[1]梁向明在其《“回之与儒，教异而理同”——兼谈回族学者马注的伊斯兰教伦理道德观》中提到马注号“清真老人”，但无据，疑误。
[2]马注的生年，学界所依据的一处明证是《自叙》中“屈指余年，四旬有四”一句。《清真指南》中对马注的籍贯有多种表述，下文详述。
[3]纳为信：《赛典赤·赡思丁波斯身世考略》，《回族研究》，2004年第2期。
[4]马注在其后至西安时撰《赡思丁公茔碑总序》中提道：“今借予祖西来牒谱，所非尔公、赡思丁公、忽辛公、伯颜公、文明公、烨如公、之云公，八世所修咸阳家乘一谱。”
[5]世雄字方侯，见《清真指南》第九卷卷首。《清真指南》中仅提世英、世雄，未见世麒。疑世麒即世英。因世英字为晋伯，而世雄字为方侯，马注非常喜欢用典，度其取意，似应为兄弟二人。
[6]纪念伟大航海家郑和下西洋580周年筹备委员会，中国航海史研究会编：《郑和家世资料》，人民交通出版社，1985年，第46页。
[7]笔者曾至保山市寻访马注后人，但据当地阿訇及群众讲，板桥镇的回族在清道光至同治年间的保山事件以及杜文秀起义中遭受灭绝性打击，原住回族逃生者亦多流离，马注的后人已无处寻觅，其墓地早年间有闻，但现在已经确定不存。
[8]（明）刘文征：《滇志》卷之九。
[9]侯峰，罗朝新：《明清云南人才的地理分布》，《学术探索》，2002年第1期。
[10]侯峰，罗朝新：《明清云南人才的地理分布》，《学术探索》，2002年第1期。
[11]虽然没有板桥人口这方面的具体数据，但我们从《云南回民起义史料》中可以知道，迤西地区回族众多，而永昌地区更是回族聚居地，从史料内容综合反映的情况来看，道光年间板桥应该有回族近千人，上溯百年也应该有数百人。我们无法得知当时是否已经修建了清真寺，但从《云南回民起义史料》中《永昌汉回互斗案节略》中可以确知板桥街道光年间已经有清真寺存在。从回族的生活习俗、居住特点分析，明末清初应该已经建起了清真寺。《云南回民起义史料》由荆德新编，云南民族出版社，1986年出版。
[12]此时马注已经是成年人，笔者疑在其母去世前，出于孝道，马注在其母操持之下可能完婚。对于马注的婚姻，因缺乏史料，纯系猜测，下文一处亦然。
[13]笔者认为，《自叙》中虽有“十五而业文章，学为经济。二十而涉宦途，游情诗赋。二十五而访道德，锋棒禅玄。三十而著《经权》，期留青史，亦已编成书，自谓修齐治平，得其至理。及三十五而访闻经教，知天命之从来”的说法，但其中关于年、事只是作者的一种写作手法，为谋文章工整，实际上有自谦的意味，并非实际情况。
[14]见《援诏》，其中有“亦少涉猎经史，详阅诸家《灵枢》《素问》《洞古》《楞严》《星纬》《河洛》《异域》《风鉴》《皇极》《先天》之书”。《灵枢》与《素问》合称《黄帝内经》；《洞古》是道教《太上十三经》之一；五代北宋初著名道教学者陈抟著《人伦风鉴》；北宋邵雍著《皇极经世》，其思想渊源于陈抟道家思想；《先天图》即《无极图》，一般认为是陈抟作；《星纬》《河洛》《异域》应是泛指关于天文、地理方面的书籍，一般道家精于此道。《楞严经》系佛教经典。
[15]樵通谯，《辞海》有这种释义。辞海引《汉书·赵充国传》“为堑垒木樵，校联不绝”。这里的“樵”即指谯楼。
[16]对此书名的解释，马士年先生在其《马注年谱》认为是自喻“樗栎之类的无用之材”，纳国昌先生也持此观点。笔者不敢苟同，马注作《隆中吟》似有自比诸葛之意，且《郁速馥传》中说其《樗樵录》“其意远，其词悠，其情旷，其志坚。劲而不屈，磨而不磷，和而不戾，哀而不怨。俯仰上下，抑扬古今。读其书，而使贪者廉，奸者化，薄者厚，愚者醒，非晚世语也”。其中亦没有消极意味。另，马注在京期间住所，雅号“一枝楼”似与云南所居有相映之雅趣。
