独立学院内部管理体制的基本设计包括组织框架和内部运营组织设置。组织框架即独立学院的内部管理机构设置，以及在此基础上形成的以校长（院长）和各系主任为中心的灵活机动的运营机制。内部运营组织设置则是包括涉及独立学院经营、教学、教育研究、财政、教辅等多方面事务的各种机构。如由校长（院长）、若干名副校长（副院长）等共同组成的领导决策机构，包括参与举办独立学院的合作办学方在内的管理运营机构，以及由教职人员构成的教学、研究等方面的评议会、指导委员会，以及日常行政管理机构和监督机构等主要内部机构，它包括学校领导体制、岗位责任制、教师及其他专业技术人员、其他人员的聘任制、分配制度等。
当前独立学院内部管理机构的设置大多本着结构精简、层次权限分明的原则，本着既有利于管理职能的发挥，又有利于实现高效、便捷的管理的目的，已经设置了决策机构、执行机构、监督机构等核心机构。
按照“六个独立”的要求，独立学院基本都有独立的机构设置，独立的内部管理系统，基本都设有董事会、校长（院长）、教学和管理运行机构。学院董事会为最高决策常设机构，决定着与独立学院有关的各种重大事项；学校办公室（党政办公室或院长办公室）具体负责学院党政日常事务管理，组织协调全院重要工作和重大活动；教学管理部门负责全院教学运行管理；学生管理部门（学工处）则负责全院各类学生的思想教育和行为管理，组织开展适合本院学生特点文化素质教育活动；其他各部门如人事部门、财务部门和后勤服务部门等则围绕学院的教育教学任务发挥支撑作用。
根据学院规模的不同，有些学院的机构设置较为齐全，层级划分清晰；也有些规模较小的学院机构设置比较简单，管理层次较少，分工也没那么细致，管理幅度较大，只负责完成学院的基本职能。总之，机构设置与人员安排都依据本学院的实际情况开展，但合理利用资源、提高管理成效是独立学院内部管理体制设计要达到的目标。
即使各独立学院内部管理机构的设置并不相同，但大多根据其办学条件、管理模式等形成相应机构设置，既体现了其产权结构与性质，也反映了学校规模大小。然而正是独立学院产权结构的特殊性，使独立学院组织机构及其权责设置面临权责不匹配、组织机构制衡机制不平衡等诸多问题，出现许多难以克服的困难。
首先表现出来的就是产权多元化下的组织机构设置的权责匹配问题。任何组织机构的设置都意味着责任的归属。独立学院应实行董事会（或理事会）领导下的院长负责制。学院理事会或者董事会是学院的最高权力机构和决策机构有诸多权力，如选任院长；审核、通过学院财务预算、决算；根据院长提名聘任或解聘学院各管理部门及系级的主要负责人；指导、监督院长工作；审议、通过由院长提交的学院重要管理制度；决定学院管理机构的设置和人员编制以及管理人员的工资待遇、奖金和教师任课费用标准；决策其他重大事项等。院长（校长）则是学院最高行政负责人，全面负责学院的行政事务，对学院的各行政管理部门实施领导。这种设置既体现了独立学院产权的多元性，也表明独立学院的办学责任与经营责任的归属应由学院董事会承担。但事实上，《独立学院设置与管理办法》第二十五条已经明确规定：“理事会或者董事会由参与举办独立学院的普通高等学校代表、社会组织或者个人代表、独立学院院长、教职工代表等人员组成。理事会或者董事会中，普通高等学校的代表不得少于五分之二。”第二十九条规定：“独立学院院长……由参与举办独立学院的普通高等学校优先推荐，理事会或者董事会聘任。”这些规定一方面限定了独立学院决策机构的来源和组成，另一方面在赋予了独立学院的董事会和院长相应权利的同时也要求其承担相应责任。
