同治三年（1864）以后，陕西回民败退甘境，情况渐渐好转，“陕境全行安靖，城内回民亦务生理，两无猜嫌，大有平安光景，”①结局是西安回族成为清末陕西回民最主要的幸存者。但城内的日子极不好过。回民十八年不准出城，直到同光之间，左宗棠平定甘肃，飞咨陕省当道，令回民出城营业，并令提款设塾令回童入读。官家传马、金、刘、穆、蓝、米六家出外贩马，回民才算出了城。②但仍然需验牌出行，外县营生者，则令县内办票以为护照。总言之，“所以十余年间，暗无天日，吾教拘在城内，处此困厄境遇，迭受外人之凌辱，吞声含垢，未有甚于此时者也。”不过历史一页终于翻过，“从此以后，东西路通，而吾教人之生机日益活跃，宗教因之大行，回、汉间之感情日渐敦睦，于是吾教人之气力较昔已强多多矣。”③
西安回民虽备受压迫，但汉回之间的猜疑和敌对并未发展至不可收拾的地步，但凤翔回民则无此幸运。在渭南回民的推动下，凤回于八月起义。当时，“城中回民四十八家，多入伍，潜与外回通。”因担心城内回民作城外回军的内应，镇守张兆栋“拟令移居城外，庶可相安。回目不肯。汉民愈怀疑惧。”④回汉双方均因对方随时可能会转变为敌人而加强戒备。结果在八月初七午后，“时四城民团同心齐起，将城内回众悉数歼尽。”⑤以每户回民有口5名计，被杀人数在250人左右。
凤翔清洗城内回民在此类事件中具有代表性，但它远远不是最早发生的。同治元年五月十九日，泾阳被围日久，回军领袖杨文治率众至城下索讨狱囚苏万元⑥等，愿保县城无事。《关陇思危录》称，“该逆去后，传言先取泾阳口子头，后取县城，官民闻之惧，城内现有回民恐其内应。十九日，武生靳殿魁同城乡团练即将城内所居回民搜杀无遗。”此举引来回军大举报复。杨文治联同马生彦、毕大才等率众日夜夹攻。从五月到十二月，官民坐困城内。十二月初三日夜间，城破，“绅商民勇十万余逃出者二三百名，余皆殉城死，城中火光五日始熄。”①但是当事文人出于愤恨，所记有意夸大，县志的记载是“绅民男妇死者七万余人。”②但是城池很快便被雷正绾军于十五日收复。③
泾阳洗回事件发生后，二十六日，三原县的富豪胡氏、刀客出身的团目宋成金等带团入城，与城内守备、武举等联合，先杀城内回民，以除后患。回民知觉，用命相敌，巷战四时，④后全被焚杀于清真寺内。据说事前，有一反教的回民安九成到县府告密，说城内外回回连合造反，于是城内回民遭到清洗。⑤城外回军闻之，连日报复攻城。二十八日，北城失守，所谓“士民殉难者难以枚举。”⑥
咸阳城县府马号头目有一回民，事先与城外回军相约，于攻城时在城内纵火内应，但谋泄被杀。以后咸阳便不准回民在城内居住。⑦周至县回民不多，向以商业为生，与汉团不曾械斗，主要居住于南关和城内南街。但外县乱作，周至东路乡团就到县城洗杀回民，结果回民男子均被杀光，留下三名回女，跪于街头求人救命，愿为救者配偶，但卒被戕杀。⑧这类事件几乎可以认为是不需任何借口便可随意实施的，然而又只有在非常时期和变乱时期存在的种族清洗运动，因此它也是特殊的、不应以任何简单化的模式去概括的历史事件。
陕西礼泉县是一个例外。礼泉县本无回民，后有西安纪（计）姓回民迁来城内居住。回民军“由东窜来者，立城外，胁以见纪。纪登城，回大慰，且言曰：有纪便有县云云。”回民又求见以调和汉回冲突为回汉双方敬重的知县闵淇，闵登城责以大义，回民心折，献佩带西去。①此后乾、礼各地合股的回民仍屡屡攻礼，非出于报复，而多以焚掠为事。
在此类事件中，凤县的处理也比较周全。凤县城内有自外地迁入回民三四十家。同治元年八月，凤翔回民起义后，分股扰及凤县。二年四月，回军大队进逼凤县城下，“时以字纸缚砖瓦掷入”，与城内回民互相联络，汉回双方疑忌日深。知县郭建本妥为安抚，专门将署内两岁幼童寄养于回民马魁家中，用释回疑。回民有数十人聚集于清真寺内持械自卫，郭建本以计将这批回民诱出东甕城门，之后将他们的家属尽数驱逐出城。此举对这些回民极不公平，所以他们导引大队回民军报复攻城，为团勇击退。之后，官绅又将城中十余名回民驱逐出城。②在当时普遍发生的城镇屠杀回民的事件中，凤县将回民逐离庐舍，虽然不公，但并未如它处洗屠回民，客观上使不少回民得以活命，也避免了回民军的大规模报复。
