3．高等教育的改革给新时期高校廉政建设带来新问题
第一，社会对高校腐败问题关注不够，认识不足。一方面，人们普遍认为：高校是知识的殿堂、人才的摇篮，是远离尘嚣的“象牙塔”，高校教师是最有气节、对腐败最有免疫力的精英群体。人们不愿意怀疑少数高校的党政干部和公职人员会成为腐败的主体、社会的蛀虫。另一方面，对高校腐败的惩处力度不够。如前所述，充当高校腐败主体的少数高校公职人员，往往学识渊博，能力卓越，成就赫然，是社会的知识精英、科学精英。而我国社会自古就有尊师重教、尊重知识、尊重人才的优良传统，在实施科教兴国战略的今天更是如此。国家出于爱惜人才、用人所长的考虑，对这类腐败分子多数都从轻处理，不足以起到震慑、警醒的作用。
第二，一段时期内盛行的教育产业化思想成为教育腐败的理论保护。在“教育产业化”错误理论的误导下，一些地方政府官员甚至一些教育官员认为：“教育产业化”就是“教育商业化”，于是，我们的国民教育终于在市场经济的大潮中崭露头角，公办教育机构也就堂而皇之地踏上了自由竞争之路，这就给一些心怀不轨、一心向“钱”的人以可乘之机。同时，高校教育的信息化，办学模式的网络化，学校后勤的社会化等改革活动，为学校的发展发挥了积极的作用。它不仅拓宽了学校的财源，改善了办学条件和教职工的福利待遇，而且直接为振兴当地经济和培养人才服务。但是，多种改革也带来了某些负效应。增加学校收入的趋利性，容易诱使一些人重利轻义。由于追逐金钱的冲动，更助长了一些党员干部急功近利的浮躁情绪，而且诱使少数利欲熏心的人，走上违法、违纪的道路。
第三，学校教育、管理机制与教育事业的快速发展不相适应。高等学校本来就与社会有着千丝万缕的联系，步入逐步面向社会自主办学的改革之路后，学校与社会的联系更趋广泛、紧密，社会上的消极腐败现象对学校的党风、政风、校风的影响也日趋增大。学校和社会一样，在改革过程中，新旧体制的胶着状况一时难以避免，在高校管理体制转轨过程中产生的校内腐败现象，经济、道德案件上升多发的特点与社会经济体制转轨时期出现的问题也大致相同。
三、客观原因之二——高校自身原因
（一）思想工作薄弱，法纪教育欠实
第一，人们思想上的认识误差，这表现在以下三点：一是对高校的腐败行为的严重性认识不到位，认为学校是清水衙门，钱不多、权不大，出不了大事。二是忽视思想政治教育工作的作用和意义，认为在市场经济条件下，人们很讲“实惠”，很“现实”，思想政治教育作用不大，从主观上放弃了反腐倡廉的第一道防线。三是对加强党风廉政建设的重要性认识不足，导致行动上的“缺位”。思想政治教育工作只是走过场，做形式，不求实效。
第二，在“少栽刺多栽花，你好我好笑哈哈”的心态下，党内民主生活会质量降低，“批评自我谈‘情况’，批评同级说‘加强’，批评下级谈‘希望’，批评上级说‘发扬’”的现象悄然风行，从而导致这些同志缺乏经常性的思想修炼，更使有问题的同志不能及时从思想上警醒；同时，学校对教师的评价存在重业务能力、轻思想素质，重结果考核、轻过程控制的现象，少数教师淡忘职业理想、淡漠职业道德、淡化职业纪律，其结果不言而喻。
第三，部分高校党委对法纪教育的重要性认识不足，没有具体的安排和部署。有些高校机关各部门的职责不够明确，纪检监察部门的组织协调作用不突出，宣传教育的优势没有得到充分整合，单打独斗格局没有改变。有些高校在反腐倡廉法纪宣传教育上投入不多，成果也不明显，教育的组织领导不够有力，教育的方式方法缺少创新，教育的内容不能适应形势的发展变化，党风廉政建设“大宣教”格局还没有形成。
（二）管理体制滞后，制度落实失范
1．管理体制改革滞后
