第一节 堂祠制度
“祠”、“堂”的建造都是在《实录》中有记载的，当林兆恩及其三一教的影响不断地扩大的时候，“祠”、“堂”的建造也就成为顺理成章的事情。在林兆恩在世的时候，即从万历十二年（1584）建造第一座“祠”、“堂”，到万历三十年（1602），“祠”、“堂”建设的范围从莆田开始延伸到了整个福建省及浙江、江苏、上海等地，见于记载的“祠”、“堂”达三十三座，“祠”、“堂”成为了三一教迅速发展的标志，也成为了三一教的活动中心。
作为三一教的宗教活动场所，三一教的“祠”、“堂”虽然在规模大小上是有区别的，但是作为三一教的教堂，这些“祠”、“堂”有着共同的特点，即它们所供奉的神像都基本上一致。所有的三一教“祠”、“堂”，正中央供教主林兆恩坐像，教主像则是头戴三纲经、履五常履、著三纲五常衣、两手拱太极。在较大的“祠”、“堂”（如东山祖祠、仙游林龙江纪念堂），教主则是“三身合一像”（儒衣儒冠象征孔子，左肩伸出一头戴道冠象征老子，右肩伸出一头戴僧帽象征释迦）。并且，甚至也会有孔子、老子、释迦的塑像。此外，在较大的“祠”、“堂”（如东山祖祠、仙游林龙江纪念堂），在林兆恩的左侧祀张三峰，右侧祀卓晚春，大厅的左右侧分别祀“四配”像，即教主四大门徒卢文辉、林至敬、张洪都、朱逢时。
此外，有些三一教的“祠”、“堂”中有壁画，最基本的形式是教主林兆恩的出世图。
在“祠”、“堂”正中位置，亦即教主塑像的正前方，都会摆放一案桌，称“供桌”，用以日常祭祀、献礼。供桌的摆放有一定的规定，即按照五行的方位、特点来放置相应的物品。根据传统的观念，五方与五行相对应，东西南北中，依次对应木金火水土。而放置于这五个方位的物品则是必须与方位的五行属性相符合，依次为鱼鼓、罄、香炉、茶、花。
这是东山祖祠规定的供桌物品摆放规则，在门人的家中，或者在其他“祠”、“堂”中，大致也都按照这样的规定来摆放物品。
除此之外，作为三一教的“祠”、“堂”，还必须履行其作为三一教活动场所的基本功能，即按照规定进行三一教的各种仪式，如入门仪式、会道仪式、殚庆仪式，以及每年的普施和普度的仪式，以真正成为门人活动的基本场所，起到以“祠”、“堂”为基本的单位，约束、管理和教育门人的作用，使得三一教得以在当地不断发挥其社会公益功能和教化作用。
在历史上，三一教曾经有不同的派别流行，所以在“祠”、“堂”的组织架构方面，每一个派别都有自己的成熟的、系统的组织形式。以夏午堂为例，根据《夏午堂建教简章》的记载，其“祠”、“堂”组织架构有着非常明显的层级形式：总堂、大堂、分堂、本堂、典堂。总堂即为该教派的最核心的祠堂，统摄其他下属所有该派祠堂。大堂是该教派下面分成几个比较大支系，以某字相称，大堂均直属于总堂。而每个大堂下面又有若干分堂，分堂下辖本堂。本堂一般是以一个村子为单位的。而信徒自己在家里设立的堂，则为典堂，典堂作为宗教活动场所依附于本堂。在这些“祠”、“堂”的层级之外，出于应付各种不同的阐教行教的目的之需要，另设立若干的“门”类，如养育门、持世门、度世门等。这样严密的“祠”、“堂”组织和各种功能各异的形式，在三一教发展的历史上，起到了非常重要的作用。
就“祠”、“堂”而言，它们不仅是宗教活动的场所，也是宗教管理的场所。因此，除了保障其宗教活动顺利进行的各种宗教制度以外，莆田三一教的大多数祠堂都制定了严格的管理制度，诸如人员制度、财务制度、会计制度、治安制度、消防制度、卫生制度、文物保护制度等等，以加强对宗教活动场所的管理。就东山祖祠而言，1997年6月，政府确定东山祖祠为宗教活动场所，成立管理筹备小组。1999年2月6日，城厢区宗教局批准成立东山祖祠管委会，东山祖祠的各项管理制度也渐趋完善。这些制度大致有：《东山祖祠管委会主要职责》、《东山祖祠常住人员规约》、《财务管理制度》、《安全保卫制度》、《总务职责》、《学习制度》、《宣传制度》等，很好地维护了三一教的日常管理，使得三一教内部活动日益有序化。
