其次，独立学院所有权和管理权“两权”分离的相对性使独立学院产权制度难以真正发挥效用。一方面，独立学院具有独立法人当然拥有独立的财产权，这就意味着独立学院一旦成立，出资者的资金所有权和管理权就分离，独立学院以独立法人资格取得出资者对其投资于学院财产的占有、支配、处分和收益。独立学院的财产与举办方和投资方的财产相分离，合作各方一旦投入了有形或无形资产就归独立学院本身所拥有，不能由各方任意支配和使用，不能随意抽逃资金或者转让。独立学院不仅对这些财产具有所有权，还具有经营管理权。当学校无法继续举办下去时，原合作方投入的资金也并不是必须属于举办方和合作方的，解散后的财产归属应由学校法人制度进一步规范或遵从举办独立学院合作协议中的约定。《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》对管理权做了具体细分：母体大学要对独立学院的教学和管理负责，并保证办学质量。合作者负责提供独立学院办学所需的各项条件和设施，参与独立学院的管理、监督和领导。经双方协商，可以成立校董事会，校董事会的组成及人选由双方商定；院长由母体大学推荐、校董事会选任。这类似于现代企业制度的“两权”分离管理模式，有效保证了独立学院的高效决策和灵活管理。
但另一方面，无论是作为参与举办独立学院的投资方的社会组织或个人，还是作为参与举办独立学院的普通高等学校都对独立学院有着实质的控制和影响。在办学实践中，独立学院难以避免投资方干涉独立学院正常教学制度的运行和学校事业的状况。作为参与举办独立学院的投资方的社会组织或个人，不仅享有制定学校章程、合作协议的权利，而且还享有参与表决等其他决定学校重大事务的权利。甚至投资者通过投资，表面上将资金的所有权让渡于学校，实际通过进入董事会，控制董事会的表决权来控制学校的整体决策，进而拥有独立学院的全部财产甚至是全部控制权。这样不少独立学院在运行中并不能真正掌控教学经营管理的决策权。与此同时，独立学院在重要事务、日常教学管理等工作中又与举办各方特别是参与举办独立学院的普通高等学校保持着无法割舍的实质性联系，这种矛盾状态不仅使独立学院的产权各方关系变得更加模糊与复杂，更进一步影响着它的治理结构、行为模式、社会角色以及承担责任的方式的确立，真正实现所有权和经营权的分离。
（四）收益权模糊不明
独立学院是以社会民间资金作为主要办学的硬件设施投入，融入了母体高校的无形资产和有形资产，又有各种性质的不同资金投入。这种多种不同性质资产、成分的融合，使得独立学院产权本身十分复杂。而我国现行的产权法制制度并不健全，按照我国的政策规定，独立学院的产权属学校所有，没有将财产主体人格化，独立学院的产权关系事实上处于待定状态。《民办教育促进法》的相关条例完全回避了对举办者投入和办学积累增值部分校产的产权及民办学校终止时清偿债务后剩余财产的分配问题，必然产生资金投入和资金（固定资产）的产权问题。特别是资产积累到一定程度以后，更容易在举办者、投资者和办学者之间滋生一些财产纠纷问题，为独立学院的健康发展留下了隐患。
首先，从法律规定来看，一方面，《教育法》明确规定：“任何组织和个人不得以赢利为目的举办学校和其他教育机构。”另一方面，国家颁布的《中华人民共和国民办教育促进法》、《民办教育促进法实施条例》和教育部印发的《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》则肯定了独立学院有取得“合理回报”的权力。但这一规定对何为“合理”、何为“非合理”以及获得“合理回报”的方式并未作出相关规定和说明，使当前独立学院的收益权模糊不明，既可能因受到过多限制而影响了产权激励功能的发挥；也可能因为没有明确的法规保护和限制，使独立学院办学主体之间以及办学主体与独立学院之间均存在相互侵害的可能。