近年来，随着高等教育的大发展，高校经费的来源渠道有国家拨款、社会基金、学校自筹、企业和个人赞助等形式，投资主体较以前明显增多。特别是从1999年大扩招后，高校普遍存在教学生活设施严重不足的问题。所以，新校区建设、老校区基础设施改造等工程成为高校的当务之急，学校掌控的资金巨大。然而，高校在新旧体制转换和跨越式发展的大背景下，各项管理制度跟不上迅猛发展的社会主义市场经济的需要，管理水平与教育改革和学校事业快速发展需要不相适应。原有的旧的内部管理体制、自我约束机制和管理制度等已不适应发展的需要，但是又不可能在短时间内理顺和完善，形成有效的监督管理制度空缺，人治因素增大，造成过度集权、缺乏透明度，使得制度上的薄弱和管理上的漏洞已成为近年来高校职务犯罪不断攀升的客观原因。
管理体制的滞后，主要表现为高校存在的官学商混合体制。在这种混合体制里，各类、各级高校，校长和行政人员都是有行政级别的政府官员，同时高校还自己兴办企业、进行各种商务活动（培训、冠名等等），大学同时兼具了“官”、学、“商”三种身份，既部分具有政府机构的性质，同时又是市场主体，还要发挥教育功能，显然，这种混合体制使财务监管和其他监管形式都更加困难。根据审计署披露的2003年对18所重点大学的审计结果，各种乱收费一年计有8亿元之多，高校财务及校办产业管理薄弱，普遍存在收支反映不实、科研课题经费管理不规范和校办企业管理不严的问题。有的校办企业存在严重违法、违规问题，清华大学这样的名校也概莫能外。官学商混合体制意味着分别针对政府、教育和商业部门的监管制度，无法单独地对大学进行有效监管，在校内营建、课题经费管理、校内收费和校办企业等等性质含糊的地带，现有的监管制度尤其难以发挥作用，这些性质含糊的地带也正是高校腐败高发的地带。
从高校职务犯罪案件分析研究中我们可以发现，当前高校内部管理方面主要存在以下缺陷：一是现行管理制度与高校当前发展状况不相适应。长久以来，高校都是依靠国家单一投资，被视为清贫之地。学校对经费使用、收入分配、项目安排的自主权较小，经济活动、资金往来较为单一，因此对管理工作的要求较为简单。近年来，由于国家对教育投入的大幅增加以及学生扩招和多渠道兴资办学所带来的经济效益，使高校成为一个巨大的经济活动主体。以往那种简单的管理模式已经远远不能适应日益复杂多样的经济活动，而新的制度和配套措施还不完善，尤其是有关基建、采购、经营等方面的管理制度不健全，仅有的监管制度大都流于形式，至使行为人有机可乘。二是管理制度的落实不够规范。高等院校中长期习惯于抓教学质量，“重教学、轻管理”而忽视对行政、后勤方面的管理，因此在规章制度的落实过程中，以原则性要求多，经常性的针对性教育流于形式，加之一些领导干部或职能部门负责人原则性不强，执行财经法规政策不力，财务纪律观念不强，审计把关不严，随意性较大，缺乏公平、公正、公开的民主决策，为暗箱操作、钱权交易的职务犯罪行为留下了实施空间。三是领导干部的管理能力有待提高。高校的领导干部普遍属于专家学者型领导群体，往往对经济工作熟悉程度不够，对市场经济给学校经营活动带来的新情况、新问题研究不深，难以针对这些新情况、新问题及时建章立制予以应对。在决策和管理过程中，一些领导由于对分管业务不熟悉，过分依赖职能部门，成为“甩手掌柜”，对于经济活动中出现的不正常、不合理现象不能及时发现，酿成个别部门或个别人员权力失衡、失范的恶果。
2．管理制度缺陷
