成化间，开始确立各地漕船到京的时日期限。其中，北直隶（河北）、河南、山东是五月初一日；南直隶（今江苏、安徽）是七月初一日，江南需过江支兑者，延展一个月；浙江、江西、湖广是九月初一日。三年一考察，违限者，有关漕运官要降职受罚。嘉靖年间，进一步定下漕船过淮河的期限，江北是十二月，江南是年后正月，湖广、浙江、江西则是三月（万历时又改为二月）。至于到京的期限，嘉靖间也有调整，原定限五月初一日者，缩一个月，即改为四月初一日；原定限七月初一日、八月初一日、九月初一日者，递缩两个月，即改为五月初一日、六月初一日、七月初一日，后又通缩一个月。
大运河漕运关乎国计民生和边防安全，所以明代前后都有多种官员掌理漕运事务。永乐年间，用以催促、监督漕运的官员有御史、侍郎、都御使等，另有郎中、员外、主事之类的官员分管不同的漕务。景泰二年（1451），始设漕运总督，驻淮安，与总兵、参将共同管理漕务。本来在宣德年间，令运粮总兵官、巡抚、侍郎等于每年八月到北京，会商下一年的漕运事务。漕运总督设置后，该官也要赴京参与会商。这一制度到万历十八年（1590）时才废止。漕运其间，每年正月，漕运总督要到扬州巡察，亲自经管北上漕船在瓜洲、淮安过闸的问题。
总兵则驻徐州、邳州（在今江苏邳县南、黄河北岸），督理漕船过洪泽湖入黄河闸的问题，并同理漕参政官一起管押漕船赴京。途中负责催赶漕船的官员有御史、郎中；而随船押运的官员则有参政；还有大批的主事，职掌监兑、理刑、管洪、管厂、管闸、管泉、监仓之类。另外，还有专管清江、卫河的提举官。每年当漕船接兑漕米完毕，北上过淮河、洪泽湖时，巡抚、漕司（主管漕运的官衙）、河道（主管漕运河道的官衙）等需分别以不同的职掌向京城奏报。如果有关衙门事前不将米准备好，军卫不将运船准备好，漕船过淮河时延误期限，责任在巡抚。如果米早已有了，船也早备齐了，而不抓紧时间检验放行，而且不是因为河道阻塞而压着大帮漕船停泊在那里，以致漕船在过洪泽湖时因延误期限而漂冻者，责任在漕运司。如果漕船粮米都按时而行了，但因河渠淤浅，疏浚无法，而且沿途闸座不能适时启闭，漕船不得过洪泽湖而到达张家湾，则是河道官的责任。每年漕运顺当无事则已，一旦出事，则根据具体情况追究有关官员的责任。
总之，明代漕运，路途遥远，任务繁重，上有朝廷的各种禁限，下有河道的多处险阻，加上途中常遇风雨袭扰，又有大小漕官催逼剥削，从事漕运的军士民夫的辛苦可以想见。不少从事漕运的军士和民夫以致卖资产，卖子女，家破人亡。
在谈到明代京杭大运河及其漕运的时候，不禁令人想起明朝浙江宁波府人张得中写的一首长长的顺口溜，题目叫作《北京水路歌》，叙述了他从浙江宁波坐船由大运河水路到北京的一路经过、见闻及感想。这是一首既有文采又有史料价值的诗歌。其中，他谈到大运河及漕运的情况。“……宝应县，宝应湖，荒城已废存浮图。古淮大道通南北，物阜民康军饷储。漕运循规事专一，密密征帆蔽天日。桅樯接踵连舳舻，舵楼按歌吹筚篥……”当他乘船一路由大运河到达北京的时候，他在《北京水路歌》的最后说：“我本江南儒，宦游至于此。所经之处三十六，所历之程两月矣。共经水闸七十二，约程三千七百里。”
其实，明代大运河的漕运因不同地段的运河河道常有阻塞，有碍漕运，所以疏浚修治运河也成为明廷的一大要务。据《明史·河渠志》记载，永乐年间大运河运道已定。其后，“宣宗时，尝发军民十二万，浚济宁以北自长沟至枣林闸百二十里，置闸诸浅，浚湖塘以引山泉。正统时，浚滕、沛淤河，又于济宁、滕三州县疏泉置闸，易金口堰土坝为石，蓄水以资会通。景帝时，增置济宁抵临清减水闸。天顺时，拓临清旧闸，移五十丈。宪宗（成化）时，筑汶上、济宁决堤百余里，增南旺上、下及安山三闸。命工部侍郎杜谦勘治汶、泗、洸诸泉。武宗（正德）时，增置汶上袁家口及寺前铺石闸，浚南旺淤八十里”。显然，这些治理运河漕道的工程都在山东省境内，说明山东境内的运河漕道是大运河的“多难”地段。
（十）清代大运河及漕运
《清史稿·河渠志·运河》载：“自京师历直沽、山东，下达扬子江口，南北二千余里，又自京口抵杭州，首尾八百余里，通谓之运河。”又说：“清自康熙中靳辅开中河，避黄流之险，粮艘经行黄河不过数里即入中河，于是百八十里之河漕遂废。若白漕之借资白河，卫漕之导引卫水，闸漕、湖漕之分受山东、江南诸湖水，与明代无异。”对于河道总督靳辅开中河，同书记载：“（康熙）二十五年（1686），（靳）辅以运道经黄河，风涛险恶，自骆马湖（在江苏邳县南、宿迁县北）凿渠，历宿迁、桃源至清河仲家庄出口，名曰中河。粮船北上，出清口后，行黄河数里，即入中河直达张庄运口，以避黄河百八十里之险。议者多谓（靳）辅此功不在明陈瑄凿清口下。”这段文字把靳辅开凿的中河流经之地及其意义表述得十分明白。这应该是清代运河河道变化的突出一例。
但是，清代有关运河的工程不止于此。例如，顺治八年（1651），“募民夫大挑运河”。康熙元年（1662），“定运河修筑工限：三年内冲决，参处修筑官；过三年，参处防守官，不行防护，致有冲决，一并参处。”康熙十六年（1677），按照河督靳辅的建议，“将本年应运漕粮，务于明年三月内尽数过淮。俟粮艘过完，即封闭通济闸坝，督集人夫，将运河大为挑浚，面宽十一丈，底宽三丈，深丈二尺，日役夫三万四千七百有奇，三百日竣工。并堵塞清水潭、大潭湾决口六，及翟家坝、至武家墩一带决口，需帑九十八万有奇。”十七年（1678），“是岁挑山（阳）、清（河）、高（邮）、宝（应）、江（都）五州县运河，塞决口三十二（处）。”同年，靳辅开凿永安河，筑永安堤。雍正元年（1723），河道总督与漕运总督联名上疏，说：“山东蓄水济运，有南旺、马踏、蜀山、安山、马场、昭阳、独山、微山、郗山等湖，水涨则引河水入湖，涸则引湖水入漕，随时收蓄，接应运河，古人名曰‘水柜’。历年既久，昭阳、安山、南旺多为居民占种私垦。现除已成田不追外，余俟水落丈量，树立封界，永禁侵占，设法收蓄。”这是保障山东境内会通河漕运畅通的重要措施。乾隆二年（1737），御史马起元说：“通州至天津河路多淤浅，粮艘不便。命（侍郎）赵殿最偕顾琮勘议。寻议天津溯流而上，设有兵弁，五官管辖。应增置漕运通判一（员），驻张家湾，专司疏浚；把总二（员），外委四（员），听通判调遣。”