其次，作为独立学院投入主体的合作方和申办方无法形成基于所有权的长远收益预期，从而易于以追求短期高成本补偿为目标，在运作初期将营利性放在首位，甚至进一步模糊经营权和管理权的边界，以实现短期内利润最大化的共同目标，其结果必然是重即期、轻长远，重分配、轻产权，不仅使法人财产权难以落实，更会为独立学院的持续健康发展留下隐患。
由此可见，独立学院产权不明晰、治理制度安排不合理是制约独立学院发展、导致违规难禁的根源。在独立学院的发展过程中，为了避免日后的权益纠纷，保护独立学院举办者的合法财产权益和防止国有资产的流失，建立产权明晰、责权清楚的产权制度是至关重要的，这也将直接关系到独立学院未来的健康发展。
二、营利性与公益性的矛盾
如何妥善处理投资资本的寻利性和学校教育公益性之间的矛盾，是独立学院在发展中不可回避的现实问题。这一点不仅影响着人们对待独立学院的态度，也直接影响着独立学院的定位与发展。
正如前文所述，独立学院是在中国特殊国情背景以及高等教育大众化趋势的强力拉动下，通过公办高等教育资源扩张的方式，在较短时期内实现高等教育规模迅速扩大的一种办学体制和机制的创新，是通过国家行政机制和社会市场机制相结合来发展中国高等教育的一种顺势选择。它的形成伴随着政府退出、市场进入的政策模式变革，突破了长期公办教育资源制约的瓶颈，用市场方式解决高等教育资源扩张的投入问题，用市场力量置换行政力量推动高等教育优质资源扩大，更有效地吸引和配置社会资源，探索和寻求更为全面与合理的教育发展社会公共参与机制，是试办独立学院的正确初衷，也是独立学院这一新模式设计的合理出发点。因此，独立学院从一诞生就兼具公办和民办两种体制的好处，公办保证了教学质量，民办可以进行体制创新，使之更灵活地面对市场。这一方面既是独立学院发展的活力所在，而另一个方面却又是诸多问题的症结根源。公办必然要保证教育增进社会福祉、提高社会效益的公益性，而民办内在的资本逐利性又要寻求投资资本的合理回报，因而公益性与营利性不仅是独立学院发展中的外在办学行为的冲突问题，也是内含在教育改革中市场在教育领域延伸的边界问题的矛盾表现。
（一）法律、法规的模糊与矛盾
法律、法规的模糊性和矛盾性导致独立学院的“公”“私”混淆。一方面，现有法律、法规均限定民办教育机构是非营利的。1995年全国人大常委会制定的《教育法》第二十五条第三款即规定：“任何组织和个人不得以营利为目的举办学校及其他教育机构。”这表明无论国家还是民间举办的学校及其他教育机构都必须是非营利的。
1997年国务院颁布的《社会力量办学条例》（已废止）第六条规定，“社会力量举办教育机构，不得以营利为目的”；第三十条规定，“教育机构的积累只能用于增加教育投入和改善办学条件，不得用于分配，不得用于校外投资”；第四十三条规定，“教育机构解散，应当依法进行财产清算。教育机构清算时，应当首先支付所欠教职员工的工资及社会保险费用；教育机构清算后的剩余财产，返还或者折价返还举办者的投入后，其余部分由审批机关统筹安排，用于发展社会力量办学事业”。
1998全国人大常委会制定的《高等教育法》第二十四条规定：“设立高等学校，应当符合国家高等教育发展规划，符合国家利益和社会公共利益，不得以营利为目的。”2002年全国人大常委会制定的用以取代《社会力量办学条例》的《民办教育促进法》不再提不得以营利为目的，但第三条仍规定：“民办教育事业属于公益性事业”，确定了民办学校的公益性性质。2008年中华人民共和国教育部制定的《独立学院设置与管理办法》第三条也明确规定：“独立学院是民办高等教育的重要组成部分，属于公益性事业。”进一步明确了独立学院的民办公益性地位。
