为了方便新法与旧法的衔接，避免新法实施初期所可能产生的适用疑义，台湾“立法院”于2000年5月23日三读通过“行政诉讼法施行法”，共6条，其主要内容如下：（1）新法施行后，于施行前已系属而尚未终结的行政诉讼事件，由台湾“最高行政法院”依新法予以裁判。如认为起诉无理由的，应予驳回；有理由的，应为原告胜诉的判决或发交该管辖高等行政法院依新法予以审判。（2）确定裁判的再审：新法施行前已确定裁判的再审，其再审期间依旧法的规定；再审事由，依新法规定。（3）新法施行后，不服再诉愿决定的再诉愿人或利害关系人，得于法定期间内向台湾“高等行政法院”提起行政诉讼。（4）第三人对新法施行前已确定的终局判决，认为有新法第284条第1项规定重新审理的事由者，得于新法施行之日起30日或知悉确定判决之日起30日的不变期间内，依新法的规定，申请重新审理。但已确定的判决，自新法公布日回溯起算已逾超过1年的，不得申请重新审理。翌年10月22日“司法院”修正发布适用简易程序的数额增至新台币10万元的公告，并自2002年1月1日付诸实施。
台湾“最高行政法院”为行政诉讼的终审法院，其判决所持的法律观点和见解，有约束下级行政法院的效力。为避免各庭之间法律见解歧异，该法院每月定期举行庭长、法官联席会议，就产生分歧的法律问题进行讨论，形成书面决议，以便统一认识。此外，该法院每年还举办各级行政法院法律座谈会，与下级审庭长、法官进行法律见解的沟通和交流，探讨审判实务及学理上的问题，并记录下来，这些记录仍具有实际的参考价值。
整体而言，新法无论是制度结构或体系内容，可谓是与德、法、日等传统法制先进国家不相上下，并驾齐驱。然而，从1981年7月组成“修正委员会”到2000年7月1日公布实施，自今期间长达10余年，期间国内外法制及相关理论已多所变革，加之新法因立法技术等因素，若干规定本身也存在不适用上的缺陷和困扰，一经实施，实务上即陆续产生若干问题亟须解决。对此，台湾地区“司法院”于2001年3月开始对“新法”再次检讨修正作业，先后共进行二次修正，不包括2011年的修改。
第一次修正于2007年6月5日通过，2007年7月4日公布，2007年8月15日实施。本次共新增10条，修正8条，重点如下：（1）向无审判权法院起诉，改采职权移送制。为保障当事人免于承受诉讼审判权归属认定及移转的不利益，增订行政法院对其认为无受理权限的诉讼，应依职权移送至有受理诉讼权限的法院，免除人民承受审判权错误的不利益，以保障其诉讼权。（2）少量定额征收裁判费，以防止滥诉的情形。因为司法资源属全民所有，为防止滥行诉讼，浪费司法资源，推动使用者付费原则，改采按件定额酌征裁判费。诉讼费用包含裁判费及其他进行诉讼的必要费用，原则上由败诉一方负担。起诉，按件征收裁判费新台币4000元，适用简易诉讼程序的事件，征收新台币2000元，特定申请事件、抗告等，征收新台币1000元。（3）行政诉讼当事人若欲委托代理人，除可委托律师为诉讼代理人外，在税务、专利行政事件，会计师、专利师或依法得为专利代理人者，经审判长许可，亦得为诉讼代理人；如当事人为公法人、“中央”或地方机关、公法上的非法人团体时，其所属专任人员办理法制、法务、诉愿业务或与诉讼事件相关业务者，亦得为诉讼代理人。（4）新法对于不经诉愿决定而提起的撤销诉讼以及课予义务诉讼的起诉期间，漏未规定，修正案就课予义务诉讼疏未规定起诉期间，故参照撤销诉讼起诉期间的规定予以明定。第106条第3项、第4项明定应于行政处分达到或公告后2个月的不变期间内为之；不经诉愿程序即得提起第5条第1项的诉讼者，应于作为期间届满后，始得为之。但于期间届满后，已逾3年者，则不得提起。（5）为免对于确定判决反复争执，本次增订对于再审之诉的再审确定判决不服，复提起再审之诉时，其5年再审期间自原判决确定时起算。但再审之诉有理由者，自该再审判决确定时起算。
