（一）在高等教育体系中的发展定位不明晰
中国高等学校按办学层次大致分为大学、学院和专科学校三种类型；按学校主管单位行政等级分类，可以分为部属、省属、地（市）属学校；按出资方式不同可以分为公办、民办、独立学院；按国家资助项目可以分为“985”学校、“211”学校、西部建设学校、对口支援学校等；此外，还可以按照学生培养层次、区域划分等分类。按照研究与教学的分类方法，我国高等学校基本上可分为三大类，一是研究型和教学研究型大学，二是以本科教育为主的大学，三是高等职业技术学院。这种分类基本上沿用了大学、学院和专科学校的分类思路，即大学培养学术性研究型人才；单科学院培养各行各业高级专门人才；高职高专学校培养应用技术与管理的专门人才。
多样化的高等教育系统意味着在高等教育体系内，对高等教育机构按不同的教育理念、办学模式、课程体系、师资队伍、教学过程、评价标准，按不同的类别，实现明确的分工。
由于独立学院在我国的高等教育中走的是有别于传统意义上的公办高校和职业院校的中间路线，是一种崭新的高等教育模式，因而，独立学院在高等教育结构中有着独特的地位。一方面，它顺应了民办高等教育的发展趋势，满足了大众化高等教育的急迫需要，填补了我国选择性高等教育的空白，积极走“优”、“独”、“民”的道路，努力创建出自己的办学特色；但是另一方面，许多独立学院并都存在明显的办学定位缺失，尤其是在整个高等教育体系中尚无准确的定位。有的独立学院缺乏对时代大背景下高等教育改革形势的深刻分析和把握，提出的办学目标不尽合理，不够科学，要么有悖于高等教育的价值取向，要么脱离实际，难以在操作层面上实施，失去了定位的意义；一些学院片面强调综合性，盲目追求学科门类齐全，几乎把“母体”所有专业都移植过来，造成办学无个性、无特点、无优势，严重影响学生就业。
经过十几年的发展和调整，许多独立学院都把未来的发展目标定位在实施本科教育、培养应用型人才的教学型学院，这符合生源质量水平，也充分体现了面向市场的原则，在目前情况下不失为明智之举。但是，办学定位问题应该是一个发展的、持续的、不断变化的过程，在学校发展的不同阶段具有不同的内涵。从长远来看，现阶段选择“大众化、应用型”的办学定位只是现阶段独立学院发展过程中的第一步，在以后不断进步过程中，办学定位也应随之调整。依靠“民”、“独”、“优”的办学宗旨，以质量求生存，以特色求发展，逐步提高教育质量，充分发挥自己的优势，扬长避短，独立学院有可能最终达到能与国外名校相媲美的“高质量的一流私立大学”这一远大目标，这既是对中国民办高校发展的促进和提升，也是对中国高等教育整体改革的试验。
值得思考的是在独立学院这一群体中，办学能力、办学水平、办学规模和社会声誉是有差异的，如果所有独立学院都仅仅定位于普通本科学校和高等职业技术学校的“中间地带”和补充地位，不仅会使其总是在研究型、教学型本科和职业技术本科教育之间游移不定，难以找到其真正的办学特色；而且还会使其失去持续发展的必要动力和未来多样化发展所需要的坚实的科研支撑，阻碍其向更高层次的发展。
可见，独立学院发展定位的不清晰，实际上就是独立学院在高等教育体系中的发展定位不清晰，是独立学院在高等教育分类体系中的地位不明晰。而发展定位不清晰造成的办学特色的缺失，不仅会导致独立学院未来也出现“千校一面”的现象，而且也不利于我国高等教育多样化发展的要求，影响我国高等教育整体水平的提升。
（二）独立学院与母体高校关系定位不明
