90年代以后对马戛尔尼的研究更加热烈，论题扩大，涉及政治、经济、文化、心理等方面。1993年是马戛尔尼使华200周年，相关研究因此而得到推动。在承德举行了“中英通史200周年国际学术讨论会”，后来出版了《中英通史二百周年学术讨论会论文集》。法国学者佩雷菲特的专著《停滞的帝国——两个世界的撞击》（王国卿等译）也于1993年由三联书店出版。1996年，中国第一历史档案馆编纂出版了《英使马戛尔尼访华档案史料汇编》（国际文化出版公司1996年版）。
一些学者从新的角度探讨马戛尔尼使华失败的原因。例如，吴大康认为，马戛尔尼使团的目的是为了解决中英之间不正常的外交和贸易，并兼有某种殖民因素，其失败的主要原因在于中英两国文化背景与政治观念的不同，在于清王朝的封闭性、腐朽性及狭隘的民族主义。戴逸先生在《清代乾隆朝的中英关系》一文中重申，清初实行的闭关政策是马戛尔尼失败的根本原因，这次失败使中国失去了一次在18世纪融入世界的机会。
1793年9月14日，英国使臣马戛尔尼觐见了乾隆皇帝，不过，对于马戛尔尼觐见乾隆的具体礼仪，中外记载并不相同。英国方面的记载说：马戛尔尼是按照英国礼节（单腿跪地或鞠躬礼）觐见乾隆帝的。而清朝文献表明，英国使臣按照中国礼节向皇帝行了三跪九叩之礼。这样，关于马戛尔尼使团觐见乾隆皇帝的礼仪问题，成了国内外学者争论的一个焦点，20世纪后期这个争论依然在继续。王开玺在一系列的研究中不仅认为中国方面的记载更加可靠，而且还指出：“礼仪之争”虽不构成中外国家政治关系史的主要内容，但反映了极其鲜明的时代特征，清晰勾勒出中国由独立国家逐步沦为半殖民地国家的历史轨迹。刘凤云认为，马戛尔尼使团来华的礼仪之争，实质是东方第一强国与西方第一强国之间为维护本国尊严的一场较量。礼节冲突的实质是文化的冲突，这也是导致马戛尔尼外交失败的主要原因之一。
20世纪后期，关于马戛尔尼使团的其他一些问题也受到了学者们的关注。例如，黄兴涛探讨了马戛尔尼是否向清朝政府提出在华传教的问题，认为“英使没有提出过在华传教要求的观点，是基本可靠的”。该文同时又指出，由于传教士的参与和帮助，直接促成了英国使团的成行，从而使马戛尔尼使团“在实现总体目标失败的前提下”取得几点“难得的”收获。林延清对马戛尔尼使团携带的大量“贡品”进行了详细的研究，认为这些“贡品”都是经过精心挑选的，品种丰富，质量上乘，简直可以说是英国工业产品的博览会，反映了英国工业革命的最新成果。英国人不远千里将这些“贡品”带到中国来的目的，是为了在政治上“讨得清朝皇帝及其官员的欢心，并让他们意识到英国的先进、强大和富有，为外交谈判奠定基础；在经济上希望通过输入新兴工业产品，引起中国人的消费欲望，为扩大英国的进口商品市场服务”。黄宇蓝考察了中英双方对于这些“贡品”的不同看法。在中国官员看来，马戛尔尼使团带来的是“贡品”，而在英国人看来，他们送来的是“礼品”。由此也可看出，中英双方对于马戛尔尼使团在认识上的差异，而且双方都充满了自信，而未能充分地认识对方。计秋枫专门分析了马戛尔尼使团访华所携带的英国国书译本（所谓“表文”），认为这份国书在译成中文时，被英国使团所聘华人翻译作了有意的改动，从而沦为一份属国“表文”，最终强化了清朝政府对于英国及马戛尔尼使团的错误认识，“把事实上正在经历工业革命洗礼的而蒸蒸日上的大英帝国继续当做微不足道的‘蛮荒’番邦对待，更无意筹划如何应对未来的挑战”，并且在某种程度上还影响了此后几十年中英关系的发展。
