1949年之后，大陆学术界对于鸦片战争原因的解释一直比较简单，即认为这场战争的直接原因是由于英国保护鸦片贸易，阻挠中国人民禁烟而引起的。随着对中英贸易研究的深入开展，过去30年间对于鸦片战争的原因也进行了新的第探讨。例如，顾卫民把广州通商制度同鸦片战争联系起来进行考察，认为“广州通商制度是鸦片战争前80余年中外贸易和邦交的唯一渠道，也是清政府锁国闭关的象征。它在战前引起中外日益频繁的摩擦和战后被彻底废除的事实，说明它与战端起因的必然联系”。在他看来，广州制度本质上代表了皇室、官吏和部分行商的私利，这种高度垄断性和单一性的制度势必要与西方资本主义的扩张发生纠纷与冲突；而体现在广州制度中清朝政治观念和邦交体制则是导致中英决裂的另一个重要因素。最后，顾卫民指出：“广州制度在禁止鸦片走私时力不从心，而束缚中外正常贸易却绰绰有余。历史证明，正是因为代表皇室、官吏和官商私利的广州制度本身的腐败与落伍，使得近代中国无力抵抗外部西方的侵略，又不能从内部鼓励和促进本国经济的发展，从而越来越陷于消极被动的窘境，最终导致民生凋敝，国力衰弱的恶果。”后来，有更多的人探讨了鸦片战争的原因问题，如高茂兴的《试论英国发动鸦片战争的历史原因》（《江西师范大学学报》1990年第3期）、吴致谋的《“广州体系”与鸦片战争》（《民国档案》1997年第2期）、丁顺茹的《鸦片战争前中英关系发展述评》（《广州师院学报》1998年第5期）、刘存宽的《试论英国发动第一次鸦片战争的双重动因》（《近代史研究》1998年第4期）、陈少牧的《关于鸦片战争爆发的原因再探》（《华侨大学学报》2003年第2期）等。此外，茅海建的力作《天朝的崩溃》（三联书店1995年版）对此问题也有涉及。吴义雄在不久前出版的著作中，进一步研究了这个问题，并且提出：鸦片战争的原因，并不能简单地归结为鸦片问题，英国散商才是“1834年后中英关系快速演变的决定性因素”，而“鸦片其实只是中英关系戏剧中的独特道具。对一些基督教传教士来说，鸦片贸易事关道德，但对鸦片商人而言，那纯粹与利益相关。作恶并非其目的所在，他们追求的是恶行带来的利益。资本的力量使鸦片这种毒品成为改变中西关系格局的媒介”。对鸦片战争原因的不同认识，正是中国学术进步的一个反映。
四、关于中国与欧洲之间文化交流的研究
1949年之后，大陆学术界在讨论中国与欧洲的历史关系时，基本上是从西方对中国的侵略与中国人民的反侵略这个角度出发的，很少有人关注中国与欧洲之间的文化交流问题，而作为文化交流中介人的天主教来华传教士，则被认为是“西方殖民者配合其军事、政治、经济侵略的一支先遣队”。80年代之后大陆学术界的一个显著特点是，抛开偏见，尊重史实，不仅关注到西方殖民主义者侵略的一面，也重视中国与欧洲之间文化交流，包括肯定明清之际天主教传教士的历史贡献。在过去的30年间，对于中国与欧洲文化交流史的研究，成为大陆学术界的一个热点，呈现出一派繁荣的局面，而且在研究的广度与深度上，都突破了此前的水平。过去30年的研究成果非常丰富，本文难以进行详细的叙述，只能作鸟瞰式的回顾。1980年至1999年的研究成果，还可参考徐海松所编的《耶稣会士与中西文化交流论著目录》。
1.关于来华耶稣会士的研究
在明清之际的欧洲来华传教士中，耶稣会士人数最多，所起的历史作用也最大。对耶稣会士的研究历来为国内外学者所关注。“文革”结束后，对于耶稣会士的研究很快出现高潮，主要讨论两大问题。一是如何看待耶稣会士与西方殖民扩张者之间的关系，二是耶稣会士是否把西方最先进的科学技术传入中国。1979年，冯天瑜发表了《利玛窦等耶稣会士在华活动》一文，首次把利玛窦与鸦片战争后来华的传教士区别开来，指出：“纵观利玛窦在中国二十多年的活动，我们并未发现他与西方殖民主义海盗直接勾结的证据，并未发现他有侵犯中国主权的劣迹。