[17]（清）孙人龙《元咸阳王忠惠赛公辅滇绩序》中有马、忽两姓争为咸阳王墓奉祀生员事，后经裁定为赛姓。可说明当时昆明至少有此三姓回族。
[18]纪念伟大航海家郑和下西洋580周年筹备委员会，中国航海史研究会编：《郑和家世资料》，人民交通出版社，1985年，第69页。
[19]也正是因为宗亲关系，笔者疑其在昆明期间可能完婚。
[20]昆明市宗教事务局，昆明市伊斯兰协会编：《昆明伊斯兰教史》，云南大学出版社，2005年，第62页。
[21]武定赡思丁后裔属于郑和支系，《郑氏世系家谱》中有“三世祖考讳廷选，妣马氏。生子二人，长子移居柯渡。次子移居武定”。见纪念伟大航海家郑和下西洋580周年筹备委员会、中国航海史研究会编《郑和家世资料》，人民交通出版社，1985年，第4页。
[22]《滇南诗略》《滇诗拾遗补》录有何星文诗，另他著有《何氏琴谱》一卷。
[23]这两篇文章青海人民出版社1989年版《青海少数民族古籍丛书·清真指南》、人民交通出版社1985年版《郑和家世资料》均收录其中。
[24]（明）刘文征：《滇志》卷之三，云南教育出版社，1991年。
[25]有关咸阳王陵的问题，纳国昌先生有《咸阳陵七百年》专文论述，文载《回族研究》2004年第2期，第44～48页。
[26]对此马注在其《赡思丁公茔碑总序》有详细记述。这些地方包括昆明、陆凉（今云南陆良）、呈贡、嵩明、直隶、松江、南直隶（今南京）、济南、利州（今广元）、大理、蒙化、永昌、腾越等。
[27]常见有对《清真指南》中涉及的“金台”解释为是河北的“金台”，认为在易县东南，这种观点是错误的。因为目前为止，我们还没有发现马注在河北易县居住的迹象和与之相左的证据。如马注所住金台与杨荣业、马化蛟所在金台为两地，马注应该有所说明。另外，继马注之后的著名经师赵灿到北京后，其住地为“金台之普寿寺”，普寿寺在西城区锦什坊街63号，现在为西城区伊斯兰教协会驻地。这也可以说明当时人们习惯上称呼北京为金台。
[28]由于缺乏当时北京马姓回族的资料，此处只能存疑。
[29]对于北京回族聚居区的情况可以参阅胡振华主编《中国回族》：宁夏人民出版社，1993年。以及周传斌、马雪峰：《都市回族社会结构的范式问题探讨——以北京回族社区的结构变迁为例》，载《回族研究》，2004年第3期。
[30]安亲王岳乐，努尔哈赤第七子阿巴泰之子，排行第四。是顺治、康熙两朝功勋卓著的亲王，为清朝入关后的稳定与发展作出了重要的贡献。其事参见赵尔巽主修《清史稿·列传四·太祖诸子二》。
[31]翁立：《北京的胡同》，北京美术摄影出版社，1996年。
[32]赵尔巽：《清史稿》志81·选举1。
[33]（清）赵灿：《经学系传谱》，杨永昌，马继祖标注，青海人民出版社，1989年。
[34]（清）赵灿：《经学系传谱》，杨永昌，马继祖标注，青海人民出版社，1989年，第54、64页。
[35]《八箴》中有“因检昔日纂录，删述全书，勉付厥梓，递相传阅”，此可以为证。
[36]《进经疏》中有：“一叩阆于密云，再叩阆于德州，继迎驾于江北，疏屡上而机不遇。”
[37]《清史稿·本纪七·圣祖本纪二》，其中记载康熙帝南巡有：“（九月）辛卯，上启銮。冬十月壬寅，上次泰安，登泰山，祀东岳。辛亥，次桃源，……临视天妃闸。……壬子，上渡淮。甲寅，次高邮湖，……丙辰，上幸焦山、金山，渡扬子江，……丁巳，弛海禁。戊午，上驻苏州。庚申，幸惠山。……十一月壬戌朔，上驻江宁。乙丑，回銮。泊舟燕子矶，辛未，临阅高家堰。次宿迁。过白洋河，……戊寅，上次曲阜。己卯，上诣先师庙，……庚寅，上还京。”
