根据现存《夏午堂建教简章》的记载，大约在民国之际，夏午堂内部的各种教阶制度比较完善，相比悟本堂而言，更显复杂和严密。因夏午堂的组织架构分总堂、大堂、分堂、本堂、典堂五级，因此，在各个级别的堂、祠中均有相应类别的宗教教职人员的设立。负责总堂的教职人员，有一个总体上的名称，叫参赞，取参赞化育之意。相对于参赞作为总堂的最高权力教位而言，大堂的最高负责人称堂选，分堂则称堂佐，本堂称堂奥。这些主要教职人员的产生则是通过选举。选举的过程大抵如次，先由各堂的人员选举产生堂奥（并不是只有一个人，可以是多个人，按照夏午堂的说法只要达到投票限度之内的人均可为堂奥）。再由所有的堂奥推举堂佐，由堂佐推举堂选，由堂举推选参赞。因为堂奥、堂佐、堂选的人选都可以不是一个人，所以，最后产生的参赞也可以不是一个人，然后再从参赞中推举出一人为总持。这样整个教内的最高的教职人员也就产生了。不过在理论上，按照夏午堂的说法，最高的教职人员有两位，一个是总持，一个是道统。道统的产生需要有一定的条件，即“阐道成功之日”，这时候再行大选举，以产生道统一名，这样，其教阶制度也最终完善。
具体而言，根据夏午堂的规定，其总堂的教职人员是教内的最高负责人，有四个具体的职阶：道统、总持、参赞、化育。道统和总持是最高教职人员，都视为“最高开教师”，在教内居“一等光荣之权”。参赞、化育也是“最高开教师”，前者负责总理室（门人修行及所有日常交流事务）所有事务，后者负责总教室（负责理论、经典及礼仪、考察等方面），在教内居“二等光荣之权”。夏午堂的诸大堂，设置主教（大堂启教师）、主法（大堂启教师）、上方（大堂行教师）、上人（大堂行教师）、正定（大堂阐教师）、正义（大堂阐教师），以上均为教内“三等光荣之权”。分堂设周道（分堂启教师）、周行（分堂启教师）、任率（分堂行教师）、任达（分堂行教师）、承奉（分堂阐教师）、承宣（分堂阐教师），以上均为教内“四等光荣之权”。在本堂，则有堂长（本堂承教师）、堂奥（本堂承教师）、任事（文书、账目管理）、理事（经济事务）、干事（建设事务），以上若为门人的，则为教内“五等光荣之权”，若非门人则为“六等光荣之权”。典堂则为有志信徒而设立，根据信徒的类别不同，分为经宗（日常宗教仪式）和心宗（点化度世、指引后学）两种，各有不同的教职人员。经宗以下，设主坛（典堂之辅教师）、监坛（典堂之辅教师）、司坛（典堂之辅教师）等教职。心宗以下，设道长（典堂之弼教师）、助长（典堂之弼教师）、敬长（典堂之弼教师）等。典堂的教职人员，根据其品行，可谓教内五等或六等光荣之权。
在目前的三一教“祠”、“堂”中，依旧保持着相类似的教阶制度。就比较大的三一教祠堂而言，其教职人员大致有主师、掌教、秉教、道长、坛师、堂长等。
主师——主持祠、堂的全面工作，根据本堂需要设置教职，开教传道，主持入教仪式，授受门徒、教义以及林子心法，举办各类讲师培训班、经书学习班，举行会道仪式等等；
掌教——掌管本堂教务活动、培养引证师、见证师，举办立本、入门仪式，传授心法，教授经书、礼乐等等；
秉教——协助掌教开教传道、举办各类教务活动，指导门人修炼林子心法等等；
道长——负责举办经书经典学习班，讲师培训班，会道仪式，引导门人修习等等；
坛师——主持经师法事、教规、礼法，负责主持各节日的祭祀仪式等等；堂长——负责组织本堂道友参加本教教务活动，负责本堂建设、修缮、济世等等事务。
当然，小一点的祠堂其管理人员自然也就没有这么复杂，主要是由董事长和堂主负责管理，由教职人员负责教务管理，由一般的管理人员负责日常事务处理。
第三节 教规戒律
作为一种宗教，三一教在其历史发展的过程中形成了自身完整的教规戒律，这些教规戒律有的来源于林兆恩最初的告诫，有的来源于释、道的清规，有的则是出于当时社会发展的客观需要。就三一教教规戒律的历史发展来看，三一教的教规可以分成三个组成部分：直接来源于林兆恩的训诫、经过弟子整理的林兆恩的训诫，以及林兆恩弟子发展的训诫。