当时甘肃行省的重镇宁夏、平凉等城也发生过洗杀回民的事件。平凉“城内旧住回民无几，汉民知东关被焚，众愤莫遏，搜杀城内回殆尽。”③而根据口述史的记载，因为“平凉城东关住的回回很多，县官恐怕他们起事，先把东关小河上的桥烧了，又关闭了城门，以防他们。这时，城内有回教礼拜寺一座，回户四五十家，官兵暗暗怂恿汉人把礼拜寺焚毁，所有的四五十家回回也都被杀了。”在此之后，东关回民听说城内有变，又恐汉团从东边来，所以才把居而桥烧毁，以便防守。又杀城外汉民1000多人以作报复。④可是县官更借口回回居意造反，调汉团前后夹攻。散居四乡的回民群起而攻，汉团不敌，退三角堡。回民攻下堡后，报复杀掠一空。⑤
固原汉团虽有洗回的计划，但没有来得及实施。据传，同治二年（1863）正月初三日是回民的开斋日，汉民计划趁回民“过年”祭坟时，尽杀其老幼。但其事不密，为回民所知，回民齐约乘正月初一汉民春节时先下手，四乡回民至期里应外合，城遂破。①
同治元年七、八月，宁夏府平罗县回民起义，“平罗县城内初亦汉回杂处，团练吉平等恐为内应，将回民尽行屠戮。”②在宁夏府城，“统计郡城内壮回约六七千人”，③同治初年，回民起义波及到宁夏，恩麟奏称“查此次宁郡回民叛变，缘由汉回仇杀，官军弹压解散。其后汉团烧杀回庄，皆以宁夏道台侯登云调派为词，又该道密调汉团，先杀城内回民，群情惶惑，遂于是夜先烧道府，侯登云身受多伤，被执身死。”④官绅虽然计划同时屠杀城内及各村回民，未及实行，反而激起回民起义。但是几年以后还是发生了屠城事件。同治四年（1865）清军与回民军在强家沙窝一战中战败，不得已与马化龙及宁夏府城的马万选等暂时议抚。府城回民缴械献城后，都兴阿于四年（1865）十二月三十一日统清军入城，“不分汉、回，尽力诛洗，大肆焚掠。城中户庐灰烬，火光烛天”，汉民也“大半遭屠戮，其逃出者仅以身免”，清军大杀汉民，在同治年间的城镇事件中非常少见。其原因在于当时宁夏府城内汉民与回民关系良好；清军“收复宁郡时城内尚多汉民，互相安处，足见甘省汉、回平日素无嫌隙”，在惨败伤亡之余，官员急需激励士气，兼“兵勇太苦，藉此可以发财”，⑤因而实施洗杀。由此亦可见清末吏治的败坏与官府朝廷的反动。
甘肃省的其他城镇，也大多实施了清洗回民的行动。同治二年（1863）六月，狄道州民“烧城内礼拜寺及回民屋宇五百余户，家小四千余口，焚杀尽净。于是各乡回众麕集城外，意图报复。”⑥至二十六日，因守备松懈，城破，“居民多被残害。”①二年秋，金县团民掩杀大小马家回庄，以致狄道汉回又生嫌隙，“城内绅民尽杀在城回族”。②此举导致回民报复，至三年十月二十七日，金县终于失守。③三年春二月，古浪县大靖堡民团屠回，“陇右回变后，河西汉回猜疑日甚，大靖堡内之回民与河州回暗相来往，汉民恐其勾串为害地方，乃以计夜杀之，屠回且尽。”④“于是古浪、永昌、山丹、甘州继之，其幸脱者，东走宁夏金积堡，南走西宁之大通。”⑤
这些集中的大规模洗杀事件起了很坏的推波助澜的作用。同治初年，河南南阳人黄崇礼任武威知县期间，“侦知城内回匪谋叛，独出奇计，乘夜尽剿之，即道府不知也。”⑥这个发生时间不详的灭回事件有意隐瞒道府，其中之不平可知。
金塔回民则因与肃州回民互通书信，“克期举事”，于是“金民累日捕城内回众，无少长皆杀之”。⑦然而这并不是悲剧的结束。到了同治九年七月二十二日，金塔所属河西、西红二处汉团200余人护送额粮入城时，将署都司马万福衙署围住，藉称前一日“拾获马万福通贼笔，现在欲除内患”，因将马万福鎗毙，并将其妻子杀伤，掳劫衣服财物，越日纷纷散去。马万福者，本为肃州回民，肃回变乱时曾充头目，嗣因投诚免罪，肃州镇总兵陶生林将马万福委署金塔协标中营都司，各汉团俱怀不服，这才是马氏被杀的真正原因。此事起后，肃回“即欲纠众报复。”⑧这相当地表明同治年间大量的此类洗杀事件，理由既不是那么正当，其严重后果也不容忽视。