同时，第二十九条也规定：“独立学院院长负责独立学院的教育教学和行政管理工作。”但是，与普通民办学校和普通高等学院的“校长负责制”不同的是，在独立学院中，院长是由独立学院的决策机构（理事会或者董事会）聘任，因此院长的工作是向学院决策机构（理事会或者董事会）报告和负责，其权责范围也必然受到决策机构（理事会或者董事会）的限制，说明院长对学校管理的权力是有限的。由于参与举办独立学院的各主体中，董事会成员中，参与举办的普通高等学校的代表比例一般不到二分之一，而院长则大多都是由参与举办的普通高等学校推荐或委派的，这意味着独立学院的资产使用权与办学自主权出现了分离，也使得学院在经营责任与办学责任的承担上出现了模糊性，院长往往成为学院形式上的办学责任人。从权责一致原则的角度来看，独立学院院长对学院教育教学和行政管理工作的责任是不完全的，虽然院长对自己的权利行为负责任，但院长既不可能也不愿意承担相应办学责任和经营责任。这样，事实上的机构设置与权利责任的不匹配必然导致责任承担的虚置。
其次表现在独立学院的组织机构的制衡机制与独立学院营利性、公益性的平衡问题。独立学院作为利用市场机制发展教育事业的有益探索，其公益性事业的属性毋庸置疑。但是，作为民办高等教育的重要组成部分，其存在的营利性与公益性、私人部门与公共部门之间的冲突也同样存在。因此，在制度设计之初，即通过机构设置之间的制衡机制保持独立学院营利性与公益性的平衡，更好的体现其社会公益性。因此，独立学院董事会（或者理事会）与院长之间权力设置与划分以及相互的关系是否平衡，直接影响着独立学院营利性、公益性之间的平衡问题。从先行规定与多数独立学院的实践来看，董事长领导下的董事会是独立学院管理决策机构，尽管其构成包括了参与举办独立学院的普通高等学校代表、社会组织或者个人代表、独立学院院长、教职工代表等人员，但在人员组成中，“理事会或者董事会中，普通高等学校的代表不得少于五分之二”，这一规定说明特别是在校企合作模式的独立学院中，参与举办独立学院的企业合作方在董事会中拥有较多权力，董事长也大多来自参与办学的投资方，更多代表着市场的规则和利益诉求。再加上产权结构本身的不完善导致的逐利性和责任的模糊性，董事会中本来代表各方力量和不同利益诉求的平衡制约机制难以实现，公益性目标也失之偏颇。
当然，董事长并非都来自合作办学的投资方，也有来自更多体现了公共部门的利益和教育事业的特性的参与举办高校，如浙江大学城市学院董事长即由浙江大学校长、中国工程院院士潘云鹤担任，杭州市副市长项勤和浙江省电信集团副总经理蒋超英则任城市学院副董事长。这一方面是由于该独立学院由杭州市、浙江大学和浙江省邮电管理局三方联合发起，前两者在股权构成中的比例占据支配地位；另一方面，为更好地确保独立学院的教育教学的特殊性，学院历来推选的都是各方都认可的德高望重的学者或教育专家来担任董事长和院长，更好地体现了学院的公益性和教育性。
2.决策领导体制：董事会领导下的院长负责制仍不成熟
独立学院产权主体的多元化以及其办学性质的特殊化决定了其领导体制必须实行董事会制度。独立学院“董事会制度就是组建由校外或部分校内人士共同参加的专门机构，来为学校筹措资金，并承担学校的有关决策的行政领导制度”（谢安邦等，1999）。按传统的法律观念，董事会是指管理公司、企业事务的领导机构，董事会制度则是领导体制中的一种管理形式，针对独立学院而言，就是由各个产权主体的代表共同组成的办学决策机构，负责为学校制定规章，筹措资金，统筹管理，谋求发展并承担相关责任的行政制度。与企业的董事会相比，它更多地具有公益性，保证学校承担社会的公共职能，保持学校的公益性质，维持学校的正常运转和稳定发展。董事会是高校独立学院的最高决策机构，这是与公立高校完全不同的一种管理领导体制。
多数独立学院都采用了董事会（或理事会）制度，实行董事会（或理事会）领导下的院长负责制，成为独立学院实行的较为有效的治理制度。但是由于独立学院法人地位的模糊、投资主体的多元、产权结构的复杂以及与企业性质的不同等，使得独立学院的董事会制度在现实运作中还存在着许多问题，归根到底就是董事会领导下的院长负责制仍不成熟、不健全。
第一，董事会的组成与定位问题。
