第二次鸦片战争大体可以分为两个阶段：第一个阶段围绕广州展开，时间跨度为1856年至1858年；第二阶段围绕北京展开，时间跨度为1858年至1860年。
1856年10月8日发生的“亚罗号事件”，被认为是第二次鸦片战争的开始。“亚罗号”是一艘在香港注册的中国人的商船。根据香港的法律，船只的执照每年都要年检，但是，在事发之时，“亚罗号”的执照已经过期11天。因为怀疑船上藏有海盗，并且参与走私，10月8日，广东水师逮捕了船上的12名中国船员。
英国驻广州代领事巴夏礼得知消息后，要求两广总督叶名琛下令释放船员，理由是这艘船在香港注册，应该受《南京条约》的保护。但叶名琛以“亚罗号”是中国船为由，拒绝释放船员。英国人又坚称船上挂有英国国旗，广东水师的士兵侮辱了这面国旗。广东当局则坚称“亚罗号”没有悬挂英国国旗。而依据英国的法律，执照过期的船只根本没有权利悬挂英国国旗。
巴夏礼将情况向英国全权大使、港督包令作了汇报。10月10日，广州当局释放了9名船员，其余3名嫌犯仍被拘押。包令向叶名琛发出警告，除非释放所有船员，赔礼道歉，并且保证以后绝不发生此类事件，否则英国人将采取军事行动。10月22日，叶名琛释放了所有船员。他还给包令去了一封信，重申“亚罗号”不是英国船，而是中国船，但他依然作出承诺，表示未来将慎重处理类似事件，水师将不会以不适当的方式登上英国船只。
两广总督的诚意并没有打动英国人。10月23日，英国海军开始攻击珠江上的堡垒。1857年2月26日，英国议员理查德·科布登在下院发表演讲时说：
从10月23日至11月13日，英国海军及陆军的军事行动一直在继续。珠江上的堡垒、虎门炮台等要地被占据，2 3艘中国水师船只被摧毁。广州市郊被夷为平地。战舰可能向城墙开了火。
科布登之所以发表这个演说，是因为他在仔细查阅了很多资料之后发现，英军挑起的这场战争完全是非正义的。他说：“包令是我的熟人，20年的老熟人。我并不是要跟他过不去，也不想跟任何人过不去。我希望政府不要在这个问题上作出草率的决定，以便我们可以本着公正的原则考虑摆在我们面前的这件事。”
科布登的演说引起下院进行了长达4天的辩论。最终，他的提议得到西德尼·赫伯特、詹姆士·格雷厄姆、威廉·格莱斯顿、约翰·拉塞尔、本杰明·迪斯雷利等人的支持。最终的结果是，下院通过了谴责政府的议案。
在3月3日的辩论会上，曾经三任英国外交大臣并已于1855年当选首相的帕默斯顿勋爵指责科布登的演说充满了“反英情绪”，“放弃了所有那些将人们与他们的国家和同胞连接在一起的这种纽带（指爱国感情），我不应该指望从下院的任何一个成员的口中听到这一点。在他们眼中，英国人做的每一件事情都是错的，针对英国人的每一件事情都是对的……谴责政府的提议如果通过，意味着下院放弃了在地球的另一端面对着一群从事绑架、谋杀、投毒恶行的野蛮人的大批英国国民”。
帕默斯顿对下院的批评作出的回应是，请求维多利亚女王解散下院，进行普选。普选在1857年3月27日至4月24日之间举行，帕默斯顿领导的辉格党大获全胜，获得下院65.9%的席位。下院中同情中国的声音完全被压制住。基于巴夏礼对“亚罗号”事件的报告，新议会决定向中国进行报复。
1857年5月10日，印度爆发了民族起义，此事牵制了英国许多资源和兵力，延缓了英国对中国的入侵。
英国请求法国、美国和俄国与其组成同盟。法国以“马神甫事件”（Father Chapdelaine Incident）为由，同意了与英国联合入侵中国的请求。美国和俄国最终没有立即提供军事援助，但两国分别派了特使去香港表示支持。
“马神甫事件”颇值一提。马神甫中文名为马赖，是法国天主教神甫。1856年2月，他在广西传教时因“胡作非为”被广西西林县知县处死。而根据《中法黄埔条约》，法国人只能在通商五港口活动，如果远入内地，“听凭中国官查拿，但应解送近口法兰西领事官收管；中国官民均不得殴打、伤害、虐待所获法兰西人，以伤两国和好”。显然，至少在法律层面，西林县是理屈的一方。而且，西方人相信马赖是被虐待致死。无论如何，地方官的野蛮无知带来了麻烦。