同治三年五月，巩昌也发生洗杀回民的惨事。陇西武生李耀荣练“海团”，引起回民猜忌生变。知府斌某即命陇西县黄国锦率城关汉、回各团千余名前往弹压。于路回民团勇入麦田杀二汉民。汉民尸主鸣冤，府县不能究。李耀荣因设计，“尽北关所有之回而杀之。”①以凉州副都统瑞云为首的官员，借口辖内回民“形迹诡诈，居心叵测，防范稍疏，恐蹈宁、固之辙，”于各乡大办团练，“隐为防闲”，此举终于激起回民生变，于是凉州官兵于四年二月十八日起，在三昼夜间将凉州郡城内及东关厢回民400余户，以及军队中的回民游击、都司、守备等杀戮净尽。②之后，甘州、高台也发生洗杀回民的事件。尤其甘州，官员调集兵、团“并力扑捕歼毙逆匪千余名”。③高台回民被迫“自杀妇女”，④发动起义。各地洗回均以功上奏，朝廷不惟不察，尚谕嘉奖，再明显不过地显现出清末政治统治压制、歧视回民的本质，尤其回民起义后更是如此。
当时，兰州是甘肃行省的统治中心，虽然同治五年（1866）春兰州衙署标兵哗变中为数不少的回民兵丁被杀。乌鲁木齐官员虽曾计划洗回，但并未成功；因此兰州、西宁、乌鲁木齐没有发生官绅清洗回民的事件。
各处城镇洗杀回民，共同的理由是城内外回民要互相勾结陷城，但往往几乎全为谣言而已。年轻人出城加入回军固然也有，但是城内生存不易，回民借机向城外逃生的更多。如同治二年（1863），西安城内粮价大涨，“城内之人，率皆失色，而回民尤甚。于是无可奈何，男女纷纷冒险出城，有走脱者，有挡回者，有被练团戕杀者，有被暗砍死者，城内之回民，失亡无数。”⑤类似于此的一些事件，多被有意曲解为城内外回民互相联合的虚假传言，成为官绅清洗回民的借口。
回军出于报复攻占城镇，并没有明确的政治或宗教意图。城镇是财货、钱粮、器械、士女的集中地，攻占城镇在满足报复心理之余，既可以补充后勤方面的损失，也可以通过焚掠激励斗志。大大小小的城池是朝廷的枢纽和统治的象征，官、团杀戮回民，回民报复攻城，族群冲突就这样转变成回民与官府朝廷的对抗。
官绅倡导、汉团出力，不分青红皂白清洗城内回民，引起城外回军报复，汉团不敌，回民反过来攻城破堡，对汉民过于激烈的报复、掠夺和焚杀，几乎是同治时期各城镇洗杀回民及后续事件的普遍规律。城镇屠回事件激怒回民之余，便使更多的回民加入起义的队伍，回民起义的范围因此持续扩大。同治四年（1865）肃州回民起义即是如此。如前文所述，正是河西的屠回事件，导致肃州回民起义，占据州城，形成了河西的回民起义中心。慕寿祺曰，“肃州回族皆住东关，或策名仕版，或经营商务，安居乐业，本无叛心。后闻大靖堡之屠回，甘州之驱逐回族，咸有戒心。至是，南山猎回先反。肃回知公家之不容己也，始谋叛。”安肃道恒龄与总兵陈某又因此而计划尽屠回民，从而激起肃回起义。①帮办军务联捷也奏称，“今日甘凉汉人先洗回教，肃州回教复戮汉人，辗转仇杀，两不相下。汉回相仇，至于此极。”②
第四节回民报复与焚掠
在中国传统民变史上，大规模的群体性暴力导致的烧杀焚掠是普遍现象和基本内容。纵观世界历史，群体性暴力事件中的烧杀焚掠也屡见不鲜，而如果事关族群、民族等因素，类似的暴力行为更容易发生，对于族群双方社会经济的破坏更加严重，导致的文化政治影响也更加消极而深远。所以如果跳脱出阶级斗争和农民起义史观而不刻意拔高历史时期民变的意义，回民起义中的群体暴力和相应发生的暴力报复，也是不应忽略的研究内容。从某种意义上讲，在带有鲜明族群性的起义中发生的带有鲜明族群性的暴力行为，是研究这类事变，总结类似族群性事件的经验教训的最重要内容，至少是内容之一。
然而我们必须注意以下几项前提：
第一，族群冲突之后起义回民强烈的报复心理；
第二，起义回民群体性暴力的恶化互动；
第三，起义回民军事化活动的需要；
第四，最重要的是同治年间社会大失控的史实。官府统治几乎完全陷于崩溃，本就常态化的不公平的政治统治也已不复存在，导致暴力事件无从遏止，盘旋上升。
第五，社会动乱时期，西北社会经济的残破，是流民土匪、官军溃勇和起义回民等各方武装力量共同破坏的结果，不能单单算在起义回民头上。