第二节 教阶制度
在林兆恩死后，经过卢文辉、陈衷瑜、董史的努力，三一教在礼仪、制度等各方面不断完善的前提之下，才最终成为一个宗教组织。作为一个宗教，就必须有专门的教职人员，必须有相应的教阶制度。三一教也是具有其教阶制度的，但是三一教的教阶制度形成比较晚，根据现有的文献，三一教完整的教阶制度形成大概是在陈智达的悟本派时期。
陈智达及其所形成本的悟本派的出现，对于三一教的发展来说是一个转机，表明了晚清政府在内外交困的情况下暂时放松了对民间宗教的限制，经过清代两次禁教之后，三一教又获得了重生的机会。三一教的重生以陈智达和梁普耀为代表的悟本派的出现作为标志，他们最为重要的贡献就是完善了三一教的教规、科仪和教阶制度。就教阶制度而言，悟本派形成了一套完善的教阶制度。根据《三教规条》的记载，悟本派的三一教神职人员有三类：总持师、掌教师以及护教。
总持师是教堂的最高负责人，全面负责悟本派三一教“堂”、“祠”的宗教活动事务。
总持师的产生需要经过各堂掌教的共同商议，在此基础上推选，其基本要求有三：首先是要求三一教的心法修炼最为精通；其次是要求其伦常具备，亦即在现实生活中能够恪守三纲五常之道；最后，还应当为人随和，在门人中有很好的基础。
立悟本堂总持之师，必也总持在世，先观选大众中，何人斯道最明，纲常具备，大众皆和。亦须与各堂掌教诸道友议，以举何人，后以悟本堂之任授之。不可以公济私，立不得其人，以坏斯世之道，岂不得罪天地鬼神哉？总持师的选择是一件比较慎重的事情，因为，总持师不仅是三一教的最高宗教首领，也代表了三一教的社会形象，故其要求相当高。前面所言的三条要求，涉及教内和教外的规定。换句话说，作为总持师，首先在三一教内部应该有着最好的心法修炼，得到门人的推崇和信任。其次，三一教本身就强调要在日常生活中践履纲常伦理，亦即必须要遵循世俗的道德规范的要求，不能够违背伦常的要求。经过慎重的推选而确定的人，才能够最后担任三一教悟本堂的总持师。在担任总持师的时候，也是有一系列的仪式的：
中华XX国云云谨疏，为敬承XX堂主持道统相传之任事：
伏以道统相传之事业，纲常性命，心机孚契阴阳仁义刚柔，惟愿念念真修，窃望循循善诱。
言念XX敬承吾师总持XX先生，传付本堂主持之任，愧一心未宁，敢受荷担之任？望诸尊默庇，常怀普度之心。是日敬会同门道友，恭就本堂崇建道场，列香花灯水茶果，迓迎龙华会上诸尊列圣，俯鉴微忱。附荐列代宗亲，并施十方孤滞。伏望四尼教主、诸天帝君、诸佛菩萨、列代先师、夏堂先哲、护法龙天、经忏真宰、智达先生、普耀先生、本堂列圣，恳祈慈光普垂洞鉴，俾XX进修不怠，化度无偏。为此谨疏，不胜惊栗之至。
这段《立悟本总持疏式》是在立总持师的仪式上所要焚告的，只有通过建醮仪式，焚告疏文，接受所属各堂的道友的祝贺，才能真正成为悟本堂的总持师。不过，由于总持师的人选确定要求非常高，在已有文献的相关记载上，总持师一职除了陈智达、梁普耀相继担任过之外，此后也就再无人继任。这种情况一方面表明了三一教内部对于总持师的人选要求之高，选择之慎重；同样，在另一方面也表明三一教内部长期以来缺乏统一的组织形式，基本上都是以各自的“祠”、“堂”为信仰和活动的中心，处于一种相对比较分散的状况。在这种情况之下，各个“祠”、“堂”自身的管理制度的完善也就显得相当重要。
对于各个“祠”、“堂”而言，其教职人员主要有掌教和护教。掌教，顾名思义是一个“祠”、“堂”的负责人，主持该“祠”、“堂”的宗教活动，诸如入门、诞庆、道场等各种仪式，同时教化门人弟子。护教，简单地说就是掌教的助手，协助掌教处理“祠”、“堂”的相关事务。就人数而言，每一个“祠”、“堂”设有一个掌教，总摄教务。同时，可以根据“祠”、“堂”的实际需要，设立若干名护教，以协助处理“祠”、“堂”事务。掌教人选的确定，也是一件非常慎重的事情：诸堂设立掌教之人，必请总持师授之。当取外能尽此纲常，内能命乎性命，中能和于大众，而后可也。若无明道之人，必也纲常全备，斯亦可也。若人道未明，纵能颇知大道，皆是袭人之言，而非德性之真知也，切不可授之。
