先前的中国王朝对于如何与蒙古这样的大草原上的部族作战毫无办法，但康熙可不是这样，他不仅了解大草原，而且还喜欢在那里狩猎。他写道：
“只有在亲自走过北方之后，才能了解那里的情况。当经过时，必须要非常注意那里交通和补给的细节。绝不能像明朝那样只去猜想——就是到了现在，汉族的官员们对那里仍然不甚了解。”
康熙的话语虽刺耳但很深刻，因为这是事实。清朝此时已经下定决心，要以游牧部族战争的方式，把准噶尔作为它的游牧部族对手一劳永逸地予以消灭。
在镇压了内部的叛乱后，噶尔丹于1695年卷土重来，到了蒙古中部，但这一次他只有5000～6000骑兵。根据蒙古间谍刺探的情况，清朝情报机构报告说噶尔丹驻扎在巴颜乌兰。康熙原本想立刻出击，但却被态度强硬但经验丰富的将军费扬古劝阻。费扬古建议，等到来年春天清军的马匹有了足够的牧草后再发动进攻。
康熙计划来一次对准噶尔人大规模、彻底的包围，并消灭他们的小部队。康熙将率领3．3万名中军从北京出发，一路沿着克鲁伦河北上。而费扬古则带领西路军（3万人）固守图拉河，切断噶尔丹西逃的路线。但是如果费扬古能够跨越到巴颜乌兰的1160公里的路程话，那么他就会与噶尔丹交战。在东面的是萨布素将军将率领的1万～1．2万人的部队坚守在喀尔喀河。1695年8月，清朝的蒙古盟友们又为即将开始的战役增援了8000匹马。
西路军于1696年3月22日离开了位于归化的大本营。在丢弃了瘦弱病马和自己的步兵之后，费扬古最终于6月6日到达图拉河。在这次战役中，清军重视到保养马匹的问题，而且最大程度地悉心照顾马匹。马匹往往可能会因为过度劳累而死去，而且一次急停也会杀死它们。如果它们过多出汗的话，就应该让它们狂奔一段让体温升高。有经验的蒙古人说，只有在马浑身干透的情况下才能够洗马。数以百计的战马都因为骑手没有经验或是照顾不周而损耗，而且军队有时还沦落到不得不吃马肉才能维系的地步。
在6月12日时，清军终于在一个名叫昭莫多（蒙语意为“一百棵树”）的地方发现了他们的“猎物”。这里是一个四面环山的河谷地带。最终费扬古把噶尔丹赶进了陷阱，而此时噶尔丹手下只有6000骑兵，而清军却有1．4万人，其中绝大部分是蒙古和满族骑兵，还有强大的炮兵部队的支援。
迫在眉睫的是，清军必须在准噶尔人之前夺取高地，这样才能占据上风。如果炮兵能够部署在高地上，那么就可以摧毁下面的准噶尔部的军队。交战双方都意识到了这一点，这也使战斗变成了以游牧部落传统方式进行的生死之战：没有任何心慈手软的余地。
费扬古命令手下利用已经建好的木头屏障，并在盔甲里塞上棉花——这一切都是为了在准噶尔人的箭雨中减少伤亡。接着，他命令绝大部分部队下马，躲在木头屏障的后面徒步向准噶尔部进攻，而炮兵则向敌人开火。尽管清军只有实心弹而不是爆炸弹，但在近距离内这样的炮弹的杀伤效果仍然很大。准噶尔部显示出蒙古人仍然存有的勇气，他们坚守着阵地。清军的屏障在防御上极为有效，而且炮兵火力也对准噶尔骑兵和营地造成了致命的杀伤。
接着，可能是清军奸细散播的一条谣言开始在准噶尔部阵地中传播开来：康熙皇帝已经亲率部队逼近，准噶尔部将陷入两支有炮兵支援的强大骑兵部队的包围之中，难以守住阵地。
