其中，武汉军威企业集团3人，并由集团的法人代表出任董事长；华中科技大学2人，并由学校分管领导出任副董事长。《学院章程》对于董事会的职权作了如下规定：“审定学院的办学方针、教学计划；审定学院的年度财务预算方案和决算方案；审定学院增加或减少教学资金的方案；拟定学院合作、分立、变更学院形式、解散的方案；决定学院内部管理机构的设置；审定学院的基本管理制度；聘任或解聘学院院长、常务副院长、副院长，任命处以上干部由甲、乙双方的人事组织部门考核，其结果作为董事会决策参考；决定各级人员的报酬。”对于学院院长的职权，《学院章程》也作了明确规定。关于民办学校的资产，《民办教育促进法》第三十五条规定：“民办学校对举办者投入民办学校的资产、国有资产、受赠的财产以及办学积累，享有法人财产权。”第三十六条规定：“民办学校存续期间，所有资产由民办学校依法管理和使用，任何组织和个人不得侵占。”对照条文，就会看到华中科技大学（甲方）与武汉军威企业集团（乙方）最初签署的合作办学《协议书》中关于“学院的资产及增值均归乙方所有”的“约定”，是与法律规定相抵触的，需要依法修订。华中科技大学武昌分校作为独立法人，享有法人财产权。学校的资产及增值既不归甲方也不归乙方，而应归“丙方”——华中科技大学武昌分校。正是基于依法办学的原则，也考虑到武昌分校发展到现在的实际状况，经过几年的运行，华中科技大学武昌分校董事会在2005年2月1日作出决定：对武昌分校的资产进行清理，做好明晰产权的工作，并对华中科技大学和武汉军威企业集团2000年8月和12月签署的合作办学《协议书》和《董事会章程》依法进行修订。依法合作、依法管理、校企合作的独立学院在实践中也不断地探索和总结经验。
独立学院作为我国高等教育从精英化向大众化转化阶段出现的新型大学，校企合作的独立学院在中国高等教育体系中的地位和作用将越来越重要，学校和企业通过多种方式合作办学，为学生和企业员工提供了理论与实践相结合的平台，实现了最大限度的资源共享与协作学习，是满足企业需求和促进社会就业的有力措施，是经济发展的助推器，也是建设和谐社会的必经之路。在我国现有条件下，要进一步拓展校企共同发展的空间，使校企合作步入可持续发展的良性循环，还需要我们多多借鉴和吸收国外的成功经验，发挥多种办学模式的优势，调动学校和企业等多方面的积极性，走出一条具有中国特色的校企联合办学之路。
四、校企合作模式存在的问题
校企合作的独立学院在发展中也存在一些问题。学院的申请方（公办高校）、合作方（企业）、主管方（政府部门）均有着自己的行为目标和利益诉求，形成了“三马拉一车”的利益关系。作为申请方的公办大学在追求社会效益时，也追求一定的经济利益；作为合作方的企业追求经济利益的最大化；作为主管方的政府部门主要追求社会效益。当然，申请方、合作方、主管方之间的这种博弈，不是零和博弈，而是合作博弈。对申请方与合作方来说，追求经济利益是它们举办独立学院的基本动力。因此，当市场经济发育还不够充分或不完善，政府的参与和扶植力度相对不足；民营资本的投资总量和规模相对有限，则资本的趋利性与教育的公益性、非营利性之间的矛盾就相对突出了；从长远角度看，这类独立学院的投资风险性相对较大，在扣除母体高校利益和投资者合理回报之后，独立学院可持续发展的财力和后劲亦有所不足。具体而言，校企合作的独立学院在以下几方面问题比较突出。
（一）产权关系不明确，产权制度不规范
从法律角度来看，独立学院是一个独立享有民事权利，承担民事责任的独立法人，也有自己独立的产权。独立学院的产权是在国家教育权的指导下，学校为履行教育职能而形成的一种财产权利关系，它依法确立并应受法律保护。学校产权包括对教育财产的所有权、占有权、支配权、使用权和收益权等一系列权利的整体权益。
