可以说，若从宏大视域的背景下进行考察，清代回民与主流大社会之间是隔裂的，尽管回民自身也是清代王朝治下之民。这种深层的文化制度因素，是导致清末回民起义的重要原因。明末清初以来，回民虽然发展了以伊斯兰教为核心根基的文化复兴，实际与外部大社会的文化接触及对话却相当有限。在清代，回民基本外在于或者被外在于主流政治文化架构，回民的精英阶层保持着或者被保持着与国家的疏离。伊斯兰教与穆斯林很难进入主流社会的文化视野，不仅导致绝大多数中国人对回民和伊斯兰教的认识从来都模糊不清，也导致回民、伊斯兰教与主流大社会事实上的疏离与断裂。这既影响到传统中国上层建筑（社会、政治、官府、朝廷）针对回民的文化和制度构建，而基于此构建的歧视性法律举措及整体社会文化反过来也引发回民社会的深切不满与群体性怨恨。
清代对陕、甘、新西北地区在政治统治强度上前所未有的聚合，一方面使得西北回回穆斯林的内地化加强，另一方面促使其自身以教坊为基本单位的社会组织在规模和宗教性上同步发展，这不仅使清代回民增强了应对外部压力的能力，也使他们真正成为与中国大社会互动紧密然而又持续紧张的、危机累累的、群体性极强的独特族类。
第一节回民的“回化”与疏离的边缘
一、成为回民与趋于“回化”
直到国族（Nation-State）时代之前，回民与伊斯兰教总体上一直置身于“中国社会”之外，成为边缘，或被边缘化。而这一阶段，从回族形成和时代发展的角度上，正好大致相当于明清两朝。
元代以来在中国定居并稳定发展的回回社会，到了明代中晚期，经过统治者有意的民族同化措施，已经不可避免地“结构化”为中国社会的一部分。回回人信仰的伊斯兰教在中国大社会的儒家文化背景下，持续稳定地发展并实现了中国化的定型。汉语、汉文、儒学、汉式姓名、汉化的生活方式已经不可分离地成为回回族群必须使用或借鉴的文化特性。在这个过程中，回回人自然而然成为中国境内合法居住的臣民。回回人在自身的族教文化不断积淀的过程中，群体内部的差异（来自于不同的地区、说不同的语言、属于不同的教派）渐趋淡化，①具有共同意识自觉的族群规模日趋稳定。他们既广泛分布于中国各地，又集中聚居在西北地区；既生活在郡县统治之下，又保持着小社会内部的教坊体系。他们与以汉族为主的各民族互动紧密，不可能脱离外部的大社会孤立存在，整个大社会的稳定或变乱也都会影响到他们。
在日渐中国化和成为中国臣民的过程中，回回族群与中国大社会最主要的汉民族群发展出越来越多的相似性，但回回民族以伊斯兰为核心的文化基本价值从未改变，发展并保持着与人口占绝对多数的汉族民众不同的生活习尚，他们虽然变成了“中国人”，但是并没有变成“汉人”，而是成为主流大社会视野中“熟悉的陌生人”（Familiar Strangers）。“大社会”在接纳、肯定回回成为中华帝国治下编民的同时，也同步发展着对他们的疑忌心理，是以万历十三年（1585）南京兵部右侍郎王世贞奏“回夷色目人，不得别造寺宇，崇奉满剌诸祀，以时（示）一统之盛。”①由此前后明人开始渐渐多起来的污辱猜忌之辞，反映了明代回汉之间的分野渐趋定型，在另外的角度，也在相当程度上进一步促成回回人的集体归属感和回汉之间族群分野的渐渐形成。这样的过程从明中叶开始到清朝末年，持续发展，迄未终止。
回回人在中国化的过程中，逐步形成农耕、商贩、游牧等生计行业，而在天灾兵荒时期，回回底层社会也有不得不以劫掠为生的情况。所以从明代中叶以来，在社会动荡时期的记载中便可以看到“回贼”这类暴力性定义。王树槐据《（明）神宗实录》考据认为，明中叶以后，回民流于堕落，益引起汉人的轻蔑，“回夷”、“回贼”、等字眼乃见于官私著作中。②据《明实录》记载，在湖广、直隶、山东、河南、陕西等腹地，往往有回回、回贼“百十成群”，四出劫掠，而且与达达（或称土达、北虏，即蒙古人）互相联合。③当然，这类指称只针对造成动乱事件或事件中的部分回民，并不具有全体意义。