不管费扬古是否知道这个谣言，他指示满族重装骑兵向前推进。骑兵们准备完毕之后，随着一个旗语，就开始以只有蒙古人和满族人知道的方式进行冲锋——大声尖叫着以密集队形冲锋。准噶尔骑兵上前应战，但是他们的士气已经因为康熙亲率大军逼近的谣言而低落了。随着他们最好的统帅阿拉布坦的战死，准噶尔人彻底崩溃。他们畏缩不前，四散逃窜，有的甚至就地被杀。看到自己部队溃散，噶尔丹带领仅有的40名忠实随从逃跑了。清军以摧枯拉朽的势头猛攻，没有放过一个敌人。这是大草原上最有决定性的一次战斗。准噶尔军在一次野战中完全被摧毁了。
10月，康熙皇帝在向北进军。但是，战斗发生时，他根本就不在乌兰布通附近。所以，在返回北京之后，他于1697年1月12日立刻命令两路满族与蒙古人组成的骑兵出发追击噶尔丹。康熙帝已经失去了机会。只要是噶尔丹还活着，对帝国的安全就是一个威胁，康熙所希望的是把这个人带回北京，无论是死是活——最好是死的！4月4日，噶尔丹被人毒死，或许是清朝买通的准噶尔人干的。在4个月之后，康熙皇帝在北京举行了盛大的阅兵，庆祝他对噶尔丹的伟大胜利。
“抄”——消灭
康熙皇帝也许可以庆祝自己最大的敌人噶尔丹最终死了，而且他还征服了哈密，稳固了帝国的北方和西北方两个侧翼。但是这场胜利尚未完成，仍有危险，因为准噶尔帝国依然存在。清军在昭莫多战役的胜利，只是在得到了噶尔丹的宿敌也是他的侄子策妄阿拉布坦的帮助才获得的。作为准噶尔统治者，策妄阿拉布坦（1697～1727年在位）将要证明自己是比噶尔丹还要大得多的威胁。
1710年，准噶尔骑兵突袭了俄国的西伯利亚地区，这样就在未来与清朝的生死之战中丧失了一个潜在的盟友。此时已经60岁的康熙，已经不再像1696年时那样能够御驾亲征了，而这时帝国上下也日益为政治腐败所肆虐。皇帝制订了大胆的计划，要派遣3支各1万人的骑兵部队从不同方向攻入准噶尔。第一个目标是夺取位于离清朝最近的、在肃州补给站西面500公里的哈密。而最终的目标，就是哈密这个准噶尔可汗国东面防御的关键要塞再往西500公里的乌鲁木齐。此时，清军中的军官们已更加了解骑兵战争，而且也更清楚补给线的重要性。所以，清朝指挥机构在巴尔库尔建立了一个补给站。在与准噶尔部作战的过程中，清军已经学会了一件事，那就是不要冒不必要的风险。
原计划于1715年开始的进攻被取消了。直到1717年4月，8500名清军（基本上是骑兵）才从巴尔库尔出发向着绿洲之地吐鲁番进发，而另一支部队则径直向乌鲁木齐前进。两路军队在木莱和皮尔扎的绿洲上击败了小股的准噶尔东部边境部队。而大胆的第一路军统帅傅尔丹希望向伊犁河谷进军——这里是准噶尔统治的核心地区，但是在遭到了300名准噶尔骑兵的突袭后，他不得不放弃了这个想法。
傅尔丹变得越来越谨慎，他在蒙古中部和西部腹地建立了堡垒与基地，在他计划对新疆的第二阶段行动之前，还建立了一大片的军事屯田地区。虽然直到1719年费扬古将军才占领了吐鲁番，但这却是中国人在1000年之后重回新疆。
同时，在1717年夏天，策妄阿拉布坦派遣他最优秀同时也是最残忍的将军策零敦多布带领3000骑兵进入了西藏。清朝不相信这些疲惫不堪、极度饥饿、一路上甚至要靠吃狗才活下来的人能够占领西藏首府拉萨。但他们确实做到了，他们洗劫了庙宇，并扶植起了达赖喇嘛作为准噶尔的傀儡政权。