当日，清军实行了平定陕甘过程中最大规模的有目的性的单次大屠杀。据左宗棠奏称，首先，“立将各起凶悍客回一千五百七十三犯，悉数骈诛。”入夜之后，“诸军入城纵火，枪轰矛刺，计土回五千四百余名。除拔出老弱妇女九百余名口外，尽付焚如，肃州以平。”次日，安肃道史念祖、署肃州知州李宗笏入城巡视，尸骸枕藉，即老弱妇女亦颇不免。左宗棠辩解“盖昏夜乱刃交加，有不及辩者也。”⑥实际上，左氏自己袒承，将残留的老弱妇女迁移安置后，“从此关内外花门勾结，当可无虞。”⑦“而后安西、肃州、甘州、凉州一带二千余里，并无回族聚处，实汉、唐以来未有之奇。”①这样的言论，对于讨论左宗棠是否有意屠杀肃州回民时，无疑是确凿无疑的证据。在国家层面上，朝廷经过与肃州回民的长期对立，对于清军的罪行完全置之不问。而进入近代的晚清帝国，仍然沿用中世纪的非人道的镇乱举措处理民变，透显出清末政治统治别无出路的悲剧意味。
肃州历十年之乱，当地不免遭受兵燹，人口锐减，这种情况在历史上各次战乱中都不免发生，但清军善后时，自然将这笔账算到回民军身上，其领袖马文禄更首当其冲，《征西纪略》称“马四既得志，招降纳叛，为渭南、金积、河州、西宁各回逋逃薮，先后屠杀汉民数万。”②这个记载当然没有多少依据，也没有考虑到一般民众战乱流亡的因素。左宗棠推测，“当就抚时，城内汉民尚三万余名口，该首逆残其精壮，掳辱其妇女，至今仅存老羸男妇千一百余口。”③同治十二年（1873）清军进攻肃州期间，城内不时有逃出汉民；四月二十日，回民军粮草吃紧，也不得不放出400多名饥饿垂毙的汉民老幼妇女。④这种景象，正是由于官府举措不当而导致的西北乱局中的常见呈现。
第三节新疆回民起义
清末回民起义在新疆的发展，有非常值得注意之处，不仅是起义的汉语穆斯林、讲突厥语的“缠回”与来自境外的阿古柏势力有联系甚至联合，回民自身亦曾建立以宗教为号召的“异质性”政权，几乎导致清末整个新疆地区走到了王朝统治的反面。另如前文所述，以往的研究不注意新疆回部穆斯林与汉语穆斯林的分野，而一概置于回民“起义”或“起事”的范畴之内，此种视域良有检讨的必要。
新疆向分南北两路：“西疆地形以天山为中干，划分南北两路，哈密全部介居其中：其中由哈密北行迤西，历巴里坤、古城、乌鲁木齐各城，达伊犂，为北路，准部旧地也；由哈密西行，历闢展、吐鲁番、库车、阿克苏各城，达喀什噶尔，为南路，皆回部错居之地。”①
天山北路的镇迪道及辖下的镇西府（治巴里坤）和迪化州（治乌鲁木齐），在行政上属甘肃省管辖；奇台、古城，甚至伊犁、库车一带的回汉民众也主要是来自陕甘关陇的客民。《戡定新疆记》谓“乱北路者，妥、索两逆贼党，均陕甘客回也。”②北路回民的起义严重受到陕甘回民起义的影响，实际上成为后者的扩大和延续。但由于地理因素的影响，除偶尔互相支援外，新疆和陕甘的回民起义远未连成一片。另外，左宗棠明确指出：“即镇迪一道名虽隶陕甘总督管辖，而实则由乌鲁木齐都统及各大臣就近督率，公事一切由其主持，臣无从过问。”③表明该地的军政事务实际上很少受到陕甘节制。本书基于这两方面的原因，将新疆的回民起义作单独的介绍。
新疆各路起义的“汉回”和“缠回”的力量组成不同，各地区主导局势的军事集团也有很大差异。不过当时南路各地的缠回穆斯林中均有数量不一的“汉回”，而同治年间的起义有的还是由汉语穆斯林发动起来的。但南疆的穆斯林反清，其实肇始于咸丰五、六年，主导局势的一直是突厥系穆斯林，而后期则是阿古柏势力，说汉语的回民只是从属和相对少数的力量。
北路的情形截然相反，不仅汉语穆斯林成为最有力的军事政治集团，掌控了地方局势，而且回军、汉团的联合与斗争一直影响着清末晚期天山北路的局势。
总体而言，南北两路各种力量基本上没有汇合统一。同治后期，陕甘回民败退新疆之后，回民、“缠回”、阿古柏势力的互动，更加复杂多变。拉铁摩尔指出：
