政府对大学的集权管理深入大学内部，并对大学内部治理结构做出了全新的安排。1950年《高等学校暂行规程》规定“大学及专门学院实行校（院）长负责制”，“在校（院）长领导下设校（院）务委员会”，校长是大学的最高行政负责人，校务委员会为最高审议决策机构。该规程明确了校长和校务委员会的职责，但没有规定教授等学术人员在大学决策中的地位，在取消了教授会和评议会制度后，没有规定成立新的由教师群体组成的学术事务决策机构。大学的主要管理者——校长、副校长、教务长等由中央教育部任命，他们是代表国家来管理大学，担负替政府管好大学的使命。
随着形势的变化，大学不仅被行政化，而且更进一步被意识形态化。1956年，党的八大修改党章，确定大学实行党委领导制度；1958年，中共中央、国务院发布《关于教育工作的指示》，批判了“外行不能领导内行”的观点，要求在所有高等学校中实行党委领导下的校务委员会负责制，同时各级党委要向学校输送党员干部，以加强党对教育事业的领导；1961年的《高教六十条》再次规定大学实行党委领导下以校长为首的校务委员会制。至此，大学建立起比较完备的党委领导体制，党务系统进入大学，并掌握了最高决策权，进一步增强了对大学的控制。值得一提的是，《高教六十条》在规定校务委员会人员构成时有了变化，增加了“若干教授”的要求，体现出对学术人员参与大学决策的重视，但是它仍然没有对教师群体参与学术事务决策作出规定。
造成此种现象的原因，不仅是集权的政府计划体制使然，同时也是党的知识分子政策所致。新中国成立后的最初30年里，国家依然坚持以阶级斗争为纲，而党对知识分子阶级属性的认定一直处于摇摆之中，知识分子从最初的思想改造的对象，沦为被批判、被斗争的“臭老九”和“牛鬼蛇神”。在政治化阴影笼罩下，大学学术活动屡遭破坏，大学教师作为学者的光环逐渐退去，而一旦不从事科研活动，教师的权利意识也会萎缩。在很长时间内，中国大学教师就是普通的本科毕业生，几乎不从事科研活动，大学作为一个简单的教育机构，逐渐失去了生气。最终，无论在制度形态上，还是精神气质上，大学彻底沦为了行政附属物。
二、经济转型时期中国高校的廉政建设
十一届三中全会以后，中国的经济体制逐渐向社会主义市场经济体制转变，同时国际环境得到改善，和平与发展成为时代的主题，我们党所处的地位、环境及面临的任务发生了很大变化，面临新的考验。以邓小平为核心的中国共产党人立足于世情、国情、党情，按照执政党建设的规律，迎接时代的挑战，在研究新情况、解决新问题的过程中，产生了经济转型时期廉政建设思想。
1．廉政建设应以经济建设为中心
在认清我国处于并将长期处于社会主义初级阶段的基本国情后，我党制定了“一个中心、两个基本点”的党的基本路线，其中“一个中心”指的就是“以经济建设为中心”。廉政建设要执行党的基本路线，就要自觉服从和服务于经济建设这个中心。邓小平指出：“离开了经济建设这个中心，就有丧失物质基础的危险。其他一切任务都要服从这个中心，围绕这个中心，决不能干扰它，冲击它。”
高校廉政建设服从和服务于经济建设这个中心，其基本依据在于高校廉政建设要靠发展，发展才是硬道理。邓小平指出：“中国解决所有问题的关键是要靠自己的发展。”他认为：“精神文明说到底是从物质文明来的。”解决国内各种问题，保持稳定局面，做到长治久安，离不开发展；加强精神文明建设，提高社会的文明程度离不开发展；加强党风廉政建设，深入开展反腐败斗争，也离不开发展。高校廉政教育服从和服务于经济建设这个中心，一方面是对社会主义本质的科学认识，社会主义的本质，是解放生产力，发展生产力，消灭剥削，消除两极分化，最终达到共同富裕，因而经济的发展是社会首先需要的；另一方面则是廉政建设自身发展的需要，在廉政建设为改革开放、发展经济提供健康向上的政治局面和安定团结的社会环境的同时，经济建设的成果也在不断为廉政建设提供强大的物质基础。“随着经济的发展，随着科学文化和教育水平的提高，随着民主和法制建设的加强，目前社会上那些消极的现象也必然会逐步减少并最终消除。”