独立学院与普通民办高校的一个重要区别，就在于它的办学投入中包含了母体学校的无形和有形资产以及两者天生的“血缘关系”。独立学院在成立之初，不仅可以利用母体高校的知名品牌、优质的办学资源，也同时借鉴了母体高校几十年甚至上百年的成功办学经验，少走弯路，尽量避免不必要的损失，确实是明智之举。因此，独立学院的发展壮大自然离不开母体学校的大力支持和宏观指导协调。但是，作为一种新型的办学模式，独立学院的发展壮大也不能缺少相应的办学自主权，因为如果只是简单地“克隆”其母体高校的办学模式，忽视自身的建设，没有做到“相对独立”，不仅会因为缺乏办学自主权造成独立学院办学特色的缺失，影响其生存和发展，而且会给独立学院与母体高校双方的未来发展都带来十分严重的危害。因此，明晰独立学院与母体高校之间的关系与定位不仅是实现独立学院“优”、“独”、“民”的关键，也是进一步明晰独立学院发展定位和办学特色的关键。
从独立学院的发展来看，其与母体高校之间存在关系定位不明，突出表现在学科专业设置、师资队伍建设、人才培养模式、办学体制机制等几个方面。
第一，独立学院的学科专业设置尚未形成有别于母体高校的特色。一方面，独立学院在定位与专业设置等各方面都仍是母体高校的翻版，甚至以与母体高校特色相同为傲。如北京理工大学珠海学院在其学校办学理念的定位中就明确提出以北京理工大学作为办学主体，是其办学理念和办学资源的延伸和扩展，是其发展战略的组成部分。珠海学院以北京理工大学优势专业和优质师资为依托，传承其教育理念和教学管理传统、治学严谨的校风和团结、勤奋、求实、创新的精神，坚持“打牢学科基础、突出专业特色、强化实践环节、培养创造能力和拓宽就业指导”的办学思路，以社会需求为导向，培养适应时代发展的具有竞争能力的高素质应用型人才。
另一方面，独立学院的专业设置不仅与公办高校严重雷同，而且独立学院之间也严重雷同，因而反映到学生的就业市场以及教师的聘任上都不可避免地存在着激烈的竞争。从一定意义上说，一所大学的优势学科所在，也就是这所大学的特色所在。目前大部分独立学院的学科建设、专业设置还基本上依赖于母体高校各相关二级学院，独立学院一般设置与母体高校相同或相近的专业，并且是在母体高校现有的学科专业中择优设置了部分相对热门的优势学科和专业。这一方面是独立学院在创办起步阶段的支柱和必然选择，这样独立学院从一开始就能得到母体高校优质教育教学资源的支撑，就可以在一个较高的平台上，有效规范教育教学管理，保证教学质量；另一方面，这也是现行规定间接导致的结果。教育部有一个不成文的规定，即独立学院开设的专业应该是母体高校现已经开设的专业，这样就导致独立学院在专业设置上存在先天性的问题，其专业设置不仅和母体高校部分专业雷同，也和同类型同层次的高校雷同。
这样的情况既造成与母体相关二级学院在教学资源、招生计划等方面的冲突和矛盾，也产生了一些不良后果。一方面，独立学院的过分依赖将使母体高校不堪重负，造成教学质量滑坡，导致母体高校学生的教育权益受到损害；另一方面，母体高校的学生和录取分数较低的独立学院学生接受同样的教育、拿一样的文凭，在就业市场上就可能出现“劣币驱逐良币”的现象，导致新的教育不公平，甚至可能造成原本热门的优势专业在区域人才供求上的失衡。
从独立学院长期发展的视角看，这种与母体学科专业的一致性，虽然在初期给予独立学院发展动力，但是权宜之计毕竟不是长久之策，独立学院这种不顾自身生源的特点，不顾市场的需求，缺乏对人才市场的预测和分析，盲目照搬母体高校的热门学科专业设置和教学计划的做法，从长远的发展来讲，是不可能使独立学院走上开拓创新的路子，只会导致教育资源的浪费，给学生未来的就业留下隐患，造成结构性失业，并且成为后来影响学院自身学科专业特色形成的障碍。
