病同而证不同，用药就不同。如“痉湿暍病篇”论湿病，原文首先指明风湿病基本症状是“一身尽疼痛”，正确的汗法是“微微似欲汗出，风湿俱去也”。接着分别论述湿病表寒湿证用麻黄加术汤，风湿表气虚证用防己黄芪汤，风湿化热证用麻黄杏仁薏苡甘草汤，风湿表阳虚证用桂枝附子汤，风湿表里阳虚证用甘草附子汤，使辨病与辨证有机地结合起来。并且在辨主证时，主张对其病位、病机进行具体分析，如“呕吐哕下利病”篇中小半夏汤、生姜半夏汤、半夏干姜散三个方子都由姜夏组成，均用于寒饮犯胃，但主证不同，在寒饮呕逆的共性之下包含有个性。小半夏汤和生姜半夏汤用生姜以散寒，且生姜“走而不守”，用以治饮盛抑阳的呕吐。半夏干姜散选干姜温阳“守而不走”，用以治中阳不足的寒饮呕逆。生姜半夏汤重用生姜汁以散结通气，治中阳闭郁，不得伸发，气之出入升降受阻，似呕不呕，似喘不喘，似哕不哕，心中愦愦然无奈何者；小半夏汤则重用半夏以降逆化饮，主治诸呕吐，谷不得下。
在辨证论治过程中，不论病程之久暂，凡有是证，则用是方。主证不变，主方及治则不变，兼证不同，则“随症加减”，如在白术散用于妊娠养胎时提及：“但苦痛，加芍药；心下毒痛，倍加川芎；心烦吐痛，不能饮食，加细辛一两，半夏大者二十枚。”随症施治，因症化裁，在辨证施治发挥主要作用的同时，能解决一些次要矛盾，减轻病人的痛苦，增强疗效。
同时，仲景也重视专病专方在杂病治疗中的重要作用，如鳖甲煎丸治疟母，酸枣仁汤治疗虚劳失眠，奔豚汤治疗奔豚气上冲胸，旋覆花汤治疗肝着病，甘姜苓术汤治疗肾着病，麻子仁丸治疗脾约病，大黄牡丹汤治疗肠痈，甘麦大枣汤治疗妇人脏燥等。
3.以脏腑经络学说为辨证论治体系的核心《金匮要略》一书是以脏腑经络学说作为基本论点，认为脏腑经络是人体生理活动的中心，疾病各种证候的产生，都是脏腑病理变化的反映。《金匮要略》和《伤寒论》同出于仲景之手，原为一书，为何前者用六经辨证，后者用脏腑经络辨证？这是因为，杂病和伤寒有所不同，杂病多呈慢性过程，临床常以某些脏腑经络见证为主，因而病位较易界定，而伤寒病的发生发展则较迅速。实践证明，运用脏腑经络辨证，确能准确地辨明杂病的性质与部位，并有效地指导治疗。
脏腑和经络是相通的两个不同系统，在生理上，脏腑主持着人体的基本生理功能，尤其是五脏，处于核心地位；经络则主要是运行气血，并把脏腑和皮、肉、筋、脉、骨等各部组织沟通为一个整体，其中经为主干，络为分支，因而在病理上，既要求有明确的区分，又必须注意脏腑经络之间的联系。
仲景在《金匮要略》第一篇以“脏腑经络先后病”为名篇，意在指出杂病当以脏腑经络学说作为基本理论。例如，在病因上，以脏腑经络分内外，提出“千般疢难，不越三条”的病因分类法；在发病与病理传变上，从整体观念出发，根据正与邪、人体内部各脏腑间的相互关系，提出“五脏元真通畅，人即安和”，以及“见肝之病，知肝传脾”等有关理论；在诊断上，通过四诊八纲，把疾病的各种临床表现具体落实到脏腑经络的病变上。例如，“中风历节病”篇第2条具体指出：“邪在于络，肌肤不仁；邪在于经，即重不胜；邪入于腑，即不识人；邪入于脏，舌即难言，口吐涎。”故根据疾病病变先后的部位，分为在络、在经、入腑、入脏四个阶段，将中风病人的不同阶段分别落实到脏腑经络的不同病变，从而有效的指导治疗。又如“水气病”篇根据水肿形成的内脏根源及其证候，而有心水、肝水、脾水、肺水、肾水之分。
第一篇之篇名把“先后病”三字置于“脏腑经络”之后也颇有深意，一般来说，外邪致病初起多侵犯经络，随着病势发展而深入脏腑。而杂病则以内伤为主，病可先发于脏腑，后及于经络。杂病病机以脏腑经络并重，有脏腑的先后病，有经络的先后病，有先脏腑而后经络，也有先经络而后脏腑。
在杂病治疗方面，《金匮要略》尤为重视脏腑的特点，该书原则性地指出“五脏病各有所得者愈，五脏病各有所恶，各随其所不喜者为病。”要求治病必须顺应各脏的生理特性，以适合病人的饮食、药物、居处等助其正气，才能促其向愈。书中又说：“夫诸病在脏，欲攻之，当随其所得而攻之，如渴者与猪苓汤，余皆仿此。”这是说病邪深入脏腑，必然扰乱该脏的正常功能而形成某些病理产物（如肺之痰浊，胃肠之宿食糟粕，心、肝、胞宫之瘀血，肾、膀胱之水湿等），则外来病邪势将与该脏的病理产物相搏为害，故必须一并攻除。这些原则，也是依据脏腑经络学说而制定的。