2．批判封建主义腐朽思想与批判资产阶级腐朽思想相结合
新中国成立以来的廉政建设都十分重视对资产阶级腐朽思想的批判，但却相对忽视了对封建主义腐朽思想的分析和批判。邓小平强调高校廉政建设要把批判封建主义腐朽思想与批判资产阶级腐朽思想结合起来。他指出：“必须把肃清封建主义残余影响的工作，同对于资产阶级损人利己、唯利是图思想和其他腐化思想的批判结合起来。”
一方面，邓小平和毛泽东一样，认识到封建主义腐朽思想是官僚主义和腐败现象产生的重要思想根源，认为官僚主义现象、权力过分集中的现象、家长制现象、干部领导职务终身制现象和形形色色的特权现象等诸多弊端，多少都带有封建主义色彩。由于对封建残余影响的严重性估计不够，肃清封建残余影响的任务在经济转型时期并未彻底完成。另一方面，由于中国长期处于半殖民地半封建社会，封建主义思想有时同资本主义思想结合在一起，在经济转型过程中产生了很不好的影响，如造成自由化思潮的泛滥等。因此我们要“继续批判和反对封建主义在党内外思想政治方面的种种残余影响，并继续制定和完善各种符合社会主义原则的制度和法律来消除这些影响。同时，要批判和反对崇拜资本主义、主张资产阶级自由化的倾向，批判和反对资产阶级损人利己、唯利是图、‘一切向钱看’的腐朽思想，批判和反对无政府主义、极端个人主义”。
3．深化改革，以改革促进高校廉政建设
随着我党基本路线的实行，各界人士不断认识到中国一切问题的解决，包括廉政建设问题的解决，都离不开改革。这里的改革指的是全面的改革，包括经济体制的改革、政治体制的改革和相应的其他各个方面的改革，改革的目的是为生产力的发展扫清阻碍。
深化改革是搞好高校廉政建设的必要条件，党风廉政建设存在的问题，诸如官僚主义、形式主义、特权和严重的腐败等，都与体制的弊端有关。邓小平指出，我们的社会主义制度是个好制度，必须坚持，但具体体制存在弊端。正是这些弊端，造成廉政建设诸方面的问题。只有深化改革，完善体制，才能杜绝腐败滋生的机会和环境。
4．成立学术委员会，复苏学术权力
大学的发展与时局的变化紧密相连。1978年拨乱反正后，我国的大学进入了新的改革和发展阶段，这其中最重要的举措就是落实大学办学自主权。从学理上看，这一过程就是指政府将办学自主权归还给大学，大学教师将重新获得学术事务的决策权，然而，现实中的中国高校改革并不是沿着单一的理论设计的轨迹前进的。
1978年教育部出台的《全国重点高等学校暂行工作条例（试行草案）》（以下简称《草案》）提出，要在高等学校中取消校务委员会，并明确规定：“高等学校设立学术委员会。在校长或副校长领导和主持下，对学校教育事业发展规划、科学研究工作和研究生培养工作中的重大问题提出建议，审查、鉴定科学研究成果，评议研究生的毕业论文、毕业设计，参与提升教授、副教授工作的审议，主持校内学术讨论会，组织参加国内和国外学术交流活动等。”从《草案》对学术委员会职能的规定中可以看出，学术委员会具有对大学基本学术事务的讨论审议权。然而，学术委员会的出现并不意味着教师群体重新获得了学术事务的决策权。
1978年《草案》对大学内部治理的规定主要是为了确立党委在大学内的最高领导地位，实施“党委领导下的校长分工负责制”，取消校务委员会是为了进一步强化党委的权力。这一点更反映在文件规定“在系一级实行党总支领导下的系主任分工负责制”，可见党对高等学校的管理进一步扩展到了高等学校的基层组织。因此，从这个思路可以看出，建立学术委员会绝不是为了分化权利，学术委员会只具有讨论和审议权。学术委员会的出现，应该与国家实施新的知识分子政策有关。