由此可见，此次国家铁路局职能的转变，就是要通过“简政放权”，将原来铁道部的职责分类梳理出来，交由交通部、国家铁路局、铁路总公司分别“接手”，改变铁道部“一把抓”的情况。纪嘉伦指出，取消的15项职能，由交通部、铁路总公司分别分担一部分。其中，宏观调控、宏观铁路发展规划问题由国家铁路局直接管理，而具体生产和日常运输则由铁路总公司来管理。这样，铁路总公司不再承担货运审批权，而是由总公司统一组织运输，这是推进货运组织改革的重要手段。现在实货运输，随到随运，并且可以预约，达到减少暗箱操作的目的。
相较过去，此次国家铁路局的主要职责精简了许多，通过设置的7个机构就可看出，除了负责日常事务的综合司，负责组织起草铁路监督管理的法律法规、参与研究铁路发展规划的科技与法制司，以及负责人事工作的人事司以外，其余“四司”均与监察、监管相关，负责铁路生产、运输、工程建设等各个步骤的监督和管理。业内人士表示，取消审批是好事，本来改革就是政企分开，简化程序。但是这之后，不同企业间的市场交易该由谁来监管、仲裁，这一点《规定》并没有说清楚。
如地方企业建的专用线想要接入国铁，国铁不同意其接入。这种情况该怎么办？由谁来裁定？“三定”方案已经建立铁路监管体制的架构，但从方案中看不出明确具体的监管思路和监管方式，需要在以后进一步细化。
国家食品药品监督管理总局：首设“总监”和稽查专员职位
根据中国机构编制网披露的国家食品药品监督管理总局（以下简称“国家食药监总局”）“三定”方案，新设立的国家食品药品监督管理总局（正部级）为国务院直属机构，机关行政编制为345名（含两委人员编制2名、援派机动编制2名、离退休干部工作人员编制20名）。其中：
局长1名、副局长4名，为建立国家食品药品监督管理总局与国家卫生和计划生育委员会加强药品与医疗卫生统筹衔接、密切配合的机制，增设1名副局长兼任国家卫生和计划生育委员会副主任；司局领导职数60名（含食品安全总监1名、药品安全总监1名、机关党委专职副书记1名、离退休干部局领导职数2名），国家食品药品稽查专员10名。
食品安全监管设三司，多个部委将联动调整
与2008年国家药监局“三定”方案相比，2013年国家食药监总局改革有着更大的变化。根据“三定”方案，食品安全的主要监管部门由从前的五个减少为现在的两个，即国家食药监总局和农业部。“三定”方案同时整合了原卫生部、国家质检总局部分职责，还与商务部、公安部、国家质检总局等多个部委有联动调整。
新一轮的食品安全监管体系改革让监管主体进一步集中，由过去的“九龙治水”变为形成以农业、食药监管部门为食品安全监管责任主体的食品安全监管新格局，使监管资源得以整合，改革力度空前，能让食品企业知道谁管它们，如果出现食品安全问题消费者知道该骂谁。另外，食品安全主要集中由一个部门来做监管，部门内部就要设置好，即哪些人是管决策的，哪些人是管执行的，哪些人是管监督的，使权力的运行相互制约，不能既是决策者又是执行者，同时还监督自己。
食药监总局“三定”方案针对整合在国家食药监总局下的生产、流通、餐饮食品安全监管职能，分设了三个食品安全监管司。其中，食品安全一司、二司的职能，分别是负责掌握分析生产、流通环节的食品安全形势，履行监督管理职责等；三司负责分析预测食品安全总体情况，参与制定食品安全风险监测计划等。而其中“掌握分析、提出建议、分析预测、组织开展风险预警”等这些说法在业内人士看来，说明食品安全监管的职能还不够强硬。这是因为，在食品安全监管上，国家食药监总局依然只是起着协调作用，而在国家食品药品监督管理局阶段，其食品安全监管的职责就是协调。10年来，苏丹红、孔雀石绿、三聚氰胺、瘦肉精、皮革奶、地沟油、重金属超标大米等食品安全问题在多个部门监管、一个监管局协调的大环境下层出不穷。公众希望能有一个部门真正担负起食品安全监管的重担。