[38]（清）赵灿：《经学系传谱》，杨永昌、马继祖标注，青海人民出版社，1989年，第56页。
[39]马士年先生认为马注是“到了徐州附近又循路折向西，在砀山会见了一位回族掌教马廷瑞”，“去砀山以后，马注大概又很快顺原路到运河旁，经水道南下扬州的”，我认为从时间上是不可能的，康熙帝此次南巡行程不定，马注为求见必然会急急赶路，况且其携带家眷，多有不便。因此我认为马注在南下途中是比较匆忙的，无暇他顾。在此行中他遇到的这些人物，只是他顺路拜访而已，并没有刻意拜会的意思。
[40]刘智生卒约1660～约1730年。
[41]（清）赵灿：《经学系传谱》，杨永昌，马继祖标注，青海人民出版社，1989年，第99页。
[42]（清）赵灿：《经学系传谱》，杨永昌，马继祖标注，青海人民出版社，1989年，第53页。
[43]关于《清真指南》的校订，可见于各卷卷首。
[44]也正是因为这一缘故，今世我们看到的郑和家谱遭受的破坏相比云南的马氏家谱也更为严重。
[45]李兴华，冯今源：《中国伊斯兰教史参考资料选编》（上册），宁夏人民出版社，1989年，第647页。
[46]马以愚先生在其著的《中国回教史鉴》述其先世时说：“余家由陕而豫，故先端肃公为豫人也。”
[47]（清）赵灿：《经学系传谱》，杨永昌，马继祖标注，青海人民出版社，1989年，第98页。
[48]（清）赵灿：《经学系传谱》，杨永昌，马继祖标注，青海人民出版社，1989年，第79页。
[49]（清）赵灿：《经学系传谱》，杨永昌，马继祖标注，青海人民出版社，1989年，第54页。
[50]《元史》宪宗本纪。
[51]《元史》赛典赤传。
[52]《广元县志稿》卷四，民国29年刊印。
[53]马注在《格论》一篇中写道：“雷州天鼓，丰都地刑，扬州鬼市，世代相传，其来旧矣。予身亲历其地，皆谬言也。”可见他到过该地。
[54]纪念伟大航海家郑和下西洋580周年筹备委员会，中国航海史研究会编：《郑和家世资料》，人民交通出版社，1985年，第69页。
[55]成都宝真堂重刻版《圣赞》中注有：“按至圣穆罕默德生梁中大同五年癸丑，崩文帝开皇十五年乙卯，已历十八乙卯，至康熙二十九年庚午，共辞世一千九十六年。”此注解时间推算是错误的，但它反映了马注在作此注时的时间是康熙二十九年。
[56]李兴华，冯今源：《中国伊斯兰教史参考资料选编》（上册），宁夏人民出版社，1989年，第420页。
[57]《再次重刻〈清真指南〉序》中有“于是刘君占翔托马君晴峰转向白君理堂借得原本全部，以备校对”。
[58]《格论》中有：“壬午之春，二月既望，是夜也，予辑书既倦，枕肱而寝。”
[59]目前我们看到的《咸阳王抚滇绩》文章中因皇帝年号与纪年不符出现错误，但我个人认为可能是传抄过程中出现的，文末并纪年当无误。
[60]穆德全：《回族在西南地方史上的分布》，《四川大学学报（哲学社会科学版）》，1989年第4期。
[61]《天宫赋》有“题罢觉倦，隐几而卧。杖者敲门，惊而醒。启户视之，不知东方将白”。东方将白是穆斯林晨礼的时间，此时寺内人员唤此时住寺的马注上殿礼拜。
[62]学界对此问题有不同看法。纳国昌先生认为是“阿萨辛”，似不妥，见《穆斯林精神文明建设的历史传统——〈清真指南·约束教条〉剖析》，《中国穆斯林》，1997年第2期。
[63]关于“革烂得”的详细解释，可见王建平《论十八世纪初的云南格兰岱教案》。
[64]《左道通晓》中有苏全忠书信中提道：“要者，驾过武阳，留《除异谆晓》，实贴寺壁，晚随抄录，纳之笼中，不啻金科玉律。”
[65]《诫律十条》之第十条重丧礼中说：“诚孝思载《指南》，勿容赘嘱。”