同年，“大挑淮（安）、扬（州）运河，自运口至瓜洲三百余里。”嘉庆十三年（1808），通州大水，康家沟坝（当在通州城东）冲决成河，张家湾河道遂淤。“自嘉庆之季，黄河屡决，致运河淤垫日甚。”于是有人建议海运。咸丰五年（1855）六月，黄河于兰阳（今河南兰考）铜瓦箱决口，向东北经长垣、东明、濮州等地，夺大清河道入海（大致即今黄河下游河道），从此东趋商丘、徐州的正溜断流。此后，京杭大运河运道特别是山东境内会通河运道中断，元、明、清持续数百年的大运河漕运从此结束，遂代之以海运。
清代漕运，起初都跟明代一样，用屯丁长运。为了长运，令瓜洲、淮安的兑运军船往各州县水次码头于民船交兑，只是根据远近不同另加多少不等的过江脚耗。而淮安、徐州、临清、德州四仓仍有民运就近交仓，然后兑与运军船。清代漕运有正兑、改兑、改征、折征。这四项是漕运本折之大纲。此外，还有截漕及拨运。
据《清史稿·食货志·漕运》记载：顺治二年（1645），户部奏定每年征收漕粮四百万石。其中，所谓“正兑”是指运往京仓的米，原额三百三十万石，内有江南一百五十万石，浙江六十万石，江西四十万石，湖广二十五万石，山东二十万石，河南二十七万石（按：各省正兑米合为三百二十二万石，比原额少八万石，疑原书记载有误）。而所谓“改兑”是指运入通州仓的米，原额七十万石，内有江南二十九万四千四百石，浙江三万石，江西十七万石，山东九万五千六百石，河南十一万石。至乾隆十八年（1753），实征正兑米二百七十五万余石，改兑米五十多万石，比原定每年征收漕粮四百万石少了约七十五万石。这其中的原因是因为有部分漕粮改征别的粮食，如从山东、河南改征小麦六万九千五百六十一石八斗四升有零，黑豆二十万八千一百九十九石三斗一升有奇。黑豆纯粹是粟米改征，无定额，用作牲畜饲料，这就是“改征”。
当然，凡是改征必须有皇帝的特旨，不是随意可改征的。明清征收的漕粮都是实物，即实实在在的粮食。但后来也有将粮食按一定比例折算成银两征收，这就是“折征”。折征分为“永折”、“灰石米折”、“减征”、“民折官办”等不同的名目。其中的“灰石米折”是指江苏的二万九千四百二十四石，浙江的一万八千六百五十三石，遇闰月加四千零一十五万石的漕粮，每石折银一两六钱，共折银七万六千九百二十三两二钱，这就是“灰石米折”，折收后的银两供工部备置灰石之用。这是顺治十七年（1660）始实行的政策。乾隆十六年（1751），以京师的官兵向来爱饲养马和骆驼，这就需用大量的黑豆作饲料，河南、山东二省自雍正十年（1732）以来，每年就从漕粮粟米中改征黑豆二十万九千余石，但还不够，于是决定每省酌量再改征黑豆一两万石，不久定下山东三万石，河南两万石。结果京仓黑豆储存有六十多万石，足供支用三年。
乾隆二十六年（1761），以江苏省的清河、桃源、宿迁、沭阳等县不产大米、小米，遂命以后先动用司库的银两，按照时价采购米粮，作为从这几个县所征的漕粮，而后让这几个县的百姓输银还款，这就是“民折官办”。之后，江苏之阜宁、泰兴，安徽之旌德、宁国、太平，湖北之英山诸县，也都仿照此法以完漕粮之政。至于截漕、拨运，因与本文所论关系不大，也就略而不述了。
漕粮之外，江苏的苏州、松江、常州三府和太仓州，浙江的嘉兴、湖州两府，每年要交纳糯米给内务府，以供皇上食用及百官廪禄之需。这部分糯米称为白粮。原额正米二十一万七千四百七十二石多。起初也如明制，白粮专由民运，后改为由漕船分带。
