间里，要像（混江龙）所说的那样“偷传锦字”、“暗寄香囊”、“数番密约”是来不及的；第四折写到倩女幽灵出走，追上王生，王生责备她私奔有玷风化，这和上面所说的密约偷期在人物性格上未免前后不一致。可见《元曲选》的修改，从剧情发展和人物性格的大处着眼，比《柳枝集》高明得多。第三折（哨遍），《柳枝集》：“在后园里竹边书舍，眼底阳台。”《元曲选》改为：“想当日在竹边书舍，柳外离亭。”
幽会的后花园改为送别饯行的长亭，理由相近。《柳枝集》本第四折，王生状元及第，差张千送家信，倩女对他说：“兀那汉子，将书来。”《元曲选》改为：“梅香，将书来我看。”官家小姐和男人授受不亲，一句话表现出自己的身价。《倩女离魂》流传较广，《古杂剧》、脉望馆《古名家杂剧》都和《柳枝集》一致，而《柳枝集》又注明有的出于臧懋循的修改，这一点当属可信。
以上从文字避复、适当增加衬字等等字句上的润色以至有关一折一剧如同《倩女离魂》在思想艺术上的全面提高，都可以见出臧懋循在改订《元曲选》所作的可贵贡献。退一步说，即使不是出于他的修改，而是由于他博采现已失传的各本之所长，他的认真细致的编选工作也应该给以充分的肯定，不能像孙氏那样轻易将它抹杀。
下面是改差的例子。
一、元刊本《范张鸡黍》第三折（元和令）：“你看树挂尽汝阳城外柳，和这青□（山）一夜也白头”，脉望馆《杂剧选》、《酹江集》两本大体相同。《元曲选》将“树挂”改为“剑挂”。《酹江集》批评说：“霜倒挂，谓之挂白。见则国有大故，故曲云吴兴本改为剑挂云云，殊失本旨”。《元曲选》用吴季札在故友坟前挂剑事，但“剑挂尽”文字不通。脉望馆《古名家杂剧》、《太和正音谱》两本《岳阳楼》第二折（梧桐树）“和饭”，《元曲选》改为“剩饭”也一样，都由于不明北方话的词义而错改。
二、脉望馆《古名家》、《元明杂剧》本《梧桐雨》第三折将军陈玄礼迫使唐明皇处死杨贵妃，唐明皇的唱词：“龙泉三尺手中拿，便赐死着沙，他一句话生杀，更问甚陛下。”《元曲选》嫌它不够明朗通畅，当中两句改为：“便不将他刺杀，也将他吓杀。”这样一来第三、四句衔接不紧，松散无力。原意说，既然陈玄礼一句话就决定贵妃的生死，那又何必向我皇上请旨呢。
愤愤之情，溢于言表。《倩女离魂》第四折（寨儿令）：“我每日价萦萦，搁不住两泪盈盈。”《太和正音谱》、脉望馆《古名家》、《古杂剧》三本都同。《元曲选》把第一句改为“可怜我伶仃也那伶仃”，弄巧成拙，不如原作自然。这两个例子使人想起吴梅《顾曲麈谈》批评臧懋循将《紫钗记》《观灯遣媒》出（三学士）“是俺不合向天街倚暮花”，改为“俺不该事游耍”，原句虽在可解不可解之间，吴氏以为“正得元人浑脱之意”，而臧氏一改，“文字竟全无生动之气”。片面追求当行本色而使戏曲语言流于俚俗，而不注意取其精华，弃其糟粕，臧懋循在这一点和沈璟有所区别，但他偶然也有这样的缺点。
上面所引《元曲选》改好、改差的例子都只是其中一小部分。改好的多于改坏的，这是事实。臧懋循的改订功大于过，三百年来某些学者对它的偏见，理应加以消除。
此外，另有一类异文，《元曲选》明显地比其他选本好。与其说是出于臧懋循的改词，不如说是他在当时通行本之外访求到少见的更好或更忠实于原作的别本所致．如《赵氏孤儿》，《元曲选》就在地名太平庄之上留有缺字记号，如果出于改订，那完全可以删去或任意填补而不会留下作伪的痕迹。现在就以人所艳称的元代两大悲剧《窦娥冤》和《赵氏孤儿》为例，说明《元曲选》对其他元明选本的优越性。
先看《窦娥冤》。
张驴儿在羊肚儿汤里下毒药要害死蔡婆，不料张驴儿的父亲误吃致死。当蔡婆为死者悲伤地啼哭时，窦娥有一段唱词，要她婆婆摆正她和张家父子的关系：《元曲选》不是窦娥忤逆，生怕旁人论议。不如听咱劝你，认个自家晦气：割舍的一具棺材停置，几件布帛收拾；出了咱家门里，送入她家坟地。这不是你那从小儿年纪指脚的夫妻（第二折（斗虾輶）脉望馆《古名家》不怕旁人笑耻，不是窦娥忤逆。劝不的即即世世，哭哭啼啼，烦天恼地，呸，不似你舍不的你那从小里指脚儿夫妻……
脉望馆本第一、二句不相连贯，“呸”——语气不适合窦娥对蔡婆的态度，远不如《元曲选》所写，窦娥当机立断，劝蔡婆拿定主张，摆脱困境。表面上对蔡婆不满，其实话是说给张驴儿听的，义正词严，一刀两断，而无损于她对婆婆的情意。