第一，基本管理制度缺陷。制度是腐败的克星。只有加强制度监管，用科学有效的监督机制来约束权力者，尤其是那些拥有学校的人事、财务、招生等权利的领导干部，才能避免他们走向腐败犯罪。目前我国实施的由法律、纪律条例等构成的监督规范还很不完善。原则性的法律规定较多，缺乏明确的监督标准及具体的实施细则；禁止性法律规定较多，惩戒性法规相对较少；基本原则和方法途径等缺乏系统的法律依据和法律保障，难以准确判断和及时纠正被监督者的不合法行为。高校各种制度规定又往往是绝对权力的产物，有的明知道应该怎么做，却就是不立制，很容易导致监督的盲目性和随意性，甚至导致负面效应。长期以来，高校只能把监督工作的重点放在“查错纠偏”上，不能从源头上更好地有效预防。高校监督部门虽然参加了各项活动，由于责任追究制度不完善，或责任追究的实施细则不具体，在实际工作中出现许多有章不循的行为，不好定论，给不法分子以可乘之机。监管制度的缺位主要又是制约权力的制度滞后和缺陷。
一是高校基本管理制度缺陷。高校基本的管理模式应该是党委治教、行政治校，教授治学。教授治学、民主管理是高校校务管理的基本制度。教授治学与民主管理是一个统一整体，相互依赖，不可分割。其中，教授治学是表和形，民主管理是里和质。教授治学、民主管理的本质内容应当是：高校教职工共同民主决策本校一切重大事务，民主选举本校重要领导干部，并将本校领导干部的日常管理活动置于民主监督之下。但目前，还有不少人对这一基本制度和基本原则不理解甚至曲解，片面强调教授治校，而教授治校与民主管理关系处理不当，忽视民主管理，往往导致腐败。首先，片面强调教授治校本质上是一种官本位作风。在有的高校，学术地位、专业职称与行政职位成正比：院士轮流当校长，教授、博导轮流当院长，表面上是重视和鼓励学术和科研，实质上是用官职作奖品，是典型的官本位作风。这种官本位作风会变相纵容腐败。这种作风，诱使那些官迷心窍者掌权前大搞学术腐败，掌权后大搞经济腐败；这种作风使高校领导岗位难得其人或得其人难得其时。高校领导干部必须德才兼备，一要公正廉洁，二要有较强的领导管理能力，三要有足够的时间和精力。这三个条件缺一不可。有能无德，必然腐败；有德无能，管理不善，纵容腐败；有德且能，而精力和时间不够，等同于无德无能。其次，这种官本位作风，使部分教师不得不离开擅长的科研岗位，从事并不擅长的管理工作，造成人才的巨大浪费，本身就是一种腐败。再次，忽视民主管理使权力失去监督。我国高校具有很强的行政附属性，主要领导干部由省以上政府任命，本校重大事务都由极少数人决策并执行，普通教师参与权太小。这样，高校行政权力的运行就失去了强有力的监督，而权力失去监督必然导致腐败。同时，尽管我国当前高校也是实行干部任期制或聘任制，为废除干部终身制、选贤任能开辟了一条崭新的路子。但在操作的过程中也出现了跑官要官现象，个别领导干部违背干部管理原则，封官许愿，有的嫉贤妒能拨弄是非，造谣中伤别人，有的不讲德才任用亲信，有的自由主义泛滥，随意泄漏干部任用情况等问题屡有发生。
二是高校财务管理制度缺陷。在计划经济时代，高等教育经费由中央和省级政府统一下拨，基建投资统一安排，实行统收统支，高校完全是政府的行政附属物，基本上不存在自有资金，也就无所谓“高校腐败”。近年来，随着市场经济体制的发展，政府权力下放，高等教育经费投资机制已从单一的财政拨款转变为多渠道、多层次筹资。除国家拨款外，还有校办产业、学生学费、科研经费、社会捐助等等，而且，为教育投资已成为大多数家庭的选择，教育产业化的趋势越来越明显。高校从政府、学生、民间及金融部门等多种渠道获得的经费越来越多，在建设项目安排、设备物资采购、经费使用、招生录取等方面拥有的自主权也不断增大。但是，目前的教育部门却依然沿袭过去计划经济的陈旧体制，管理机制僵化，政务、校务缺少透明度，监督机制也没有随着体制转轨而健全、完善起来。特别是与多渠道、多层次筹资机制相适应的财务资金管理制度严重滞后，教育经费管理、使用等关键环节严重失范，导致高校财务混乱，出现收入不入账、自行设立小金库，变相侵占国有资产和贪污、受贿、挪占公款等腐败现象。财务管理中，预算外资金管理严重失控，使“小金库”成为一些人的“取款机”。