第二，独立学院的师资队伍数量不足、结构不合理，对母体高校依赖性较强，还未真正建立起一支相对稳定的专职专任教师队伍。首先，在师资和人员聘任上，大多数独立学院都是过多地聘任母体高校的人员，有的独立学院50%以上的专任教师和管理干部是从母体高校的在职教师和干部中聘任的，各分院的负责人也由母体高校相关院系负责人兼任。来自母体高校的人员缺乏探索和建立全新的独立的、有效的适于独立学院的教育教学运行机制。由于没有自身特色的师资队伍，诸多关系学院建设的重大事项，如学科专业建设、人才培养方案修订等只能完全依赖于相关二级学院，教学内容、教学方法、考核方式等也就不可能摆脱母体学校翻版的被动局面，自然就根本谈不上因材施教，特色办学。
其次，在师资队伍的自我建设方面，由于经费投入的问题以及民办高校的性质，独立学院在高水平人才的引进上缺乏吸引力，造成师资队伍数量不足、结构不合理的现状，具体表现在人事制度、学校管理和教师个体三个方面。
一是在政策制定和人事管理层面，市场化的运作使独立学院教师缺乏心理上的安全感和归属感，导致现有专职专任教师稳定性不强，名师引进更是难上加难，另外，由于独立学院教师的职称评审渠道不顺畅、机会较少等，也不利于人才的引进、培训和发展，造成教师队伍的不稳定。
二是学校的内部管理层面，管理机制与激励机制都还不够完善，对教师队伍建设和培训重视不够。部分办学者在激励机制方面注重教师的物质需要和物质保障，却忽略了其个体化发展和成长需求，或者是激励方式单一，主要以物质激励为主；或者是在独立学院教师的招聘、培训上投入不足，进修机会少，在教师队伍建设方面，出现重即期经济利益忽视长远的教师队伍的人力资源开发和合理配置，对教师的管理力度和有效引导力度都不够，导致教师队伍素质难以提高。
三是教师个体层面，教师来源复杂多样，对独立学院的认同感不足，缺乏长期发展动力。独立学院的师资队伍现状是专兼职结合，包括专职专任教师，申办高校选派的教师，其他公立高校的兼职教师与来自企事业单位具备丰富实践经验的高职称专业技术人员，以及在读硕、博士研究生等。这样，师资队伍组合中专任教师队伍人数偏少且结构不合理，存在一系列难以克服的问题。比如兼职教师中来自申办高校和其他公立高校的教师退休教师比例较高，他们是“客座”，对学院发展就不够关心；来自企事业单位的高职称专业技术人员和在读硕、博士研究生等，或者理论基础不够，或者缺乏授课经验等。这些问题不仅造成独立学院师资队伍年龄、知识、能力结构不合理，流动性强，教学效果差异性大的现状，也为独立学院的教学管理与教学质量保障增添了很大难度。再从师资队伍的稳定与发展看，专职专任教师大多以应届高校毕业生为主，与公立高校教师不同的编制等情况容易导致他们对独立学院认同感不足，把独立学院与他们的关系看做是雇佣与被雇佣的关系，缺少主人翁意识。而兼职教师，主要受独立学院的高额课酬和灵活性所吸引，具有临时性、不稳定性。而且，这些兼职教师或者是继续发挥余热的退休教师，或者是独立学院为达到教育部对教师结构的要求和确保教学质量两方面要求，从申办高校聘请的单位的骨干，前者因为年龄、身体健康等原因，后者因为自身工作任务繁重等原因，都不可能对独立学院发展、建设投入更多精力。
第三，独立学院的人才培养模式仍未摆脱母体高校基本框架。独立学院在创办之初，大部分是完全套用母体学校的。因此，在人才培养规格、培养目标、规定达到的学分以及课程体系等都是完全一致的，培养出来的各个专业毕业生与母体学校的毕业生在特色定位上基本上没有什么差异，虽然开办较久的独立学院已经根据生源状况、分配情况、市场需求等进行了培养方案的修订和完善，但总体上仍未能摆脱母体学院相应专业人才培养方案的基本框架。如果说造成这样结果的根本原因是独立学院的办学特色不明晰的话，那么直接的原因就是因为参与各专业培养方案修订的人员完全是母体相应二级学院的学科专业教师。