利玛窦基本坚持了对中国政府和人民友好的态度，这是明末耶稣会士能够与中国人师友相处，并为中西文化作出贡献的关键所在。”陈申如等人在《试论明末清初耶稣会士的历史作用》一文中指出：“建国三十多年来史学界对明末清初耶稣会士来华活动的历史，不是讳莫如深，噤若寒蝉，就是全盘否定，一笔抹杀。其实，这都不是马列主义实事求是的辩证唯物主义的态度。”文章认为，耶稣会士虽然“作为葡萄牙殖民主义者对外扩张的先锋队，首先进入中国的大门”，但当时中国是一个独立的封建专制主义的大国，葡萄牙殖民主义“不可能形成对中国独立生存的威胁，因而耶稣会士也不可能起到鸦片战争后西方传教士在中国所起的侵略帮凶的作用”。马雍通过具体分析马尔蒂尼（卫匡国）的生平事迹，认为：“虽然早期资本主义也从事一些向外扩张的殖民活动，但还没有发展到对中国进行侵略的地步。当时耶稣会士来华传教的宗旨，与所有其他宗教企图不断扩大其信仰范围的愿望相同，那是一种正当的传教活动”；“十七世纪的耶稣会士大多是慕中华文明之名而来的。他们一面传教，一面传播西方科学知识，同时他们也在学习中国的文化，传播中国的文化”。这些文章发表于拨乱反正时期，从理论与思想上为学术研究的深入开展扫清了障碍。此后，臧嵘的《明清之际来华耶稣会士的评价》（《北方论丛》1981年第4期）、林金水的《利玛窦在中国的活动与影响》（《历史研究》1983年第1期）、陈东林的《雍正驱逐传教士与清前期中西交往的中落》（《北京师范大学学报》1985年第5期）、徐明德的《明清之际来华耶稣会士对中西文化交流的贡献》（《杭州大学学报》1986年第4期）、朱维铮的《十八世纪中国的汉学和西学》（《复旦学报》1987年第3期）等文章，从不同的角度论证了耶稣会士的历史作用。
不过，也有学者提出了不同的观点。例如张维华等人通过剖析16世纪耶稣会士在华传教政策演变的过程，认为耶稣会士是当时资本主义殖民活动的一个组成部分。他们为了进入中国后，为了从思想上征服中国人，不得不一再变换传教政策，直至最后实行知识传教。就客观效果而言，耶稣会士一方面帮助了西方殖民主义，这是主要的；另一方面也促进了中西方之间的文化交流。持类似观点的文章还有史静寰的《谈明清之际入华耶稣会的学术传教》（《内蒙古师范大学学报》1983年第3期）、程维礼的《基督教与中西文化交流》（《复旦学报》1987年第1期）等。
90年代以后，更多的学者对来华传教士进行了研究，主要论文有康志杰的《也谈<；关于明清耶稣会士在华活动评介的几个问题>；》（《学术月刊》1993年第10期）、许明龙的《试评18世纪末以前来华的欧洲耶稣会士》（《世界历史》1993年第4期）、万明的《明代后期西方传教士来华尝试及其成败述论》（《北京大学学报》1993年第5期）等。这些文章以新的角度对来华耶稣会士进行评介，例如万明认为，在明末来华耶稣会士中，一直存在着武力传教和学术传教这两种不同传教方式的冲突，前者是“‘一手持圣经，一手握御剑以进中国’的西方殖民主义代表”，后者是“把中国看作他们最后的栖身之地的西方宗教文化传播者”；最后的结果是，“前者遭到惩罚，以妄想破灭而告终，而后者为中西文化交流作出的重大贡献，则至今为后人所纪念”。宝成关认为，耶稣会士在华传播的西学是“新、古学”杂糅，起到了“功过参半的作用”，作者同时指出，清统治者限制西学在中国的传播，使中国科学文化的发展受到了阻碍或滞迟。
