1988年，中华书局出版了方豪的《中国天主教人物传》。《方豪六十自定稿》虽然没有在大陆出版过，但此书通过种种渠道在学者中间流传。方豪的这些著作，对于推动大陆自80年代起的海上丝绸之路的研究，发挥了不可估量的作用。2008年，上海人民出版社重印了方豪的《中西交通史》，韩琦在《重读方豪<；中西交通史>；》中写道：“方豪的时代尽管已经过去，但他的论著仍有重要的学术价值。”全汉昇是在1949年之前即以研究中国经济史而著名的学者，到了台湾后，致力于中国海外贸易史的研究，特别是16世纪美洲白银通过海上丝绸之路流入中国问题的研究。自20世纪50年代至90年代，他在《“中研院”历史语言研究所集刊》上发表的论文就有《美洲白银与十八世纪中国物价革命的关系》、《明中叶后中国黄金的输出贸易》、《明中叶后中日间的丝银贸易》、《略论新航路发现后的海上丝绸之路》、《略论十七八世纪的中荷贸易》、《再论十七八世纪的中荷贸易》、《略谈近代早期中菲贸易史料：<；菲律宾群岛>；——以美洲白银与中国丝绸贸易为例》、《明清间美洲白银输入中国的估计》等。2009年，中华书局出版了《“中研院”历史语言研究所集刊论文类编》，上述全汉昇的论文，可见“历史编·明清卷”。他的其他主要论文还有《明季中国与菲律宾间的贸易》（香港中文大学《中国文化研究所学报》1968年第1卷），《明清间美洲白银的输入中国》（《中国文化研究所学报》1969年第2期），《自明季至清中叶西属美洲的中国丝货贸易》（《中国文化研究所学报》1971年第2期），《明代中叶后澳门的海外贸易》（《中国文化研究所学报》1972年第1期），《近代早期西班牙人对中菲贸易的争论》（《中国文化研究所学报》1976年第1期），《再论明清间美洲白银的输入中国》（《陶希圣先生八秩荣庆论文集》1979年）。他的主要论文集有《明清经济史硏究》（1987年），《中国经济史论丛》两册（1972-1976年）。2011年，中华书局出版了全汉昇的《中国经济史研究》。
台湾其他学者也对海上丝绸之路相关问题进行过比较深入的研究。在对郑和下西洋的研究中，较早的论文有包遵彭的《郑和下西洋的宝船制度考》（《大陆杂志》1959年第1期），文中提出：郑和下西洋的宝船“至少有七种不同制度，大小相比。其船料、修、广、桅数，系依次递减，每次奉使远航，均非同一形制”。进入60年代，这方面的研究更多了。除了夏靳的《郑和七次下西洋地名考》（《大陆杂志》1963年第3期）外，主要有徐玉虎的一系列文章：《郑和下西洋航海图考》（《大陆杂志》1962年第12期）、《巩珍<；西洋番国志>；庋藏经过考》（《大陆杂志》1965年第6期）、《郑和航海“过洋牵星图”之诠释》（《大陆杂志》1966年第6期）、《郑和时代航海术语与名词之诠释》（《明代郑和航海图之研究》，台湾学生书店1976年）、《明郑和航海图中针路之考释》（辅仁大学《人文学报》1973-1975年）等。最后一篇文章，被认为是继60年代向达之后“关于郑和下西洋航行路线研究的长篇力作”。
在中国与欧洲早期关系史研究中，曹永和与赖永祥取得了非凡的成就。曹永和的研究重点是荷兰与台湾的历史关系，主要论文有《荷兰与西班牙占据时期的台湾》（《台湾文化论集》1954年）、《从荷兰文献谈郑成功之研究》（《台湾文献》1961年第1期）、《荷据时期台湾开发史略》（《台湾文献》1976年第1期）等。另外，他还写过一篇十分独特的文章《欧洲古地图上之台湾》（《台湾文献》1962年第1期），很值得一读。1979年，台北的联经出版事业公司出版了曹永和的《台湾早期历史研究》一书，收录了上述这些文章。2000年，台北的联经出版公司又推出了曹永和的《台湾早期历史研究续集》和《中国海洋史论集》两部著作。
