对于传统中国社会，主流阶层和族群认为，儒、释、道三教已经完美解决了人们所关注的一切现世和非现世的问题。回民及伊斯兰教基本无补于清代以儒家学说为主，释道二途为辅的文化架构与政治统治。传统上，儒家可以致用，佛、道事偶相，有大量的卜算、祈福、秘戏等内容，这些东西无不引起皇家政治、官民儒士的极大兴趣与持续关注，而伊斯兰教却显然不能。汉文译著家们辛勤著述，力求引起主流社会的注意与重视，从而实现对话与“致用”的可能，清人却似乎从来都无动于衷。康熙对伊斯兰教曾予关切，回民学人如马注等以此积极尝试上达朝廷，但却未能再遇圣眷再临的某种偶然性机遇。③雍正干脆认为“此种原一无可取，但其来已久，且彼教亦不为华夏之所崇，率皆鄙薄之。”①随着哲合忍耶苏四十三、田五的相继起义及被镇压，乾隆以后压制回民宗教，穆斯林内部的文化发展转趋保守，精英层意义上与大社会的接触与对话几乎全面中断，造成回民社会愈加边缘化的事实和族群之间的持续紧张和相互隔绝。清帝对伊斯兰教根本缺乏兴趣，回民精英的努力便难以见效。尽管伊斯兰教在中国已获得具有相当规模的稳固的族群基础，但它却始终没有进入上层建筑。随着满洲统治民族的日加汉化和整个帝国国策的传统回归，夷夏观念和华夷分别的政治统治愈益成为官员们的惯例。朝廷也愈益依赖汉人组成的官僚体系维持统治。②在汉民社会的意识形态与国家机器始终一致的同时，回民的核心信仰根基在国家政治文化框架内却游移不定。因而，理应作为仲裁者的清末国家、官府朝廷，在历次回汉冲突中，始终无法跳脱出为汉民说话的固定角色。
回回的族群性和宗教复兴，不仅决定了本族的发展，也影响到他们与大社会的互动。回民群体在历史上通过婚姻而加入相当多的汉民成份，回民在变成“中国人”的同时，也壮大了自己的群体。但是“只许娶进不许嫁出”的婚姻制度与饮食禁忌共同成为回汉分隔的高墙。③其中，中国伊斯兰的信仰者娶进大量必须入教、与原来的家庭和社会脱离关系的汉女，只能在个体意义上改善与汉民的关系；她们所来自的汉民社会不会对她的穆斯林子女产生任何决定性的影响。在男权至上的社会里，男性主导家庭，支配下一代。娶入的汉女对家庭及下一代的影响限于内而不达于外。回汉结合的下一代在继承回民父辈的物质财产的同时，也必然继承父辈的宗教信仰、饮食禁忌、族内婚姻和对外来祖先的认同。④在这种血统变迁、信仰传承的上层，回民精英却同时通过构建族群的共同文化，从而实质上发展了“共同血统”的观念，⑤这是回民社会群体性固结的重要原因之一。也在相反的意义上，在中国“大社会”的视野里，难以摆脱“外来者”的身份印记。
姚大力先生指出回回人之所以能始终保持着对自身共同体之强大归属感的三个关节点，即共同教门，由共同教门而产生的一系列特殊习俗，以及主要是由此类共同性所生发的对回汉界限的自觉意识①。因此，在维持信仰、巩固记忆的过程中，回民乐于追述自身“外来人”的身份。类似于《回回原来》《西来宗谱》《回回源流》的文献虽然是不可靠的回回民间稗史，但它们反映出回民社会如何看待自身与大社会的关系，也成功向外族传达了“回回是外来人”的观念。在整体意义上，通过这个途径，回民群体规模不断扩大，血统不断改变，却同时也在更大规模上继承了、而不是改善了原有的民族/族群关系。回民通对外来祖先的记忆和叙述，维系着族群的自我存在，但也使大社会的偏见更加不易消除。
在整个大社会的背景下，清代回民边缘化的事实，不仅引起周围大社会对回民的总体轻视，甚至厌恶的文化观感，也影响到代表着大社会的清代国家对回民的制度构建。回民的特殊性不能进入朝廷的考虑，只能生活于一视同仁的府县统治之下，导致独具群体性格的回民无法舒适的姿态结构化为大社会的一部分，难以寻得切实的制度保障，从而进一步导致国家法律上对回民进行消极的特殊规定，司法案件中官员刻意歧视回民，以及地方官府处理回民族群问题时的无能与失衡。