第二次修正于2009年12月22日通过，2010年1月13日公布，2010年5月1日实施。本次共新增5条，修正61条，重点如下：（1）新法就课予义务诉讼、不经诉愿决定即可提起撤销诉讼或课予义务诉讼之情形，漏未规定起诉期间，遂增订起诉期间之规定。（2）明定其他法院将诉讼移送至行政法院者，移送前所生之诉讼费用，视为行政法院诉讼费用之一部分，并明定应补行征收诉讼费用或溢收诉讼费用的处理。明定溢收诉讼费用之处理，准用“民事诉讼法”相关条文的规定。（3）明定准予诉讼救助的本案诉讼，在裁判确定后有关诉讼费用之征收，准用“民事诉讼法”第114条第1项规定，及关于诉讼救助之裁定，准用“民事诉讼法”第115条规定，得为抗告。（4）在管辖权规定方面，此次修正主要是便利证据调查及人民诉讼，包括不动产事件、公务员职务关系和公法上保险事件。一是在不动产的公法上权利或法律关系方面，仍专属不动产所在地之行政法院管辖。增订第2项规定，除前项情形外，其他有关不动产的公法上权利或法律关系涉讼者，得由不动产所在地之行政法院管辖。二是参照德、法《行政法院法》相关立法例，增订相关条文，规定有关公务员职务关系的诉讼，得由公务员职务所在地之行政法院管辖。其理由是，有关公务员职务关系之诉讼，包括公务员职务关系是否发生，及因职务关系所生之诉讼，许多大陆法系国家的立法例均有由原告职务所在地的行政法院管辖之规定。三是关于公法上保险事件，明确连接点和管辖法院，规定因公法上的保险事件涉讼者，得由为原告的被保险人、受益人的住所地或居所地或被保险人从事职业活动所在地的行政法院管辖。前项诉讼事件于投保单位为原告时，得由其主事务所或主营业所所在地之行政法院管辖。（5）将现行列举准用“民事诉讼法”的方式，改为例示准用。除保留于各章节之列举准用“民事诉讼法”之规定外，增订概括性准用规定，即“民事诉讼法”的相关规定，除本法已规定准用者外，与行政诉讼性质不相抵触者，亦准用之。
二、2011年台湾地区“行政诉讼法”修改的主要特点
自1998年“行政诉讼法”大幅度修改以来，台湾社会发生了较大的变化，为了与时俱进，开拓进取，适应新形势的发展需要，历时10多年之后，除了于2011年5月有小幅修正之外，台湾当局于同年11月23日公布修正新的“行政诉讼法”，此次修改在某些方面是对行政诉讼制度作了重大变革，这无疑是台湾地区行政诉讼制度发展迈向了新的高度，对于祖国大陆行政诉讼制度的进一步健全和完善有一定的参考和启示作用。概括起来，此次修改具有显着特点，具体主要体现在以下几个方面：
（一）行政诉讼由原来的“二级二审制”改为“三级二审制”
2000年7月1日，台湾地区行政诉讼开始采用“二级二审制”，改变了以往“一级一审制”的做法，与此相适应，相继成立台北、台中和高雄三所高等行政法院，作为掌理行政诉讼第一审法院，同时将原行政法院改制和升格为台湾地区高等行政法院。虽然在审级设计上有所改变，但随之而来是只有三家法院受理第一审行政诉讼案件，势必给民众诉讼带来不便。例如，违反道路交通管理处罚条例裁决救济属于公法性质的争议事件，以往只有一家行政法院受理，数量庞大，不堪负重，以致40多年来均由普通法院受理。当今行政诉讼既然实施了10余年，诉讼不便的问题日益显现出来，为了解决这一突出矛盾，使公法案件逐步回归行政诉讼审判，台湾“司法院”将行政诉讼改为“三级二审制”，即在各地方法院设立行政诉讼庭，除了把行政诉讼简易程序案件的第一审及其相关保全证据案件、保全程序案件和强制执行案件，改由地方法院行政诉讼庭受理之外，还将现行由普通法院审理的违反道路交通处罚条例裁决的救济案件改依行政诉讼程序审理。