各省漕船，原数为一万零四百五十五号，至嘉庆十四年（1809），因为改折分带、坍荒裁减等，实际只有6242艘。这些漕船每年有十分之一要进行修理，谓之“岁造”。造船之费，十分之七出自民田，十分之三出自于军地。十年限满，由漕运总督亲自验明，某船确实不能再出运，方得停运修理；有的船稍加修理可再运者，由官府酌量给予修理银钱，修后仍令再运。修船厂主要在（淮安）清江关，后也在临清设厂成造。新船和修后船查验是否合格，主要看九个方面：一验木，二验板，三验底，四验梁，五验栈，六验钉，七验缝，八验舱，九验舱头艄。
各省从事漕运的军丁人数，多少不等。后议定：每船基本以十名军丁配运，按名额发给粮食和工钱。
凡漕船载米，一般不得过五百石。正耗米外，依例可带土特产品六十石。雍正七年（1729），准许增加四十石，共为百石，想以此为定例，不再增减。但是，不久准许各船头工、舵工每人可带土特产品三石，水手每船可带土特产品二十石。嘉庆四年（1799），定每船可多带土特产品二十四石。屯军领运漕粮，冬出冬归，极其劳苦，于是有夹带私货之弊。
（十一）大运河的历史文化价值
京杭大运河具有极其重要的、厚重的、永久性的历史文化价值。主要体现在以下几个方面：
第一，它是世界上开凿最早、最长的一条运河。上文已谈到的世界上着名运河如苏伊士运河、巴拿马运河、基尔运河等，就开凿的时代、运河的长度等来说，都无法与我国的京杭大运河相比。毫无疑问，京杭大运河是世界运河之最。
第二，京杭大运河的开凿与治理工程充满了中国人的高度智慧，闪耀着中国古代科学技术之光。最突出的例证除元代郭守敬从昌平白浮泉引水，西折南转，流注瓮山泊，然后再汇入积水潭，从而开通通惠河之外，明永乐间尚书宋礼奉命治理山东境内元代开凿的会通河时，汶上县老人白英献计，导百余泉水汇入汶河，然后在戴村修筑五里长的戴村坝，分汶水四分南流入淮泗，六分北流入漳卫。这一科学的技术措施是明代二百余年将东南的米粮源源不断地漕运京师的重要保证。而奉献这一智慧的白英老人，竟是山东汶上县的一位农夫。
第三，京杭大运河是元、明、清的京师即元大都和明、清北京城的生命线，是八九百年间北京水路交通的大动脉。正是依赖京杭大运河，元、明、清三朝才能将中原和江南的米粮每年以数百万石的份额漕运北京，支撑着封建朝廷对全国的统治。可以这样说，京杭大运河是元、明、清相继建都北京的不可或缺的重要条件。
第四，京杭大运河为北京的城市建设做出巨大贡献。特别是明、清时期，北京的宫殿、城池建设所需用的木材、砖瓦等物料，大都是通过大运河运到北京来的。明永乐、嘉靖年间建北京城的宫殿、城垣及皇陵时，所用的大批楠木、杉木多是从四川、云贵、两湖等省砍伐的，先由长江漂运到扬州，然后转入运河，再运到北京。北京城市建设所用的苏州的大金砖、临清的大城砖等，也多是由运粮的漕船带运到北京的。
第五，京杭大运河带动了沿途一系列城镇的发展和兴盛。从南到北，如浙江的杭州、嘉兴，江苏的苏州、无锡、常州、镇江、扬州、淮安、徐州，山东的济宁、临清、德州，河北的沧州，天津及武清的杨村、河西务，北京的漷县、张家湾、通州等，这些着名的重要城镇的发展和兴盛，都曾得益于大运河的漕运。
第六，京杭大运河促进了我国南北方经济与文化的交流与融合。大运河不仅仅是漕运粮食和建材，南北方的一些商人也多利用大运河贩运各种商品，如南方的丝绸、家具、纸墨文具等，北方的牲畜、煤炭等。通过这些物资交流，无疑会促进南北方的经济发展。此外，南方的一些举子进京赶考，京城的一些官员学士出京赴任，也常常乘舟坐船，南北往来，也无疑会促进南北文化的交流与融合。
第七，在元、明、清的几百年间，有许多的官员、文人、学者、游客在经由大运河北上南下的时候，留下了大量的与大运河有关的诗词歌赋、笔记小说、游记文章等。这是一笔宝贵的历史文化遗产，也是京杭大运河历史文化价值的一个不可忽视的方面。
总之，京杭大运河的历史文化价值说不完、道不尽，无论给予多么高的评价都不过分。