如前所述，非政府组织在弥补市场失灵和政府失灵中可以扮演重要的角色。但是，由于种种原因，非政府组织也会陷入失灵困境，具有较健全治理结构和较高治理绩效的温州商会同样如此。在组织治理方面，温州商会的自治性与民主性存在明显不足，而在功能绩效方面，温州商会还较多存在服务不足、权力越位等现象。考察温州商会的失灵及其原因，探讨矫正这些失灵的道路途径，是研究温州商会组织治理与功能绩效的重要组成部分。
一、温州商会的治理失范与功能失效
温州商会的治理失范与功能失效主要表现在以下几个方面：
（一）较强的政治依附性
温州商会因具有较高的独立性和自治性，被誉为真正的民间商会。但在我国，由于国家对社会团体提供的政策环境大体相同，温州商会与其他社会团体一样，仍然具有较强的“官民二重性”，具体表现为温州商会对政府具有较强的依附性。特别重要的是，温州商会对政府的这种依附性不仅仅是既有国家与社会关系的遗留，更是商会主动寻求的结果。在温州，商会的主管单位主要是经贸委、协作办（现已正式更名为温州市人民政府国内经济合作办公室）和工商联，经贸委和工商联管理本地温州商会，协作办管理异地温州商会。我们的多次问卷调查和访谈都表明，一些受工商联管理的行业协会更愿意接受经贸委管理，而受经贸委和工商联管理的行业协会很羡慕受协作办管理的异地商会。出现这种与习惯认识相左的现象，其原因主要在于经贸委是正式政府职能机构，它能够比作为民间团体的工商联据有更多的政府资源；而协作办比经贸委更能够接近政府领导人。2007年，在收到有效问卷的57家行业商会和行业协会中，倾向于接受政府职能部门管理的有37家，占64.9%（见表6‐1）。
商会政治依附性的另一重要表现是商会与政府之间依存度的不平衡。在57家行业商会和行业协会中，39家认为对本组织影响最大的单位是业务主管单位和其他政府部门，占68.4%；而在接受调查的政府官员中，尽管79.6%的政府官员认为温州商会能够发挥更重要的作用，但77.6%的政府官员认为只有少数商会受到政府重视，只有6.1%的官员认为商会成为政府真正重视的对象。这表明，商会虽然处于政府与企业之间，但它更重视政府；政府在处理与企业的关系时，更相信职能部门而不是商会。
再次，商会的政治依附性还表现为有相当比例商会的实际管理者是政府退休官员，商会需要借助于这些官员的人脉关系处理与政府的关系；商会在维权中，关注的是企业间的侵权，鲜有涉足政府对企业的侵权；等等。
2006年，浙江省人民政府曾出台《关于推进行业协会改革和发展的若干意见》（浙政发〔2006〕57号），要求通过机构分设、人员分离、职能分开和财产分开等实现政会分开。中共浙江省委组织部、浙江省民政厅《关于现职机关工作人员不得在行业协会兼职的通知》（浙组〔2006〕49号）进一步明确了政会分离的范围和程序。2007年国务院办公厅颁发《关于加快推进行业协会商会改革和发展的若干意见》（国办发〔2007〕6号），在行业协会的机制改革方面要求实行政会分开，其中包括：行业协会要严格依照法律法规和章程独立自主地开展活动，切实解决行政化倾向严重以及依赖政府等问题；要从职能、机构、工作人员、财务等方面与政府及其部门、企事业单位彻底分开，目前尚合署办公的要限期分开；现职公务员不得在行业协会兼任领导职务，确实需要兼任的要严格按有关规定审批；行业协会使用的国有资产要明确产权归属，按照有关规定划归行业协会使用和管理；建立政府购买行业协会服务的制度，对行业协会受政府委托开展业务活动或提供的服务，政府应支付相应的费用。
