受到德国高等教育改革的影响，哈佛大学的课程也发生了较大的变化。1790年，哈佛大学开设了拉丁文、希腊文、数学（包括天文学）、英文写作、哲学（包括形而上学、道德和政治）、神学、自然科学，希伯来语和法语两科由学生任选一科。除了课程设计的变化，哈佛大学的教育模式也受到德国的莫大影响。当时，德国着名教育家威廉·洪堡提出了大学教育改革的三条原则：独立性；自由与合作二者统一的原则；教育与研究统一的原则和科学统一的原则。之后，洪堡在他倡办的柏林大学将他的大学改革的理想付诸实践，提倡学术自由，教育与科研相结合，这使柏林大学成为德国新型大学的榜样。一些在哈佛大学任教的青年教授曾经留学德国，深受德国大学的影响，要求改变英国大学的模式，转而效法德国大学的一套制度。1825年，4位青年教授联名提出4项改革意见：减少古典文学课程的比重；重视对现代外国文学的研究；设立研究生的学位制度；按照学生的能力分班教学。可惜，这些意见当时并未被采纳。
直到1829年昆西（J.Quincy）出任哈佛大学校长，才极力扭转了哈佛大学的方向。他大刀阔斧地进行改革，大力倡导重视理科教学。在他任职的16年时间里，哈佛大学办起了理学院，建立了一座天文台。随着哈佛大学的发展，在18世纪和19世纪，学校课程内容范围扩大了，重点转换了，自然科学受到了极大重视。
化学家埃利奥特（Charles William Eliot）担任哈佛大学校长后（1869-1909年，共40年）把哈佛大学建成为一所规模宏大的现代化大学。他新建了商业管理学院、牙医学院、文理学院，为法学院、医学院注入了新的活力，并且使注册学生的人数从1000人上升到3000人，教学人员从49名增加到278名，学校基金从2300万美元增加到2.25亿美元。
洛厄尔（Abbott Lawrence Lowell）担任哈佛大学校长时（1909-1933年），为使学生受到良好的基础教育，重新制定了大学本科生课程计划，实行课程集中与分配相结合的制度；在教师方面实行导师制，这项制度一直沿用至今；实行住宿制度是洛厄尔在哈佛作出的最突出贡献，这一制度的实施使得在大型的综合大学中，本科生都有一个小型的学院环境。住宿制度规定：新生入学后的第一年住在哈佛校园内或附近的宿舍中，一年以后，学生们分住在12幢宿舍楼内。学校还为走读生设置了一幢宿舍楼。
每栋宿舍楼由一位住校教师和一个导师组进行管理，他们负责指导学生的学习和生活；每幢宿舍楼都设有餐厅和图书馆；经常在宿舍楼区开展各种有趣的体育、社会和文化活动。
梳理一下哈佛大学360多年的历史，我们不难发现，这是一部发展与变革互相推进的历史。刚创建的哈佛学院是以英国的牛津大学、剑桥大学为模式的，以培养牧师、律师和官员为目标，注重人文学科，学生不能自由选择课程。19世纪初，高等教育课程改革的号角在哈佛吹响了，崇尚“学术自由”和“讲学自由”，使“固定的学年”和“固定的课”的老框框受到冲击，自由选修课程的制度随之兴起。当然，在改革的过程中总会遭到保守势力的反对，哈佛学院的改革也不是一帆风顺的，第一次发动课程改革即以失败告终。
然而，高等教育要适应社会发展的需要，适应学生个性的呼声日益高涨。在这种情况下，哈佛的课程改革不断被提出，虽然在保守势力的不断反对和破坏下一直未能有太大的进展，但是前行者一直没有放弃课程改革的努力。
美国南北战争的爆发为美国资本主义的发展开辟了道路，生产力突飞猛进，科学技术工作者的地位逐步提高，工程师、自然科学家和工业技术人才得以与律师、官员等并驾齐驱。这样的发展形势对高等学校的课程改革是十分有利的，哈佛借此机会再次兴起选修制，从此它又一次走在改革的前列。
哈佛大学校长埃利奥特是推行选课制的主将。在他的领导和推动下，哈佛大学全面实行选修制。这对美国的高等教育产生了巨大的影响。许多美国高校纷纷步哈佛大学的后尘，减少或废除必修课，增加选修课。