无论如何，食品安全监管三司的职能有必要进一步明确。对此，“三定”方案中表示该部门将承担食品安全统计工作，分析预测食品安全总体状况，组织开展食品安全风险预警和风险交流，参与制定食品安全风险监测计划，并根据该计划开展食品安全风险监测。但在职能上，不能排除和国家卫生计生委下属的国家食品安全风险评估中心存在重合。这样，从食品安全风险预警的角度来看，应在分析食品安全总体情况的前提下，向大家进一步明确（国家食药监）总局与卫生计生委之间的差别。对此，中国食品科学技术学会副理事长、中国农业大学食品科学与营养工程学院院长罗云波也指出，开展食品安全风险监测是国家食品安全风险评估中心的职责，而不应该是行政管理部门的职责。
另外，中国工程院院士、国家食品安全风险评估中心研究员陈君石也认为，这次机构改革不是一步到位，比如食品安全标准制定和执行仍然分属于两个不同的政府部门，可能还会有矛盾产生。而且当前中国农业生产太分散，食品加工中小企业数量太多，这种背景下不能期望短期内就能完全解决中国食品安全问题。
首设“总监”和食品药品稽查专员职位
在“三定”方案中，国家食药监总局共设17个内设机构，总局机关行政编制345名。相比过去，机构和人员数量都有了不小的增加。同时，在司局领导职数中，设食品安全总监1名、药品安全总监1名。另外，还将设10名国家食品药品稽查专员。
总体来看，管的事多了，增至345人也在情理之中。而1正4副的配比相对合理，而且总监的设立是一个创新，更强调了专业性和管理性并重。另外，在国家一级政府职能部门设“总监”，这应该是首次，应该是借鉴现代企业管理制度，设立的专业技术性的高级管理岗位。“食品安全、药品安全，都是专业化非常强的领域，需要既懂专业、又懂管理的高级技术人才，从专业角度，统筹监管决策和监管措施。”
另外，“三定”方案中还明确提出设立10名厅局级的稽查专员。
稽查专员类似于中央巡视制度。实际上，国土资源部、环保部等各地督察局的建立，是行政机关将短期巡视制度常态化的表现形式之一。专家认为，行政机关建立自上而下的巡视制度，在国务院提出“简政放权”的背景下，对于约束地方政府依法行政、有效行政具有积极的重大意义。
也有专家指出，这10人专司检查督查地方食品安全执法，“作为技术角色，更加突出了中央层面的业务指导”。
职责取消5项下放6项
在职能转变方面，根据“三定”方案，国家食药监总局将取消5项职责，下放6项职责，整合5项职责，加强4项职责。
对于这次取消和下放的职能，最大的亮点之一是对药品行政许可和生产行政许可的调整。“三定”方案整合了部分职责。例如，将“药品生产行政许可”与“药品生产质量管理规范认证”整合为一项许可；同时，将“药品经营行政许可”与“药品经营质量管理规范认证”合为一项许可。宋华琳表示，这种整合减轻了企业过去的负担。除此之外，“推进管办分离”“建立法人治理结构”等写入了“三定”方案中，体现在“整合职责”和“加强职责”两个职能整合层面。在“整合职责”层面，方案提出：“整合国家质量监督检验检疫总局、原国家食品药品监督局所属食品安全检验检测机构。推进管办分离，实现资源共享，建立法人治理结构，形成统一的食品安全检测技术支撑体系”。在“加强职责”这个层面，“三定方案”提出“推进食品药品检验检测机构整合，公平对待社会力量提供检验检测服务，加大政府购买服务力度”。按照这次方案，今后参与检测的主体有了多样化的发展空间。它们既可以是公益性质的单位，也可以是科研院所或社会第三方机构。所以，这些进一步推进了管办分开。更重要的是，过去，药品审批速度较慢，也容易出现腐败。
将具体产品的认证和许可下放到省级主管部门，将减少药品和医疗器械审批手续，食药监总局也有望重点做好监督工作。不过，也有人担忧，在地方保护比较严重的地区，药品审批权力下放可能出现“乱批”现象。
“食药监总局下放审批权的同时，应完善监督机制，包括纪委、审计等部门要加强对审批流程的监管，减少腐败的发生。”
地方食药监机构年内完成改革
