对日本处理该事件的表现如何进行评价，这是一个值得探讨的问题。有论者曰：“对照中日相关史料，我们并未发现日本政府在这起事件中对中国抱有任何不良企图。”并感叹：“往事逝矣，该事件已成历史，但今天阅读这些史料，仍觉温情扑面。”胡连成：《1872年马里亚老士号事件研究——近代中日关系史上的一件往事》，《暨南学报（人文科学与社会科学版）》2004年第6期，第114页。或者认为：“从总体上看，日方在这一事件上的对华态度是积极友好的。”王士皓：《玛也西号船事件及其国际影响》，《史学月刊》2009年第5期。
企图之良与不良、感情之真心温暖或笑里藏刀，或许会因为论者的视角而异。但是断定在处理这件事情上，日本方面对中国只是出于单纯的友善，而没有任何企图，这样的结论似乎还有待斟酌。而抽象的所谓“友好”也未必能够概括其“总体”意向。
首先，从中国观上来看。大江卓在断此案后以诗歌《释奴行》来记述当时的心情，曰：我皇开埠通四裔，恩波万里赖其惠。白露估船胡为者，一船所载皆奴隶。糜在舱底如幽囚，阴风白日声啾啾。豺狼驱羊一何急，或断其发或摧头。试问劫掠自何地，仁义旧邦今重利。黄金宁赎千金躯，隙以甘言诱无智。船之与人国各殊，偶然来泊我版图。皇听不怿廷臣怒，一今如火释众奴。予时坐在县衙上，殆废寝食心悒怏。欲令外氓浴深仁，还愁理义缺明畅。事定万国无违言，已复人权已雪冤。想他归去见父母，侧自东望扶桑暾。胡连成《1872年马里亚老士号事件研究——近代中日关系史上的一件往事》一文中此诗为引全（至“仁义旧邦今重利”），今据杂贺博爱《大江天也传记》（东京：大空社1987年影印版）第266—267页，将全诗完整引用。感谢早稻田大学大学院社会科学研究科博士生白春岩提供此资料。这表现了他成功断案之后的一种豪迈心情，也可以看出他的一种“皇国”优越意识。对中国而言，国民成为他人的奴隶，被幽囚在舱底，受尽“或断其发或摧头”等种种虐待，就像豺狼驱羊一样，昔日的泱泱大国，任其国民遭此劫难，真是可怜。为什么会这样呢？他的答案是“仁义旧邦今重利”。就是说，中国古来是仁义之邦，现在却变得重利轻义了。此事件在日本，经过他的努力而以“仁义”作为指导原则来解放遭难的这些中国奴隶，为他们“复人权”、“雪冤”，使“外蛮”沐浴日本的皇恩浩荡，他自然有一种自豪感。
其次，看看当时相关的一些历史事件。1872年8月12日，在上海的郑永宁外务少记将日本处理“玛也西”号船事件告知上海道（苏松太道）台沈秉成（1823—1895），其中提到日本方面的“廷议”的意思：“和清国既经结盟通好，视彼民犹己民。今秘鲁人拐卖清国人口，敢过我境，殊干公法，义当惩办，拯救民困，以敦邻谊。”郑永宁在论及日本此举的出发点时亦强调：“本国有此举者，寔出敦笃邻谊之意。”并接着说：“窃为贵国敢忠告者，有三：审办澳门拐略之徒，速收人口还乡，一也；先派委员，收回人口，后办奸徒，二也；本国备船护送人口，贵国照偿费用，三也。请择而定，宁则信致本国，为结公案之地，尽我驻沪一日之职。”《大日本外交文书》第5卷，第512页。日本着手办理此事件的初衷是出于“敦笃邻谊之意”，还是迫于国际舆论的压力，前文已经有所论及。不管初衷如何，既然着手办理，因为牵涉中日关系，那么就一定要在外交上把“敦笃邻谊”的气势造足，甚至有“视彼民犹己民”之辞令。无论其初衷如何，当时清政府所有相关官员几乎都是将该事件的处理视为“大日本国力敦邻谊、拯救华民”而“深为可感”的。同上书，第513、514页。