另一方面，法律、法规又给予民办学校举办者取得合理回报的权益和各种扶持奖励政策。无论是《民办教育促进法》、《民办教育促进法实施条例》，还是《独立学院设置与管理办法》等均明确了举办者享有或部分享有其投入资产的所有权和收益权。《民办教育促进法》第五十一条规定：“民办学校在扣除办学成本、预留发展基金以及按照国家有关规定提取必需的费用后，出资人可以从办学结余中取得合理回报。”在鼓励扶持政策方面，《民办教育促进法》第六条明确规定：“国家鼓励捐资办学。”第四十六条还规定：“民办学校享受国家规定的税收优惠政策。”同时第五十条又规定：“新建、扩建民办学校，人民政府应当按照公益事业用地及建设的有关规定给予优惠。”显然，这些规定已经与上述法律规范出现了不一致。
《民办教育促进法实施条例》第六条赋予参与举办民办学校的公办学校依法享有举办者权益；第三十八条分别为捐资举办的民办学校中，出资人不要求取得合理回报与要求取得合理回报的民办学校设置了不同的税收优惠政策，前者甚至依法享受与公办学校同等的税收及其他优惠政策。第四十条规定还给予在西部地区、边远贫困地区和少数民族地区举办的民办学校信贷优惠政策。在扶持奖励方面，第三条规定：“对于捐资举办民办学校表现突出或者为发展民办教育事业做出其他突出贡献的社会组织或者个人，县级以上人民政府给予奖励和表彰。”
具体到独立学院出资人的合理回报，《独立学院设置与管理办法》第四十三条规定：“独立学院在扣除办学成本、预留发展基金以及按照国家有关规定提取其他必需的费用后，出资人可以从办学结余中取得合理回报。”可见，虽然法律规定了独立学院举办者取得回报的限制，但同时仍进一步明确了其取得合理回报的权益。
这样，“合理回报”取代了非营利的限制，以解决独立学院出资人不能获利的尴尬。但这些规定不仅本身是不严密、不明确、不具体或自相矛盾的，而且已经与作为基本法律的《教育法》的相关规定相冲突，而从法理上说，作为下位法的《民办教育促进法》是不能违背作为上位法的《教育法》的。
另外，这些规定还与其他法律相冲突。比如按照税法的规定，从事办学的有偿服务活动取得的所得应交纳个人所得税，而依照《民办教育促进法》和《独立学院设置与管理办法》的规定，独立学院都属于公益性事业，是社会主义教育事业的组成部分，这样，只要依照《民办非企业单位登记管理暂行条例》准予登记的个人、社会组织与普通高等学校合办的教育机构，均成为非营利性的社会服务组织，因此举办者和其举办的教育机构均可享受免纳所得税的待遇。以此类推，包括营业税的减免、捐赠税收优惠待遇等都可以享受。
这样，现行法律法规在通过各项奖励与扶持政策鼓励个人和社会组织参与办学的同时，对于如何保证个人和社会组织等举办教育机构不以营利为目的，不仅并无具体的规定和说明，甚至在规定回报限制的同时进一步肯定了其收益权。这既与法律规定的独立学院的公益性地位、非营利性质相冲突，甚至在某种程度上助长了独立学院的营利性倾向的发展。这也体现出政府在制定政策时的指导思想的矛盾，即在“穷国办大教育”的情况下，一方面希望社会资本举办教育机构以增加教育资源总量；另一方面又不直接明确社会资本可获取利润，造成独立学院乃至整个民办教育事业的公益性与营利性长期不能自圆其说。
（二）投资与捐资的混同
将投资行为混同于捐资行为，导致独立学院的“公”“私”不分。投资与捐资是两种本质属性完全不同的行为。投资与所投入资产的所有权和收益权必然联系，即投资是要素投入权、资产所有权、收益获得权三权的合一，谁投资，谁收益，是投资行为的永恒规则。捐资则是主动奉献或放弃所捐资产及增值所有权的行为，不存在对所捐资产对捐赠者的复归或任何经济回报。