校企合作型独立学院举办时，投资主要来自两个方面：一是合作企业方投入资金和实物（土地、校舍、设备等），一是合作高校方投入品牌、师资和管理等无形资产。当时，本着独立学院“先试办后规范”的思路以及合作双方强烈的需求，独立学院很快举办起来并获得快速发展，而产权的明晰界定和归属问题则潜存了下来。正如当时教育部部长周济在“普通高等学院以新的机制和模式试办独立学院工作会议的讲话中指出的那样”，“独立学院在试办过程中存在着法人、产权等重大法律关系不明确的问题，合作办学各方面临一定的法律和政策风险”。因此，如何明晰产权，建立规范的产权制度，将关乎独立学院的健康发展，特别是校企合作的独立学院在产权制度方面存在更多更复杂的问题。
从校企合作的大多数独立学院运行情况看，独立学院的产权归属不清晰的主要问题，一是独立学院办学主体的多元化、投资主体的社会性、管理制度不健全和法制的不完善性及办学模式的多样性所导致的独立学院的产权模糊性；二是独立学院的产权归属一般都在合作办学的协议中规定，但有些协议只规定由申请者和合作者按出资比例分配，对财产归属没有具体的规定；有些只规定独立学院办学期间的利润分配问题，对办学期间及期满后的独立学院的财产归属问题只字不提；三是“高校+企业”模式办学的独立学院，由于法人具有“双重”身份，举办方和合作方在人员和财产方面存在着管理与被管理、领导与被领导的隶属关系，容易导致独立学院产权划分不清晰。随着独立学院办学规模进一步扩大，办学资产逐渐积累，产权归属问题必将在申请者、合作者和独立学院之间引起纠纷。
（二）师资队伍建设滞后
在教师资源上，校企合作的独立学院最初大都是借助合作高校的在职教师和退休教师担任教学工作，这种“应急”的方式有两个好处：一是使学院快速地招生办学，进入发展轨迹；二是合作高校的优质师资保证了独立学院的教学质量和增加了学院的声誉。但这毕竟不是长久之计，合作高校教师的人事关系都在原单位，在独立学院只是兼课，往往上完课就走人，或多或少地存在教师的责任心不强，更不容易针对独立学院的学生进行教学研究和教学改革。经过一段时间发展，独立学院开始建立自己的师资队伍。近年来，校企合作的独立学院有了一支以自己学院聘任的教师为主，合作高校的教师为辅的相对稳定的师资队伍，为人才培养奠定了一定的基础。但是，从总体上看，师资队伍建设与学院的发展速度及招生规模相比，还是滞后的。其主要表现在：
1.师资队伍数量不足。校企合作的独立学院的运行经费主要来自收取学生的学费并向合作高校和投资企业分配后的余额，经费较为紧张。因此，教师队伍的编制控制严格，使得独立学院专职教师数量增长缓慢，远不能满足教学和人才培养要求。
2.师资队伍水平不高。也是因为办学经费紧张，独立学院在维持正常运转的情况下，没有更多的资金用于引进高层次人才，难于建立高水平的师资队伍。在此之前，校企合作的独立学院从社会上招聘教师，基本上是应届本科、硕士生，近年来有少数基础好、发展快的学院能引进少量博士进入教师队伍。因而，学院的教师队伍教学经验不足，工资及福利保障条件相对较差，教师的培训及成长机会欠缺，使得教师素质提升不快，而且流动性较大，从长远看，对校企合作的独立学院发展是一大制约因素。
（三）资本盈利性与教育公益性的矛盾
在没有国家财政性教育经费支持的条件下，独立学院采用市场机制配置教育资源，从而使得独立学院从管理型组织正在走向经营型组织，甚至采用类似于企业管理的市场机制来改革大学的典章制度，以利于节约成本和提高办学效益。这一点，在校企合作的独立学院尤为突出。
企业资本注入独立学院，其目的是为了谋利，因此企业资本注定了要从办学中获取回报。独立学院创办是为了扩大高等教育规模，拓宽办学思路，为社会经济服务，是一项公益性的事业。如何协调谋利与公益事业之间的关系，资本的营利性逻辑与教育的公益性本质属性在独立学院这块平台上如何形成新的统一？