（二）简易程序由以往的书面审改采庭审
由于简单轻微的案件往往适用简易诉讼程序，为了节省成本、劳力和费用，不采取开庭审理的办法，仅以书面审理后作出裁判。但时过境迁，简易诉讼程序的金额由2002年的10万元调整为40万元，加之，各地方法院相继设立了行政诉讼庭之后，与民众衣食住行息息相关的行政诉讼案件，如果行政诉讼的诉讼标的金额或价额在新台币40万元以下，当事人就可就近向被告所在地地方法院行政诉讼庭提起行政诉讼，其便利程度自不待言，到庭就近应诉的成本和费用较之以往更为节省。为了更好地保障台湾民众行政诉讼的合法权益，本次修改作了改进，简易诉讼程序案件原则上必须经过庭审，而不是书面审理，使得民众的权益更有保障。同时删除了简易诉讼程序的裁判，可以不经言词辩论的规定，从而排除了法律上的障碍。
（三）对于简易诉讼程序一、二审案件的受理作出明确限定
台湾地方法院行政诉讼庭作为简易诉讼程序的第一审管辖法院行使审判权；不服一审判决，当事人可以向台湾“高等法院”提起上诉或抗告，但必须以原判决违背法令为限，包括：（1）原判决所违背的法令及其具体内容；（2）依诉讼资料可以认为原判决有违背法律的事实。高等行政法院作为台湾地区第二审法院，仅就法律问题进行审理，至于认定事实是否正确和清楚在所不问。相比之下，原上诉规定的要求相对较严，即简易诉讼程序案件的“上诉或抗告，必须经台湾地区最高法院的许可”，“许可要件是以诉讼案件所涉及的法律见解具有原则性的为限”。现已放宽为“以原判决违背法令为理由”，即可上诉或抗告于台湾地区“高等行政院”，由其作出法律审。这就意味着简易诉讼程序的上诉无须具体表明该诉讼案件所涉及的原则性法律见解。但有关简易诉讼程序案件的抗告，不是以原裁判违背法令为理由的，应以书面形式提出抗告，从而删除了适用简易诉讼程序的案件得以言词抗告的规定。
根据台湾地区“行政诉讼法”第229条第2项规定，符合下列条件的行政诉讼案件，除本法另有规定外，一般适用简易程序。一是关于税捐课征案件的诉讼，所核课征的税额在新台币40万元以下者；二是不服行政机关处以新台币40万元以下罚款处分而涉讼者；三是其他关于公法上财产关系的诉讼，其标的金额在新台币40万元以下者；四是不服行政机关诸如告诫、警告、记点、计次或其他相类似的轻微处分而涉讼者；五是依法律的规定应适用简易诉讼程序者。
上述规定的数额，台湾“司法院”得因情势需要，以命令方式将数额减为新台币20万元或增至新台币60万元。此外，如因诉的变更、追加或提起反诉，导致诉讼标的金额或价额超过新台币40万元者，其庭审及裁判改采普通诉讼程序的规定，台湾地方法院行政诉讼庭应裁定移送有管辖权的“高等行政法院”受理。
（四）从确保裁判见解统一的需要出发，构建台湾“最高行政法院”裁判统一协调机制
由于简易诉讼程序案件实行两审终结制，台湾“高等行政法院”作出的判决为终审判决，对于第二审判决，当事人不得提起上诉或抗告。有时难免终审裁判而引发判决见解不统一的问题，特规定，“高等行政法院”认为有必要确保裁判见解统一时，应以裁定方式移送台湾“最高行政法院”作出裁判，该移送裁定对于当事人是有利的，故当事人对于移送裁定不得声明不服。
一般情况下，有下列情形之一者，才有由台湾“最高行政法院”确认或统一法律见解的必要：第一，原审判决所适用的命令有抵触法律之虞；第二，同类案件所表明的法律见解与其他高等行政法院所表明的法律见解相互抵触或矛盾；第三，同类案件所表明的法律见解与台湾“最高行政法院”所表明的法律见解相互抵触。
需要专门提及的是，如果台湾“最高行政法院”经审查后认为，移送的诉讼案件并没有涉及判决见解统一的必要者，应以裁定发回。一旦被发回，“高等行政法院”不得就同一案件裁定移送台湾“最高行政法院”，以免案件来回摆荡，影响当事人的诉讼权。