基于上述文件，温州市发改委、民政局制定了《关于温州市行业协会与行政机关脱钩的实施意见》，要求凡现职机关工作人员兼任行业协会职务、与行政机关合署办公、与行政机关会计合账的行业协会，都要在2008年8月底以前完成脱钩，实现机构分设、人员分离、财务分开、职能分开和编制分开，已兼职的公职人员须退出相关行业协会等。在《实施意见》的执行过程中，经行业协会自查、业务主管单位核实和登记管理机关审查，确定应脱钩的行业协会达116家，其中由公务员兼职的84家。这批行业协会在规定期限内与行政机关完全脱钩，155人次的兼职公务员退出了行业协会工作人员队伍；44家与行政机关合署办公的行业协会实现了机构分设；1家与行政机关会计合账的行业协会实现了财务独立。由此可见，在上述政策执行之前，温州行业协会约有1／4没有做到政会分开，1／5由公务员兼职，1／10合署办公。
进一步说，尽管政府推动政会分离，商会在实际运作中仍然努力与政府保持密切联系，它们仍然倾向于聘请政府离退休人员出任秘书长。有关政策要求“现职机关工作人员”和“公务员”不得在行业协会兼职，但并不限制行政部门离退休人员在行业协会任职。在对温州市经贸委和工商联主管的行业协会调查的58份有效问卷中，有26家行业协会的秘书长是行政部门离退休人员，占44.8%。在其他政府部门主管的行业协会中，退休官员任秘书长的现象更加普遍，退休官员担任会长也并非个别现象。在个别行业协会，仍然由现职官员担任会长或秘书长，如温州市电力行业协会会长和常务副会长分别是市电业局的局长和副局长，温州市品牌协会的秘书长是市工商局商标广告监管处处长。至于聘任政府官员出任商会名誉会长、顾问，则更为普遍。
如温州市教玩具行业协会聘请了45位政府官员为名誉会长、名誉副会长、顾问、特约理事，温州市食品工业协会聘请了副市长担任名誉会长、经贸委主任担任高级顾问和其他12位政府部门负责人担任顾问，四川省温州商会聘请了9位省部级、14位厅级干部担任顾问。商会的这一“攀官”现象表明，在现有的制度环境中，商会需要借助于官员权力而不是正式制度来表达诉求。
而且，政会分开尽管在某种程度上推进了温州商会的自主性，但它并没有使商会获得独立于政府、与政府相平等的地位。这突出地表现在：（1）一些商会负责人将商会看作一个政治平台，是他们参政议政、谋取政治地位的阶梯。因为借助商会这个平台，商会尤其是工商联主管的商会负责人比较容易作为统战对象而成为人大代表和政协委员。异地温州商会的情况大体相似。
在异地的温州商人参政议政的积极性较高，如南昌温州商会2002年成立后的一年间，先后有9位商会领导当选为各级人大代表和政协委员，2006年南昌市“两会”换届时南昌温州商会领导有6位当选为市人大代表，2位当选为政协委员。对企业家而言，一旦成为人大代表或政协委员，就有了与职能部门沟通的平台，有利于行业和企业的发展。（2）政府强制性地要求商会为政府服务。《温州市行业协会管理办法》要求行业协会履行的职能包括：“行业统计调查、收集，发布行业信息”、“承办政府及有关部门委托事项”。这两项职能是行业协会的义务，而非政府购买行业协会的服务。尤其是有关部门委托事项没有明确范围，一些政府部门委托的工作给行业协会带来了很大负担。如行业调查统计，并不是行业协会所能完成的，因为在大多数行业协会中，会员并不占行业的绝对多数。政府部门之所以把一些应该由自己完成的事项硬塞给行业协会，正是因为两者地位的不对称，政府可以强迫行业协会履行某些不该履行的事项。这些都表明，政府和商会之间还没有形成一种伙伴关系，商会或明或暗地依附于政府。
（二）内部治理不足
温州商会基本上都处于“关系合约”向“制度化治理”的演进阶段，内部治理中的不规范现象仍然十分普遍，主要表现为治理结构不全、民主机制欠缺。