因此脏腑经络学说对于疾病发生与发展的诊断，以及确定治疗方法都具有重要意义，是辨证论治的核心。
4.独具特色的诊断方法在诊断上，《金匮要略》强调“四诊合参”，其中“诊脉法”和“腹部切诊法”独具特色。
（1）诊脉法：通览《金匮要略》全书，仲景脉法以“独取寸口”法尤多。王叔和的《脉经》及历代脉书、诊案多沿袭独取寸口的脉法。目前，临床上仍沿用以寸、关、尺定三部，以浮、中、沉为九候之“独取寸口”的诊脉大法。
仲景诊脉法的特色，不仅把脉象看作是脏腑经络病理变化的反映，以作为诊断的重要依据之一，并且还把脉象抽象成概念，以之代病（证），解释病机，鉴别病情，确定治疗，判断预后。
①依据脉象诊断疾病：如“寸口脉动而弱”主惊悸病；百合病“其脉微数”；疟病“其脉自弦”；水气病“脉沉”等。
②依据脉象解释病机：如论历节病“寸口脉沉而弱，沉即主骨，弱即主筋，沉即为肾，弱即为肝”，以此阐明历节的病因病机主要是由于肝肾虚弱。又如论胸痹“夫脉当取太过不及，阳微阴弦，即胸痹而痛……”此处“阳微阴弦”一语，就反映了胸痹病上焦阳微，下焦阴盛，阴邪上乘阳位的病机。
③依据脉象确定病位：如“病人脉浮者在前，其病在表；浮者在后，其病在里”，是确定病之表里。“诸积大法，脉来细而附骨者……各以其部处之”，是通过脉诊确定积病在上、中、下各部的病位。
④依据脉象确定治法：如“疮痈肠痈浸淫病篇”，“脉数，此为肠内有痈脓，薏苡附子败酱散主之”，“其脉迟紧者，脓未成，可下之，当有血……大黄牡丹汤主之”，以脉象判断肠痈脓成与未成，从而确定治法。又如咳嗽上气病，“咳而脉浮者，厚朴麻黄汤主之，脉沉者，泽漆汤主之。”又如黄疸病：“诸病黄家，但利其小便，假令脉浮，当以汗解之，宜桂枝加黄芪汤主之。”
⑤依据脉象鉴别病证：如疟脉自弦，但疟病有寒热多少之别，如：“弦迟多寒，主牦疟；弦数多热，主瘅疟。”又如肺痿，其病机同为热在上焦，故其脉均数，但肺痈脉数实，肺痿脉数虚，二者虽症状相似，但一实一虚，判然有别。
⑥依据脉象判断预后：如“呕吐哕下利病篇”。“脉紧而涩，其病难治”，来判断反胃一证的预后；下利病：“下利后脉绝，手足厥冷，晬时脉还，手足温者生，脉不还者死。”又如水气病，“……水病脉出者死。”都是依据脉象判断预后。
由此可见，《金匮要略》已经形成了比较严密的脉学体系，尽管疑点、难点不少，但诚如徐洄溪所说：“其脉法，亦皆《内经》及历代相传之真诀”（《医学源流论》），是值得深入研讨的。
（2）腹部切诊法：《金匮要略》中对腹部切诊法也有准确巧妙地运用。如对积聚的辨别，《五脏风寒积聚病》篇说：“积者，脏病也，终不移；聚者，腑病也，发作有时，展转痛移，为可治”。这是通过腹诊辨明积与聚的浅深轻重。又如对腹满的虚实鉴别，“腹满寒疝宿食病”篇提出：“病腹满者，按之不痛为虚，痛者为实”。这不仅是腹满病的虚实辨证要点，而且已被公认为所有腹部疾病辨别虚实的总纲。并指出：
“腹满时减，复如故，此为寒，当与温药。”“腹满不减，减不足言，当需下之，宜大承气汤。”这是通过腹诊以辨别寒热的不同。不仅如此，篇中还进一步指出：“胁下偏痛，发热，其脉紧弦，此寒也，以温药下之，宜大黄附子汤。”“按之心下满痛者，此为实也，当下之，宜大柴胡汤。”同是胁腹病变，俱为实证，但有实热证和实寒证的不同，故所采用的治法亦有温下与寒下之异。
5.辩证的治疗观：
（1）邪正兼顾，平调阴阳（灵活运用对立统一观点）：疾病过程是由正邪消长和阴阳盛衰这两组矛盾构成，因而根据正邪消长和阴阳盛衰的程度，可以决定或扶正以祛邪，或祛邪以扶正，或扶阳以益阴，或益阴以和阳，或阴阳双补等治疗原则。
《金匮要略》在治疗杂病时体现的这种对立统一观点，既有原则性，又有灵活性。