明清时期来华耶稣会士人数众多，在过去的30年间，大陆学者对其中的主要人物进行了研究，其中对利玛窦的研究最为丰富，据粗略统计，仅从2001年至2010年7月，大陆地区出版的有关利玛窦的专著（含编、译著）共有30余种，发表论文350余篇。此外，关于卫匡国、艾儒略、金尼阁等人的研究也取得了很大的进展。许明龙主编的《中西文化交流先驱——从利玛窦到郎世宁》（东方出版社1993年版），对明清时期的重要传教士进行了介绍。张铠的《庞迪我与中国》（北京图书馆出版社1997年版）是对传教士个人进行专题研究的佳作。研究来华传教士的论文则更多，主要有：高冰原和《卫匡国（马尔蒂尼）的中国新图志》（《自然科学史研究》1982年第4期），徐明德的《论意籍汉学家卫匡国的历史功绩》（《世界宗教研究》1995年第2期），沈定平的《论卫匡国在中西文化交流史上的地位和作用》（《中国社会科学》1995年第3期），许明龙的《本世纪中国学者对弥蒂尼（卫匡国）的介绍与研究》（《社会科学》1994年第9期），林金水、吴怀民的《试论艾儒略传播基督教的策略与方法》（《世界宗教研究》1995年第1期），计翔翔的《金尼阁与中西文化交流》（《杭州大学学报》1994年第3期），《明末在华天主教士金尼阁事迹考》（《世界历史》1995年第1期），肖朗的《艾儒略与明清之际西方教育的导入》（《社会科学战线》2001年第4期），吴伯娅的《蒋友仁与中西文化交流》（《清史论丛》2001年卷），张西平的《清代来华传教士马若瑟研究》（《清史研究》2009年第2期），等等。另外，还出版了不少翻译著作，例如爱德华·卡伊丹斯基的《中国的使臣卜弥格》（张振辉译，大象出版社2001年版）和魏若望主编的论文集《传教士·科学家·工程师·外交家南怀仁（1623-1688）》（社会科学文献出版社2001年版）等。郑德弟等人翻译的《耶稣会士中国书简集》（大象出版社2001-2005年版），耿昇翻译的《16-20世纪入华天主教传教士列传》（广西师范大学出版社2010年版）、《法国中国学的历史与现状》（上海辞书出版社2010年版）和《明清间耶稣会士入华与中西汇通》（东方出版社2011年版）等译著，更为研究者提供了宝贵的资料和重要的学术信息。
欧洲传教士来到中国后，与中国社会各阶层发生了各种联系。学术界对此问题也进行了较为广泛的研究。刘潞的《康熙帝与西方传教士》（《故宫博物院院刊》1981年第3期）、高振田的《康熙帝与西洋传教士》（《历史档案》1986年第1期）、林钧均的《汤若望与顺治帝》（《清史研究通讯》1985年第1期）、林金水的《试论南怀仁对康熙天主教政策的影响》（《世界宗教研究》1991年第1期）、冯佐哲的《试论顺康雍三朝对西方传教政策的演变》（《世界宗教研究》1991年第3期）、安双成的《康熙与西洋传教士》（《历史档案》1994年第1期）、董建中的《传教士进贡与乾隆皇帝的西洋品味》（《清史研究》2009年第3期）等文章，讨论了耶稣会士与中国最高统治者之间的关系。王春瑜的《大顺军与耶稣会士关系史初探》（《学术研究》1981年第2期）、王薇的《张献忠与耶稣会士》（《文史知识》1984年第5期）等文，关注并研究了耶稣会士同明末农民起义军的关系。此外，学者也关注了耶稣会士与明清士大夫的关系，主要论著有：邓建华的《天主教的输入与晚明士人的价值认同》（《湖北大学学报》1990年第5期）、林金水的《艾儒略与福建士大夫的交游》（《基督教与近代文化》上海人民出版社1994年版）、龚缨晏的《明清之际的浙东学人与西学》（《浙江大学学报》2006年第3期）等。
关于明清时期天主教传播情况的研究文章不多，主要有汤开建的《顺治时期天主教在中国的传播与发展》（《清史论丛》2001年号）和《顺治朝全国各地天主教教堂教友考略》（《清史研究》2002年第3期）。特别值得一提的是台湾学者黄一农在大陆出版的《两头蛇：明末清初的第一代天主教徒》（上海古籍出版社2006年版），可谓是中西文化交流史方面的一部别开生面的力作。此书在史料发掘、文献考证、研究方法等方面都有很多创新。此书通过考察明末清初第一代天主教徒的因缘、心态和经历，对中西文化的差异、碰撞、融合进行了精辟而独到的分析。