自由选修制的要求打破了固定的四年学制。按照要求，攻读一种学位可有16门课程供学生选修。只要符合规定，便可以取得相应的学位。这种方法使成绩优异者三年内即可取得相应的学位，真可称得上是“不拘一格降人才”。为了开设更多的选修课程，哈佛大学在埃利奥特的努力下招聘名流学者任教，远多于其他大学的选修课程扩大了学生的知识面，使学生的学习潜能得到充分发挥。埃利奥特强调高等学校要给予学生三个法宝：
一是给学生学习上选择的自由；二是使学生在擅长的学科上有施展才能的机会；三是使学生的学习从被动的行为转化为自主的行为，使学生从对教师的依赖和从属关系中解放出来。这种教育思想和课程改革对美国高等教育的发展具有深远影响。
洛厄尔出任校长时，保留了自由选课制的优点，同时又提出了新的教改方案——实行“集中与分配”制。所谓“集中”，是指从16门可供选择的课程中，必须选修6门本系的专业课，以保证重点；所谓“分配”，是指另外的6门课程从3个不同的知识领域中各选2门，以保证学生具有比较广泛的知识面。余下的课任学生自由选择。这种制度的优点很突出，它能兼顾学生的专业深度和视野的广度，又能使学生的个性爱好得到自由发展的空间。
科南特是位励精图治的校长。为了更好地研究课程改革，他主持成立了专门委员会。委员会在5年反复研究的基础上提出了专门报告，主张加强普通教育。之后，哈佛大学按照专门报告的建议做了5年实验，并于1951年起正式推行“普通教育制度”。普通教育制度规定：第一，一、二年级的学生，要从自己所在的系中选修6门专业课，再从人文、社会、自然三大类别的普通教育课中各选一门，共3门课，另外还需从其他系的课程中至少选3门；第二，三、四年级也设有普通教育课，没有学过一、二年级普通教育课的，不得选修三、四年级的普通教育课；第三，攻读硕士和博士学位的学生可以选修一部分三、四年级的普通教育课；第四，学生不得选修属于同一个考试组的两门课。这种做法使普通教育与专业教育得以紧密结合，而且先后有序，衔接得当。于是，以普通教育为基础、以集中与分配为指导的自由选修制度形成了。
哈佛大学学生成绩的计分方法一般有四种：第一种，按A、B、C、D、E五级计分，A为最高分；第二种，及格和不及格；第三种，满意和不满意；第四种，有学分和无学分。
普通教育制度形成后，哈佛大学继续推进课程改革，深入研究在普通教育中哪些课程是核心课程，或称基础课程。他们深切地认识到，深厚的根基是学习专业的必备条件，只有根深才能叶茂，只有本固才能枝荣。
德里克·博克于1971年出任校长后十分关注大学本科的基础教育，采取了有力的措施。20世纪60-70年代，由于人类的知识领域空前扩大，曾经的课程模式受到严峻的挑战。原本美国一般大学文科的课程是按照纵深与横亘相结合的原则来设置的，既让学生对某一领域有比较深入的理解，又要求学生对其他领域有较为广泛的涉猎。后来，大学要求学生在知识广度方面对人文科学、社会科学和自然科学三个领域有概括的基本理解。而此时，各学科之间过去的传统界限已被冲破，使得传统的文科课程结构处于不得不改革的局面。于是，博克校长在1973年任命亨利·罗索夫斯基（Henry Rosovsky）为哈佛文理学院院长，责成他负责研究文理学院的目标和哈佛本科教育中存在的种种问题。同时，学校号召教师们集思广益、献计献策，重新制定有关大学教学的目的和方法。罗索夫斯基任命威尔逊教授负责研究共同基础课问题。经过研究，威尔逊教授于1976年提出一项改革方案——《威尔逊报告》，主张制定一种强制性的共同基础课程。之后，在罗索夫斯基的亲自主持下，经过反复讨论、修改，关于共同基础课的报告于1978年提出，并在第二年开始付诸实施。