在日方“忠告”的催促之下，清政府便紧急派出上海租界会审委员陈福勋赴日办理相关事宜（18日沈秉成到日本公馆告知，19日陈即乘船出发），8月22日到达长崎。9月陈福勋办理妥当归国之际给副岛外务卿的感谢信如下：敬肃者。福勋久仰山斗，无由进谒。适因泰西无约之秘鲁国洋船驶入贵境，经横滨听审出拐卖等情，一面将人口收留，并飞知上海，由郑少记告知道台，即为详报。导宪檄委福勋星驰前来，一路诸荷郑少记照料周详。于八月二十七日安抵横滨，正拟入京谒见贵卿大人，复蒙有劳柳大丞诸君先行相招。进京即荷赏见，不以福勋微末，安寓于延辽名馆。次日旋蒙传，集神奈川权令大江卓等，即将全案交接，所有公事一不妨于福勋，俾得回沪销差。惟蒙逐日排筵，视如上客，此实福勋非常之遇也。在京七日，驾三次往还六见，诸承不耻下问，愧无以对，清听惶歉实深。初五日辞别后，现同品川领事诸君在滨料理诸事，渐次均可裕。如华民二百余口均各安居无恙，此功此德，实出于贵国之再造重生也。现在船已搭定，不敷水脚之款已由品川领事照数汇兑到沪，当为即缴无误。今日又蒙厚赐和锦两卷、砚匣一具，受宠若惊。本不敢领，惟以却之不恭，只得对使拜领，容图后报。所有临行谆嘱之言，回沪后自当悉心代达，以慰尊怀。专肃鸣谢，敬请台安。诸惟澄照不尽。陈福勋顿首谨肃《大日本外交文书》第5卷，第537页。陈福勋在其办理完此事回沪的禀文中说：“总之，此案办理之由，实本乎副岛大臣之诚意，卑职偕同郑少记前去查办，副岛大臣喜出望外。是以卑职到横滨后，即派柳大丞等相邀卑职至东京交接相见，视如上客，并谕外务衙门各员，云及卑职系奉钦宪所委之员，应即以使员待之。并将卑职安寓于延辽名馆，寓居七日，往返六见，一切之间，无微不备。临行复又派柳大丞、郑少记等十余员名，送至横滨照料交待一切，俟十四日，卑职登舟后，柳大丞等甫才回京，其诚意可谓至矣。是以卑职临行之前，备筵答请，亦复从丰，并将伺应人等分别酬赏，以答敬使之意也。”见陈翰笙主编《华工出国史料汇编》第一辑（三），第993页。陈福勋8月27日到横滨，9月18日办妥回国，在此前后，日本对琉球问题关于琉球研究的文献与著作甚多，这里主要参照了米庆余的《琉球历史研究》（天津人民出版社1998年）、安冈昭男的《明治前期中日关系史研究》（胡连成译，福建人民出版社2007年）、西里喜行的《清末中琉日关系史研究》（胡连成等译，上下册，社会科学文献出版社2010年）。有重大的举措值得注意。
1872年初，日本鹿儿岛县厅即派奈良原幸五郎（奈良原繁）和伊地知壮之丞（伊地知贞馨）到琉球，敦促其进行行政改革。6月24日，日方传令琉球方面，要求其派遣使节赴东京觐见，祝贺日本王政一新。随着处理“玛也西”号船事件的顺利进展，外务省邀请伊地知于8月13日达到东京，他“立刻拜访了副岛外务卿，汇报了琉球的情况，同时汇报了在琉球期间获知的宫古岛民台湾遇害的情报”西里喜行：《清末中琉日关系史研究》（胡连成等译），上册，第260页。9月2日，琉球使节一行来到东京。9月14日，天皇对来觐见的琉球使节颁发了如下诏书：朕膺上天之景命绍万世一系之帝祚，奄有四海，君临八荒。今琉球近在南服，气类相同，文言无殊，世世为萨摩之附庸，而尔尚泰能勤致诚，宜予显爵，升为琉球藩王，叙列华族。咨尔尚泰，重其藩屏之任，立于众庶之上。切体朕意，永辅皇室！钦此《大日本外交文书》第5卷，第383页。而副岛特意使陈福勋也“闻见”此事。郑永宁编纂的《副岛大使适清概略》中记载：九月，琉球之使臣入京，贡方物，请朝觐。皇上因封尚泰为琉球藩王，叙列华族。命曰：咨尔尚泰，重其藩屏之任，永辅皇室。尤厚赉赐遣之。尚泰上表谢恩，以奉册命。事皆使陈福勋闻见。《副岛大使适清概略》，岛善高编：《副岛种臣全集》第2卷，东京：慧文社，2004年，第138页。胡连成翻译的安冈昭男《明治前期中日关系史研究》中的译文写道：“九月十三日，这些清国人被引渡给陈福勋。第二天（十四日）正好是琉球使节觐见之日，日本政府让陈福勋看到了这一幕。”（第66页）此处将日文原著中的“事の次第を陳特使に聞見させている”（原著——东京：岩南堂书店1995年版——第70页）译为“让陈福勋看到了这一幕”似有不妥。因为十四日是陈福勋从横滨带领被拐华工启程回国的日子，这里的“闻见”应该是强调“闻”，即让陈福勋知道日本封琉球藩王之事。其用意如同安冈昭男所言，就是要通过陈福勋“将日本的如此举措传达给清国要路”安冈昭男：《明治前期中日关系史研究》，东京：岩南堂书店，1995年，第70页。对于琉球，副岛的心思何在呢？