马戛尔尼使团最终并没有达到与中国建立外交关系的目的，从这个意义上来说，这次出使是失败的。从20世纪后期开始，学者们开始探讨马戛尔尼使团对于英国社会的积极影响。林延清认为，马戛尔尼使团访华虽然没有达到预期的目的，但他们通过此行对中国社会有了一定了解和认识，并且使英国人对于中国的看法发生了很大改变。欧阳哲生写道：马戛尔尼使团访华期间广泛搜集资料，并且撰写了关于中国社会各个方面的大量著作，从而改变了“过去主要由传教士进行传播‘中国经验’的做法，开启了非神职人员主导欧洲‘中国经验’的新局面”；强化了英国人的优越感和贬华倾向，并为英国发动两次鸦片战争提供了丰富的情报资源。侯强等人认为，马戛尔尼使团的对华外交策略是经过精心准备和周密策划的，其意在推行强权政治，虽在当时的历史条件下，中英双方都不具备把自己的意志强加于对方的条件，但他们的某些要求和行为还是带有明显的侵略性。马戛尔尼使团利用娴熟的外交技巧，收集了有关中国经济、军事的大量情报，在一定程度上完成了自己的使命，为英国人制定下一步的对华政策提供了依据。
还有些学者从比较研究的角度探讨马戛尔尼使团。例如，赵世瑜通过把利玛窦等传教士与马戛尔尼使团进行比较，分析了中国形象从17世纪到19世纪在英国的变化，认为“两种异域文化的相遇或碰撞，有赖于双方对各自的历史、社会、文化的全面、深入和长期的了解和理解。只有在长期的、全面的了解和理解的基础上，正常的中西关系才有可能出现”。张顺洪则将马戛尔尼和1816年出使中国的阿美士德使团进行了比较，认为马戛尔尼在对中国进行批判与贬低的同时，也表达了不少客观的赞赏性评价，这是由于他已经意识到根据欧洲标准来评价中国是不妥当的；相比之下，阿美士德对中国的批判更多，其主要原因是由于英国社会经济的繁荣使英国人采用了不同的标准和价值观念来看待中国。这样的比较研究，是今后需要继续深入去做的。
3.关于中英早期贸易史的研究
进入18世纪，英国成了中国与欧洲海上贸易的主角。1757年之后，广州成为中国唯一对欧洲进行贸易的口岸，这样，英国与中国的海上贸易问题，又与广州的外贸管理体制紧密结合在一起。1949年之前，梁嘉彬等学者对此进行过出色的研究。1949年之后，除了彭泽益等人外，这个问题并没有受到足够的关注。进入80年代，对于中英贸易史的研究迅速成为热点，并且涌现出了一批年轻的学者。
在清朝与欧洲各国的贸易中，广东十三行曾发挥了重要作用，清政府通过它来控制对欧贸易和限制欧洲商人在华活动。20世纪80年代以来，对十三行的研究有了很大发展，如吴仁安的《明代广东三十六行初探》（《学术研究》1980年第2期）、吴建雄的《1757年以后的广东十三行》（《清史研究集》第3辑）、章深的《十三行与清代海外贸易的特点》（《中国社会经济史研究》1987年第1期）、李金明的《清代经营海外贸易的行商》（《海交史研究》1993年第2期）、庄国土的《广州制度与行商》（北京文献书目出版社1996年版）等。这些文章通过探讨十三行的由来、兴衰等问题，推进了相关研究。不久前，隋福民从新制度经济学理论出发，对广东十三行作了新的分析。
在20世纪后期，对于中西贸易中“商欠”问题的研究很有特色。林延清的《试论清中期的“夷欠”问题》（《近代史研究》1985年第1期）、章文钦的《清代前期广州中西贸易中的商欠问题》（《中国经济史研究》1990年第2期）、吴义雄的《兴泰行商欠案与鸦片战争前夕的行商体制》（《近代史研究》2007年第1期）等文章都是这方面的重要文章。其中，章文钦采用纵横研究、中西比较和计量分析的方法，探讨了商欠的产生原因及发展过程，分析了商欠所体现的行商、外商和官府三者之间的关系。该文认为，由于中国与西方生产体系和社会经济发展水平不同，西方商业资本在市场信用、资本构成、所得利润等方面都对中国封建商业资本占有压倒的优势，使外商经常处于债务人的地位，从而形成了商欠；商欠迫使中国行商从封建官商转变成为外商服务的工具，并且在破坏和摧毁清代广东洋行制度中起到了决定性的作用。吴义雄的《兴泰行商欠案与鸦片战争前夕的行商体制》一文，则具体考察了兴泰行商欠案始末，认为“兴泰行商欠案发生，除了自身的一些原因外，主要是1830年代中西贸易关系的变化和行商贸易体制自身的弊端所致”。