吃羊肚儿汤时，脉望馆本窦娥有一句唱词：“您三口儿团圆倒大来喜。”（隔尾）三口儿指蔡婆和张驴儿父子。窦娥对蔡婆当面热嘲冷讽，把她和张驴儿父子合在一起，分不清亲人仇人，这未免失之过分。这一句《元曲选》作“得一个身子平安倒大来喜”，虽非警句，却是此情此景中应有的话，窦娥形象可以塑造得更为泼辣，但必须前后脉络分明。个性可以有发展，而不能前后矛盾。
脉望馆本第四折比《元曲选》少四曲，以致窦天章不经审判就把冤案平反，显得不合情理。
再看《赵氏孤儿》。
前已指出元刊本缺第五折，和题目正名不相适应。
第一折元刊本比《元曲选》少三曲。在这三曲里，程婴偷出孤儿，去而复回，只怕监守将军韩厥当面放他，过后又去密报请功。他的这一番犹豫，写出程婴深沉而有远虑，同时也使得韩厥自刎明志在心理上有了依据。这是搜孤中的一段重要描写。元刊本缺少这三曲，韩厥自刎成为缺乏真情实感而徒具形式的“义举”。
第三折程婴被迫对他的同谋者公孙杵臼进行拷打。屠岸贾要借此关节体察两人之间的真实关系。（得胜令）曲细致深入地揭示了两人之间真情欲露而不露的微妙状态，异常紧张而又异常真实。这也为元刊本所缺少。元刊本比《元曲选》多九曲，没有一曲是精彩之作，而缺少的上述四曲却是少见的心理描写的成功之作。
从上面两种版本的不完全的若干对照看来，《窦娥冤》和《赵氏孤儿》两大悲剧，《元曲选》显然比脉望馆本和元刊本好。《赵氏孤儿》另有《酹江集》本，大体和《元曲选》相同，可能是同一系统，甚或是《元曲选》大同小异的翻刻本。孙氏把《元曲选》的这些异文都看作是臧氏的窜改，就这两个杂剧而论，不免恰恰和他的用意相反，他的贬词成为对臧氏的莫大赞赏。
臧氏如果把关汉卿、纪君祥的杰作作了这样有益的提高和加工，那将是何等高超的艺术才华。可惜这不会是事实。元代杂剧一再传抄，辗转翻刻，既有随意增损字句，改动关目，以致点金成铁的窜改，也有其他书会才人、无名艺人和文人学士在流传过程中不断润色而有锦上添花的加工。杂剧作家地位低微，杂剧作品不当作品看待，以致不像传统诗文一样可以找到初刻本或可信的翻刻本。在这一点，元代杂剧和明清传奇也很不同。后者由于作者大都有一定的社会地位，只要不是真正失传，就有比较可信的翻刻本或抄本，而很少会有众多的别本同时流行。汤显祖戏曲情况特殊，又当别论。版本愈古愈好的观点在一般书籍的校勘中也并不广泛适用，我们没有理由以校刻粗劣的元刊本作为标准本而排斥《元曲选》。
《元曲选》的成就简单地归结如下：
一、《元曲选》在各种选本中所收作品质量最高，数量之多则仅次于《也是园古今杂剧》。除《西厢记》因当时已有几种刻本不重出外，元代杂剧作品的精华可说都已经网罗在内，很少遗漏。现存选本如李开先《改定元贤传奇》、陈与郊《古名家杂剧》、《新续古名家杂剧》、黄正位《阳春奏》、继志斋《元明杂剧》各为三至八种不等；元刊《古今杂剧》、息机子《杂剧选》、顾曲斋《古杂剧》、孟称舜的《柳枝集》和《酹江集》各书最多不超过30种，有的还包括明代作品在内；《古名家杂剧》正续编连同脉望馆《古今杂剧》所收《古名家杂剧》55种，共65种，也只占《元曲选》的三分之二，而其中明代作品在三分之一以上。各种选本以《也是园古今杂剧》抄本刻本共242种为最丰富，其中144种编为《孤本元明杂剧》，又其中可以确信为元代作品的不超过50本。也是园所藏数量虽多，而名作很少，流传不广，影响远不能和《元曲选》相比。
二、《元曲选》所收作品中《灰阑记》、《陈州粜米》、《虎头牌》、《谢金吾》、《冻苏秦》、《昊天塔》、《救孝子》、《伍员吹箫》、《东坡梦》、《秋胡戏妻》、《抱妆盒》、《神奴儿》、《争报恩》、《冯玉兰》、《来生债》等15种是孤本。没有《元曲选》，它们就不能流传到现在。此外《薛仁贵》、《竹叶舟》两种，如果没有《元曲选》，那就只有科白不全的元刊本。除《元曲选》外，《赵氏孤儿》、《老生儿》、《铁拐李》和《李逵负荆》、《隔江斗智》只见于《酹江集》，其中前三种又见于元刊本，《张生煮海》只见于《柳枝集》，而《酹江集》、《柳枝集》有的据《元曲选》翻刻，如果没有《元曲选》，上述六种有的也可能失传，或者只有科白不全的元刊本。
三、在同类刻本中，《元曲选》采用的底本通常是最好的一种。如上文所作的比较，《元曲选》所印的《窦娥冤》和《赵氏孤儿》，比别的版本更有资格列之于世界大悲剧中而无愧色，如同王国维《宋元戏曲考》所说的那样。