以色列利指出：对外人来说，回民显得和汉人（Chinese）一样，说汉语，有汉式的名字及穿汉式的服装。但内在地，他们是穆斯林，礼拜时穿着特定的服装，用阿拉伯语打招呼，有阿拉伯式经名，向麦加礼拜，有自己的历法、节日和庆祝方式，有自己的婚俗、葬仪、饮食及行止，有着高度的社会凝聚力。穆斯林一方面明确地意识到他们必须生活于一穆斯林社群中，另一方面特定的生活方式注定会使他们成为大环境中的他者，由此而引发主体文化的猜疑和不时的对抗。而猜疑导致恐惧，对抗走向敌对。“与大社会在文化、宗教上经常性的疏离，主流、次要族群间不可调和的差异，最终会导致回民社会整体性武装起来对抗冲突。”①
清代回民的族群、文化和社会大大发展之后，必然在经济利益、政治地位上产生更多诉求，这与其自身仍然保持边缘化的事实，形成了巨大的内在矛盾。②同时，直到19世纪末，回回人的种族/族群认同主要还是由回汉差异来界定的，这种意识虽然固结而不易化解，却不能在政治层面形成一种具有合法性的表达形态。③因此以色列利更进一步指出，“在非伊斯兰的、集权的、等级森严的体制（System）控制下，（清代）中国穆斯林无法建立自己独立的政权。他们无法被这个体制认同，这个体制的理念，他们也不能遵行。如非反叛或分裂，穆斯林们没有其他途径可以表达他们的政治诉求。”④
因此，回民及其伊斯兰信仰与儒家及其信仰的对话，上层疏离于下层、精英疏离于大众、东部疏离于西部。回民内部的区隔导致回民起义必然失败与回民精英对国家机器的必然依附；回民与外部主流大社会的疏离，则导致族群双方根深蒂固的歧异、冲突及最终由族群冲突引发的回民起义。
第二节回民精英阶层
一、回民官绅
尽管清代也有相当多的回民出身的回回官吏，但他们之进入仕途只是一种个人行为，还远非代表着回民群体。中田吉信甚至不无道理地指出，“对官场上的穆斯林来说国法与戒律是对立的。”①清代回民官吏个人仕途的成功不是得益于他们是回民或他们背后的回民群体，而是在忽略了他们的族类特殊性之后，由国朝的体制和考试的程序决定的。在血缘上他们是回回，但在国家层面上，他们是朝廷的臣子，而清代国家也并不将他们自外于己，即左宗棠说的“回族由文武科甲得官，擢至督抚提镇者，亦不乏人，固未尝以其异于中国而外之也。”②反过来，清代回民社会也同时乐于强调所谓“官至三品即反教”③这一批判性言说，导致出身回民的官吏远远不能成为代表回民群体的精英阶层。
回民官吏中“武行”出身的占了绝大多数，“不少文献记载可以说明，清朝乾、嘉、道、咸时期各地绿营军队的民族构成中，西北陕甘（包括宁夏、青海）地区的军队里，或者‘多系回弁'，或者‘回兵居半'，其中当也包括撒拉、东乡等族官兵在内。西南的云南、贵州、四川和山东、河南、河北等地的军队里，也有相当多的回族官兵。仅从雍正至道光100多年时间的不完全统计，官至提督级的回族将官就有二十多名，总兵以下的中下级员弁当更多。”④使他们感到为难的跪拜礼仪⑤及官场、军营中绝无特殊化的伙食问题，阻碍着回回军官吏员的升迁。通过传统的科举考试并进而执掌大权的为数更少，这在传统的中国文官政治里，对回民社会不能不说是一个巨大的遗憾。那些在地方官府里任职的下层回民吏员、军官等，尽管出自于并与地方上的回民社会保持着密切的联系，但由于人数的限制和职位的普遍低下，几乎不能为本族与帝国的沟通发挥影响，也未能成功搭建回民利益与政治诉求上达的渠道。而在各起回民起义中，他们反而普遍成为参予者、推动者和领导者。
因而，吊诡的是，大量回民官吏的出现，好像是他们已经良好地参与到了国朝体制中，回民社会也理应与主流大社会相融相通、互动良好，然而清末回民整体性起义的史实反映了事实并不是如此。在这种对话和选择的背后，实际凸显了晚期中华的帝国价值与伊斯兰文明为核心的回民族性的深刻矛盾和清代回族的边缘化窘况。