作者分析了1834年英国东印度公司失去对华贸易垄断权后对中国行商所产生的严重后果，指出：“英国东印度公司的对华贸易垄断制度和中国行商的对外贸易垄断制度之间存在绝对的共生关系，但从对兴泰行商欠案的研究可以看出，由于二者之间的密切联系，前者的终结导致后者加速崩溃，则是毋庸置疑的。”鸦片战争前，清政府与西方国家尚无正式外交关系，在管理涉外事务方面，往往需要“大班”予以配合。黄国盛的《鸦片战争前粤海关当局与“大班”的关系及其演变》（《福建论坛》1998年第1期），杨国桢的《洋商与大班：广东十三行文书初探》（《近代史研究》1996年第3期）等文章着重考察了洋商和大班的问题。其中，杨国桢根据英国所藏清朝官方公文及广东十三行致英国东印度公司大班的信函等珍贵史料，考证了鸦片战争前清代中英贸易中的关键人物洋商与大班交往的若干史实，加深了对这一问题的研究。
有些学者研究了鸦片战争前在广州的英国商人。例如李金明认为，英商在广州的贸易，事实上就是东印度公司与港脚商人之间的角逐。随着港脚贸易的扩大和港脚商人势力的发展，他们对东印度公司对广州贸易的垄断越来越不满，终于迫使英国议会于1834年4月22日终止东印度公司对华贸易的垄断权。而后，“这些自由商人为了维护鸦片贸易，继续从中攫取暴利，即极力煽动英国政府发动侵华战争，迫使清政府签订‘南京条约’，使中国人民从此沦入半殖民地的深渊”。
林庆元等人考察了英商洋行的起源与演变过程，指出：“英商洋行从经营港脚贸易到成为英国工业资产阶级的代理商，英国‘自由商人’取代东印度公司的过程，对中华民族来说，意味着更大的灾难。英商洋行成了西方新兴工业资产阶级侵华的桥头堡，自由商人成为西方新殖民政策的实际谋划人。”在鸦片战争前的中英贸易中，茶叶是最重要的商品，垄断着中英茶叶贸易的英国东印度公司是茶叶贸易最大的主顾。萧致治等人详细地考察了17、18世纪中国与英国之间的茶叶贸易，分析了马戛尔尼使团与茶叶贸易之间的关系，探讨了茶叶贸易与鸦片贸易之间的关系，指出：“所有与茶叶贸易有关的人都对推广鸦片贸易感到极大的兴趣”，鸦片贸易的发展，不断改变了白银的流向，给中国社会产生巨大的影响。杨仁飞考察了中英茶叶贸易中垄断和自由贸易之间的竞争，认为“由于清政府采取传统贸易手法从事中英茶叶贸易，使得清政府对外贸易政策显得过分保守，行商的经济力量得不到壮大。而与此同时，英国商人在华的势力日益膨胀，他们凭借雄厚的财力，在贸易中控制经济力量薄弱的十三行商人，从中获得最大的利益”。不久前，张燕清对英国东印度公司在茶叶贸易中的垄断行为进行了进一步的探究。兰日旭等人考察了茶叶贸易对中英双方的影响。
在中英贸易中，鸦片是一项非常有特色的商品。1840年爆发的改变中国历史进程的中英战争，就是以“鸦片”命名的。早在鸦片战争前，就有中国人零星地考察过鸦片贸易问题。此后，该项研究一直没有中断过。20世纪后期，对鸦片贸易的研究更加全面、深入，取得的成果也更加丰富。主要论文有徐健竹的《鸦片战争前英国对中国的鸦片贸易》（《历史教学》1980年第9期）、林仁川的《清代福建的鸦片贸易》（《中国社会经济史研究》1985年第1期）、张力的《英国殖民地时期印度的鸦片生产与对华贸易》（《四川大学学报》1985年第4期）、邓开颂的《鸦片战争前澳门的鸦片走私贸易》（《学术研究》1990年第3期）、何大进的《早期英美对华鸦片贸易比较研究》（《史学月刊》1998年第4期）、郭卫东的《澳门与早期鸦片贸易》（《中国边疆史地研究》1999年第3期）等。龚缨晏的《鸦片的传播与对华鸦片贸易》（东方出版社1999年版）是研究这一问题的重要著作，在许多方面都有进展。龚缨晏还根据中外文资料，纠正了一些错误的说法，认为“1840年前输入中国的鸦片总量约为四十多万箱，价值约二亿两白银；1840年前中国平均每年外流的白银最多的约为六百万两；鸦片战争前夕中国每年吸食鸦片的人数约为两百五十多万人”。
吴义雄后来对此问题作了更进一步的探讨，认为在鸦片战争爆发前18年中，平均每年有1万多箱鸦片输入和1000多万两白银被掠夺。