跟总持师的要求相比较，掌教的要求相对要低了不少。总持师作为整个派系的负责人，不仅需要有精深的修炼，而且也需要在伦常方面得到认可；同时，还要在教内有比较好的基础，唯有完全具备这些条件的人才有资格成为三一教的总持师。这样的人选自然是很难选择的，所以也就导致在陈智达、梁普耀之后总持师这个位置又出现了空置的现象。由于总持师是整个派系的核心，而三一教的发展在历史上就是比较分散的，所以总持师的空置对于三一教本身的发展而言，倒是没有太多的改变。而掌教则不一样，他是一个“祠”、“堂”的宗教负责人，不管派系如何，任何一个“祠”、“堂”都必须有效地、稳定地发展，因此，掌教是不可以空置的，这是关系到“祠”、“堂”日常发展的实际需要。所以，对于掌教人选的要求，相对于总持师来说就是相对简单了。对于掌教而言，如果能够找到既在心法修炼方面精通，又能不违背世间纲常，同时能够得到“祠”、“堂”门人信任，那是最佳的人选。如果达不到这样的要求，那么至少得是不违背世俗纲常的人。因为，对于三一教而言，人伦纲常是其最为强调的东西，林兆恩在世时就强调“兆恩之所谓三教者，三纲也”、“人莫大于无君臣、父子、夫妇，若鱼有三教归儒之说，以二氏之废其大，而正之以三纲也”，在林氏看来，道、释二教的最大问题也就在于抛弃了伦常，违背了人道，所以，他多次强调要“群道释而人之”、“群道释而伦之”。
这样的观念在三一教中是一贯继承下来的，尽管林兆恩死后三一教在其发展中吸收了很多道、释二教的科仪，但是，对于人伦纲常这一点的重视未曾改变过。只要在纲常方面没有缺陷，那么即便是在心法修炼等方面有所欠缺也是可以成为掌教的。但是，反过来的话，如果是心法修炼精通，但是纲常有亏，这样的人是不能成为掌教的。
在确定了掌教人选之后，还需要经过一定的仪式才能最终成为“祠”、“堂”的掌教，新确定的掌教人应当有一个答谢仪式接受道友的庆贺，“虔办供一筵，上告佛天，中荐先祖，下济孤滞，后谢诸道友庆贺之恩。若是掌教家贫，而本堂诸道友必当助之”。在这个答谢仪式上，新任掌教还需要焚疏告天，其文大致如下：
中华XX国XX省XX县XX堂奉教门人XX，为敬受本堂掌教之任，立志修行，扶持道统事：
伏以立己达人，惟尽经书训诲；造功崇德，要从心性修为。惟肃肃坚持，愿惺惺慧悟。言念XX敬受悟本堂总持XX先生嘱咐本堂掌教之任，又立XX扶持卫护，窃惟至德未明，安敢受兹之任？恭望大慈默助，俾XX知由此之门。是日敬邀悟本堂总持XX先生，再请诸堂掌教，就于本堂崇建道场，敬列香花，恭呈花果，恭迓龙华会上诸尊列圣，俯鉴微忱。附荐列代宗亲，并施十方孤滞。伏望四尼教主、诸天帝君、诸佛菩萨、列代先师、夏堂先哲、护法龙天、经忏真宰、智达先生、普耀先生、本堂列圣，恳祈慈光普垂洞鉴，俾XX等真心不退，正教长流。为此谨疏，不胜惊栗之至。
在这段《立诸堂掌教疏式》中，对于立掌教仪式有了比较明确的规定。确定悟本堂一系的掌教人选由悟本堂总持师决定，道场在所确定的“祠”、“堂”举行。道场仪式要邀请悟本堂总持、下属各堂掌教等参加。同时，还需要说明的是，根据这段疏文，护教也是在同时确定的。护教确定的方式没有详细记载，但是因为护教是掌教的协助者，所以，基本上应当是由掌教提议，同时，担任护教的门人也必须是纲常无亏的。
总持师、掌教、护教，这是三一教在历史发展中所形成的基本教阶制度，在各个时期的发展中，根据形势的不同，教阶制度在具体实行上各有其特点，但是，这样的基本教阶制度并没有什么变更。除了总持师一职基本上都是空置之外，各“祠”、“堂”在掌教、护教等的维护下得以正常运作，保持相对的独立性。