在地方上，与汉民相比，回民士绅力量之薄弱显而易见。仅有的个别回绅居住于城镇，与广大的乡民社会甚为疏离。回民富户大族作为一定经济资源的掌握者，但未能形成与汉绅一样的阶层，也不能在帝国与一般回民社会之间发挥沟通的作用。所谓“回回虽然也有钱，但敌不过汉人作官人多的势力。”①而在幅员辽阔的中华帝国境内，与官府合作维持地方秩序和运作的，其实也正是这些土绅阶层和地方精英，他们起着重要的动员、组织、领导作用。士绅立足于地方社会，又与国家政权有着相互依存的关系。没有稳固的士绅阶层，回民社会便无法与官方持续保持良好的互动关系，造成具有边缘性格的回民社会与官府朝廷的持续紧张。②导致他们在帝国政治和文化框架内不受重视，话语权上处于劣势，法律上被刻意歧视。
二、阿訇
基于上一小节所述理由，清代回民社会的主要精英不是官吏军勇和富户大族，而是阿訇这一智识阶层。因此既便有回民或积累财产而致富，或通过科举考试、战争功勋而取得很高功名，但仍然会不由自主地对本社会有“尔林”的学者或阿訇心怀敬畏。③
阿訇之所以受到尊崇，绝不是因为他们精通汉学、富有财产或官至高位，相反，绝大多数乡间的大阿訇精通阿拉伯语、波斯语和伊斯兰学问，但却可能对汉文一窃不通或稍为粗通。绝大多数阿訇自身的生活状况与周围其他穆斯林差不多或更加贫穷，他们自身就是清代回民草根社会的一部分，这与汉民精英很不一样。阿訇不一定必然“富有”，但却几乎必然不是“官员”；在和平时期，官府为了维持地方统治，控制辖下回民，会任命有影响的大阿訇、教派的首领（或称穆勒什德、“老人家”等，他们本身也是阿訇）充任“乡约”、“头人”，但他们并不编制为国家官吏，只是被借助进行地方统治的扩展和外围。而在清代国家机器与回民发生危机互动的时期，阿訇们则基本一致地成为回民社会对抗国家机器的领导者和朝廷的被审判者。
阿訇阶层和他们所领导的整个回民社会的联系极其紧密。回民凡婚丧嫁娶、饮食谈吐、衣容举止都讲究遵循一定的宗教习惯，而这些方面，阿訇们都程度不同的参与或指导。乡野间的普通回民与阿訇打交道的时间远远多于接触国家机器，以至于左宗棠称“且回俗向重阿訇，虽以传教为名，实则暗侵官权。凡地方一切事务，均由阿訇把持，日久，回族不复知有地方官吏。”①阿訇的宗教职业者的身份，几乎只对回民社会产生作用，并不能发挥汉族精英士绅在帝国与草民社会之间连接、缓冲的中介作用。回民被纳入到传统的封建统治体系之中，但具有才能的回民阿訇精英阶层却不能为朝廷所用。这一阶层不可能合乎清代国家文员和官僚体制的要求，他们不能进入国朝体制，不能与国家机器产生积极互动。他们与朝廷、官府在绝大多数时候是疏离与不合作的。正是因为这种疏离与不合作，阿訇们在本族社会更易赢得尊崇；也因为这种地位，他们又与帝国更加疏离；在更大的层面上，也不自觉地同时领导着回民社会与帝国更加疏离与边缘化。因而，在清代西北边缘世界生活的回民，他们也日益成为清代社会的边缘。
第三节教坊、群体性与组织化
民国年间的材料对回民的群体性有生动的记载。《隆德县志》称，汉民“大抵氏族散涣，不相团结，又固守地域，习气隔塞；此汉民懦弱之点，不必讳言。”相比之下，“回民氏族……而缘语言、地域、历史、宗教风气之不同，更兼血统之互异，集合力强，团体之结为坚固……所以回人猛鸷敢战，对于同种有亲爱心，有保护力，有进取方，有活便势”。①所以回族学者马恩溥在《云南时势说》一文中谓，回民“……居必比屋，出必成群，偶有忿争，扛帮助恶。又各设礼拜寺习教，穷极壮丽，并以接待外回。每有期约千里，一纸速于置邮。故寡犹多也。而其强也由此矣。”②回族的这种特性，既与其伊斯兰信仰有关，也得益于作为基本社会单位的教坊组织。