在政治危机时期，新疆的汉语穆斯林不可避免地使一方或另一方面临困难抉择。如果他们与他们的穆斯林同伴们（指突厥系穆斯林）站到一起，迟早会有一种试图将他们降低到二等的位置并且以‘不值得信任’来对待他们，因为除开他们的穆斯林宗教，他们毕竟是‘中国人’。如果他们站到‘中国人’一边，也会有类似的趋势，怀疑他们会搞破坏或叛国，因为害怕他们的宗教会比他们的爱国主义更加在政治上有说服力。①
这样的论述，也从另一侧面指出了西北起义回民的两难境地，这深刻影响了新疆的族群冲突与回民起义的进程。
同治二年（1863）正月二十八日，在陕甘回民起义和被清军镇压的影响下，伊犁塔尔奇营城三道河回民200余人抢夺军械，这次小规模的起义很快便被当地驻军镇压，首领杨三星等人被凌迟处死。同治三年（1864）七月以后，塔城回民邵八、石金斗、苏玉得、米庆等继续发动起义，联合哈萨克族攻占塔城，但之后回民与哈萨克分离，开往库尔喀喇乌苏，与乌鲁木齐回军汇合。起义前后，“汉回”只是多民族联合部众中的一小部分。
新疆回民大规模起义几乎从两地同时发生。据《戡定新疆记》，同治三年夏四月，库车回民马龙等人“濳结外匪田满拉、苏满拉谋为乱。己亥，率党反，焚库车城。五月壬寅，办事大臣萨凌阿、英吉沙尔领队大臣文艺……死亡，家属皆殉。”②马龙起义时不仅联合了田满拉、苏满拉等内地客回，还联合了库车本地缠回头目黄和卓③，即热西丁④，后者被推举为库车各族穆斯林的领袖后，起义便主要由缠回穆斯林主导。
在西四城，六月二十六、七日，英吉沙尔中营守备蓝春发、喀什噶尔中营把总王得春相继起义，蓝、王二人均是说汉语的回民，他们各自联络两城回民共同起义。但很快地，喀什噶尔回城（今喀什市区东部）被塔什米里克（今新疆疏附县南）阿奇木、布鲁特人思的克占据，叶尔羌由阿奇木伯克尼牙斯占据，和田回众的领袖人物则是宗教法官哈比布拉，库尔勒、喀喇沙尔（高昌）的起义由伊斯哈克率领。①因此，虽然在南疆说汉语的回民首先发动起义，但掌控局势的却从一开始就是“缠回”。说汉语的回民人少势孤，只能从属于“缠回”队伍。
由于南疆非穆斯林多为驻军及其家属，所以没有普遍发生类似陕甘汉、回冲突的事件，各族穆斯林起义后总体上也没有表现为族群间的冲突或民族斗争。
南疆突厥系穆斯林起义的另一突出之处，是同治三年十月，思的克久攻喀什噶尔不下，便派回民金相印父子至浩罕请援，阿古柏因之进入新疆。阿军作为侵略者，于十二月占喀什噶尔，四年三月占英吉沙，六月破库车、阿克苏、叶尔羌，七月陷喀什噶尔汉城（亦名徕宁城，在今喀什市区西部，同时亦为满城），杀官员汉民4000余人。之后兵锋转向北路。阿古柏势力所破之处，杀戮民众，惨酷殊甚，虽也带有族群冲突的现象，但本质上是外来侵略军的侵略、抢劫与屠杀行为，其目标往往不分汉、回。②
新疆北路回民起义的原因主要应该为官府举措失误，及由此导致的回汉练团对立所致。而在外部陕甘回民起义的影响下，形势更是急剧恶化。在西北局势靡乱之际，镇迪道各级官府不得不加强防卫，官员以此为借口加重粮饷需费的索求。在加重压榨的同时，官府既用人不当，又处置失误。据《征西纪略》，同治三年春，“乌城都统某（即平瑞——本书注）籍防饷为名，勒民摊捐。……州役马全，驮户马八，皆回教无赖，倚势横敛，敲比无虚日，奇台汉民怨愤，结团自保。马全亦结回民抗之。”①民众反抗官府征敛经常发生，但是这次事件中汉民反抗的官吏却同时具有回民身份，且回、汉双方早已结仇，所谓“木垒河旧有秦、巩游民，内地流军及本地租户，素与回械斗，结仇甚深。”②汉民组织团练反抗，本应由官方出面弹压，但是马全、马八在回民身份的支配下，却从他们背后的回民社会寻求支持，为此马全不惜夸大其事，借以宣传煽动：“‘汉起团以戕回，不闻官禁之。回起团以防汉，官又不许。明明欲殄灭我类矣，不如早为之所。’于是回民中无赖者皆应之。”③就这样，本来是官方的行为，却导致回汉民族关系恶化，双方都在短时间内武装建团。同治三年六月六日，汉团1000余人劫得木垒河营库军械，与回民械斗，加速了当地局势的恶化和北路各地回民的起义。