另外自明中晚期以来，渐渐有了回民参与或发动民变事件的记载，所谓“万历以后，渐有回乱。”④到明末陕西农民起义军兴起，其组成部分即“有饥民，有镇兵，有回夷”，⑤陕北绥德“老回回”马守应的起义长期以来更成为学者津津乐道的话题。总体而言，这类事件却相当程度上表明，在明代，回民从域外来客变成本土居民，传统中国大社会对于他们“容忍”与“保护”的态度，开始有了“歧视”与“压迫”的常态化转变①。随着帝国人口的不断增加，自元代以来上层色目人与下层汉人的阶层矛盾，转化为回民与汉民的族群矛盾；回汉民族在要求越来越多的社会资源的过程中，开始不断发生利益交叉与冲突。②回民与大社会之间，中心与边缘的关系愈加定型，而在汉、回之间，族群关系既和平发展，又屡有冲突。
就回民自身而言，在与汉族的长时期密切接触中，行为方式的许多方面发生了重要变迁，但是在被汉文化所涵化的同时，他们对回汉区别的意识自觉反而在不断增强。③这方面的代表性事例便是明末经堂教育的兴起。明代长期闭关锁国，回民难以与国外伊斯兰世界交流，在汉文化的汪洋大海中，渐渐造成“经文匮乏，学人廖落”④的困境，回民精英深刻意识到自身信仰的危机和族群文化丧失的危险，于是在明末兴起了经堂教育和汉文译著，加上清初西北地区的教派运动，渐次实现了以伊斯兰教为根本内容的文化复兴。傅统先因此指出：“回教徒在中国之发展，唐、宋、元以来为回教徒之逐渐‘华化’，一切生活习惯均已由外族回教徒一变而与一般之汉人无异；但自明、清以来，则为已为中国所同化的回教徒之趋于‘回化’”。⑤
清代人口急剧增加⑥，回民族群大大发展，形成了陕甘、云南等集中聚居区域外，又大规模移居新疆，在内地、东北各个大小城镇不断扩展聚居社群。清复通西域之后，域外的伊斯兰经典和教义得以传入，使“回化”的内容大大增加，包括伊斯兰教各个学科门类在内的著作源源不断地传入中国，使经堂教育取得长足发展，汉文伊斯兰译著得以勃兴，中国伊斯兰教的教义思想、礼仪制度等内容更趋丰富和多样化，以苏非主义为代表的宗教思潮影响到中国几乎所有的回民社区，在西北地区更相继兴起了纳格什板底耶运动，形成了虎夫耶、哲合忍耶两大分支为代表的苏非主义门宦派别。
在文化复兴的背景下，回民民间的伊斯兰经堂教育，不断强化着回民的族教意识。同时，从事汉文译著的“回儒”们，自唐代以来第一次大规模地以汉语为工具来强烈地表达自己“穆斯林”的身份认同和宗教经验。①表面看来，汉文伊斯兰译著对儒家术语的使用及对儒家价值高度认同，应该促进了回民与主流社会更多的对话、理解与融同，但实际上，“以儒诠经”虽然具有文明对话意义，但一直是东部穆斯林精英层知识分子的学术活动，而不是纯粹世俗化的、一般回民大众的文化运动。其中实际既涵括了东部和西部回民学术之差距，也包括回民上层学术活动（而不是学术内容）与一般民众的信仰认知的疏离：上层伊儒学术交流的不断加强，并没有根本改善回汉民族间的团结和平等。而西北回民的教派运动，加之于地域分隔、政治统制，更使西北回民社会在固有的族教联系之外，有着各个集团彼此区隔的客观呈现。
汉文译著活动几乎只局限于东部，其背景是东部回民习儒的积极性及对“国家”的高度依附；而东部为数有限的回民精英在一般回民社会中是缺乏代表性的。相比之下，从回民社会看视大社会的角度而言，明清时代的西北回民对儒家大社会更加疏离与边缘化。在强烈的拒斥汉文化同化的心理下，一切与汉族元素的过于深入的接触都被视作潜在的“背教”行为。西北回民由此不重视汉文教育，孩童们自小便到经堂学习阿拉伯语、波斯语经典。西北的大“尔林”②精通阿拉伯语、波斯语的比比皆是，但却可能仅仅粗通汉文，很多人既不重视汉文教育，也很少从事汉文著述，几乎没有可观的译著，基本上不能进行伊儒对话，也缺乏积极调和族群关系的良好认知。清末民初的文人甚至夸张地认为“在文化落后之甘肃，回民之教育尤差，其中识汉字者百无一二。知识分子则更寥寥无几矣。所以多性情粗暴，头脑简单，最易受人之挑拨利用。且迷信印象甚深而竟视杀汉人成上天堂之阶梯矣。其愚不可及也。”①一般汉民不知回教经典，回回亦视习学汉学为叛教，使回民与主流社会更加疏离。文化教育的刻意隔离正是族群冲突的深层原因。