他说：从前琉球以支那为父、日本为母，所谓两属，又在我国似为萨摩之领地。此使节来时，我认为必须正名分，因此以后封为琉球藩王了。对此，彼等虽然也强烈拒绝，最终堂堂地使之服从了。此时如论及琉球藩王，对支那而言亦自然会引起争端，此前虽也有作为萨摩之附属亦苦不堪言，故欲弃之不顾的议论，因为名不正则事不成，最终使其服从作为藩王了。故而于御前宣读诏敕，两使节领命而归。《副岛大使适清概略》，《副岛种臣全集》第2卷，第138页。就在琉球使者觐见的次日，副岛致函太政官正院，希望对琉球藩彻底实行日本的藩属体制，并在外交与财税上逐渐派外务省和大藏省的官员去视察管理。《大日本外交文书》第五卷，第385页。
不仅副岛想利用陈福勋来给中国方面在琉球问题上吹风，8月，当时的陆军大辅山县有朋也“趁机”提出关于“琉球处分”的建议书。山县有朋的“琉球处分”的建议书，安冈昭男在《明治前期中日关系史研究》中有详细论述安冈昭男的《明治前期中日关系史研究》第三章（山县有朋与“琉球处分”——以壬申八月建议为中心）专门论述此问题。现引该建议书中三段以见一斑：今日清之间，幸交际之道已开，鸿胪之官彼此往来。窃以为，（向其）阐明形势，指出两属之不可；晓之以理，指出经界、所属之必须匡正；告之以我国曾经管理其内政，诘其务虚之名无益；据公明之办法，示正大之意。臣虑，满清必谅我意，必允我请。之后遣使节，晓谕琉球，则日清两国无睚眦之患，中山之地因三寸之舌而定矣。
尔后，令其国王来京觐见，将其列于华族，奉我政令。定贡献之礼，立保护之法，尔后布告万国，宣布琉球永远属于我版图，亦得圣上抚育之洪恩，远播彼之南方；僻岛之人类，得以永远沐浴在我雨露之中。若果然如此，岂非圣代维新之一端耶。
方今（即）时机之所在，此乃臣所谓先发制人者。然事关日清两国之交际，且涉及公法之条规，事无细小，愿付之于众议。反复研究，采取恰当方法，迅速付之于行动。转引自安冈昭男《明治前期中日关系史研究》（胡连成译），第62页。括号内文字为笔者据原文（安冈昭男《明治前期日清关系史研究》，东京：岩南堂书店，1995年，第66页）所添加。此外，该建议书中还提及：“方今西洋万国之船舰，往来如梭，间有侵夺抄略之冤，所管之国，不得不为之申冤。”“去岁宫古岛之人漂流到台湾，为近旁人士所抄略。其中有幸生还者，诉冤于我（镇西）镇台，以知民俗之异同、远近，亦可知其对我之依赖、奉戴。”同上书，第61页。添加所据原文处同上。陈福勋是清政府派往日本的首位外交官，其所谓“鸿胪之官彼此往来”以及上文所描述的情况，都可以找到“玛也西”号船事件及琉球遣使的影子。并且认识到这个时机——日本为中国劳工申冤的重要性，可以利用这个有利时机“先发制人”。事实上，在9月28日，明治政府就停止了琉球藩的外交权，由外务省来管辖，将伊地知贞馨派往琉球，开始为“废琉置县”进行准备。参见西里喜行《清末中琉日关系史研究》（胡连成等译），上册，第262页。
综上所述，1872年日本在美英各国的敦促与协助之下，积极就秘鲁“玛也西”号船事件展开审判，解救了中国被拐卖的劳工，是日本外交史和中日关系史上具有重大意义的历史事件。这一事件，在中日关系史上的意义，既要看到日本方面有对中国讲信修睦的友好的一面，且不论日本方面因此而表现出来的“皇国优越”意识的膨胀，无论如何不能片面强调日本一方的积极作用，更不能无视日本方面企图利用此事件而设计的种种“如意算盘”。总之，此事件的处理，日本方面绝非单纯的“温情扑面”。
3换约的幌子：台湾、琉球问题
1． 换约日程的延误
如果说美国方面在为促使日本积极处理玛也西号船事件上起到了正面的的作用，也不可否认，美国在随后为日本出兵台湾也同样积极地出谋划策，极尽怂恿、纵容、教唆之能事，甚至直接参加侵略的军事行动之中，成为了日本武力侵犯台湾的帮凶。李理、赵国辉：《李仙得与日本第一次侵台》（载《近代史研究》2007年第3期）一文对此有详细论述，本节的叙述受该文启发之处不少，特此致谢。可见日本对中国的认识与行动选择，不能脱离国际形势的背景。