乌鲁木齐都统平瑞筹划防饷，滥索搜求，提督业布冲昏庸无知，民怨沸腾。同治三年六月十二日，在前甘肃提督索文之子、回民参将索焕章④和西宁妥家沟人、潜至新疆的阿訇妥明的组织下，乌鲁木齐的回民和清军中的回兵起而夺踞并焚毁了汉城。至九月初三，又攻取满城，妥明称清真王，北路各回于六月之后纷起响应，皆依附之。各处回民军与清军接仗胜败不一，妥明部则联合各回民军渐次攻占阜康、济木萨、木垒、古城、哈密、昌吉、呼图壁、库尔勒、喀喇沙尔、乌苏、吐鲁番等地，⑤虽然各城多旋得旋失，但妥部无疑成为北路最主要的回民力量。由于事前回汉练团相斗，回民起义后，规模较大的报复在所难免。⑥
在北路一带主导起义的主要是说汉语的回民。然而在新疆这样的环境中，回民常与具有共同信仰的“缠回”穆斯林联合。据《平回志》，北路回民起义后，“遂分队窜扰南诸城，而南诸城乃为缠头所陷。”南路各地的缠头回民在人数上占有多数，回民由北来攻，也必须利用当地缠回的力量，所谓“回时人少，引缠头为助，共助南诸城。”①阿古柏势力进入北路后，与北路汉团、回民军的关系，详见本书第三章四节，此处不赘。
光绪元年（1875）以降，清军入疆，伊犁将军金顺率军在原民团首领孔才、徐学功的协助下，军事进攻迅速。与陕甘总督左宗棠颇不同，金顺很少招降回民军，所下诸城，往往将起义回民杀毙净尽。其时奏章中充满了“歼除净尽”、“搜杀无数”、“不留遗孽”、“悉数斩杀”等字样。尤其光绪二年六月二十八日攻陷古牧地后，“击毙、杀毙、焚毙悍贼不止五六千人”，②二十九日下乌鲁木齐、迪化州城、妥得璘王城，杀五六百人；七月初一攻入昌吉，各军又于头屯河围歼渡河回军，杀数百人，三日之内连下四城，复攻克呼图壁之景化城，杀七八百人，③至九月二十一日，清军陷玛纳斯城，出城回民一二千人被追斩无遗，戮妥明尸，④回民军死伤极为惨重。与此相反的是，光绪三年（1877）二月十一日，湘军系的刘锦棠率军收复达坂城、托克逊城，“本地缠回及所裹吐鲁番、哈密、迪化陕甘各处回民二万余人”乞降，⑤三月十三日，张曜率军收复吐鲁番满汉两城，收抚降回万余，均令各安生业。⑥
自此，北路除伊犂外，回民起义以失败告终。此后清军收复南疆，进展迅速，作战对象主要是阿古柏势力兼追击白彦虎，不再是完全意义上的镇压回民起义。光绪三年十一月收复南路四城后，清廷的军事行动转向清剿剩余武装力量。如光绪五年（1879）正月初三至十二日，清军于乌帕尔、博斯塘、特勒克等处追击，杀二千数百余名起义回民。①在这样的情景下，导致光绪五年三月，伊犁回民恐遭诛戮，纷纷逃入俄国。②至光绪七年（1881）曾纪泽赴俄谈判收复伊犁，新疆的乱局始告一段落。
①马光启：《陕西回教概况》，载马长寿主编：《同治年间陕西回民起义历史调查纪录》，页222-223。
①刘智：《天方至圣实录》，中国伊斯兰教协会印本，1984，附录二，页397。
②马长寿主编：《同治年间陕西回民起义历史调查记录》，“序”，页2。
③路伟东：《清代陕西回族人口的变动》，《回族研究》2003年4期，页75。
④路伟东：《清代陕甘回民峰值人口数分析》，《回族研究》2010年第1期，页92。
⑤余澍畴：《秦陇回务纪略》卷一，《回民起义》册四，页215。
⑥马光启：《陕西回教概况》，载马长寿主编：《同治年间陕西回民起义历史调查记录》，页223。
⑦曾毓瑜：《征西纪略》卷一：“盖汉回仇怨，其所由来远矣。”《四民起义》册三，页23。
⑧余澍畴：《秦陇回务纪略》卷一，《回民起义》册四，页216。
⑨王生吉：《关陇思危录》卷一，《陕西回民起义资料》，页6。
①马长寿主编：《同治年间陕西回民起义历史调查记录》，页138。
②载《续修陕西省通志稿》，卷一七三，“纪事七平定回匪一”，页二。
③王生吉：《关陇思危录》卷一，《陕西回民起义资料》，页6。按：王生吉本为陕西高陵人，亲自经历并参与镇压了回民起义，他的观点带有较多的主观判断，以至认为回民“叛逆之心，未尝或泯”。（页5）
①参见马长寿主编：《同治年间陕西回民起义历史调查记录》，页192、211、264。
②余澍畴：《秦陇回务纪略》，《回民起义》册四，卷一，页219。
③马长寿主编：《同治年间陕西回民起义历史调查记录》，页75。