①扶正为主，佐以祛邪：此种治法一般用于以正虚为矛盾主要方向的疾病。如《血痹虚劳病》篇：“虚劳诸不足，风气百疾，薯蓣丸主之。”若人体阴阳气血皆不足，易受外邪侵袭，治疗时应着眼于扶正，而不能一味祛邪以重伤阳气，反而使病邪不得外解，故用薯蓣丸，健运脾胃，养血滋阴，佐以祛风而扶正祛邪。在《金匮要略》方剂中，属于扶正以祛邪者有四分之一左右，其中多数方剂又体现了重视温补脾肾。
这是因为脾为“后天之本”，肾为“先天之本”，内伤杂病后期，每多出现脾肾虚衰证候，并可由此而影响其他脏腑，导致久虚不复，甚至病情恶化。因此，《金匮要略》重视调补脾肾，体现了扶正以祛邪，是治疗内伤杂病不可忽视的重要原则。
②祛邪为主，佐以扶正：此种治法一般用于邪实为矛盾主要方面的病证。邪实则伤正，如果在祛邪时不注意顾护正气，不仅邪不易祛，而且还会造成正气的损伤，所以仲景在运用祛邪法时十分慎重。于祛邪药中加扶正药，如治“疟母”用鳖甲煎丸，以祛邪为主，但方中加人参、阿胶、芍药、桂枝等补气血、和营卫之品。
③祛除病邪，重视因势利导：即随其病势而就近引导，使邪易祛而正气不伤。
例如“宿食在上脘”，有欲吐之势者，治疗上“当吐之”，而“宿食”且“下利不欲食者”，治疗上“当下之”。又如治疗湿病，病在头中寒湿者，有纳药鼻中之法，这是因为病位在上，“腹中和，无病”，故病浅者不必探求，只须纳药鼻中，以宣泄上焦寒湿，病即可除。又如“水气病”篇：“诸有水者，腰以下肿，当利小便，腰以上肿，当发汗乃愈。”
这是因为腰以下肿者，其病在下、在里，属阴，利小便可以使在下在里之水因势从小便排出。而腰以上肿者，其病在上、在表，属阳，故用发汗法，使在表之水从汗而解，以除病邪。再如“呕吐哕下利病”篇：“哕而腹满，视其前后，知何部不利，利之即愈，”即呃逆，腹满之实证，病在下而气溢于上，如小便不利者，治当通利州都；如大便不通者，治当通腹泻下。故视其实阻之前后，知其何部不利而利之，则病从下出而气不上逆，腹满与呃逆俱可愈。
④一些逐邪峻剂，在使用时均极为慎重，一般先从小剂量开始，以后逐渐增加，如桂枝茯苓丸，方后注：“每日食前服一丸，不知，加至三丸。”大乌头煎方后注“不可一日再服”之语。如果只顾祛邪损伤正气，治疗难以奏效，这是治疗杂病应注意的问题。
⑤调和阴阳：仲景特别强调阴阳平衡，例如“水气病”篇论述“气分”的治疗原则时，提出“阴阳相得，其气乃行，大气一转，其气乃散。”因阴阳乃气血营卫之总司，阴阳相得，则气血充沛，营卫调和，精神乃治。阴阳相失，则气血乖戾。营卫不和，疾病丛生。水气病如此，百病皆然。对于阴阳两虚所出现的寒热证候，仲景不是简单地以热治热、以寒治寒，而是采用建立中气，平调阴阳的方法，从阴引阳，从阳引阴，使阴阳得以和调，中气得以四运，则寒热错杂之证自可随之消失，如小建中汤就充分体现了这一点。
（2）“正治法”与“反治法”（透过现象看本质）：“正治”与“反治”，源于《素问·至真要大论》，仲景在《金匮要略》中具体运用并有所发展。
“正治法”是逆其病性的寒热虚实而制方用药，此时疾病的“本质”没有表现“假象”，故直接运用寒者热之、热者寒之、虚则补之、实则泻之的方法。此类治法应用最广，较易掌握。
“反治法”是当某些疾病临床上出现假象，或者大热、大寒证对治疗产生格拒时所用的治法，与疾病的假象相顺应，则称为“反治”或“从治”，诸如“寒因寒用”、“热因热用”、“通因通用”、“塞因塞用”之类。从透过现象看本质的精神而言，“反治法”仍然在于抓住疾病的本质，实际上与“正治法”不相矛盾。
①“寒因寒用”：是指治疗真热假寒证不用温热药而用寒凉药。如治“暍病”的人参白虎汤，用以治疗气津两伤的太阳中暍，既有汗出身热而渴的暑证，又有恶寒的寒象，对于恶寒证而用清解暑热兼益气阴的治法，就属寒因寒用。
②“热因热用”：是指治疗真寒假热证不用寒凉药而用温热药。如“呕吐哕下利病”篇：“下利清谷，里寒外热，汗出而厥者，通脉四逆汤主之。”此证里寒为真寒，乃病之本，外热为假热，为阴盛格阳的假象故仍用温热药以治其本，是属热因热用。