2013年6月18日，国家食药监总局副局长刘佩智在全国食品安全周上表示，新一届国务院成立后，第一个通过的“三定”方案就是国家食品药品监管总局的“三定”方案，第一个通过国务院关于地方改革完善食品药品监督管理体制的指导意见。目前，国家食药监总局的组建工作已经基本到位，下一步的重头戏就是地方监管体制的改革。
根据国务院2013年4月中旬下发的《关于地方改革完善食品药品监督管理体制的指导意见》，省、市、县级政府原则上参照国务院整合食品药品监督管理职能和机构的模式，结合本地实际，将原食品安全办、原食品药品监管部门、工商行政管理部门、质量技术监督部门的食品安全监管和药品管理职能进行整合，组建食品药品监督管理机构，对食品药品实行集中统一监管，同时承担本级政府食品安全委员会的具体工作。
省、市、县三级食品药品监督管理机构改革工作，原则上分别于2013年上半年、9月底和年底前完成。
2013年6月5日，国务院召开电视电话会议，专门部署全国食品药品安全和监管体制改革工作。国务院副总理汪洋强调，食品药品安全事关人民群众健康和生命安全，是重大的民生问题、经济问题和政治问题，要作为头等大事来抓；各地区、各有关部门要认真贯彻落实《国务院关于地方改革完善食品药品监督管理体制的指导意见》，加快推进地方监管机构改革和职能转变，建立覆盖生产、流通、消费各环节的最严格的监管制度，形成食品药品监管社会共治格局，全面提升食品药品安全工作水平。
从目前广东省食安办的情况看，该省级食品药品监管机构改革中部门划归等问题已基本完成，原来涉及食品生产、流通、消费环节的食药监、工商、质监等职责都将被划入进来。这意味着，除了种植养殖环节外，以后市民遇到食品安全方面的问题，只需直接找这个部门。
国家能源局：编制倍增审批权大幅削减
2013年6月19日，中国政府网公布了《国家能源局主要职责内设机构和人员编制规定》（以下简称《规定》）。《规定》明确，国家能源局为副部级单位，为国家发改委管理的国家局，电力市场份额核定等9项职责被取消，另有2项职责被下放，3项职责被加强。根据“三定”方案，在人员编制方面，新的国家能源局机关行政编制240名。其中局长1名，副局长4名，党组纪检组组长1名，司局领导职数42名。国家能源局领导层形成“一正五副”格局，改变了之前“一正四副”的架构。
两部门全员合并编制翻番
根据《国务院关于提请审议国务院机构改革和职能转变方案》，原国家能源局、国家电力监管委员会的职责整合，重新组建国家能源局，由国家发改委管理；不再保留国家电监会。随着“三定”方案的出炉，国家能源局与电监会的重组工作终于落定。
根据“三定”方案，原国家电力监管委员会设立的6个电力区域监管局以及12个电力监管专员办公室，划给国家能源局实行垂直管理，核定行政编制500名，其中司局领导职数42名，负责所辖区域内电力等能源的监督管理和行政执法工作，以及电力安全监管工作。
对比原国家能源局和电监会的人员编制发现，国家能源局2008年设立时编制112名，电监会则是以事业单位的编制总人数接近700名，电监会北京总部的机关工作人员超过200人。这意味着，国家能源局几乎是原能源局和电监会全员合并，电监会原副主席王野平2013年4月中旬就任大唐集团总经理，其他高层则转任能源局副局长。
编制增加的同时，能源局增加了两个司：市场监管司、电力安全监管司。市场监管司在国家对电力监管的基础上，将监管范围扩至煤炭、油气、新能源领域，并将推动能源市场化建设。电力安全监管因专业性强，国家安监总局不具备相应监管能力，仍保留在能源局旗下，承担原电监会多数职能。法制和体制改革司则由原能源局政策法规司、电监会政策法规部（电改办）等部门重组而成，主要承担能源法律法规体系、能源监管体系、能源体制改革措施等方面研究，是能源局的智囊机构。重组后，国家能源局共有综合司、法制和体制改革司、发展规划司等12个机构。
值得注意的是，原电监会区域电管局和监管专员办公室，纳入能源局垂直管理，原事业单位编制转变成行政编制，核定500名行政编制。
能源局行政人员达到740名（总部加上派出机构），监管权限也顺势延伸到地方。