在校企合作中，有的办学者有急功近利的思想，过分强调盈利，把独立学院看成企业，用办企业的思想观念、产业化的运作模式来办学，忽视了企业与高校的本质区别，不利于独立学院的长远发展。独立学院在良性的发展过程中，必然会出现盈余。如果办学者能够很好运用盈余部分，对独立学院的学科建设、课程建设、教师队伍建设等基础性工作给予更多的投入，则可形成可持续发展的实力。一些资金实力雄厚、具有战略眼光的企业认识到了这一点，不急于从独立学院取走回报，而是把盈余用于对学院的再投入，使学院的办学条件和办学实力不断增强；有的企业则认为投资必收益，直接从学院收取的学费中按一定比例收取回报（10%～30%）。其实，从本质上讲，教育是一种公益事业，即便有收益也是长期的事情，其盈利性与公益性是相互依存。在现行政策规定“不得以营利为目的”的前提下，对于采用高额办学经费投入的独立学院来说，盈利性与公益性容易产生冲突。
著名教育学家潘懋元教授曾在一次民办高等教育高级论坛上指出：“公益性和营利性，是教育在一定时代背景下相辅相成、相得益彰的两种属性。具备营利性才能生存、才能发展，才能更好地彰显教育的公益性。”“不得以营利为目的，不是说不能营利，营利是进入市场经济阶段后必然存在的。公益是目的，营利是手段，法律没有规定不得以营利为手段，而是说可以获得合理回报。”按照这种权威性逻辑，我们或许能够在独立学院这块平台上寻找到一种新的平衡。
在独立学院的现实发展中，较高的学费标准和没有国家助学贷款资助，已使得在“分数面前人人平等”的教育公平性原则再次面临着新的挑战。一度出现学生背景的“非富即贵”，也有悖于教育的公益性原则，甚至会对独立学院的长远发展产生不利的负面影响。
对于独立学院，教育部规定“投资者有一定的赢利”，因而协调好盈利性与公益性的关系，关系到独立学院，尤其是校企合作的独立学院长远的可持续发展能力。有人认为，教育将是21世纪最具有竞争力、最有活力的朝阳产业。投资教育，相当于买到优质的原始股，但是，我们也要更清楚地看到教育的公益性质。如果公办高校怀着举办独立学院是为解决本校财政性教育拨款不足、学校编外人员去处的观念，加上投资者过分的盈利性要求，那必然违背教育的公益性本质。作业企业，投资举办独立学院，不应单纯追求经济回报，也应该从承担社会责任和扩大企业知名度方面考虑。
（四）市场规律与教育规律的冲突
在校企合作的独立学院中，教育人与企业人能否实现好的结合，教育规律与市场规律能否实现好的结合是办好独立学院的保证。独立学院可以借鉴企业的经营管理模式，引入竞争机制，创新办学机制，但一定要遵从教育规律，致力于营造育人的氛围。
办企业，有多少原材料，生产多少产品，企业拥有绝对自主权；办大学则不然，能招多少人，大学自己不能说了算。学校按市场经济管理体制组建，但在招生上受制于国家管理体制下的招生模式，作为按民营机制运作的学校，按市场规律办事不能不考虑办学成本，入不敷出就要关门。作为一所学校必须保证教育质量，要保证质量就必须按教育规律办事，不能一切为了省钱，而要一切为了学生成才；不能一味提高师生比，扩大班级规模，该设的岗必须设，该花的钱必须花。这两者间有时是有冲突的。因此，在校企合作的独立学院中，在办学理念，人才培养，管理体制等方面，合作各方间都会有碰撞、矛盾和冲突，这些碰撞与冲突，有时激发了观念创新，促进了学院的发展；有时，也会产生管理矛盾阻碍学院的发展。
总的来看，校企合作的独立学院是独立学院中最有活力的，也是面临的矛盾较多的一类独立学院；既是可以创新，办出特色的，也是发展中风险较大的一类独立学院。