众所周知，董事会的成立代表着所有权与经营权的分离，所有权代表的是决策权，而经营权则代表着执行权。董事会的形成与人员结构至关重要。
首先，从董事会的组成来看，独立学院董事会的形成与性质都与企业中的董事会都截然不同。一方面，企业董事会中的董事会是经股东大会选举产生，而独立学院的董事会不是经股东大会或投资人大会选举产生，而是由参与举办独立学院的普通高校与包括政府、企业、社会组织或者个人在内的投资者共同协商和推荐产生。虽然董事会成员中包括了参与举办独立学院的普通高等学校代表、社会组织或者个人代表、独立学院院长以及教职工代表等人员，但并不能完全代表、也不能真正代表独立学院涉及的各方不同利益。另一方面，在以公司制为典型代表的企业中，所有权属于股东，其决策权归股东大会所有；经营权和执行权则归董事会以及董事会聘用的经理部门。而独立学院中的董事会则兼具了决策权与执行权，由企业中的执行机构转变为独立学院内部管理体制中的权力机构。这也是为什么独立学院中投资者或举办者在决策体制中拥有更大权力，享有更多权利。
其次，从董事会的结构来看，董事会结构的不合理造成学院董事会的缺失和虚设。独立学院董事会是学院的最高权力机构。按照《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》和《独立学院设置与管理办法》的规定，其组成及人选由双方商定组成，包括参与举办独立学院的普通高等学校代表、社会组织或者个人代表、独立学院院长、教职工代表等人员。其中，理事会或者董事会中，普通高等学校的代表不得少于五分之二。董事会和理事会的职能主要是聘任、解聘独立学院院长；修改独立学院章程；制定发展规划；审核通过学院财务预算、决算；决定独立学院的合并、终止和独立学院章程规定的其他重大事项，如根据院长提名聘任或解聘学院各管理部门及系级的主要负责人；指导、监督院长工作；审议、通过由院长提交的学院重要管理制度；决定学院管理机构的设置和人员编制以及管理人员的工资待遇、奖金和教师任课费用标准等事项。
独立学院成立初期，董事会结构的不合理主要表现在三个方面。一是董事会的缺失，一些独立学院在成立时并未建立董事会，如一些投资主体是母体高校的独立学院，往往由母体高校对其实行统一的管理，造成学院董事会的缺失；而有的独立学院形式上由“投资方”和公立高校人员共同组成了董事会，实际上却是公立高校在“独立”操办一切，从章程的制定、发展的规划至日常的管理均由公立高校委派的院长全权负责，甚至是办学的经费也主要由公立高校筹措，“投资方”并不能履行职责，做好学校相应的投资工作，基本办学设施配备不到位，学院的发展进程不能按规定的目标完成，日常教学工作受到严重影响。二是董事会的虚设，虽然有些学院已经建立了董事会，但是有的董事会人员组成既不符合有关法规要求，也无法体现各投资主体的权益，董事会不履行丝毫责任，也谈不上任何功能和定位，造成董事会的虚设。董事会的虚设实质上与董事会的缺乏没有什么两样，大都是独立学院的董事长与院长合二为一，造成了院长经营班子完全控制了董事会而造成了董事会空壳化，或者是独立学院为应付有关部门的检查而设立的名不副实的机构。三是董事会构成的形式化造成权力分配的不合理。在独立学院的发展中，董事会经过调整与规范，多数独立学院中的董事会一般由5～7名董事组成，参与举办的投资方派出3～4名董事，参与举办的普通高等学校派出2～3名董事，董事长由投资方负责人担任或是由投资方直接指定人选担任。院长则由高校校长兼任或是高校直接指定人员担任。但这种设置也导致投资方在董事会中占绝对优势，以致他们在决策上、管理上控制学院的整体工作，尤其是在财务上完全控制资金调拨和使用，出现一些独立学院发生了投资者不顾学校办学需求，任意抽调办学资金用于自身的企业发展或投资其他与办学无关的项目的现象，严重影响办学质量与管理质量，危害独立学院的长远发展。