一、直接来源于林兆恩的训诫
自嘉靖三十年（1551）在宗孔堂授徒讲学，林兆恩形成了比较完备的思想体系，开始了对弟子们教育。林兆恩的教育按照其自身思想的演变，可以分成两个阶段，在嘉靖四十三年（1564）之前，林兆恩主要是以教书先生的形象出现的，其对于弟子的教育，主要是围绕着科举制度的需要，对弟子们进行儒家经典的教育，“士能受孔门心法，能习举子业而两不相妨碍者，是吾弟子”。这时候，林兆恩对于弟子们的约束主要从督促学习的角度出发，在《明经堂》一文中有明确的规定（前文论述会道仪式中有详细的引文，可以参看，此处不赘引），这些规定无不围绕着儒家经典学习这个中心，与当时社会上学堂的要求有着相类似之处。而在嘉靖四十三年（1564）之后，林兆恩真正确定了其三教合一的基本思想，开始云游传教。这个时期，林兆恩对弟子们的要求开始发生了变化，尤其是在隆庆元年（1567）之后，林氏团体所具有的宗教意味逐渐浓厚，从《初学诸生告天矢言》，到《申严诸生戒行疏》、《戒讯诸生》、《帖勉诸生》，最后到《存省规条》，形成了林兆恩对于弟子规诫的基本内容。
这些规诫的内容可以分成两个方面：世间法和出世间法。世间法和出世间法，是林兆恩对于儒道释三教用以教人的方法的论述。所谓世间法，是儒家用以教人的基本方法，而出世间法则是道、释二教用以教人的方法，“孔子之教惟在于人伦日用，所谓‘世间法也’是也；黄帝、老子之教，惟在于王极开天，所谓‘出世间法’是也。”换句话说，世间法就是要求人在现实生活中实践儒家的伦理道德，亦即要尽“人道”；出世间法则是强调心身性命之学，亦即要体“天道”。在林兆恩看来，这两者不能分开，“知经世而不知出世，有用而无体也，其流必至于刑名而术数；知出世而不知经世，有体而无用也，其流必至于荒唐而枯槁”，世间法为用，出世间法为体，体和用是不能分开的，所以，必须要把两者统一起来。
因此，林兆恩在其平时教弟子的过程中，强调两者不可偏废，对于两个方面都做了非常详细的要求。世间法方面的要求，体现在《初学诸生告天矢言》和《申严诸生戒行疏》，“已上疏启二章，乃所谓世间法也。若不先之以世间法以自戒励，而曰可以入道者，余弗能知之矣”，其具体的内容都是从纲常伦理出发，强调弟子在日常生活中要时刻牢记三纲五常之道，不能够有所懈怠。我们可以从《申严诸生戒行疏》中看出一二（《初学诸生告天矢言》在前文论述入门仪式中已引，兹不赘引）：臣窃以为三纲孰不知其当惇也，五常孰不知其当植也，父母孰不知其当孝也，兄长孰不知其当弟也？此盖秉彜之心不容泯，又奚待臣之谆谆而诰教之耶？义利之辨，孰不知其当严也；方刚之血气，孰不知其当创也；沉湎之凶，孰不知其当戒也；淫邪之僻，孰不知其当惩也？此盖羞恶之心不容泯，又奚待臣之谆谆之战惧邪？臣惟以是之故，乃撰疏启三章，是皆所谓世间法，而不可一日无焉者也。故必令诸生详览而细玩之，自省自察，自度其能行也，然后方许当空焚之。自是诸生亦能知所警惕矣，毋敢不三纲也，毋敢不五常也，毋敢不孝其亲、不敬其兄也。至于义利之辨、血气方刚、沉湎邪淫，毋敢不严、不创、不戒、不惩也。而仍前为非，不自警惕，盖亦有之。臣初倡教，臣惟一听诸生之言，而信其行也。退而省其所为，多有不是处，乃今既令启告矣，若复仍前为非，不自警惕，则是以天为不足畏也，天且不足畏也，臣其奈之何哉？为此具疏，臣兆恩不胜惊栗之至！谨疏。
这里，林兆恩对弟子所强调的世间法也就非常明显了，无非是要求弟子们在日常生活中能够遵行三纲五常之道，义利之分要非常明确，血气方刚之时要懂得克制自己，沉湎于酒色的事情一定要戒除，不能入于邪僻。所有的这些，实际上都是儒家对于日常伦理的基本要求，在这里也成为了林兆恩对于弟子们的最为基本的要求。并且通过焚启告天的方式来加强弟子对于这种道德规范的认识，希望通过这样做能使弟子们恪守伦常，以尽“人道”。
在人伦道德的世间法要求的基础上，林兆恩同时也对弟子们强调了出世间法的规诫，即在修炼其所传授的孔门心法之时，所需要遵守的规定。这些规定体现在《戒讯诸生》、《帖勉诸生》和《存省规条》之中，其中以《存省规条》最为详细。林兆恩在《存省规条》中列举了弟子在修炼孔门心法中必须遵守的十二条规定：