二、回民的边缘化与外部疏离
在清代回民内部的文化分隔之外，存在着更大的以智识阶层为代表的主流汉人社会、传统儒家文化与回民伊斯兰文化的疏离甚至断裂。这里，有必要解释“主流”、“大社会”的基本内涵。
传统上被称为“满清”的清政府，虽然“满洲”是最根本的核心统治族群，但国家实行文官政治，就必然采取传统的王朝框架，笼络汉族精英，儒学成为文化与意识形态的主流。按照费正清的分析，清朝的中央政府是高度集权的，但集权又是极为表面的。地方官府必须与地方上层（即士绅）合作才能有效工作。②帝国实际依赖着士绅维持地方统治。而至19世纪中叶，清代人口增长到43000万左右，③汉民占据了绝对大的比例，更加成为帝国最大的统治对象和统治基础。说到清末中国的地方上层，几乎便是汉族士绅；而清朝的地方统治，必然体现着“汉人政治”的特色。中国的伟大政治传统是汉族社会与国家政权的必然紧密联系，这一点在清代也毫无例外地发生了。
嘉庆以降，为应付此起彼伏的民变事件，不得不提升地方汉民社会的武装防御功能。兼之打击和珅派系和改革省级秕政，都使得汉族在帝国的军政事务中，不断扩大影响，成为朝廷必须倚重的统治支柱。实际上，清廷不得不在严分满汉的同时，又实行满汉共治，并被迫把共治权从文官制度逐步扩大到军事组织。①同时，汉族官员渐次在省级政务中占据支配地位。②道光以来，清廷的文化政治更加回归儒家传统，满汉一体的特色更显突出。于是在这个帝国整个存在时期的民族关系上，便出现种种矛盾现象，在上的满洲君主独裁与在下的汉族文官横行并存，在中央政府继续严分满汉的权力结构与各级地方政府愈来愈受汉族官吏控制的奇特反差。③
因此，清代的“主流大社会”，是越来越满汉通同的、儒化的、汉人政治支配地方社会的、又是以“华夏－汉”为主体的。“满清”虽然并不是汉人政权，但它的王朝统治处处体现华夏传统和汉化气质，它的地方统治更多依赖于汉民社会。因而，回民生活于府县统治之下，与之发生联系、冲突的最主要群体便是汉族，介入处理这类冲突事件的官员多数自身即为汉族，回民也因此相当程度上承受着汉绅、汉官把持的地方政治的压力。
基于此，造成清代（西北）回民疏离与边缘化的状况，并不单单是由回民自身的族群因素导致的。
就回民社会与清代主流大社会的关系而言，可以说，有清300年间，主流大社会很少关注伊斯兰教之研究（并非没有），见于清人笔下更多的乃是“回民”如何如何，反映了清人重视对回民的“治理”，而不重视与回民的“对话”。伊儒结合的汉文译著也许成功地吸收借用了儒家思想与术语，伊斯兰学术却基本没有进入智识阶层所构建的浩大文化体系之中。因此，清人编《四库全书》，从卷帙浩繁的汉文伊斯兰译著中，只收录了刘智的《天方典礼择要解》，纪晓岚撰写的“提要释文”且谓：“回回教本僻谬，而智颇习儒书，乃杂援经文以文其说。其文亦颇雅赡，然根柢先非，巧为文饰无益也。”①这大体上反映出清人对伊斯兰学术的轻视态度和伊斯兰与主流文化的疏离。
回民译著家们在绝不改变其文化核心价值的前提下，深信己身信仰之完美，耽精竭虑，构建了汉文伊斯兰学术体系，希望以此补充儒家政治文化架构之不足的同时，在其背后，却守持着伊斯兰教超越一切宗教和文明的强烈理念。这是清代回民智识阶层处理与主流文化关系时的基本立场。张中复因此指出，“尽管回民在不愿放弃自身宗教文化本位思想的前提下，不断地找寻其与传统中国社会之间合理的共存模式，但一般人很容易想到的是，伊斯兰教在清代，其所展现的文化异质性在以儒教文化为核心的传统中国社会中是很难找到合理的定位。”②