赖永祥的研究重点是英国与台湾的历史关系，特别是英国东印度公司与台湾郑氏政权的贸易关系。他的力作《台湾郑氏与英国的通商关系史》（《台湾文献》1965年第2期），以英国东印度公司所保存的档案资料为依据，全面考察了英国东印度公司与郑氏政权之间的贸易关系。该文认为，英国东印度公司与台湾郑氏政权之间的关系，“起自康熙九年（1670年）英船班丹号抵台时，至康熙二十二年（1683年）郑氏降清时为止。英人来台系应郑经之邀请而来者，郑氏为求通洋之利及军火之援助，英人则计划在台设立基地，以之作中日菲欧南海间之中介贸易，进而企图与中国日本直接贸易”。文章介绍了双方的贸易商品、具体的贸易船只，分析了影响英国东印度公司与郑氏政权之间贸易关系的种种因素，附带指出，向达等人在英国所见到的永历大统历，实际上是英国东印度公司从台湾带去的。赖永祥主要著作有《十七世纪台湾英国贸易史料》（1959年）、《台湾史研究（初集）》（1970年）等。
对于古代中日关系史，台湾学者也有不少研究。余又荪发表过《元代的中日贸易》（《铭传学报》1965年第1期）、《明代以前之中日关系》（《大陆杂志》1951年第2期）、《明代与日本之勘合贸易》（《铭传学报》1965年第2期）等一系列文章。李光涛除了《日本朝贡大明史事》（《大陆杂志》1964年第7期）等研究中日关系的文章外，还发表过研究古代中国与朝鲜半岛历史关系的不少文章，如《朝鲜壬辰倭祸与李如松之东征》（《“中研院”历史语言研究所集刊》第22本，1950年）、《明季朝鲜“倭祸”与“中原奸人”》（《“中研院”历史语言研究所集刊》第26本，1955年）、《朝鲜实录中所见之中韩文化关系》（《“中研院”历史语言研究所集刊》第33本，1962年）等。稍后关于中国与朝鲜半岛海上往来的主要文章有宋晞的《宋商在宋丽贸易中的贡献》（《史学汇刊》1977年第8期）。
此外，还可以列举一些很有特色的文章，如李光涛的《记清代的暹罗国表文》（《“中研院”历史语言研究所集刊》第30本下，1959年）、陈学霖的《记明代外番入贡中国之华籍使事》（《大陆杂志》1962年第4期）等。在《记明代外番入贡中国之华籍使事》一文中，作者指出：“明代外夷之以华人充入贡使事，东有日本、琉球；南有暹罗、真腊、爪哇等国。”文章在考察了宋素卿、谢文彬、洪茂仔等充当外国贡使的华人事迹后，认为“诸华籍使事，除极少数人外，余皆流品复杂，无甚教养者”，他们成为外夷的贡使，“实为极偶然之事”，而且，“外夷之以华人充任贡使，除方便言语外，于彼邦，或于中国，皆鲜有作用”。而大陆学者是在20年后才开始专门研究这个问题的。
在香港，饶宗颐的许多文章也与海上丝绸之路相关，例如他的《蜀布与Cinapatta——论早期中印缅交通》（《“中研院”历史语言研究所集刊》第45本第4分，1974年）。1999年，汕头大学出版社出版了《饶宗颐东方学论集》，收录了他在这方面的主要论文。另外，1949年后移居香港的罗香林，对海上丝绸之路也有过不少研究，主要成果有《蒲寿庚研究》（1955年）、《屯门与其地自唐至明之海上交通》（《新亚学报》1957年第2期）、《1842年以前之香港及其对外交通》（1959年）、《唐代光孝寺与中印交通之关系》（1959年）、《香港与中西文化之交流》（1961年）。
在特殊的国际环境下，在特殊的政治氛围中，1949年之后的中国大陆依然继续研究与海上丝绸之路相关的问题。不断出现的考古新发现，为这样的研究提供了持续的推动力。1949年之前已经享誉学术界的一批学者，保证了这些研究得以在很高的学术水平上进行。尽管海上丝绸之路的研究并不是大陆学术界的主流，而且充满了曲折，但并没有完全中断。在台湾及香港，对海上丝绸之路的研究也不是最引人关注的领域，但成果却很不少。所有这一切，为20世纪后期海上丝绸之路研究的繁荣奠定了坚实的基础。