一、士者要心在腔子里以为士，农者要心在腔子里以为农，工者商者心要在腔子里以为工为商，至于一视、一听、一言、一动，无不心在腔子里，方能持孔门心法也。
二、坐不必跌跏，当如常坐。夫坐虽与常人同，而能持孔门心法则与常人异矣。卧时亦然，亦如常卧，亦要心在腔子里。
三、昼而坐，晨而卧，理之常也。夫坐卧虽有昼夜之分，而心在腔子里则无昼夜之分矣。
四、坐时不持孔门心法，便是坐驰。孟子所谓放心者，岂必心放于色，心放于财，然后谓之放心也。即此坐驰，便是放心。
五、应事时，须当时时刻刻省察此心还如静坐时否，不动心否，不动气否，不悦色，不悦财，不悦纷华否？
六、应事时，如不能不动心，不能不动气，不能不悦色，不能不悦财，不能不悦纷华，是我存养之未至也，须当痛自悔戒。如能不动心，能不动气，能不悦色，能不悦财，能不悦财，能不悦纷华，是我存养之有道也，尤当益加勉励。
七、动时固易动其心，静时亦易动其心，心在腔子里，则自然不动矣。
八、静而存养，心要在腔子里而静也；动而省察，心要在腔子里而静也。
九、持孔门心法不特于出门使民之时，心要在腔子里而静也；甚而至于造次颠沛之际，心要在腔子里而静也。
十、省察之功尤当先乎其大者，其事君也果能忠乎，果心在腔子里乎？而一念之忠果出于中心之诚乎？其事父也果能孝乎，果心在腔子里乎？而一念之忠果出于中心之诚乎？至于天显之序，交游之信，固人道之所当然，而造端之始，居室之微，尤人情之所易忽。若舍此人伦之大而不知所以省察焉，纵有身心性命之学，岂不失之荒唐杳妄？非余弟子也！
十一、心本活泼也，若有操存坚执而必其心之不动焉，是亦告子之不动心也。岂余所望于诸生邪？
十二、近来习静之徒不知孔门心法，而枯坐于一室之中，日不窥户牖，夜不就寝席，亦既迷矣！盖由大道久湮，圣学不著不，故邪师邪说得以入人之深如此。若诸生中有能宣明余教以开斯人之徒之迷焉，是乃余之真弟子也。
林兆恩对孔门心法的修持作了非常详细的规定，涉及日常活动的方方面面。总的来说，林兆恩所强调的是两个方面的问题，首先，所谓持孔门心法就是要做到“心在腔子里”，亦即要时时刻刻保持人的本心、善的本性，不要为外界诱惑所迷惑。其次，只要能够保持本心的平静，人在做任何事情的时候都是在修持孔门心法，而不必拘泥于静坐、跌跏等形式。在这里，林兆恩所着重强调的是要保持心静，保持本心，这也是其对于修持的最基本的规定。可以说，修持孔门心法，修的就是人的本心。
在林兆恩看来，“心”有着非常重要的作用。道、释二教的修行中，无不例外都要持斋，而林兆恩则认为不需要持斋，只需持“心斋”就可以了，“持斋以持心可也”、“余惟以心斋为贵耳。余惟以释氏经律虽严，犹许人食三种净肉：鹿肉一，猪肉一，其一余忘之矣。若弥勒佛，释氏之卓然者，尝饮酒食猪头肉。至六祖，乃以菜寄煮肉锅，而曰‘但吃肉边菜’”。只要心静了，其余的形式在于林兆恩而言都是不重要的。当然，出于宗教的需要，林兆恩也创立了一种“斋”，要求弟子们每天都要遵持。
余尝酌古诸斋，日令诸生持之，名曰“不迂斋”。每日一斋，以早为期。早或召燕，至午乃斋。午又召燕，至晚乃斋。肉边之菜，亦无所碍。凡我诸生须当反而思之，我之所以日持不迂斋者，抑何所为以为道也？又当记忆我修道以仁之功夫，真有不可终食而或违也。日不迂斋，日不违仁，而用力之久，则庶几乎内而能主于直内之敬，外而不忘乎方外之义。而儒之圣学，道之玄学，释之禅学，岂其有外于我之敬义也哉？故曰“敬义立则德不孤”。直内方外，谓非真戒斋而何？夫既不食肉，则有似于斋。而肉边之菜，则有似于非斋。
非斋而斋，斋而非斋，亦以稍见余之教固有不在于斋者。记忆为仁，是又斋心之或一道也。
不迂斋，从林兆恩的论述来看，实际上就是心斋。它要求人每天都要有一定的时间反思一下自己，以求在本心中达到敬、义，实际上也就是仁，就其根本的含义而言，强调的也是儒家的人伦道德。