在2007年我们的调研中，42家行业协会（商会）向我们表述了其发展过程中面临的问题与困境，其中25家存在资金困难，11家直接提出人才资源紧缺。从商会的经费来源看，2007年与2003年相比，收入来源并没有什么新变化，最主要的仍然是“会费收入”和“企业赞助”，其他来源很少，很多协会的经费仅够维持基本的工资支出与日常开支，谈不上为行业发展而开展相关活动。现任协会秘书长中近一半是政府行政部门或事业单位的离退休人员，年龄最高者70岁，平均年龄56.71岁，年龄老化严重。伴随着专职人员老龄化现象的就是行业协会组织人手短缺，缺少相关专业化人才。目前，行业协会（商会）平均专职办公人员为3.63人，少的仅有1人，无法满足行业管理的需要。在访谈中，很多工作人员向我们抱怨“待遇低，无保障”，这也是导致行业协会组织人力资源短缺的重要原因。这些因素都直接影响到商会的执行力。
商会会长选举中的不民主现象曾多次为媒体曝光。比如2005年底，郑州温州商会换届出现“大地震”，众多常务理事和理事反对在原来的35名副会长中选举产生新会长，并且认为选举过程和程序不公正。第二年，7名郑州温州商会第二届理事会的理事、常务理事和副会长，将郑州市民政局告上了法庭，要求被告撤销对第三届商会会长的备案和确认，重新组织、监督第三届会长的选举。又如2007年，宜昌温州商会因多人参与竞选会长，并在增加理事等事宜上存在严重分歧而推迟换届，一些理事为此上访。2007年11月，在宜昌有关部门介入下，既往会长连任。2008年4月19日下午，宜昌市温州商会举行第三届会员大会，准备通过新的会长等领导机构，但换届大会却一度中断，50多名会员大闹会场，质问会长的产生过程，随后离开会场，扬言退会。另外，温州的许多行业协会都是在2000年前后成立的，成立初期的章程对会长任期有所限制，一般会有“任期不得超过两届”的规定。最近3年，许多会长任期满两届，其中部分会长还想连任。于是，一些行业协会就开始修改章程中关于会长任期的条款，将“任期不得超过两届”修改为“可以连选连任”。某行业协会甚至在会长连任至第5届时才开始修改这一条款。
2006年有两家行业协会没有换届，主要原因是现任会长的阻挠。会长们之所以恋栈不去，是因为这个职位可以给他们带来政治待遇、社会地位和经济资源。会长换届中的这些现象不但有损温州商会的整体形象，而且不利于其内部治理机制的建设，直接影响到商会的发展。
商会内部职位的高低在很大程度上取决于其资本实力。我们的调查表明，54份有效问卷中，会长所在企业为本行业龙头企业的为34家，占63%；为行业内较大企业的有17家，占31.5%；为行业内中小型企业的只有3家，占5.5%。而异地商会的会长，基本上都是当地最有经济实力的温州企业家。公共选择学派的研究表明，在社团组建之初，企业家必须投资，以便于为团体行为提供支持，从而使人们获得成员身份的收益大于投入。但这可能导致寡头化，因为企业家“总是会采取行动，以增加自己的自主性、避免受团体成员的控制；他们也会强化自己的自由处置权，增加或者维持团体成员对他们的信赖”。此外，和一般会员只缴纳会员费不同，会长、副会长和理事还要缴纳赞助费，这笔经费因商会实力不同而有很大差异，在实力强大的商会中，会长的赞助费比较高，是中小型企业难以承受的。如温州市电气行业协会会长为德力西集团的胡成中，德力西除每年缴纳12万元赞助费外，还提供一层楼作为行业协会的办公场所。2007年金华温州商会换届时，竞争会长成功的姜永忠赞助商会108万元。这表明资本的力量严重影响行业协会的治理结构，是导致温州商会精英化治理的关键因素之一。由于经济实力已经决定了企业家在商会中的地位，那么民主程序能否履行就显得不甚重要。在我们所参加的十多次行业协会年会和换届选举中，基本上都没有严格履行民主程序。最典型的一次是2007年杭州市文成商会换届，先由会员选出理事，再由理事选出会长、副会长，所有选举都是等额选举。根据事先安排，理事由会员投票选出，但会员们嫌程序烦琐，纷纷要求改为举手表决。于是，现场修改程序，由会员举手表决。对会员来说，既然商会的职务已经预先设定，无论程序是否公正都没有意义，当然选择更简便的方式。